毛利、蘭、園子、美黛子、山崎在毛利偵探事務所集合，然後去了東京站。毛利昨天得知蘭要去朝霧高原，決定給自己放假。
毛利五人在東京站坐東海道新幹線到靜岡縣富士市新富士站，然後毛利租了輛車，載着山崎四人去了富士宮市田貫湖，園子訂的湖畔莊園。
途中，毛利五人看到了在水邊嬉戲的柯南等人，停車問了一下，他們住在附近的兩座小别墅裏。
園子租的湖畔莊園。
毛利、蘭、園子三人在放下行裝之後，毛利開車帶山崎四人到處逛了逛，花鳥園、牧場、陣馬瀑布等，然後去新富士站把山崎和美黛子送上了新幹線，而毛利三人就留在了富士市内逛了起來，順便解決了晚餐。……
另一邊，海部肇租的小别墅甲中。
柯南十人手套布偶，在光彥的帶領下，在海部肇的指導下，在光彥領隊的不斷挑刺中排練話劇。
經過一天的相處，柯南也搞明白海部肇爲什麽要找他們了，是因爲少年偵探團上次演的話劇一休和尚，海部肇也去看了。因爲它的導演兼編劇署名是光彥，所以現在就由光彥領隊了。
眼看天都黑了，光彥領隊宣布下面進入晚餐時間，引起了一陣歡呼，不過他又宣布，晚餐後隻有半個小時休息時間，然後會繼續，引起了一陣哀号。
晚餐後不久，光彥準備找海部肇請教話劇的事情，不過發現他不在了，同時還發現别墅裏就剩下他們班的五個人了，自己、元太、柯南、步美和她的朋友小惠，而且布偶也少了五個，然後把發現向其他人說了出來。
元太有些害怕的說道：“這、這和《然後所有人都消失了》完全一樣。”
“這、這麽說，這次要演出的布偶劇現在變成真的了。”光彥害怕的說道，“在原作裏，當殺了一個人之後，布偶就會消失一個。”
小惠驚恐的說道：“殺、殺了一個之後。”
“你不要亂說話。”柯南說道，“他們隻是回另一個别墅了。”接着說道，“等一下，我去看看。”說着去前門外看了一下，發現了一些腳印，一個大人和幾個小孩子的腳印，然後回去把發現說了出來。
“可是這怎麽可能，這樣會跟我們說一聲的吧。”光彥說道。
“對了，可以打電話問問。”步美看着别墅裏的固定電話說道，然後去拿起電話，結果發現沒有任何聲音。
“沒有聲音，不可能的，”光彥說道，“我之前看海部哥哥有打過電話。”接着叫道，“我明白了，一定是那個闖空門的強盜，是他切斷了電話線，然後把我們的同伴帶走關起來了，這樣一來他就好進行他的強盜計劃了。”
“啊？”柯南挺起了三角眼，我們這種低級的度假别墅有什麽好搶的，而且大晚上的，别墅裏有人沒人實在太好認了，廢這麽大的工夫來擄人進行強盜計劃，而且還把布偶帶走了？不過這電話确實是個問題。
元太問道：“光彥，你說的是新聞裏的那個強盜？”
光彥說道：“就是那個，一定是這樣沒錯的。”
元太興奮的揮手說道：“那好，就讓我們少年偵探團出動，把這個強盜抓起來。”
步美笑道：“贊成，少年偵探團又要出動了。”
小惠高興的笑道：“太好了，這下可以看到你們是怎麽解決事件的了。”
“唉！”柯南無奈的歎了口氣。
“首先，我們把别墅搜索一遍，看看有什麽可疑的東西。”元太說道，“柯南，你和光彥去樓上，我們其他人在樓下。步美，你和小惠兩人一組，我一個人。出發！”
柯南和光彥去樓上搜索了一遍，發現一個海部肇的工具箱，裏面有一張簡易的地形圖。
“我知道了，”光彥說道，“海部他就是那個強盜，他帶我們來是要利用我們幫他掩飾。”
“啊？”柯南挺起三角眼，租車帶我們從東京過來住一天，租車費、住宿費、路費加上夥食費，特别是元太那家夥，夠賺的嗎？
光彥拿着工具箱下樓去報告自己的發現，卻發現元太三人不見了，同時他們三人的布偶也不見了。
“一、一定是海部，他又把元太他們三人抓走了。”光彥咬牙說道，“柯南，我們一定要把他們救回來。”接着發現沒有人應聲，這才想起柯南好像沒跟自己下樓，又跑上樓去找柯南，結果發現柯南不在了，于是又膽顫心驚的跑下樓搜索，結果發現柯南的布偶也不見了。
“隻、隻剩下我一個人了。”光彥怕得眼淚出來了。
這時，别墅的燈熄了，把光彥吓得大聲驚叫起來。
同時，一個人影出現在别墅門口，“現在隻剩下你一個了，光彥。”
“海、海部！”光彥驚叫道，“怎麽會、怎麽會這樣！”
“過來，跟我走吧，光彥。”海部肇推開門說道。
“不要過來，不要過來。”光彥害怕的向後退去。
“你在怕什麽，光彥？”海部肇進來問道。
“對，我在怕什麽，我在怕什麽。”光彥鼓足勇氣向海部肇沖去一下子撞倒了他，正準備奪門而逃的時候，發現他身後站着一群人，元太他們九個小孩子，頓時呆住了，讓元太等人大笑了起來。
“不好意思，開個玩笑，光彥。”海部肇笑着站了起來。
“這、這到底是怎麽回事？”光彥有不好的預感。
元太笑道：“就是讓你這個導演切身體驗一下什麽叫做《然後所有人都消失了》。”
“什麽！”雖然在意料之中，不過光彥仍然氣得叫了起來。
“這是大家的意思，”海部肇笑道。
“大家？”光彥吃了一驚。
“我！”元太和兒童會的五個小朋友舉手笑道。
“雖然我是後來才從元太那知道的。”步美也舉起了手。
“我也是。”小惠笑道。
“很抱歉，我是在陽台上看到他們站在路燈下拿着布偶向我招手，并示意我偷偷出來的時候猜到的。”柯南說道，“我從二樓爬下來，然後趁光彥你上二樓的時候去拿了我的布偶。”
這時，别墅的燈亮了。
“你們……”光彥失望的叫道，“連步美你也……太過分了！”說着就哭着向外跑，不過被一位過來的維修人員拎了起來。
“放開我。”光彥掙紮道。
“大晚上的，你一個小孩子還是不要亂跑的好。”維修人員把光彥交給海部肇。
“謝謝。”海部肇說道，然後把光彥放在地上，正色對光彥說道，“光彥，雖然不告訴你事情是不對，但是如果事先告訴你了，你還能有那種就‘然後剩下我一個人’的感覺了嗎？你好好想想吧。”
“這個……”光彥沒話說了。
“其實，光彥，你剛才好勇敢的。”步美笑道。
“是啊，是啊。”小惠說道。
“是這樣嗎？”光彥不好意思的笑了起來。
“好了，我們先去另一個别墅吧，”海部笑道，“好讓維修師傅開工。”
“維修？”柯南問道。
維修人員笑道：“由于這兩天會有一場大風暴雨，所有的别墅都要進行大的檢修維護，現在正好輪到你們這座别墅。”
光彥問道：“那剛才的停電？”
海部肇說道：“電閘關了在檢查線路。”
光彥問道：“那電話？”
海部肇說道：“确實壞掉了。”
光彥問道：“那工具箱還有地圖？”
“我帶工具箱來是打算晚上做些布景，好讓你們明天用。”海部肇笑道，“地圖當然是怕迷路才畫的。”接着笑着問道，“光彥，你不是懷疑我是那個闖空門的強盜吧？”
“沒、沒有啦。”光彥臉紅的說道。
“那個強盜在不久之前已經被抓住了，你們就不要擔心了，放心的玩吧。”維修人員笑道。
“抓到了？”柯南問道。
“說起來，他真是個倒黴的家夥。”維修人員笑道，“他撬門的時候，碰上了一個空手道少年，然後被打倒了，據說是因爲那個少年皮膚太黑，又穿着黑衣服，所以沒有看到。”
黑皮膚空手道少年？難道是京極真？嗯？等一等，柯南在心裏笑了起來，那個差一點被盜的地方，不會是大叔他們租的别莊吧？……
另一邊，正在富士市逛街的園子接到田貫湖别莊管理處的電話。
毛利三人知道有一位強盜想對他們住的地方盜竊但被京極真阻止連門都沒撬開的事情，立刻趕了回去。
路上，園子用行動電話通知美黛子，說不去接他們了，讓他們自己坐出租車過來。
在田貫湖别莊管理處和京極真見面，向他道謝之後，園子把毛利和蘭扔下，和準備等美黛子回來的京極真散步去了。……
晚上，山崎和美黛子在美黛酒家做完上半場的工作後，去東京站坐東海道本線到富士市富士站，然後坐出租車去了園子租的别莊。……;