中途島附近海域出現美軍艦隊，是山本始料不及的，他在夏威夷和中途島之間設置的那三道潛艇警戒線動都沒動，他還以爲特混艦隊仍在夏威夷或别的地方呢。
和南雲一樣，山本緊張了。
之後得到報告，說這支編隊裏還有一艘航母，南雲的反應是更爲緊張，山本卻突然轉憂爲喜，他哈哈大笑：“這豈不是敵人送到我們嘴邊的一大塊兒肥肉嗎？”就怕特混艦隊躲在夏威夷，每天睡到日頭曬屁股都不肯出來，現在他們巴巴地來趕集，正是手到擒來的好時機啊。
誰都不會質疑南雲和機動部隊手到擒來的能力，包括山本自己，于是“大和”上又恢複了其樂融融的氛圍。有的說：“好啊，機動部隊的這一仗，一定能打得很漂亮。”還有的說：“剩下的殘兵敗将，就等我們去收拾了。”
然而，“大和”收到的不是捷報，而是三艘航母中彈起火的噩耗。
“大和”艦猶如被一記晴天霹靂給擊中。這種規模超過珊瑚海戰役的大海戰，山本不會天真到以爲機動部隊會完好無損，但是，損失一艘航母，他可以泰然處之，損失兩艘，尚能忍受，一下子被幹掉三艘，搞什麽呢？
再也無人裝鎮定扮沉着了，大家都手腳冰涼。一名幕僚異常着急地對山本說，如果讓機動部隊趕緊出動魚雷機，還來得及與特混艦隊拼死一戰。
實際上早就來不及了，三艘航母雖然還沒沉沒，但飛行甲闆上無一處不是火光沖天，飛機哪裏能夠起飛？
山口的臨危指揮，讓山本和幕僚們總算抓住了一根救命稻草。山本一邊傳令本艦隊加速，向中途島方向施援，一邊低聲禱告，希望他的日本菩薩能保佑那艘僅存的“飛龍”号。
此時海面上正起着大霧，在山本和宇垣的督促下，艦隊不顧危險，把速度開到了當時情況下的極限，以至于各艦之間誰也看不見誰。
再趕，也趕不上好消息。随後“大和”就接到了“飛龍”号中彈起火的電報，真是心中一傷未愈，憑空又多添一傷。宇垣都快被揍哭了：“在這僅存的航母身上，寄托着我們全部的希望。最後它也罹難了，我的天哪！”
後來宇垣在日記中哀歎，這是他一生中“唯一經曆重大失敗的一天”。
如此收場，誰也不會甘心。在重新核查剩餘海軍的部署後，山本發現戰局并不是完全無法挽回，他甚至仍有希望赢得未來的一場海上決戰。
按照“MI行動計劃”，聯合艦隊要先摧毀中途島的陸基航空兵力，再占領中途島，最後把特混艦隊引誘過來，并予以殲滅。
現在山本被迫将次序颠倒過來，他要從别的海域調來航母，并采用日軍擅長的夜戰方式，首先與特混艦隊決戰，以便将日方的損失補回來。
這是個不錯的方案，但同時又是個一廂情願的方案，因爲它的前提是對手得上當，也就是隻有當特混艦隊繼續西進，趁夜追擊機動部隊殘部時，雙方才有在中途島附近發生夜戰的可能。
斯普魯恩斯沒有如山本所願。即便打了勝仗，他也有自知之明，艦載機要在白天命中機動部隊的其餘快速艦艇，就是件頗費勁的事，用一名飛行員的話來說，是在憑目力所及，向受驚的老鼠扔石子，打得中是運氣，打不中一點都不意外。到了晚上，連看都不讓看了，得蒙着眼睛扔石子，安可得哉？
航母能在海上傲視群雄，靠的就是艦載機，那是它的翅膀和利爪，一旦翅膀被剪，利爪被剪，便毫無威力可言。
舍去航母比其他的，美軍劣勢明顯。南雲的機動部隊加上運輸艦隊，所擁有巡洋艦數量與特混艦隊基本相當，但在戰列艦方面，斯普魯恩斯是零，南雲則有四艘之多，艦上配備火炮的口徑全都超過美軍巡洋艦。
更不用說，斯普魯恩斯已得到情報，山本艦隊等日軍各支援部隊正從各個方向壓過來，一旦他過于冒進，特混艦隊與夏威夷的聯系就面臨着被切斷的危險，到時他和弗萊徹在白天赢得的勝利都将前功盡棄。
斯普魯恩斯有一個獨特的觀點，在他看來，所有軍事行動都像婦女上街買東西一樣，有兩個問題必須考慮，即花多大代價，以及值不值得。
白天打掉日本人三艘航母，自損一艘，這個代價他肯花，也值得，可是晚上這個買賣就太不劃算了。所謂貪多嚼不爛，既然已經賺夠，就沒必要爲南雲剩下的那點雞零狗碎再去冒險。
斯普魯恩斯決定放棄追擊，不往西進，而往東退，這樣特混艦隊還可以進一步保護中途島。
消息傳到聯合艦隊司令部，山本、宇垣等人簡直不敢置信。他們這些人在海軍學院裏接受的戰術思想，都是“全力以赴打大仗”的類型，如果把他們放到斯普魯恩斯的位置，早就向西追擊過來了，怎麽倒還退了呢？
可以肯定，特混艦隊并非走投無路，爲什麽不再上前一步，進入我們的火力範圍？山本對此百思不得其解。
倒是受挫後的南雲顯得較爲清醒和務實，他認爲特混艦隊在航母數量上占着優勢，自己的驅逐艦又都在守護受傷的航母（當時尚未沉沒），所以無法抽身實施夜戰。
南雲的實事求是卻讓山本等人大爲光火：你也太怯懦了，是魂被吓得飛掉了，此刻還未歸竅吧？
宇垣更是大發雷霆，咆哮着說，從南雲的電報上，絲毫看不出這個敗軍之将還有什麽鬥志。
别人養貓拿耗子，我的貓隻會縮到牆角發抖。山本忍無可忍，立即取消了南雲的指揮權。
然而打部下的闆子容易，迎來戰機的希望卻越來越渺茫。眼看離日出隻有四個小時，還是無人上鈎，夜戰計劃注定要破産了，聯合艦隊司令部内一片灰心喪氣。
此時一名幕僚提出了一個新的作戰方案，聽完之後，一些人又激動起來。