“那，大哥，接下來要怎麽辦？”
一身黑西裝、頭戴小黑帽、鼻梁上架着副黑色墨鏡的矮胖男人問向前面站着的長發男人。
“把她的名字加到組織的追殺名單上吧。”
……
瑪爾戈覺得, 自己人生的前二十二年簡直完美得不得了，就是一路開挂走上人生巅峰的典範。
從小成績全優，運動全能, 十六歲的時候就跳級念完了高中, 然後進入了被稱爲“意大利将軍搖籃”的裏窩那海軍軍官學校。四年軍校生活結束後, 順利被授予少尉軍銜然後進入了大名鼎鼎subin——意大利海軍特種潛水奇襲部隊, 出色的表現讓她很快便成爲了這支特種部隊的王牌作戰員。
然而兩年前，因爲一些原因……她被扒掉了軍銜并且開除出了部隊。
就在她人生突如其來地陷入低谷的時候, 意大利軍事安全情報局（SIS.MI）卻是把她招了去……當時雖然心情很低落但她覺得，嗯, 好像還不是很糟糕, 好歹沒失業，在意大利如今這種失業率居高不下的情況下也算是幸福了。
但是後來, 她發現……麻蛋，還不如讓她加入失業大軍行列一個個人才招聘市場來回跑呢！SIS.MI給她開再高的工資都沒得商量！
按照SIS.MI的安排, 她潛入了一個老巢貌似在日本的神秘組織進行卧底調查。
該組織——
名稱：未知
首領：未知
核心基地位置：未知
成員數量：未知……
就這麽讓她進入了一個情報少得可憐的“N不知”組織！自家領導完全一副揮着小手絹“啊，同志, 大膽地探索去吧！一切就都交給你了”的欠揍樣……超級火大啊……
不過, 也許是她那前二十二年開挂人生的外挂還有餘額的緣故, 在組織裏混了沒多久後便成爲了組織核心幹部琴酒的直屬下屬, 原因是——那段時間組織内部在大規模清除卧底叛徒，以至于衆多人員紛紛落馬，琴酒老大麾下的尤其多，一時間造成了人手緊缺的現象，她就趁着這個機遇成功上位了。
……話說，琴酒大哥你也是牛，天天浸泡在一幫子的各國間諜卧底組成的大家庭裏還能以一己之力扛起這個組織，雖然作爲敵人但她都止不住要爲其鼓掌了。
然而，她無論表現多麽出色，都始終沒能上位成琴酒的第一助手，因爲那個位置一直都被一個人把控着——伏特加。
她就不明白了，老伏這麽一個成事不足敗事有餘的戰五渣有什麽好的，非要選這号人物天天帶在身邊。不過後來她也理解了，因爲……哪個國家的腦殘情報組織會派這種家夥來當卧底啊，至少安全系數絕對有保障。
不過，要是哪天老伏把他那與自己身材比例嚴重不相配的小黑帽一摘，來了句“大哥，其實我也是卧底”的話……噫，紮心了。
至于她跟着琴酒的那段時間，主要執行的任務嘛，就是殺卧底、殺卧底、殺卧底、以及……殺叛徒。
雖說她自己也是瓶假酒吧，但如果可以的話她真的很想問琴酒一句——你，心裏，苦嗎？
當然，這句話她大概是永遠也沒有機會問出口了，因爲……不久前，因爲某些原因，她這瓶假酒也被發現了。
被審問了半天沒有吐出什麽有用信息後，琴酒也失去了耐心，直接喂給了她一顆毒藥，就是之前叛逃組織的雪莉發明的那種殺人于無形的藥物——APTX4869。
原以爲經曆了二十二的挂逼人生和兩年的苦逼人生後，她就要這麽交待在這裏了，沒想到上帝雖然把門和窗都給她關上了……卻給她鑿了個狗洞。
……
東京，米花町二丁目，阿笠博士家中——
咳咳，BGM響起！
我是高中生偵探工藤新一，當我跟青梅竹馬的同學毛利蘭一起到遊樂園遊玩時，卻目擊了黑暗組織的交易現場。當時我隻顧着偷看交易，卻忽略了從背後而來的另一個同夥。我被那個人強灌了毒藥，等我醒來時……
我的身體已經縮小了！要是讓他們知道工藤新一還活着，不但我的性命難保，還會危害到我周遭的親人。在阿笠博士的建議下，我隐瞞了身份。當小蘭問及我的名字時，情急之下，我化名爲江戶川柯南。爲了搜集那些家夥的情報，于是便住進了父親以偵探爲業的小蘭中。
但是這位叔叔卻是個糊塗大偵探，看不下去的我于是便裝成叔叔，利用我天生的推理能力解決了許多的懸疑案件。而叔叔也拜我所賜成了名号越來越響的大偵探。而我現在卻變回了一個小學生，還被迫跟同班同學的步美、元太與光彥組成少年偵探團。
半個月前的一個雨夜，阿笠博士家門口突然出現了一個穿着過大不合身衣服昏迷着的國中生少女，就像當初的灰原一樣。
當少女醒來後進行詢問，并聯系在組織潛伏着的水無憐奈進行确認後才得知，這個少女也是APTX4869的受害者。她是意大利軍事安全情報局（SIS.MI）派到黑衣組織的卧底，在組織中代号爲“瑪爾戈（Margaux）”。因爲一些原因被組織發現了真實身份，因此被喂下了毒藥APTX4869以除掉。沒想到，沒有死亡反而身體縮小回十年前的樣子這種極小概率的事情在她身上也發生了。
而她之所以會找到阿笠博士這裏，就要牽扯到不久前在水族館發生的庫拉索事件了。
在那件事情之前的一天，瑪爾戈曾與庫拉索剛剛搭檔完成一項任務，而庫拉索在竊取間諜資料的當晚給朗姆發送短信時，選擇接收人的時候不小心一并點上了朗姆下面的那個名字，最近與她聯系頻繁的瑪爾戈，因此瑪爾戈也收到了那條沒有全部編輯完的短信。
第二天，當我們都圍繞着庫拉索對這件事情進行探查的時候，瑪爾戈卻是根據線索尋找庫拉索的手機，最終找到了博士家中，并在暗中發現了博士修好手機後将那條短信編輯爲“之前注意到的波本和基爾沒有問題”，由此得知了波本和基爾也同爲别的機構潛進組織的卧底。并且，随後她發現了與組織叛逃成員雪莉極爲相似的灰原哀，因此心生疑惑。不過這一切，她都并沒有上報給組織。
直到被喂下APTX4869發現身體縮小後，聯想到之前見到的灰原，瑪爾戈便明白了是怎麽一回事，随即決定和當初的灰原一樣來到阿笠博士這裏尋求幫助。
身體雖變小，但頭腦一樣靈活，無所不知的名偵探，真相永遠隻有一個，這就是名偵——
咳咳，BGM，停！
擺放着早餐的餐桌上，上學前特意拐來阿笠博士家一趟的柯南看着對面坐着的國中生模樣的混血少女。
說真的，他現在并不能輕易判斷這個人究竟是敵是友，但有一點他是可以肯定的……