爲表示信任，斯大林親自主持最高統帥部會議并通過方案。他還根據朱可夫的請求，将馬利諾夫斯基的獨立集團軍也歸入中亞特别方面軍建制，同時又咬牙從南線三個方面軍中各抽調1個相對精銳的近衛坦克旅加強該獨立集團軍。此外，最高統帥部抽調最精銳的空降兵第1、3、5旅共1萬餘人組成空降軍，由蘇軍空降兵副司令員紮捷瓦欣少将任軍長，軍司令部也由空降兵司令部抽人組成，納入中央方面軍序列并歸朱可夫直接指揮，要求2周内部署到阿斯特拉罕附近。
由于從撒馬爾罕出發前往裏海東岸的路程超過1200公裏，中間大部分都是戈壁，再加基層政權已被破壞、爲數不多的民衆也逃亡殆盡，紅軍基本不可能就地籌措補給，爲減輕中亞方面軍物資供應壓力，最高統帥部還将目前所能搜集到的所有運輸機都抽調出來用于給向西前進、擁有40餘萬之衆的進攻集群提供緊急物資補給。幸虧蘇軍機械化程度遠不如德軍，最仰仗的還是騾馬，否則根本不可能實現遠距離調度。
實際上，在中亞作戰進攻完全不是難事，難的是物資補給，切爾尼号霍夫斯基審時度勢，認爲這麽大的範圍、這麽遠的距離讓部隊快速展開是不可能的，精心抽調3個騎兵師、3個坦克旅和2個機械化軍組成10萬人的突前攻擊部隊加速進軍，要求2月5日前必須部署到位，其餘部隊則根據戰術部署向前略微推進。由于民衆缺失，一路毫無蹤迹，如此龐大的軍隊調動一時間還未被德軍所掌握。等朱可夫幾天後回到中亞時，他對兩人各方面工作都表示滿意。
紅軍血洗中亞民族政權的消息很快就由舍爾納報告給了東方聯合戰區統帥曼施坦因元帥，後者對中亞政權一直不太感冒，再加上天寒地凍、中亞集群又被堵死在費爾幹納盆地裏，便建議等天氣好轉再想辦法。他本以爲霍夫曼會對該決定不滿，不過堅持認爲現在這個氣候和時節裏，等待才是最佳辦法，甚至做好了抗命的準備。但柏林發來的指示令人出乎意料，批示内容隻有一句話：政治問題不要和軍事問題混爲一談。
這句話裏蘊含的意思讓人很是費心思考了一番，曼施坦因認爲自己把握住了元首的心态：中亞民族政權獨立後各種不老實，再加上彼此相互對立、“有槍便是草頭王”，亂象紛呈、秩序崩壞，必須有一次整肅過程。讓德軍來下這個手顯然不是很合适，現在既然斯大林願意出手，那就讓他洗吧，隻要費爾幹納盆地裏不亂就好。
事實上盆地由于分屬三國，一直都不存在統一的地方獨立政權，同樣也是彼此攻讦，但舍爾納可不管這些，進入盆地後立即用鐵血手段嚴格控制了場面，甚至還建立起一整套統治體系，當地民衆普遍認爲德軍給他們帶來了渴望已久的秩序和安定，整個盆地不但成爲地理上的綠洲，也因爲源源不斷有人前來投奔而變成了心理上的綠洲。
1月18日，完成相應請示的朱可夫再次返回塔什幹坐鎮，親自指揮整個水星戰役，調兵遣将準備大幹一場。這一天正好也是角田覺治帶領二航戰出發赴中太平洋進行“武藏破交”的同一天，他的艦隊不但得到了全新整治的瑞鶴号航母，而且還得到了新的、擁有折疊翼的Bf-219C戰鬥機和其他全新艦載機。
德方根據一線部隊的請求和紐芬蘭戰役中的實際使用情況，決定将Do-412（紫電改）正式列入艦上戰鬥機、Ju-198（流星改）正式列入艦上攻擊機，日本也依據技術合作備忘錄得到了相關信息和技術資料，但拿到實貨還要等不少時間，既然日方表示5月份才能出擊，一切都還完全來得及。
在過去半個月裏，新任海軍樞密使，兼任軍令部總長和聯合艦隊司令長官兩大要職、實際控制整個海軍的堀悌吉以天皇诏書爲原則、以海軍樞密令的方式展開了轟轟烈烈、前所未有的海軍大改革：
他第一把火就燒向了1886年就開始實施，已存在半個多世紀的《鎮守府條例》，一口氣撤銷了橫須賀、吳、佐世保、舞鶴四大鎮守府（舞鶴鎮守府曾在1923年降格爲要港部，1939年恢複，實力最弱），全新組建了帝國海軍本土戰區，各鎮守府長官随即全部下崗。随後，原艦隊派骨幹、第二艦隊提督近藤信竹大将出任本土戰區司令長官，宇垣纏擔任參謀長，其他崗位在4大鎮守府中篩選合适官員進行出任。
新組建的帝國本土戰區主要劃分爲整備與作戰兩大職能，前者是負責艦艇整備補給、新入役艦艇編組、艦員（陸戰隊）訓練、港務航道、各海軍機關學校管理等，後者是負責統一指揮駐紮本土的航空隊、海上護衛隊（水面艦艇和水下艦艇兩類）、特攻戰隊、陸戰隊、警備隊、海兵團等執行防禦任務。換而言之，本土戰區轄有一切歸屬于海軍的本土作戰力量，水面、水上、空中、陸戰隊、警備隊、港口要塞、雷達基地實現一體化指揮，但隻負責防禦（進攻職能歸屬于聯合艦隊所有）和維護補給（主要針對聯合艦隊）。
改革還取消了滑稽可笑的艦艇和兵員鎮守府歸屬地限制，海軍今後可進行混亂編組，類似于“吳之雪風、佐世保之時雨”将變成回憶。更要緊的是，原《鎮守府條例》規定鎮守府司令長官直接隸屬于天皇，在軍政事務上接受海軍大臣領導，在軍令事務上接受軍令部總長領導。但改革後，本土戰區司令長官和聯合艦隊司令長官并級，改成隸屬于海軍樞密使領導，軍政、軍令事務依然分别歸屬于海軍大臣和軍令部總長領導。
這就讓各方進一步明确：今後天皇隻能抓到樞密使、海軍大臣、軍令部總長這一級，頂多再加上咨詢角色的軍事參議官，不能再越過他們直接抓戰區長官或聯合艦隊司令長官，這就等于把天皇的海軍指揮權砍掉九成以上，堀悌吉成爲名副其實的海軍第一人。
原橫須賀鎮守府長官、海軍大将古賀峰一被任命爲天皇侍從長；與堀悌吉、山本五十六爲同期同學的吉田善吾海軍大将轉任首席軍事參議官（不僅算航空派，還難得地贊同堀悌吉的思路）；原吳鎮守府長官、一直對改革持有反對意見的加藤隆義大将轉入預備役；原佐世保鎮守府長官、具有皇族身份的北白川宮輝久王（小松輝久）海軍中将轉入預備役；原舞鶴鎮守府司令長官、與井上成美同期的海軍中将大川内傳七轉任海軍兵學校校長。
這樣一來，32期以前的海軍将領全部轉入預備役，32期隻有堀悌吉、山本五十六和吉田善吾三名現役大将，其餘将領全部退役，随着35期的高須四郎被任命爲南洋戰區司令長官後，後面33、34、35各期已無将領在聯合艦隊任職（事實上這三期除極少數人外已全部退役）。排在堀悌吉之後，聯合艦隊資格最老的提督變成36期的冢原二四三，而37期又有呼聲最高的小澤治三郎，這就爲重新編組聯合艦隊，真正将作戰重心從戰列艦部隊轉爲航空母艦部隊創造了制度條件。
不過，日本海軍這些翻天覆地的變化顯然還不被外界所知悉，起碼在參聯會主席、總統參謀長李海上将和哈裏-普金斯悄然抵達醫院探望病重住院的羅斯福時還未曾提及。
與一個多月前比較起來，羅斯福的氣色明顯好了很多，各項身體機能也恢複得比較理想，在與兩人進行長時間談話和交流時保持着一緻的思維清晰與邏輯連貫。紐芬蘭戰役初期，一直等待好消息的羅斯福顯然經受不了連續失利的刺激，但到了後期，特别是坎甯安用殺敵500，自損1000的戰術拼個兩敗俱傷之後，羅斯福反而恢複過來了，他冷靜地思考了整個局面，認爲就目前的态勢而言，消耗戰術居然是唯一可行的方針——紐芬蘭、佛得角戰役後，損失很大的德國艦隊不就不能維持英加航線的高壓态勢了麽？
其實一周前，他的身體就足以支撐他複出重新履職，但羅斯福微笑着拒絕了，他要看一看華萊士的施政手段，但實際情況無疑讓他失望了……