那些明面上彬彬有禮的專家中也存在着不大不小的矛盾：以海森堡爲首的理論物理學家與瓦-爾特-博特爲首的實驗物理學家之間存在着“能源派”與“炸彈派”的矛盾，炸彈派中又有“鈾路線”與“钚路線”的分歧。在霍夫曼看來，所有關于早期原子能利用與核工程項目中出現過的争論在德國科學家身上都可以找到，偏偏一個個來頭不小且互不買賬。
更要命的是，科學家們雖然彼此間争得面紅耳赤，但對行政官僚和軍方将領的态度卻基本一緻——認爲他們啥也不懂。在專家眼裏，沒有物理學或者放射化學博士學位打底，連入門讨論資格也沒有。德國人崇尚權威不假，但學術領域崇尚的是學術權威而不是行政權威。倒是霍夫曼和這批專家們溝通幾次後博得了初步認可，認爲元首是官僚中最清楚鈾項目底細的人。
施佩爾費盡心機進行了統合，建築師出身的軍備部長雖然同樣對核武器一竅不通，但對工作統籌與項目人員進行了比較理想的搭配，完成了最讓霍夫曼頭疼的前期準備。根據統一安排，項目負責人由施佩爾親自擔任，日常工作組織開展與費用撥付由米爾希元帥具體負責，學術負責人則由海森堡和博特分别擔任正副手。
米爾希元帥與鈾項目的關系一直糾纏不清，直到被發配去看管戰俘營後才脫離工程，但所有人都沒想到，僅僅幾個月，這個被認爲完全靠邊站的元帥重新站在舞台中央——不但擔任了軍備部副部長和托特組織的負責人，還出任整體項目的實際領導。
從1942年9月霍夫曼決定加速超級炸彈項目并撥款5億馬克以來，整個項目以“阿波羅”爲代稱加速運轉，他前後陸續發布了4條最高指示，雖然每條都假托“美國情報”，但對項目具有重大意義。
第一，海森堡教授有關幾噸、甚至幾十噸放射性元素才能打造一枚炸彈的理論數值是錯誤的，必須重新計算；
第二，肯定了低濃度的核原料充當能源，高濃度的核原料充當炸彈的想法——讓能源派與炸彈派都有台階下；
第三，炸彈需要的元素有兩種，一種是鈾，一種是94号元素（钚）——肯定了“鈾路線”與“钚路線”兩條道路都有合理性；
第四，不管炸彈需要多少原料，先提取一些高濃度原料用于實驗，積累經驗，途徑是離心機氣體擴散法。
“尊敬的元首……”雖然海森堡最初的計算數字經過再計算後被認爲是錯誤且進行了修正，但一幹學者包括意見最大的博特教授并不認爲他的能力存在問題，這是學術研究中的正常現象，海森堡本人愉快地接受了這個修正——雖然在霍夫曼看來離正确數字還差得很遠。
他站起來進行主題發言，因爲對象不全是專家，因此比較通俗易懂：“我們研究了情報人員從美國人那裏弄來的草圖，雖然不明白具體結構和設計意義，但原理是能推測出來一些的……現在，兩座反應堆的運作都很良好。”
霍夫曼不動聲色地點點頭，他知道這句話後面的隐情：海森堡認爲維持鏈式反應最好的減速劑是重水，并設計了“鈾-重水反應堆”；而德國首席實驗物理學家博特認爲最好的減速劑是石墨，并針鋒相對地設計了“鈾-石墨反應堆”。兩人之間既有理論派與實驗派的對立，又有科研方向的不同。
施佩爾對此很頭疼，以他孱弱的物理水平根本聽不懂其中區别，論名氣海森堡更響亮一點，論工作博特更早開展一些，直到霍夫曼拍闆：撥款5億，兩種都搞。
博特關于石墨的實驗實際上已搞過很多次，此前一次也沒成功，海森堡自己也搞過，同樣沒成，但随後實驗重水卻成了——所以他認爲石墨不行，隻有重水才是正确道路。
好在霍夫曼知道其中緣由：德國科學家用的材料因幾個猶太裔工程師使壞摻假以至于總得不出理論數字，然後這幫老實的科學家從沒懷疑石墨有問題，總以爲思路不對，霍夫曼介入後，困難一下子就排除了，這個結果讓他提供的“美國情報”一下子在阿波羅項目中有了很高可信度，也讓“最高指示”能取信于民。
即便霍夫曼憑記憶手繪的原子彈草圖很潦草，也說不清楚其中所以然，更說不清楚這到底是正式圖紙還是美國核物理學家随手畫的草圖，這批學者還是認認真真研讀了“美國情報”——實際上美國自己壓根還沒草圖，完全是霍夫曼按中學物理課本想出來的。
海森堡同樣不知道爲維持他關注的重水反應堆，元首花費了多少力氣：蘭克突擊隊完成摧毀超級機密的任務後，全部潛入挪威保衛重水工廠，駐紮在挪威的部隊抽出1個師進行要害守衛，耶順内克特意在該方向部署150架戰鬥機并建造防空塔。英國特工幾乎每隔2個月前來破壞一次，10月，12月，2月，4月都有各種各樣的故事發生，但經勃蘭登堡部隊的努力，滲透進來的特工和挪威抵抗組織次次被消滅，成不了氣候。而英美空襲也遭到挫敗，除探明這是德軍重點防禦區域外，沒有一顆炸彈落在重水工廠上。
霍夫曼有自己的考慮，他知道挪威也好、本土也罷，一直有盟軍間諜在死死盯着重水工廠，因此幹脆用兩條腿走路的方針：用海森堡的重水堆在明處吸引火力，讓博特的石墨堆在暗處慢慢發展。
不過有一點很遺憾，由于德國各理論學派和科學家之間相互扯後腿，以至于本來比美國早1年多弄出實驗性反應堆的德國在标準石墨反應堆進度上反而比美國人慢了3個月——去年年底費米就在芝加哥完成了石墨堆啓動，而博特的石墨堆直到4月初才成功。
“我現在很想知道，您最終計算出來的炸彈臨界質量是多少？”
“樂觀估計在200千克，保守估計在600-800千克……”
“你們都這樣認爲？”霍夫曼轉過頭問其他學者，大部分人點頭附和，隻有寥寥無幾的人露出略有所思的表情，但明确表示反對或有不同意見的一個也沒有。
權威主義害死人啊，霍夫曼忍不住皺起眉頭在心裏歎息一聲，海森堡新算出來的數字雖然比當初幾噸乃至幾十噸的數字下降了兩個數量級，但依然大大超過必要的限度——這東西有20-30公斤基本就夠了，但他沒法說出來，他又不是研究核能物理的專家，既看不懂，也不會造，更沒法在理論上說服别人。
“這麽說起來，倘若用核元素制造炸彈并依靠飛機進行投擲是可能的？”
海森堡面有難色，但還是勉強表示：“應該可以，哪怕按照上限，制造出來的炸彈應該也在5噸以内，可用于實戰——不過，我想現在暫時沒人造得出來，不管是我們還是美國人。”
看霍夫曼沉默不語，海森堡依然沒察覺到問題，反而興高采烈地說：“經過幾個月努力，我們費盡千辛萬苦提煉了5克鈾-235，豐度超過80%，證明離心機氣體擴散提煉手法是可行的。好消息是，那地方如果開足馬力，一個月能生産100克甚至更多的鈾-235，壞消息是，爲提煉這100克鈾-235，我們會損失足夠5個柏林所需的電力，施佩爾部長表示沒這麽多電力可供揮霍，目前最快隻能按每個月3-5克的速度生産。這足夠研究，但距離制造一枚炸彈還遠遠不夠。”
“電力确實存在瓶頸。”施佩爾解釋道，“我們需要電力制造坦克，用于提煉鋁錠，雖然電力供應比去年大大增加了，但武器生産增長更快，所以沒有過多電力。”
霍夫曼問道：“鈾原料存在問題麽？”
“沒問題，我們2年前繳獲了1200噸，然後陸陸續續又開采了400噸，大概可供提煉8公斤鈾-235，開采工作現在全部停止了，我們擁有的礦石儲備是世界最多的，而且全面停止了出口。”海森堡苦笑道，“隻是提煉太慢了，按目前的速度，到戰争結束都消耗不光庫存礦石。”
霍夫曼隻好再次歎氣：海森堡不知道哪來的優越感，他心裏急得上火，想盡一切辦法推動，這幫科學家們還樂觀地以爲“老子天下第一”，認爲如果“德國做不出來，沒有一個國家可以造出來”。
不過他沒法指責海森堡，他知道的是曆史，是穿越，頂多再加一些虛無缥缈的“美國情報”，唯獨沒有有力證據。