當所有飛機都完成進攻任務後，蒙巴薩整座城市變成了一片火海，到處都是滾滾的濃煙，軸心聯合艦隊的飛機損失不過區區11架，其中7架是在空戰中被擊落的，4架是在對地、對海攻擊中被防空火力被擊落的。
“打得好！打得好！”所有的軍官都在手舞足蹈，而返回航母的飛行員們也在渲染使用新飛機作戰後取得的顯著成果，并要求地勤們盡快補充油彈，準備對蒙巴薩發動第二輪進攻——由于所有船舶目标均已擊沉，攻擊機這一次也要換上炸彈出擊。
裏希特霍芬對第一波的戰果非常滿意：翔鶴号一共彈射起飛了81架飛機，除16架Bf-219擔任艦隊掩護機沒有投入對外作戰外，有65架飛機投入了作戰，返回母艦的共有60架飛機，作戰中隻損失了5架飛機，而日軍航空兵的損失也與德軍相仿，隻損失了6架，他們擊落的敵機多達近50架，而這11架飛機的飛行員不一定全都喪生了，一會艦隊将出動水上飛機進行搜救，盡可能将飛行員挽救回來。雖然降落時翔鶴号上好幾架飛機都出了問題，但沒釀成特别大的事故，飛行員們安然無恙地搶救了下來，而那些破損的飛機則被眼疾手快的地勤們推入海中，免得對後續降落造成損害。從這一點來看，稚嫩的德國海鷹已可以承擔起重任來了。
裏希特霍芬特别滿意擊沉暴怒号航母這一意外收獲，根據各方面情報綜合分析并結合今天的戰果分析：英國正規艦隊航母目前隻剩光輝級4艘，其中有3艘在太平洋戰場作戰（不知具體名稱），英國在本土最多隻有一條光輝級艦隊航母留守。在推斷兵力時他壓根沒想到，英國确實還有一艘航母（不撓号）未出現在遠東戰場，但也并非如他估計的那樣在本土屯守，該艦在8月份時中了好幾顆炸彈，一直在美國諾福克船廠維修，預定要到2月底才完全修複完畢。加上維修完畢後的測試、返航時間，意味着英國人在北海方向至少會有2個月的時間沒有正規空母。英國海軍也知道自己的虛弱實質，因此一方面手忙腳亂地從遠東召回2艘光輝級，一邊又命令幾條護航航母狐假虎威地扮演艦隊航母角色恐吓德國海軍。
“準備發起第二波進攻，重點攻擊目标是物資倉庫和各類港口設施，要讓美國人拿不到物資，用不了港口，徹底癱瘓整座蒙巴薩城……”他果斷地下達了命令，同時他又給海軍司令部雷德爾發去秘密電報，告訴他英國人在北海最多隻有一條航母，正是“海嘯計劃”抓緊發動、千載難逢的機遇。從海航這次表現來看，盡快與齊柏林号完成磨合并發揮戰鬥力的難度并不大，擁有蔡司公司的德國人在光學、觀測領域遠比日本發達，如果一個海航飛行員能在翔鶴号上憑借引導和自身經驗成功着艦，那在齊柏林上降落就會更加容易與輕松。現在該是他頭疼挑選哪些人員首批上艦的問題了。
冢原二四三微笑着看着他指揮，并提醒道：“倘若發現敵目标有超過我方認知的艦隊，同時第一波反映特别順利的話，應當注意加大對周邊的搜索力度，看看是否有漏網之魚，同時謹防守軍發起反擊……”
被提醒之後的裏希特霍芬才想起來：與敵機交戰的飛行員也好，去空襲機場或航母的飛行員也好，沒有一個報告說看到敵軍的轟炸機或攻擊機，顯然這當中出了什麽問題。
草鹿龍之介對此也表示懷疑，雖然大家不相信英美還有航母潛伏在周圍，但都認爲必須對蒙巴薩各個方向進行仔細搜索，不放過一切可疑之處，同時要将艦隊掩護戰鬥機的數量再次提升，防止那些漏網的轟炸機或攻擊機前來進攻艦隊。
就在各艦陸續彈射飛機準備發動第二波攻擊時，總指揮堀悌吉的第二道命令下來了：“各炮擊艦隊全速前進，展開對蒙巴薩炮擊，其餘艦隊按預案護衛機動艦隊向前突進50海裏。”
“提前了？”裏希特霍芬迷惑不解：不是說午後行動、利用夜幕對港口發起炮擊麽？現在才剛過9點就下達了這個命令，但既然有明确命令，早已心癢癢的各艦立即遵令執行，在總旗艦武藏号帶領下以25節的速度朝蒙巴薩撲去。
由于周圍300公裏的偵查都沒有發現敵艦隊，因此機動艦隊準備的第二攻擊波主目标依然是港口，爲加強艦隊防禦，高達54架戰鬥機被留下來掩護——反正蒙巴薩方向的戰鬥機和機場基本都被清空了，軸心聯合艦隊擁有絕對制空權。
蒙巴薩港口内的地下指揮部内，在日、德飛機退走後，艾森豪威爾一邊指示部隊沖出來展開救援，一邊咬緊牙關聽着各方彙報上來的緊急情況，2個多小時後，越來越多的信息湧了進來：
“陸基戰鬥機和艦載戰鬥機（也配置在陸地機場上）一共損失52架，其中47架在空戰中被擊落，5架在地面或起飛階段被擊毀，約有33名飛行員成功跳傘，目前搜救成功者17人，其餘人員失蹤，另俘獲日、德飛行員各兩人，我機場被全面摧毀，油庫、彈藥庫發生大爆炸，損失極大，唯有地下深埋的3号油庫安全。機場守軍、地勤與其他人員傷亡400餘人……”
“在港口停泊的軍艦、運輸艦或商船全部被擊沉，暴怒号航母堵塞了航道，目前已成功救援海軍官兵和水手2000餘人，估計在空襲中失蹤、陣亡的人員不少于2000……”
“碼頭、近岸工事遭敵重點攻擊，大約24門中大口徑高射炮被摧毀，剩餘防空火力大約還有12門，40mm和20mm小口徑高射炮群剩餘一半，整體傷亡超過700人，碼頭各物資倉庫共有49個，其中17個完好無損，被廢墟掩埋，仍可搶救的14個，其餘倉庫完全毀滅或尚在中起火，其中2号彈藥庫、5、6号兩個汽油、柴油庫被摧毀，1号重油庫正在起火，目前無法援救……”
“各地面部隊基本都進入防空工事躲避，暴露在地面的坦克、裝甲車、火炮與高射炮遭到敵軍進攻，損失輕微，總體傷亡不超過100。”
“雷達站、通信樞紐遭到破壞，目前正在搶修，供水、供電設施基本完好，但醫院人手不足，藥品、血漿供應短缺，急需援助。”
艾森豪威爾剛剛命令他們不惜一切代價挽救傷員，凄厲的警報聲重新響起，第二波空襲部隊又來了，這次重點是近岸各防禦工事、炮台與各倉庫與建築物，在500甚至800公斤航空炸彈的攻擊之下，各處防禦工事被一掃而空，蒙巴薩徹底變成不設防的狀态。
下午3時許，空襲飛機剛剛退走，設在山頂的觀察哨驚恐地發現，黑面上出現了一片黑壓壓的軍艦，正以較快速度向港口撲來，接到警告的地下指揮部内亂成一團：德國人要強行登陸？
還沒等他們想明白是怎麽回事，龐大的軸心聯合艦隊炮擊編隊已抵達了指定位置，在25000米的距離上，炮擊以武藏号460mm口徑主炮爲引導率先發起，擔任炮擊艦隊總指揮的是意大利海軍司令伊亞金索海軍上将——在三國聯合艦隊編成時，爲平衡三國關系，一緻決定由堀悌吉擔任總指揮，裏希特霍芬擔任海軍航空兵總指揮，而以伊亞金索擔任炮擊艦隊總指揮。雖然這樣的人員配置與指揮能力未必是最強的，但至少三國間的平衡掌握得很好。
維内托号戰列艦上，伊亞金索正有條不紊地爲各艦分配炮擊目标，因爲日本戰列艦的炮彈沒法獲得補充，隻能象征性地打7-8輪齊射，炮擊主力由意大利人擔當，在塔蘭托、馬塔潘角等多次海戰中铩羽而歸的意大利海軍終于等來了揚眉吐氣的時刻，三艘利托裏奧級戰列艦共27門381mm口徑主炮猛烈開火，德國地中海艦隊司令官克蘭克上将（他因黑海戰役、北非登陸戰役有功，已比曆史提前幾個月晉升爲上将軍銜）指揮的斯特拉斯堡号戰列巡洋艦随後也加入炮火大合唱的隊伍，然後是各重巡洋艦203mm艦炮依次開火。
由于蒙巴薩港口炮台實力不強且在第二輪空襲中大部被摧毀，炮擊艦隊放心大膽地逼近進攻，從25000米開始，一直打到距離港口5000米爲止，在水上飛機引導下，炮彈落點十分準确——港口沿海20公裏的地帶化爲一片廢墟，各種建築物、炮兵陣地和具有軍事價值的地點都被中大口徑炮彈洗禮了一遍，就連深埋在地下的油庫和電話線也被超重口徑的炮彈掀出來摧毀。到這時，艾森豪威爾終于明白瓜島守軍遭遇艦炮密集轟擊、傷亡過半的場面是怎麽一回事了。