軒轅位登人皇便開始劃分州野，加強中央集權，不過卻有九黎部落不尊軒轅号令，這九黎部落卻是巫族的一個分支，爲當初大戰之後剩餘的一些巫族巫衆組成，當年巫妖大戰之後衆聖忙着修補天地，這些實力低微的巫衆無人問津便蚩尤大巫的帶領下聚集一處形成這九黎部落，繁衍生息，在這凡人界紮下根來。人族大興，軒轅劃分州野加強集權，這些巫衆雖然于巫族之間實力較弱，但對比人族來說，卻是身堅力悍，而這九黎部落以巫族後裔自居，看不起人族，在大巫蚩尤的帶領下，不服人族管教，誅殺無辜，是故大戰一觸即發。
而青蓮得知自己此量劫之内不能逆轉天道，便将屠巫劍煉制一番,即是人道聖劍——軒轅劍，青蓮将軒轅劍交予孔宣并吩咐孔宣照看人族之後，便同神農來到無争天。青蓮不忍見到逐鹿之戰，便留在無争天爲千萬人族講到。
九黎部，有蚩尤兄弟81人，号稱是神帶的後裔。這81人全都是獸身人面，銅頭鐵額，不含五谷，隻吃河石。他們不服從黃帝的命令，殘害黎庶，誅殺無辜。又制造兵杖刀載大弩，與黃帝爲敵。黃帝遂順民意，征召各路諸侯兵馬讨伐蚩尤。曆經15旬後，也未能打敗蚩尤，隻好退兵。爲此，黃帝憂心仲仲，日夜盼望能有賢哲輔佐他，以滅蚩尤。有一天晚上，他夢見大風吹走了天下的塵垢。接着又夢見一個人手執千鈞之弩驅羊數萬群。醒來後，心覺奇怪。暗想，風，号令而爲主；垢，是土解化清，天下難道有姓風名後的人嗎?千鈞之弩，是希望爲能緻遠，驅羊數萬群，是牧人爲善，難道有姓力名牧的人不成?于是便派部下在天下到處訪尋這兩個人。結果在海隅找到了風後，在澤邊找到了力牧。黃帝以風後爲相，力牧爲将，開始大舉進攻蚩尤。在涿鹿郊野，兩軍擺開陣勢大戰。蚩尤布下百裏大霧，三日三夜不散，至使兵士辨不清方向。黃帝便令風後造指南車，不過卻遇到蚩尤八十一兄弟布下的九幽大陣，軒轅被九幽大戰堵在逐鹿之地，整整一個月時間一無寸進。
軒轅正在帳中同風後、力牧等人商議如何破陣勤敵，門外來報說人族護法孔宣來此，軒轅忙帶領衆人出去迎接，在帳門外見到一人約二十上下，身着一襲青色道袍，從容自若的站在那裏，正是孔宣護法，軒轅等人忙孔宣攔住軒轅道：“人皇不可如此。”軒轅還要拜卻被孔宣托住隻好站了起來，孔宣待得衆人起身後，取出軒轅劍道：“此乃師尊将人族冤魂所制屠巫劍煉化，反後天爲先天，并以大道箴言加持，可聚人族士氣提升戰力。”孔宣說完将劍交予軒轅。軒轅接劍謝過聖父孔宣之後，看着手中四尺長劍，劍身一面刻日月星辰，一面刻山川草木。劍柄一面書農耕畜養之術，一面書四海一統之策。拿在手中勇氣、智慧、仁愛……等感覺直沖元神，軒轅提劍在手，今日來對九幽大陣無奈低落的情緒一掃而空，精神大振，招呼衆人回到帳内開始招兵點将，準備打破九幽大陣生擒蚩尤。不想軒轅剛進的帳内，門外又是一聲通報，這次是廣成子同師兄弟前來，軒轅上前見過廣成子老師後，衆人一同進賬，孔宣一見十二金仙一個不差全都來了，而廣成子幾人見到孔宣也是微微一愣，不過想到孔宣身爲人族護法也不很奇怪，上前見禮過後，軒轅開始點将，三日後開始破陣。
三日後，乃是烈陽高照，晴空萬裏無雲，正是破陣好時機，風後帶領十萬精兵從東方入陣，廣成子、赤精子、黃龍真人跟随壓陣，力牧帶兵從南方殺入，懼留孫、太乙真人。靈寶大法師跟随壓陣，常先帶兵從西方入陣，文殊廣法天尊、普賢真人、慈航道人跟随壓陣，大鴻帶兵從北方入陣，玉鼎真人、道行天尊、清虛道德真君跟随壓陣，孔宣跟随軒轅直入陣中。
大軍入陣後，蚩尤顯出大巫真身，乃是三頭六臂，八隻腳定在地上，而蚩尤八十一兄弟也都個個顯出獸身人面，銅頭鐵臂猛運轉九幽大陣，忽然天昏地黑，濃霧迷漫，狂風大神作書吧，雷電交加，天上下起暴雨，九幽地府陰氣籠罩整個戰場。孔宣揮手放出無色神光将方圓百丈陰氣濃霧驅散，卻并未再有動神作書吧，隻是在軒轅身邊守護，廣成子等二十金仙個個顯出慶雲三花，靈寶護身，在陣中沖殺，隻見廣成子三花漂浮，三花之上落魂鍾不斷震動，将周身大陣暫時定住，而廣成子卻是趁機雌雄劍一陣砍殺，赤精子身穿八卦紫壽仙衣護體，陰陽鏡向着陰氣彙集指出連連射出白光，将陰氣打散，唯有黃龍真人無甚法寶，隻好顯出真身，在陣中來回沖殺。其他三個方向也是大同小異，衆人都顯出靈寶毫無顧忌的向着陣中沖殺。
在十二金仙全力沖殺之下，九幽大陣漸漸失去威力，顯出本來面貌，這時東南西北四路大軍，加上軒轅共五路大軍将蚩尤團團圍住，蚩尤的八十一位兄弟也大都死在十二金仙手中，僅剩蚩尤一人，軒轅走下戰車對蚩尤喝道：“蚩尤，你殘暴不忍，帶領族人挑起戰争，使得生靈塗炭，如今你已是窮途末路，還不快快束手就擒。”蚩尤看着八十一位兄弟個個慘死，蚩尤雙眼寒光直射，帶着無盡的怨恨環視一周，仰天怒吼道：“天道不公，覺我巫族，我永不甘心！永不甘心！”十二金仙幾人被看蚩尤掃過一眼，直覺渾身一陣寒意上升，再聽蚩尤怒吼，懼留孫卻是看不下去，揮手放出捆仙繩将蚩尤困住，道：“你等巫族逆天行事，天道不容，且容你在那亂吼。”
擒下蚩尤之後，孔宣同十二金仙向軒轅告辭，軒轅帶領大軍壓着蚩尤凱旋而歸，待回到都城之後，軒轅下令将蚩尤斬首示衆，不料蚩尤大巫之身尋常兵器卻是傷不得蚩尤分毫，蚩尤站在那裏哈哈大笑，嘲笑軒轅無能，軒轅見此，提起軒轅劍，向着蚩尤頸部一劍劃過，蚩尤頭顱被看落在地，軒轅又是四劍，将蚩尤四肢也斬了下來，下令将蚩尤肢體分别封印在天地五方，使之不得完屍。
至此逐鹿之戰之後，天下始歸一統。于是軒轅制禮興樂，教化百姓。同時還發明各種器具用物，方便日用。其中伯餘造了下衣，於則做了鞋子。百姓們從此不再穿獸皮樹皮。黃帝還依浮葉飄于水上的道理神作書吧了舟船，共鼓又配上舟揖行于水上。又根據轉蓬的道理發明了車輔，便利了交通。黃雍父發明了春，黃帝接着又令人制神作書吧了釜甑，使得百姓可以蒸飯烹粥。他還确定了天下萬物的名稱，劃分星度爲28宿。以甲乙十天幹紀日，以子醜十二辰來紀月，而六旬爲一甲子。如此又有時空觀念。史稱當時的百姓"甘其食，美其服，樂其俗，安其居。"一派太平景象。
而在軒轅斬殺蚩尤之後，洪荒大地巫族全滅，六道輪回中後土也是雙眼淚如雨下，卻是天道限制，不能出手相救，隻好眼睜睜看着最後的巫族被天道借得軒轅之手滅去。
誰說聖人無情，卻是未到至情時，君不見元始天尊爲的弟子，大破九曲黃河陣，擊殺三霄。據不見通天教主一怒之下大擺誅仙劍陣。聖人雖然元神寄托虛空融入天道，卻并不是天道，每個聖人都有心中的執念所在。
正當後土爲巫族滅絕，自己束手無策，傷心自悔之際，突然間整個六道輪回一陣巨震，接着射出光柱直插雲霄。一陣浩大詭異的威壓瞬間擴散至整個洪荒，後土被這劇烈的變化驚醒，這六道輪回可是她一身所化，後土自是緊張，也顧不得傷心急忙趕往光柱之處查看。