許顯純怕了，他怕汪文言的詛咒，于是他找到了一個解決方法：殺死汪文言。死後對質還在其次，如果讓他活着對質，下一步計劃将無法進行。天啓五年（1625）四月，汪文言被害于獄中，他始終沒有屈服。
同月，魏忠賢的第二步計劃開始，楊漣、左光鬥、魏大中等東林黨人被逮捕，他們的罪名是受賄，而行賄者是已經被處決的熊廷弼。
受賄的證據自然是汪文言的那份所謂口供，在這份無恥的文書中，楊漣被認定受賄兩萬兩，左光鬥等人也人人有份。
審訊開始了，作爲最主要的對象，楊漣被首先提審。
許顯純拿出了那份僞造的證詞，問：“熊廷弼是如何行賄的？”
楊漣答：“遼陽失陷前，我就曾上疏彈劾此人，他戰敗後，我怎會幫他出獄？文書尚在可以對質。”
許顯純無語。
很明顯，許錦衣衛背地耍陰招有水平，當面胡扯還差點兒，既然無法在沉默中發言，隻能在沉默中變态：
“用刑！”下面是楊漣的反應：“用什麽刑？有死而已！”
許顯純想讓他死，但他必須找到死的理由。拷打如期進行，拷打規律是每五天一次，打到不能打爲止，楊漣的下颌脫落，牙齒打掉，卻依舊無一字供詞。于是許顯純用上了鋼刷，幾次下來，楊漣體無完膚，史料有雲：“皮肉碎裂如絲。”
然“罵不絕口”，死不低頭。
在一次嚴酷的拷打後，楊漣回到監房，寫下了《告嶽武穆疏》。在這封文書中，楊漣沒有無助的抱怨，也沒有憤怒的咒罵，他說：“此行定知不測，自受已是甘心。”他說：“漣一身一家其何足道，而國家大體大勢所傷實多。”
昏暗的牢房中，慘無人道的迫害，無法形容的痛苦，死亡邊緣的掙紮，卻沒有仇恨，沒有憤懑。
隻有坦然、從容，以天下爲己任。
在無數次的嘗試失敗後，許顯純終于認識到，要讓這個人低頭認罪，是絕不可能的。
栽贓不管用的時候，暗殺就上場了。魏忠賢很清楚，楊漣是極爲可怕的對手，是絕對不能放走的。無論如何，必須将他殺死，且不可走漏風聲。許顯純接到了指令，他信心十足地表示，楊漣将死在他的監獄裏，悄無聲息，楊漣的冤屈和所受的酷刑将永無人知曉。事實确實如此，朝廷内外隻知道楊漣有經濟問題，被弄進去了，所謂拷打、折磨，聞所未聞。對于這一點，楊漣自己也很清楚，他可以死，但不想死得不明不白。
于是，在暗無天日的監房中，楊漣用被打得幾近殘廢的手，顫抖地寫下了兩千字的絕筆遺書。在遺書中，他寫下了事情的真相，以及自己坎坷的一生。
遺書寫完了，卻沒用，因爲送不出去。爲保證楊漣死得不清不楚，許顯純加派人手，經常檢查楊漣的牢房，如無意外，這封絕筆最終會落入許顯純手中，成爲竈台的燃料。于是，楊漣将這封絕筆交給了同批入獄的東林黨人顧大章。
顧大章接受了，但他也沒辦法，因爲他是東林重犯，如果楊漣被殺，他必難逃一死。且此封絕筆太過重要，如若窩藏必是重犯，推來推去，誰都不敢收。
更麻煩的是，看守查獄的時候，發現了這封絕筆，顧大章已别無選擇。他面對監獄的看守，坦然告訴看守所有的一切，然後從容等待結局。短暫的沉寂後，他看見那位看守面無表情地收起絕筆，平靜地告訴他：這封絕筆，絕不會落到魏忠賢的手中。這封絕筆開始被藏在牢中關帝像的後面，此後被埋在牢房的牆角下，楊漣被殺後，那位看守将其取出，并最終公告于天下。無論何時何地，正義終究是存在的。
天啓五年（1625）七月，許顯純開始了謀殺。不能留下證據，所以不能刀砍，不能劍刺，不能有明顯的皮外傷。于是許顯純用銅錘砸楊漣的胸膛，幾乎砸斷了他所有的肋骨。然而，楊漣沒有死。
他随即用上了監獄裏最著名的殺人技巧——布袋壓身。所謂布袋壓身，是監獄裏殺人的不二法門，專門用來處理那些不好殺，卻又不能不殺的犯人，具體操作程序是，找到一隻布袋，裏面裝滿土，晚上趁犯人睡覺時壓在他身上，按照清代桐城派著名學者方苞的說法（當年曾經蹲過黑牢），基本上是晚上壓住，天亮就死，品質有保障。
然而，楊漣還是沒死，每晚在他身上壓布袋，就當是蓋被子，白天拍拍土又站起來。
口供問不出來倒也罷了，居然連人都幹不掉，許顯純快瘋了。
于是這個瘋狂的人，使用了喪心病狂的手段。他派人把鐵釘釘入了楊漣的耳朵。
具體的操作方法，我不知道，我隻知道，這不是人能幹出來的事情。
鐵釘入耳的楊漣依然沒有死，但例外不會再發生了，毫無人性的折磨、耳内的鐵釘已經重創了楊漣，他的神智開始模糊。
楊漣知道，自己活不了多久了，于是他咬破手指，對這個世界，寫下了最後的血書。
此時的楊漣已處于瀕死狀态，他沒有力氣将血書交給顧大章，在那個寂靜無聲的黑夜裏，憑借着頑強的意志，他拖着傷殘的身體，用顫抖的雙手，将血書藏在了枕頭裏。
結束吧，楊漣微笑着，等待着最後的結局。
許顯純來了，用人間的言語來形容他的卑劣與無恥，已經力不從心了。看着眼前這個有着頑強信念和堅忍生命力的人，許顯純真的害怕了，敲碎他全身的肋骨，他沒有死，用土袋壓，他沒有死，用釘子釘進耳朵，也沒有死。無比恐懼的許顯純決定，使用最後也是最殘忍的一招。
天啓五年（1625）七月二十四日夜。許顯純把一根大鐵釘，釘入了楊漣的頭頂。這一次，奇迹沒有再次出現，楊漣當場死亡，年五十四。偉大的殉道者，就此走完了他光輝的一生。
楊漣希望，他的血書能夠在他死後清理遺物時，被親屬發現。然而，這注定是個破滅的夢想，因爲這一點，魏忠賢也想到了。爲消滅證據，他下令對楊漣的所有遺物進行仔細檢查，絕不能遺漏。很明顯，楊漣藏得不夠好，在檢查中，一位看守輕易地發現了這封血書。他十分高興，打算把血書拿去請賞。但當他看完這封血迹斑斑的遺言後，便改變了主意。他藏起了血書，把它帶回了家。他的妻子知道後，非常恐慌，讓他交出去。牢頭并不理會，隻是緊握着那份血書，一邊痛哭，一邊重複着這樣一句話：“我要留着它，将來，它會贖清我的罪過。”三年後，當真相大白時，他拿出了這份血書，昭示天下：“仁義一生，死于诏獄，難言不得死所，何憾于天，何怨于人？唯我身副憲臣，曾受顧命，孔子雲：托孤寄命，臨大節而不可奪。持此一念終可見先帝于在天，對二祖十宗于皇天後土，天下萬世矣！大笑大笑還大笑，刀砍東風，于我何有哉！”
他不知道自己還能活多久，不知道死後何人知曉，不知道能否平反，也不知道這份血書能否被人看見。
毫無指望，隻有徹底的孤獨和無助。這就是陰森恐怖的牢房裏，肋骨盡碎的楊漣，在最爲絕望的時刻，寫下的文字，每一個字，都閃爍着希望和光芒。拷打、折磨，毫無人性的酷刑，制服了他的身體，卻沒有征服他的意志，無論何時，他都堅持着自己的信念，那個他寫在絕筆中的信念，那個崇高、光輝、唯一的信念：
“漣即身無完骨，屍供蛆蟻，原所甘心。但願國家強固，聖德明，海内長享太平之福。此癡愚念頭，至死不改。”
有人曾質問我，遍讀史書的你，所見皆爲帝王将相之家譜，有何意義？千年之下，可有一人，不求家财萬貫，不求出将入相，不求青史留名，唯以天下、以國家、以百姓爲任，甘受屈辱，甘受折磨，視死如歸？我答：曾有一人，不求錢财，不求富貴，不求青史留名，有慨然雄渾之氣，萬刃加身不改之志。楊漣，千年之下，終究不朽。
老師
楊漣死的那天，左光鬥也死了。身爲都察院高級長官，左光鬥也是許顯純拷打的重點對象，楊漣挨過的酷刑，左光鬥一樣都沒少。而他的态度，也和楊漣一樣，絕不退讓，絕不屈服。雖然被打得随時可能斷氣，左光鬥卻毫不在乎，死不低頭。他不在乎，有人在乎。
先是左光鬥家裏的老鄉們開始湊錢，打算把人弄出來，至少保住條命，無效不退款後，他的家屬和學生就準備進去探監，至少再見個面。
但這個要求也被拒絕了。
最後，他的一位學生使盡渾身解數，才買通了一位看守，進入了監牢。他換上了破衣爛衫，化裝成撿垃圾的，在黑咕隆咚的诏獄裏摸了半天，才摸到了左光鬥的牢房。左光鬥是坐着的，因爲他的腿已經被打沒了（筋骨盡脫），面對自己學生的到訪，他沒有表現出任何驚訝，因爲他根本不知道——臉已被烙鐵烙壞，連眼睛都睜不開。
他的學生被驚呆了，于是他跪了下來，抱住老師，失聲痛哭。左光鬥聽到了哭聲，他醒了過來，沒有驚喜，沒有哀歎，隻有憤怒，出奇的憤怒：
“蠢人！這是什麽地方，你竟然敢來！（此何地也，而汝前來）國家已經到了這個地步，我死就死了，你卻如此輕率，萬一出了事，将來國家的事情誰來管？！”
學生呆住了，呆若木雞。
左光鬥的憤怒似乎越發激烈。他摸索着地上的鐐铐，作出投擲的動作，并說出了最後的話：
“你還不走？！再不走，無需奸人動手，我自己殺了你！（撲殺汝）”面對着世界上最溫暖的威脅，學生眼含着熱淚，快步退了出去。臨死前，左光鬥用自己的行動，給這名學生上了最後一課：一個人應該堅持信念，至死也不動搖。天啓五年（1625）七月二十六日，左光鬥在牢中遇害，年五十一。
二十年後，揚州。南京兵部尚書，内閣大學士，南明政權的頭号重臣史可法，站在城頭眺望城外的清軍，時爲南明弘光元年（1645）二月。雪很大，史可法卻一直站在外面，安排部署，他的部下幾次勸他進屋避雪，他的回複總是同一句話：“我不能對不起我的老師，我不能對不起我的老師！（愧于吾師）”史可法最終做到了，他的行爲，足以讓他的老師爲之自豪。
左光鬥死後，同批入獄的東林黨人魏大中、袁化中、周朝瑞先後被害。活着的人，隻剩下顧大章。顧大章，時任禮部郎中，算是正廳級幹部，在這六人裏就官職而言并不算大，但他還是有來頭的，他的老師就是葉向高，加上平時活動比較積極，所以這次也被當做要犯抓了進來。抓進來六個，其他五個都死了，他還活着，不是他地位高，隻是因爲他曾經擔任過一個特殊的官職——刑部主事。刑部主事，大緻相當于司法部的一個處長，但湊巧的是，他這個部門恰好就是管監獄的，所謂刑部天牢、錦衣诏獄的看守，原先都是他的部下。現在老上級進去了，遇到了老下級，這就好比是路上遇到劫道的，一看，原來你是我小學時候的同學，還一起罰過站，這就不好下手了，咬咬牙，哥們兒你過去吧，這單生意我不做了，下次注意點兒，别再到我的營業區域裏轉悠。
外加顧主事平時爲人厚道，對牢頭看守們都很照顧，所以他剛進去的時候，看守都向他行禮，對他非常客氣，點頭哈腰，除了人渣許顯純例行拷打外，基本沒吃什麽虧。
待其他人被殺後，他的處境就危險了，畢竟一共六個，五個都死了，留你一個似乎不太像話，更重要的是，這些慘無人道的嚴刑拷打，是不能讓人知道的，要是讓他出獄，筆杆子一揮，天下人都知道了，輿論壓力比較大。
事實上，許顯純和魏忠賢确實打算把顧大章幹掉，而且越快越好。顧大章去閻王那裏申冤的日子已經不遠了。
然而這個世界上，意外的事情總是經常發生的。
一般說來，管牢房的人交際都比較廣泛。特别是天牢、诏獄這種高檔次監獄，進來的除了窦娥、忠良外，大都有點兒水平，或是特殊技能、江洋大盜之類的牛人也不少見。
我們有理由相信，顧大章認識一些這樣的人。因爲就在九月初，處死他的決議剛剛通過，監獄看守就知道了。但是這位看守沒有把消息告訴顧大章，卻通知了另一個人。這個人的姓名不詳，人稱燕大俠，也在诏獄裏混，但既不是犯人，也不是看守，每天就混在裏面，據說還是主動混進來的，幾個月了都沒人管。
他怎麽進來的，不得而知，爲什麽沒人管，不太清楚，但他之所以進來，隻是爲了救顧大章。爲什麽要救顧大章，也不太清楚，反正他是進來了。
得知處決消息，他并不慌張，隻是找到報信的看守，問了一個問題：“我給你錢，能緩幾天嗎？”
看守問：“幾天？”燕大俠答：
“五天。”看守答：“可以。”
五天之後，看守跑來找燕大俠：“我已盡力，五日已滿，今晚無法再保證顧大章的安全，怎麽辦？”燕大俠并不緊張：
“今晚定有轉機。”看守認爲，燕大俠在做夢，于是笑着走了。幾個時辰之後，他接到了命令，将顧大章押往刑部。