他當即派出太監，前去内閣質問王家屏，卻得到了一個讓他意想不到的答案。王家屏是這樣辯解的：“冊立太子是大事，之前許多大臣都曾因上疏被罰，我一個人定不了，又被許多大臣誤會，隻好把陛下的旨意傳達出去，以消除大家的疑慮（以釋衆惑）。”
這番話的真正意思大緻是這樣的：我并非不知道你的用意，但現在我的壓力也很大，許多人都在罵我，我也沒辦法，隻好把陛下拉出來背黑鍋了。
雖然不上道，也是個老狐狸。既然如此，就隻好将錯就錯了，幾天後，萬曆正式下發聖旨：“關于冊立皇長子爲太子的事情，我已經定了，說話算數（誠待天下），等長子到了十歲，我自然會下旨，到時冊立、出閣讀書之類的事情一并解決，就不麻煩你們再催了。”
長子十歲，是萬曆十九年（1591），也就是下一年。皇帝的意思很明确，我已經同意冊立長子，你們也不用繞彎子，搞什麽出閣讀書之類的把戲，讓老子清淨一年，明年就立了！
這下大家都高興了，内閣的幾位仁兄境況也突然大爲改觀，有病的病好了，忙的也不忙了，除王錫爵（母親有病，回家去了，真的）外，大家都回來了。
剩下來的，就是等了。一晃就到了萬曆十九年，春節過了，春天過了，都快要開西瓜了，萬曆那裏一點兒消息都沒有。
泱泱大國，以誠信爲本。這就沒意思了。
可是萬曆十九年畢竟還沒過，之前已經約好，要是貿然上疏催他，萬一被認定毀約，推遲冊立，違反合同的責任誰都負擔不起，而且皇上到底是皇上，你上疏說他耍賴，似乎也不太妥當。
一些腦子活的言官大臣就開始琢磨，既要敲打皇帝，又不能留把柄，想來想去，終于找到了一個完美的替代目标——申時行。
沒辦法，申大人，誰讓你是首輔呢？也隻好讓你去扛了。
很快，一封名爲《論輔臣科臣疏》的奏疏送到了内閣，其主要内容，是彈劾申時行專權跋扈，壓制言官，使得正确意見得不到執行。
可憐，申首輔一輩子和稀泥，挖東磚補西牆，累得半死，臨了還要被人玩一把。此文言辭尖銳，指東打西，指桑罵槐，可謂是政治文本的典範。
文章作者，是南京禮部主事湯顯祖，除此文外，他還寫過另一部更有名的著作——《牡丹亭》。
稀泥謝幕
湯顯祖，字義仍，江西臨川人。上疏這一年，他四十二歲，官居六品。雖說四十多歲才混到六品，實在不算起眼，但此人絕非等閑之輩，早在三十年前，湯先生已天下聞名。十三歲的時候，湯顯祖就加入了泰州學派（也沒個年齡限制），成爲了王學的門人，跟着那幫“異端”四處鬧騰，開始出名。二十一歲，他考中舉人，七年後，到京城參加會試，運氣不好，遇見了張居正。之所以說運氣不好，并非張居正讨厭他，恰恰相反，張首輔很賞識他，還讓自己的兒子去和他交朋友。這是件求之不得的好事，可問題在于，湯先生中異端毒太深，瞧不起張居正，擺了譜，表示拒不交友。
既然敢跟張首輔擺譜，張首輔自然要擺他一道，考試落榜也是免不了的。三年後，他再次上京趕考，張首輔锲而不舍，還是要兒子和他交朋友，算是不計前嫌，但湯先生依然不給面子，再次擺譜。首輔大人自然再擺他一道，又一次落榜。
但湯先生不但有骨氣，還有毅力，三年後再次趕考，這一次張首輔沒有再阻攔他（死了），終于成功上榜。
由于之前兩次跟張居正硬扛，湯先生此時的名聲已經是如日中天。當朝的大人物張四維、申時行等人都想拉攏他，可湯先生死活不答理人家。
不答理就有不答理的去處，名聲大噪的湯顯祖被派到了南京，幾番折騰，才到禮部混了個主事。
南京本來就沒事幹，南京的禮部更是閑得出奇，這反倒便宜了湯先生，閑暇之餘開始寫戲，并且頗有建樹，日子過得還算不錯，直到萬曆十九年（1591）的這封上疏。
很明顯，湯先生的政治高度比不上藝術高度，奏疏剛送上去，申時行還沒說什麽，萬曆就動手了。
對于這種殺雞儆猴的把戲，皇帝大人一向比較警覺（他也常用這招），立馬作出了反應，把湯顯祖發配到邊遠地區（廣東徐聞）去當典史。
這是一次極其緻命的打擊，從此湯先生再也沒能翻過身來。
萬曆這輩子罷過很多人的官，但這一次，是最爲成功的，因爲他隻罷掉了一個六品主事，卻換回一個明代最偉大的戲曲家，賺大發了。
二十八歲落榜後，湯顯祖開始寫戲，三十歲的時候，寫出了《紫箫記》；三十八歲，寫出了《紫钗記》。四十二歲被趕到廣東，七年後京察，又被狠狠地折騰了一回，索性回了老家。
來回倒騰幾十年，一無所獲，在極度苦悶之中，四十九歲的湯顯祖回顧了自己戲劇化的一生，用悲涼而美豔的辭藻寫下了他所有的夢想和追求，是爲《還魂記》，後人又稱《牡丹亭》。
《牡丹亭》，全劇共十五出，描述了一個死而複生的愛情故事（情節比較複雜，有興趣自己去翻翻）。此劇音律流暢，詞曲優美，轟動一時，時人傳誦：牡丹一出，西廂（《西廂記》）失色。此後傳唱天下百餘年，堪與之媲美者，唯有孔尚任之《桃花扇》。
爲官不濟，爲文不朽，是以無憾。
史贊：二百年來，一人而已。總的說來，湯顯祖的運氣是不錯的，因爲更麻煩的事，他還沒趕上。湯先生上疏兩月之後，福建佥事李琯就開炮了，目标還是申時行，不過這次更狠，用詞狠毒不說，還上升到政治高度，一條條列下來，彈劾申時行十大罪狀，轉瞬之間，申先生就成了天字第一号大惡人。
萬曆也不客氣，再度發威，撤了李琯的職。命令一下，申時行卻并不高興，反而唉聲歎氣，憂心忡忡。
因爲到目前爲止，雖然你一刀我一棍地打個不停，但都是摸黑放槍，誰也不挑明，萬曆的合同也還有效，拖到年尾，皇帝賴賬就是理虧，到時再争，也是十拿九穩。
可萬一下面這幫憤中憤老忍不住，玩命精神爆發，和皇帝公開死磕，事情就難辦了。
俗語雲：怕什麽，就來什麽。
工部主事張有德終于忍不住了，他憤然上疏，要求皇帝早日冊立太子。等的就是你。
萬曆随即作出反應，先罰了張有德的工資，鑒于張有德撕毀合同，冊立太子的事情推後一年辦理。
這算是正中下懷，本來就不大想立，眼看合同到期，正爲難呢，來這麽個冤大頭，不用白不用。冊立的事情也就能堂而皇之地往後拖了。
事實上，這是他的幻想。因爲在大臣們看來，這合同本來就不合理，忍氣吞聲大半年，那是給皇帝面子，早就一肚子苦水怨氣沒處洩，你敢蹦出來，那好，咱們就來真格的！
當然，萬曆也算是老運動員了，對此他早有準備，無非是來一群大臣瞎咋呼，先不理，鬧得厲害再出來說幾句話，把事情熬過去，完事。
形勢的發展和他的預料大緻相同，張有德走人後，他的領導，工部尚書曾同亨就上疏了，要求皇帝早日冊立太子。
萬曆對此嗤之以鼻。他很清楚，這不過是個打頭的，大部隊在後，下面的程序他都能背出來，吵吵嚷嚷，草草收場，實在毫無新鮮可言。
然而，當下一封奏疏送上來的時候，他才知道，自己錯了。
這封奏疏的署名人并不多，隻有三個，分别是申時行、許國、王家屏。但對萬曆而言，這是一個緻命的打擊。因爲之前無論群臣多麽反對，内閣都是支持他的，即使以辭職回家相威脅，也從未公開與他爲敵，是他的最後一道屏障，現在竟然公開站出來和他對着幹，此例一開，後果不堪設想。
特别是申時行，雖說身在内閣，時不時也說兩句，但那都是做給人看的，平日裏忙着和稀泥，幫着調節矛盾，是名副其實的卧底兼間諜。
可這次，申時行連個消息都沒透，就打了個措手不及，實在太不夠意思。于是萬曆私下派出了太監，斥責申時行。
一問，把申時行也問糊塗了，因爲這事他壓根兒就不知道！
事情是這樣的，這封奏疏是許國寫的，寫好後讓王家屏署名，王兄自然不客氣，提筆就簽了名；而申時行的底細他倆都清楚，這個老滑頭死也不會簽，于是許大人膽一壯，代申首輔簽了名，把他拖下了水。
事已至此，申大人隻能一臉無辜地表白：“名字是别人代簽的，我事先真不知道。”
事情解釋了，太監也回去了，可申先生卻開始琢磨了：萬一太監傳達不對怎麽辦？萬一皇帝不信怎麽辦？萬一皇帝再激動一次，把事情搞砸怎麽辦？
想來想去，他終于決定，寫一封密信。這封密信的内容大緻是說，我确實不知道上奏的事情，這事情皇上你不要急，自己拿主意就行。客觀地講，申時行之所以說這句話，倒不一定是耍兩面派，因爲他很清楚皇帝的性格：
像萬曆這号人，屬于死要面子活受罪，打死也不認錯的，看上去非常随和，實際上極其固執，和他硬幹，是沒有什麽好處的。
所以申時行的打算，是先穩住皇帝，再慢慢來。
事實确如所料，萬曆收到奏疏後，十分高興，當即回複：“你的心意我已知道，冊立的事情我已有旨意，你安心在家調養就是了。”
申時行總算松了口氣，事情終于糊弄過去了。但他做夢也想不到，他長達十年的和稀泥生涯，将就此結束——因爲那封密信。
申時行的這封密信，屬于機密公文，按常理，除了皇帝，别人是看不見的。可是在幾天後的一次例行公文處理中，萬曆将批好的文件轉交内閣，結果不留神，把這封密信也放了進去。這就好比拍好了照片存進電腦，又把電腦拿出去給人修，是個要命的事。文件轉到内閣，這裏是申時行的地盤，按說事情還能挽回，可問題在于申大人爲避風頭，當時還在請病假，負責工作的許國也沒留意，順手就轉給了禮部。最後，它落在了禮部給事中羅大纮的手裏。
羅大纮，江西吉水人。關于這個人，隻用一句就能概括：一個稱職的言官。看到申時行的密信後，羅大纮非常憤怒，因爲除了耍兩面派外，申時行在文中還寫了這樣一句話：“惟親斷親裁，勿因小臣妨大典”。這句話說白了，就是你自己說了算，不要理會那些小臣。我們是小臣，你是大臣？！
此時申時行已經發現了密信外洩，他十分緊張，立刻找到了羅大纮的領導，禮部科給事中胡汝甯，讓他去找羅大纮談判。
可惜羅大纮先生不吃這一套，寫了封奏疏，把這事給捅了出去，痛罵申時行兩面派。
好戲就此開場，言官們義憤填膺。吏部給事中鍾羽正、侯先春随即上疏，痛斥申時行；中書黃正賓等人也跟着湊熱鬧，罵申時行老滑頭。
眼看申首輔吃虧，萬曆當即出手，把羅大纮趕回家當了老百姓，還罰了上疏言官的工資。
但事情鬧到這個份兒上，已經無法收拾了。
經曆過無數大風大浪的申時行，終究在陰溝裏翻了船。自萬曆十年（1582）以來，他忍辱負重，上下協調，獨撐大局，打落門牙往肚裏吞，至今已整整十年。
現在，他再也支撐不下去了。萬曆十九年（1591）九月，申時行正式提出辭職，最終得到批準，回鄉隐退。大亂就此開始。