争得天翻地覆，該辦的事還是辦了，萬曆十四年三月，鄭貴妃正式冊封。這件事情的成功解決給萬曆留下了這樣一個印象：自己想辦的事情，是能夠辦成的。
這是一個悲劇性的判斷。
然而此後，在冊立太子的問題上，萬曆确實消停了——整整消停了四年多，當然，不鬧事，不代表不挨罵。事實上，在這四年裏，言官們非常盡責，他們找到了新的突破口——皇帝不上朝，并以此爲契機，在雒于仁等模範先鋒的帶領下，繼續奮勇前進。
但總體而言，小事不斷，大事沒有，安定團結的局面依舊。直到這曆史性的一天：萬曆十八年（1590）正月初一。解決雒于仁事件後，申時行再次揭開了蓋子：“臣等更有一事奏請。”
“皇長子今年已經九歲，朝廷内外都認爲應冊立爲太子，希望陛下早日決定。”在萬曆看來，這件事比雒于仁的酒色财氣疏更頭疼，于是他接過了申時行剛剛用過的鐵鍬，接着和稀泥：
“這個我自然知道。我沒有嫡子（即皇後的兒子），長幼有序，其實鄭貴妃也多次讓我冊立長子，但現在長子年紀還小，身體也弱，等他身體強壯些後，我才放心啊。”
這段話說得很有水平，按照語文學來分析，大緻有三層意思。第一層先說自己沒有嫡子，是說我隻能立長子，然後又講長幼有序，是說我不會插隊，但說來說去，就是不說要立誰。接着又把鄭貴妃扯出來，搞此地無銀三百兩。最後語氣一轉，得出結論：雖然我隻能立長子、不會插隊，老婆也沒有幹涉此事，但考慮到兒子太小，身體太差，暫時還是别立了吧。這招糊弄别人可能還行，對付申時行就有點兒滑稽了，和了幾十年稀泥，哪排得上你小子？
于是申先生将計就計，說了這樣一句話：“皇長子已經九歲，應該出閣讀書了，請陛下早日決定此事。”
這似乎是一件完全不相幹的事情，但事實絕非如此，因爲在明代，皇子出閣讀書，就等于承認其爲太子。申時行的用意非常明顯：既然你不願意封他爲太子，那讓他出去讀書總可以吧，形式不重要，内容才是關鍵。
萬曆倒也不笨，他也不說不讀書，隻是強調人如果天資聰明，不讀書也行。申時行馬上反駁，說即使人再聰明，如果沒有人教導，也是不能成才的。
就這樣，兩位仁兄從繼承人問題到教育問題，你來我往，互不相讓，鬧到最後，萬曆煩了：
“我都知道了，先生你回去吧！”話說到這個份兒上，也隻好回去了，申時行離開了宮殿，向自己家走去。然而，當他剛剛踏出宮門的時候，卻聽到了身後急促的腳步聲。申時行轉身，看見了一個太監，他帶來了皇帝的谕令：“先不要走，我已經叫皇長子來了，先生你見一見吧。”
十幾年後，當申時行在家撰寫回憶錄的時候，曾無數次提及這個不可思議的場景以及此後那奇特的一幕，終其一生，他也未能猜透萬曆的企圖。
申時行不敢怠慢，即刻回到了宮中，在那裏，他看見了萬曆和他的兩個兒子，皇長子朱常洛，以及皇三子朱常洵。
但給他留下最深刻印象的，卻并非這兩個皇子，而是此時萬曆的表情。沒有憤怒，沒有狡黠，隻有安詳與平和。
他指着皇長子，對申時行說：“皇長子已經長大了，隻是身體還有些弱。”
然後他又指着皇三子，說道：“皇三子已經五歲了。”接下來的，是一片沉默。
萬曆平靜地看着申時行，一言不發，此時的他，不是一個酒色财氣的昏庸之輩，不是一個暴跳如雷的使氣之徒。
他是一個父親，一個看着子女不斷成長，無比欣慰的父親。申時行知道機會來了，于是他打破了沉默：“皇長子年紀已經大了，應該出閣讀書。”萬曆的心意似乎仍未改變：
“我已經指派内侍教他讀書。”事到如今，隻好豁出去了：
“皇上您在東宮的時候，才六歲，就已經讀書了。皇長子此刻讀書，已經晚了！”
萬曆的回答并不憤怒，卻讓人哭笑不得：“我五歲就已能讀書！”
申時行知道，在他的一生中，可能再也找不到一個更好的機會，去勸服萬曆，于是他做出了一個驚人的舉動。
他上前幾步，未經許可，便徑自走到了皇長子的面前，端詳片刻，對萬曆由衷地說道：
“皇長子儀表非凡，必成大器，這是皇上的福分啊，希望陛下能夠早定大計，朝廷幸甚！國家幸甚！”
萬曆十八年正月初一日，在憤怒、溝通、争執後，萬曆終于第一次露出了笑容。
萬曆微笑地點點頭，對申時行說道：“這個我自然知道。其實鄭貴妃也勸過我早立長子，以免外人猜疑，我沒有嫡子，冊立長子是遲早的事情啊。”這句和緩的話，讓申時行感到了溫暖，兒子出來了，好話也說了，雖然也講幾句什麽鄭貴妃支持，沒有嫡子之類的屁話，但終究是表了态。形勢大好，然而接下來，申時行卻一言不發，行禮之後便退出了大殿。這正是他的絕頂聰明之處，點到即止，見好就收，今天先定調，後面再來。但他無論如何也想不到，這次和諧的對話，不但史無前例，而且後無來者。
“争國本”事件的嚴重性，将遠遠超出他的預料，因爲決定此事最終走向的，既不是萬曆，也不會是他。
談話結束後，申時行回到了家中，開始滿懷希望地等待萬曆的聖谕，安排皇長子出閣讀書。
可是一天天過去了，希望變成了失望，到了月底，他坐不住了，随即上疏，詢問皇長子出閣讀書的日期。這意思是說，當初咱倆談好的事，你得守信用，給個準信。
但是萬曆似乎突然失憶，啥反應都沒有，申時行等了幾天，一句話都沒有等到。既然如此，那就另出新招。幾天後，内閣大學士王錫爵上疏：“陛下，其實我們不求您立刻冊立太子，隻是現在皇長子九歲，皇三子已五歲，應該出閣讀書。”不說立太子，隻說要讀書，而且還把皇三子一起拉上，由此而見，王錫爵也是個老狐狸。
萬曆那邊卻似乎是人死絕了，一點兒消息也沒有，王錫爵等了兩個月，石沉大海。
到了四月，包括申時行在内，大家都忍無可忍了，内閣四名大學士聯名上疏，要求冊立太子。
嘗到甜頭的萬曆故伎重演：無論你們說什麽，我都不理，我是皇帝，你們能把我怎麽樣？
但他實在低估了手下的這幫老油條，對付油鹽不進的人，他們一向都是有辦法的。
幾天後，萬曆同時收到了四份奏疏，分别是申時行、王錫爵、許國、王家屏四位内閣大學士的辭職報告，理由多種多樣，有說身體不好，有說事務繁忙、難以繼任的，反正一句話：不幹了。
自萬曆退居二線以來，國家事務基本全靠内閣，内閣一共就四個人，要是都走了，萬曆就得累死。
沒辦法，皇帝大人隻好現身，找内閣的幾位同志談判，好說歹說，就差求饒了，并且當場表态，會在近期解決這一問題。
内閣的幾位大人總算給了點兒面子，一番交頭接耳之後，上報皇帝：病的還是病，忙的還是忙，但考慮到工作需要，王家屏大學士願意顧全大局，繼續幹活。
萬曆竊喜。
因爲這位兄弟的策略，叫拖一天是一天，拖到這幫老家夥都退了，皇三子也大了，到時木已成舟，不同意也得同意。這次内閣算是上當了。然而上當的人，是他。因爲他從未想過這樣一個問題：爲什麽留下來的，偏偏是王家屏呢？
王家屏，山西大同人，隆慶二年（1568）進士。簡單地說，這是個不上道的人。王家屏的科舉成績很好，被選爲庶吉士，還編過《世宗實錄》，應該說是很有前途的，可一直以來，他都沒啥進步。原因很簡單，高拱當政的時候，他曾上疏彈劾高拱的親戚，高首輔派人找他談話，讓他給點兒面子，他說，不行。張居正當政的時候，他搞非暴力不合作，照常上班，就是不靠攏上級。張居正剛病倒的時候，許多人都去祈福，表示忠心，有人拉他一起去，他說，不去。張居正死了，萬曆十二年（1584），他進入内閣，成爲大學士，此時的内閣，已經有了申時行、王錫爵、許國三個人，他排第四。按規矩，這位甩尾巴的新人應該老實點兒，可他偏偏是個異類，每次内閣讨論問題，即使大家都同意，他覺得不對，就反對；即使大家都反對，他覺得對，就同意。
他就這麽在内閣裏硬挺了六年，誰見了都怕，申時行拿他也沒辦法。更有甚者，寫辭職信時，别人的理由都是身體有病，工作太忙，他卻别出一格，說是天下大旱，作爲内閣成員，負有責任，應該辭職（久旱乞罷）。
把他留下來，就是折騰萬曆的。
幾天後，禮部尚書于慎行上疏，催促皇帝冊立太子，語言比較激烈。萬曆也比較生氣，罰了他三個月工資。
事情的發生，應該還算正常，不正常的，是事情的結局。換在以往，申時行已經開始揮舞鐵鍬和稀泥了，先安慰皇帝，再安撫大臣，最後你好我好大家好，收工。相比而言，王家屏要輕松得多，因爲他隻有一個意見——支持于慎行。
工資還沒扣，他就即刻上疏，爲于慎行辯解，說了一大通道理，把萬曆同志的脾氣活活頂了回去。但更讓人驚訝的是，這一次，萬曆沒有發火。
因爲他發不了火，事情很清楚，内閣四個人，走了三個，留下來的這個，還是個二杆子，明擺着是要爲難自己。而且這位堅持戰鬥的王大人還說不得，再鬧騰一次，沒準兒就走人了，到時誰來收拾這個爛攤子？
可是光忍還不夠，言官大臣赤膊上陣，内閣打黑槍，明裏暗裏都來，比逼宮還狠，不給個說法，是熬不過去了。
幾天後，一個太監找到了王家屏，向他傳達了皇帝的谕令：
“冊立太子的事情，我準備明年辦，不要再煩（擾）我了。”王家屏頓時喜出望外，然而，這句話還沒有講完：“如果還有人敢就此事上疏，就到十五歲再說！”
朱常洛是萬曆十年（1582）出生的，萬曆發出谕令的時間是萬曆十八年（1590），所以這句話的意思是說，如果你們再敢鬧騰，這事就六年後再辦！雖然不是無條件投降，但終究還是有了個說法，經過長達五年的鬥争，大臣們勝利了——至少他們自己這樣認爲。事情解決了，王家屏興奮了，興奮之餘，就幹了一件事。他把皇帝的這道谕令告訴了禮部，而第一個獲知消息的人，正是禮部尚書于慎行。
于慎行欣喜若狂，當即上疏告訴皇帝：“此事我剛剛知道，已經通報給朝廷衆官員，要求他們耐心等候。”萬曆氣得差點兒吐了白沫。因爲萬曆給王家屏的，并不是正規的聖旨，而是托太監傳達的口谕，看上去似乎沒區别，但事實上，這是一個有深刻政治用意的舉動。其實在古代，君無戲言這句話基本是胡扯，皇帝也是人，時不時編個瞎話，吹吹牛，也很正常，真正說了就要辦的，隻有聖旨。白紙黑字寫在上面，糊弄不過去。所以萬曆才派太監給王家屏傳話，而他的用意很簡單：這件事情我心裏有譜，但現在還不能辦，先跟你通個氣，以後遇事别跟我對着幹，咱們慢慢來。