一般說來，新官上任，總要燒三把火，搞點兒政績，大幹特幹。然而，綜觀申時行當政以來的種種表現，就會驚奇地發現，他的大幹，就是不幹，他的作爲，就是不作爲。
申時行幹的第一件事情，是廢除張居正的考成法。
這是極爲出人意料的一招，因爲在很多人看來，申時行是張居正的嫡系，毫無理由反攻倒算。
但申時行就這麽幹了，因爲這樣幹，是正确的。
考成法，是張居正改革的主要内容，即工作指标層層落實，完不成輕則罷官，重則坐牢，令各級官員聞風喪膽。在很長時間裏，這種明代的打考勤，發揮了極大效用，有效提高了官員的工作效率，是張居正的得意之作。但張先生并不知道，考成法有一個十分嚴重的缺陷。
比如朝廷規定，戶部今年要收一百萬兩稅銀，分配到浙江，是三十萬，這事就會下派給戶部浙江司郎中（正五品），由其監督執行。
浙江司接到命令，就會督促浙江巡撫辦理。巡撫大人就會去找浙江布政使，限期收齊。
浙江布政使當然不會閑着，立馬召集各級知府，限期收齊。知府大人回去之後召集各級知縣，限期收齊。
知縣大人雖然官小，也不會自己動手，回衙門召集衙役，限期收齊。最後幹活的，就是衙役，他們就沒辦法了，隻能一家一家上門收稅。明朝成立以來，大緻都是這麽個幹法，就管理學而言，還算比較合理，搞了兩百多年，也沒出什麽大問題。
考成法一出來，事情就麻煩了。原先中央下達命令，地方執行，就算執行不了，也好商量。三年一考核，災荒大，刁民多，今年收不齊，不要緊，政策靈活掌握，明年努力，接着好好幹。考成法執行後，就不行了，給多少任務，你就得完成多少，缺斤少兩自己補上，補不上就下課受罰。這下就要了命了，衙役收不齊，連累知縣，知縣收不齊，連累知府，知府又連累布政使，一層層追究責任。大家同坐一條船，出了事誰也跑不掉。與其自下而上垮台，不如自上而下壓台。随着一聲令下，各級官吏紛紛動員起來，不問理由、不問借口，必須完成任務。于是順序又翻了過來，布政使壓知府，知府壓知縣，知縣壓衙役，衙役……就隻能壓老百姓了。
接下來的事情就簡單了，上級壓下級，下級壓百姓，一般年景，也還能對付過去，要遇上個災荒，那就慘了，衙役還是照樣上門，說家裏遭災，他點頭，說家裏死人，他還點頭，點完頭該交還得交。揭不開鍋也好，全家死絕也罷，收不上來官就沒了，你說我收不收？
以上還算例行公事，到後來，事情越發惡劣。由于考成法業績和官位挂鈎，工作完成越多、越快，評定就越好，升官就越快，所以許多地方官員開始報虛數，狗不拉屎的窮鄉僻壤，也敢往大了報，反正自己也不吃虧。
可是朝廷不管那些，報了就得拿錢，于是挨家挨戶地收，收不上來就逼，逼不出來就打，打急了就跑。而跑掉的這些人，就叫流民。
流民，是明代中後期的一個嚴重問題，用今天的話說，就是社會不安定因素。這些人離開家鄉，四處遊蕩，沒有戶籍，沒有住所，也不辦暫住證，經常影響社會的安定團結。
到萬曆中期，流民的數量已經十分驚人，連當時的北京市郊，都盤踞着大量流民，而且這幫人一般都不是什麽老實巴交的農民，偷個盜搶個劫之類的，都是家常便飯，朝廷隔三差五就要派兵來掃一次，十分難辦。
而這些情況，是張居正始料未及的。
于是申時行毅然廢除了考成法，并開辟了大量田地，安置各地的流民耕種，社會矛盾得以大大緩解。
廢除考成法，是申時行執政的一次重要抉擇，雖然是改革，卻不用怎麽費力，畢竟張居正是死人兼廢人，沒人幫他出頭，他的條令不廢白不廢。
但下一次，就沒這麽便宜的事了。
萬曆十八年（1590），副總兵李聯芳帶兵在邊界巡視的時候，遭遇埋伏，全軍覆滅。下黑手的，是蒙古鞑靼部落的扯立克。
事情鬧大了，因爲李聯芳是明軍高級将領，鞑靼部落把他幹掉了，是對明朝政府的嚴重挑釁。所以消息傳來，大臣們個個摩拳擦掌，打算派兵去收拾這幫無事生非的家夥。
無論從哪個角度看，都是非打不可了，堂堂大明朝，被人打了不還手，當縮頭烏龜，怎麽也說不過去。而且這事鬧得皇帝都知道了，連他都覺得沒面子，力主出兵。
老闆發話，群衆支持，戰争已是勢在必行，然而此時，申時行站了出來，對皇帝說：
“不能打。”
在中國曆史上，但凡國家有事，地方被占了，人被殺了，朝廷立馬就是群情激憤，人人喊打，看上去個個都是民族英雄、正義化身，然而其中别有奧秘：
臨戰之時，國仇家恨，慷慨激昂，大家都激動。在這個時候，跟着激動一把，可謂是毫無成本，反正仗也不用自己打，還能落個名聲，何樂而不爲。
主和就不同了，甭管真假，大家都喊打，你偏不喊，脫離群衆，群衆就會把你踩死。
所以主戰者未必勇，主和者未必怯。
主和的申時行，就是一個勇敢的人。事實證明，他的主張十分正确。因爲那位下黑手的扯立克，并不是一般人，他的身份，是鞑靼的順義王。順義王，是當年明朝給俺答的封号，這位扯立克就是俺答的繼任者，但此人既不順，也不義，好好的互市不幹，整天對外擴張，還打算聯合蒙古、西藏各部落，搞個蒙古帝國出來和明朝對抗。
對這号人，打是應該的。但普魯士偉大的軍事家克勞塞維茨說過，戰争是政治的繼續。打仗說穿了，最終的目的就是要對方聽話，如果有别的方法能達到目的，何必要打呢？
申時行找到了這個方法。
他敏銳地發現，扯立克雖然是順義王，但其屬下卻并非鐵闆一塊，而是由各個部落組成，各有各的主張。大多數人和明朝生意做得好好的，壓根兒不想打仗，如果貿然開戰，想打的打了，不想打的也打了，實在是得不償失。分化瓦解才是上策。
所以申時行反對。當然，以申時行的水平，公開反對這種事，他是不會幹的。夜深人靜，獨自起草，秘密上交，事情幹得滴水不漏。萬曆接到奏疏，認可了申時行的意見，同意暫不動兵，并命令他全權處理此事。消息傳開，一片嘩然，但皇帝說不打，誰也沒辦法找皇帝算賬。申時行先生也是一臉無辜：我雖是朝廷首輔，但皇帝不同意，我也沒辦法。仗是不用打了，但這事還沒完。申時行随即下令兵部尚書鄭洛，在邊界集結重兵，也不大舉進攻，每天就在那裏蹲着，别的部落都不管，專打扯立克，而且還專挑他的運輸車隊下手，搶了就跑。
這種打法毫無成本，且收益率極高，明軍樂此不疲，扯立克卻是叫苦不疊，實在撐不下去了，隻得率部躲得遠遠的。就這樣，不用大動幹戈，不費一兵一卒，申時行輕而易舉地解決了這個問題，恢複了邊境的和平。
雖然張居正死後，朝局十分複雜，幫派林立，申時行卻憑借着無人能敵的“混功”，應對自如，遊刃有餘。更爲難能可貴的是，他不但自己能混，還無私地幫助不能混的同志，比如萬曆。
自從登基以來，萬曆一直在忙兩件事，一是處理政務，二是搞臭張居正。從某種意義上講，這兩件事，其實是一件事。
因爲張居正實在太牛了，當了二十六年的官，十年的“皇帝”（實際如此），名氣比皇帝還大，雖然人死了，茶還燙得冒泡，所以不搞臭張居正，就搞不好政務。
但要幹這件事，自己是無從動手的，必須找打手。萬曆很快發現，最好的打手，就是言官和大臣。
張居正時代，言官大臣都不吃香，被整得奄奄一息，現在萬曆決定，開閘，放狗。
事實上，這幫人的表現确實不錯，如江東之、李植、羊可立等人，雖說下場不怎麽樣，但至少在工作期間，都盡到了狗的本分。
看見張居正被窮追猛打，萬曆很高興；看見申時行被牽連，萬曆也不悲傷。因爲在他看來，這不過是輕微的副作用，敲打一下申老師也好，免得他當首輔太久，再犯前任（張居正）的錯誤。
他解放言官大臣，指揮自若，是因爲他認定，這些人将永遠聽從他的調遣。然而，他并不知道，自己犯下了一個多麽可怕的錯誤。因爲就罵人的水平而言，言官大臣和街頭罵街大媽，隻有一個區别：大媽是業餘的，言官大臣是職業的。大媽罵完街後，還得回家洗衣做飯；言官大臣罵完這個，就會罵下一個。所以，當他們足夠壯大之後，攻擊的矛頭将不再是死去的張居正，或是活着的申時行，而是至高無上的皇帝。
對言官和大臣們而言，萬曆确實有被罵的理由。自從萬曆十五年（1587）起，萬曆就不怎麽上朝了，經常是“偶有微疾”，開始還真是“偶有”，後來就變成常有，“微疾”也逐漸變成“頭暈眼黑，力乏不興”，總而言之，大臣們是越來越少見到他了。
必須說明的是，萬曆是不上朝，卻并非不上班，事情還是要辦，就好比說你早上起床，不想去單位，改在家裏辦公，除了不打考勤，少見幾個人外，也沒什麽不同。後世一說到這位仁兄，總是什麽幾十年不幹活之類，這要麽是無意的誤解，要麽是有意的污蔑。
在中國當皇帝，收益高，想要啥就有啥，但風險也大，屁股上坐的那個位置，隻要是人就想要。因此今天這裏搞陰謀，明天那裏鬧叛亂，日子過得那叫一個懸，幾天不看公文，沒準兒刀就架在脖子上了。但凡在位者，除了個把弱智外，基本上都是懷疑主義者，見誰懷疑誰。
萬曆自然也不例外，事實上，他是一個權力欲望極強，工于心計的政治老手。所有的人都隻看到他不上朝的事實，卻無人察覺背後隐藏的奧秘。
在他之前，有無數皇帝每日上朝理政，費盡心力，日子過得極其辛苦，卻依然是腦袋不保，而他幾十年不上朝，誰都不見，卻依然能夠控制群臣，你說這人厲不厲害？
但言官大臣是不管這些的，在他們的世界觀裏，皇帝不但要辦事，還要上班，哪怕屁事兒沒有，你也得坐在那兒，這才叫皇帝。
萬曆自然不幹，他不幹的表現就是不上朝；言官大臣也不幹，他們不幹的表現就是不斷上奏疏。此後的幾十年裏，他們一直在幹同樣的事情。
隐私問題萬曆十四年（1586）十月，這場長達三十餘年的戰争正式拉開序幕。當時的萬曆，基本上還屬于上朝族，隻是偶爾罷工而已，就這樣，也沒躲過去。第一個上疏的，是禮部祠祭司主事盧洪春。按說第一個不該是他，因爲這位仁兄主管的是祭祀，級别又低，平時也不和皇帝見面。但這一切并不妨礙他上疏提意見，他之所以不滿，不是皇帝不上朝，而是不祭祀。
盧洪春是一個很負責的人，發現皇帝不怎麽來太廟，又聽說近期經常消極怠工，便上疏希望皇帝改正。
本來是個挺正常的事，卻被他搞得不正常。因爲這位盧先生除了研究禮儀外，還學過醫，有學問在身上，不顯擺實在對不起自己，于是乎發揮其特長，寫就奇文一篇，送呈禦覽。
第二天，申時行奉命去見萬曆，剛進去，就聽到了這樣的一句話：“盧洪春這厮！肆言惑衆，沽名讪上，好生狂妄！着錦衣衛拿在午門前，着實打六十棍！革了職爲民當差，永不叙用！”以上言辭，系萬曆同志之原話，并無加工。
很久很久以前，“這厮”兩個字就誕生了，在明代的許多小說話本中，也頻頻出現，其意思依照現場情況，有各種不同的解釋，從這家夥、這小子到這渾蛋、這王八蛋，不一而足。
但可以肯定的是，這倆字不是好話，是市井之徒的常用語，皇帝大人脫口而出，那是真的急了眼了。這是可以理解的，因爲盧洪春的那篇奏疏，你看你也急。除了指責皇帝陛下不該缺席祭祀外，盧主事還替皇帝陛下擔憂其危害：“陛下春秋鼎盛，精神強固，頭暈眼黑之疾，皆非今日所宜有。”