在經營仕途的同時，戚繼光一刻也沒有放松過對倭寇的打擊，多次全殲敵軍，所謂“遇戚不得活”，實在是倭寇們的一緻心聲。也正是由于他太過生猛，除了幾個愣頭青外，老牌倭寇們都不敢去浙江，連經過他的防區，都要繞很遠。
但倭寇們也得吃飯，戚繼光斷了他們的活路，他們隻好另找地方搶劫，而這個新的開工地點，就是福建。
于是從嘉靖四十年（1561）起，倭寇們大肆入侵福建，其擴張力和戰鬥力十分驚人，當地明軍不是對手，于是短短一年之間，北到福清，南到漳州，全部陷入敵手。
福建巡撫又扛不住了，隻能再次向朝廷上書，但這次不是告狀，而是請求胡宗憲支援，拉自己一把。
對此，嘉靖十分重視，他直接命令胡宗憲，火速派戚繼光前去馳援。另一場戰役的序幕就此拉開，所有人都看到了它的開始，卻沒人料到它的結局，胡宗憲和戚繼光也不例外。
在福建，戚繼光見到了前來迎接他的福建監軍副使汪道昆，面對這位滿頭大汗，急得火燒眉毛的當地官員，戚繼光鎮定地問出了第一個問題：
“敵人在哪裏？”
而他得到的回答是：“到處都是！”
看完形勢圖後，戚繼光立刻意識到，這次麻煩大了。
由于當地缺少得力的将領，福建的倭患十分嚴重，幾十個人就敢開搶，而明軍對此束手無策，局勢幾乎完全失控。
這個爛攤子實在不好收拾，敵人不但多，而且分散，如果帶着手下四處追，打不死也得累死。
雖然形勢極其複雜，但戚繼光相信，解決問題的方法，必定就在這片混亂之中，經過長時間的思索，他終于找到了這把鑰匙。
倭寇敢于如此嚣張，根本原因在于他們沒有畏懼感，以往的經驗告訴他們，可以想搶就搶，想殺就殺，沒人能夠阻止，所以要想改變現狀，就必須找到他們中間最強大的一股勢力，将其徹底消滅，并用懸挂的屍體告訴所有的人，這裏不是搶掠的樂土，而是死亡的墳墓。
而戚繼光選中的打擊目标，叫做橫嶼。
橫嶼是一個小島，位于福建省甯德東北，島上盤踞着千餘倭寇，人數并不多，但戚繼光之所以選中此處，是因爲這裏有着最難打敗，最爲頑強的敵人。
事實上，島上的倭寇确實不同尋常，其中大部來自日本九州地區，這裏是日本最爲貧困的地區，當地居民兇惡野蠻，秉性頑劣，後來制造南京大屠殺的日軍第六師團，就是由九州人組成的野獸集團。
他們在此盤踞了三年之久，平日燒殺搶掠，搞得此地附近幾百裏荒無人煙，甯德縣城成爲一片廢墟，福建巡撫曾調集十幾路大軍圍攻，卻毫無成效，因爲他們不但戰鬥力極強，還有着一個強大的天然幫手。
其實橫嶼島和陸地的距離很近，最多也就幾裏而已，說句寒碜話，帶個救生圈就能遊過去，但奇怪的是，以往明軍大規模進剿，總是眼睛看得見，兩腿過不來。
之所以會有如此怪事，是因爲橫嶼島實在太過奇特，這裏早上退潮，下午漲潮，漲潮的時候，海水十分洶湧，會淹沒原有的陸地，将海島與大陸的距離拉大近幾十裏。而退潮的時候，海水帶來的大量泥沙會使道路十分泥濘，根本無法行走。
所以現在你應該知道原因了，每天白天落潮，下午晚上漲潮，這就意味着夜襲十分困難，而在光天化日之下橫渡進攻，實在是被人當移動靶練習射擊的絕佳機會，更爲麻煩的是，即使你冒着被射成刺猬的危險往前沖，在你成功上島之前，也很有可能被腳下的爛泥陷住，或是摔個七葷八素。
好吧，就算你是神仙，騰雲駕霧地上了島，遇見了敵人正式開打，但有一點你必須要記住，一定要抓緊時間打完收工，并且最好保證打赢。因爲到下午，潮水就會再漲起來，而且這玩意兒不等人，它兩點漲潮，你三點還沒有完事，對不住，兄弟你隻能在島上過夜了，萬一你運氣不好，上島的人數不多，或者沒有打勝，就要有晚上被人摸黑幹掉的心理準備，因爲對方應該不太願意與你和平共度這個夜晚。
所以整整三年，前前後後十幾萬軍隊，幾十位将領，對此都束手無策，于是戚繼光來了，而他總是有辦法的。
仔細研究了此地特點後，思慮再三，戚繼光終于确定了自己的戰略，但在作戰之前，他還必須做一件事。
戚繼光開了一次會，與會者是他屬下的所有将領和士兵。在會議上，他用沉重的聲音告訴了所有人事實的真相：
在橫嶼島上盤踞着一群十分兇悍的倭寇，他們可能比以前遇到的任何敵人都難于對付，而且此地潮汐複雜，早上六點開始退潮，下午兩點開始漲潮，也就是說，從登陸開始到戰鬥結束，你們隻有四個時辰（八個小時）的時間。
現場陷入了死一般的甯靜，所有的人都明白這意味着什麽。
所以戚繼光直截了當地說出了最後的話：
“你們一旦上島，便無退路，如不能勝敵，潮汐再漲時，便是必死之刻，若你們無此決心把握，便不要渡海，我絕不責怪。”
在短暫的沉默之後，戚繼光聽到了雷鳴般的回答：
“不遠千裏而來，豈能後退，不殺倭奴，誓不罷兵！”
奪回原本屬于自己的領土，爲被殺害的同胞複仇，不用猶豫，也無須多說。
嘉靖四十一年（1562）八月初九淩晨，戚家軍向橫嶼發起進攻。
此刻潮水剛剛退去，而天色尚早，倭寇們戒備松懈，是最佳的出發時間。
但剛走幾步，第一個難題就橫在了面前，由于剛剛退潮，道路十分泥濘，很多地方完全無法行走。但戚繼光早已想好了對策，他讓每個士兵帶上了一件特殊的物品——稻草。每前進一步，士兵們都撒草鋪路，部隊開始有條不紊地行進着。
此時海島上的倭寇已經發現了戚家軍，但他們卻沒有行動，隻是冷笑着注視着眼前的這一幕。因爲他們十分清楚，要想登陸上島，靠稻草是遠遠不夠的。
果然，更爲嚴重的問題出現了，士兵們終于發現，越靠近海島，泥濘就越嚴重，但這并不是問題的關鍵，真正的緻命之處，在于體力。
曾有曆史學家統計過，明代士兵作戰時，身上的盔甲，外加武器裝備，負重至少在十五公斤以上，而攜帶多種武器的戚家軍隻多不少。
這是一個十分可怕的數字，連美軍特種海豹突擊隊平日演練時，負重也隻有十公斤左右。而戚家軍在跨越淤泥之後，還要趟過海水，是名副其實的武裝泅渡。
事情似乎正如倭寇們的預料，明軍開始體力不支，東倒西歪，照此下去，即使能夠爬到岸上，也根本無力作戰。
後方的戚繼光看到了這一切，他十分清楚，如果繼續下去此戰必敗，于是，他讓人拿出了他預先準備的那樣東西。
前面的士兵們已苦不堪言，隻憑借頑強的意志苦苦支撐，而就在這時，他們聽到了一陣響亮的鼓聲。
士兵們回過頭來，看到了這樣一幕場景。
戚繼光獨自屹立在那裏，奮力地擊打着擂鼓。事到如今，已經沒有任何辦法，這是他能提供的唯一幫助。
于是在這個即将破曉的黎明，孤獨而清越的鼓聲回蕩在天地之間，回蕩在每一個人的心中。
片刻沉默之後，在鼓聲的伴随下，明軍支撐着疲倦的身體，向前方的小島繼續前進，憑借着頑強的意志，以及必勝的信念。
因爲那本就是屬于他們的土地。
倭寇們慌亂了，他們親眼看見了奇迹的發生，這支疲憊不堪的軍隊忽然重新奮起，征服了泥沼和海水，一步步向自己走來。
被巨大恐懼籠罩的倭寇立刻開始整隊，集中全部兵力在海邊列陣，準備玩一次“擊其半渡”，等待明軍上岸後，趁他們立足未穩，發動攻擊将他們趕下海去。
然而他們再次低估了對手的實力，做出了錯誤的判斷。
登岸的明軍并沒有如倭寇所料，直接發起進攻，而是堅守原地，直到剩下的同伴趕到，排出那個特别的陣形後，才開始繼續前進。這時倭寇們才如夢初醒，但爲時已晚。自鴛鴦陣成形的那一刻起，他們的失敗就已注定。
所以雖然他們來自出産最兇殘野獸的九州，雖然他們負隅頑抗，進攻受挫仍然狂叫着揮刀沖鋒，但這一切都無濟于事，在比他們更爲勇猛的明軍和威力強大的鴛鴦陣面前，失敗是他們的唯一結局。
很快戰鬥就演變成了遊戲，倭寇全線潰敗，而明軍則變爲三才陣和五行陣，四處追趕逃竄的倭寇，并将他們置于死地。島上的千餘名倭寇要麽被殺，要麽自殺，要麽淹死或被俘，總之無一幸免。
橫嶼之戰就此結束，三個時辰之内，明軍全殲島上倭寇，并解救出被擄婦孺八百餘人，己方傷亡共計十三人。
在這場意志的較量中，戚繼光和他的軍隊成爲了當之無愧的強者。
戰鬥勝利了，用盡最後一分氣力的明軍再也支撐不住，紛紛躺倒在地，動彈不得，寂靜籠罩着戰後的橫嶼。
戚繼光沉默地看着眼前的這一幕，他知道，這是勝利的甯靜，是無聲的凱歌。于是一聲高昂的吟唱就此響起：
萬人一心兮泰山可撼，
惟忠與義兮氣沖鬥牛！
主将親我兮勝如父母，
幹犯軍法兮身不自由。
号令明兮賞罰信，
赴水火兮敢遲留。
上報天子兮下救黔首，
殺盡倭奴兮覓個封侯！
此即千古傳誦之《凱歌》，青史留傳，餘音不絕。
覆滅
橫嶼之戰的真正意義在于殺雞給猴看，此戰之後，福建各地倭寇皆聞風喪膽，再也不敢嚣張放肆，戚繼光乘勝追擊，先後在杞店、牛田、林墩大破倭寇，先後殲敵五千餘人，形勢一片大好。
但這時麻煩來了，雖然胡宗憲總領東南，但福建并不是他的屬地，戚繼光隻是被暫借而已，時候一到還是要回去報到。有這麽好的外援，福建巡撫自然舍不得放走，而且此時正是打擊倭寇的最好時機，如果撤回浙江，必将前功盡棄。
于是戚繼光決定向胡宗憲上書，要求延長租借期，他信誓旦旦地對福建監軍汪道昆表示，胡宗憲是一個通情達理、顧全大局的人，如無意外，事情絕無問題。
但意外偏偏發生了，因爲他的這封上書，胡宗憲根本就沒有看到。嘉靖四十一年（1562）十一月，胡宗憲被削去官職，逮捕入京。