鄭芝龍的艦隊共有大小船隻一千餘艘，鄭芝龍率領的是主力艦隊，有船三百餘艘，其餘四路每路兩百餘艘，而李國助和鍾斌兩人隻有六十餘艘船，
以六十對二百，正常情況下肯定是打不赢的，但是如果其中一路進攻失利，兵力損失較大的話，李國助和鍾斌突然反戈一擊，那就可能擊敗一路船隊。
孫傳庭要求的不高，隻要能俘獲二十來艘中型艦船，孫傳庭就滿足了。
孫傳庭的打算是，如果能俘獲二十來艘中型船，那麽他就可以丢掉沒有多少戰鬥力的小船，組成一支四十餘艘以中型船爲主的艦隊，把這些船全部安裝上新式火炮之後，再加上李國助和鍾斌的船隊，孫傳庭就可以達到一百餘艘艦船，這時孫傳庭就有了跟鄭芝龍叫闆的實力。
孫傳庭知道自己在海戰方面還是一名新丁，在沒有把握之前，孫傳庭不想冒任何風險跟鄭芝龍在海上交戰，不給鄭芝龍任何消滅自己的機會。
爲此，在鄭芝龍夜襲澎湖的時候，孫傳庭命令所有的船隻隐藏起來。
不過在得知林士傑的戰果之後，孫傳庭知道自己穩過頭了。
鄭芝龍兩次進攻共計損失了兩千餘人，對于鄭芝龍的總兵力來說，損失這點人手算不了什麽，但是鄭芝龍是坐船來的，一下子減員這麽多人，有的船隻水手就不夠用了，尤其那些小船。
一艘小船一般隻有十到二十名水手，這些小船也沒有安裝火炮之類的武器，它的最大用處就是跟大船作戰時，抵近放火。
當年料羅灣海戰，鄭芝龍就是利用小船目标小，速度快，不易被大船攻擊的特點，靠近敵艦點燃，一舉擊潰荷蘭軍的主力戰艦，最後取得料羅灣海戰的勝利。
戰後，荷蘭軍之所以答應鄭芝龍的條件，不敢跟鄭芝龍繼續作戰，就是懼怕鄭芝龍這種戰術。
小船在海戰時，屬于消耗品，損失了并不可惜，但是因爲人員不足，無法操縱小船，最後舍棄，這樣損失鄭芝龍是不願意的。
而且不光是小船，還有一部分中型船，也出現了人手不足的問題。船上人手不足，戰鬥力自然大減，如果孫傳庭在鄭芝龍退兵的時候率領船隊突襲一下，再俘虜一些船隻是沒有問題的。
可惜由于孫傳庭太過求穩，把船隻隐藏起來，等他得知戰況之後，再想率船突擊已經來不及了。
不過這樣孫傳庭已經很滿足了，鄭芝龍撤退時舍棄了四艘擱淺的中型船，還有十餘艘小船，這個戰果不可謂不豐盛。
一下子俘虜了這麽多船，孫傳庭馬上發現一個問題，那就是他也沒有足夠的人手來操縱這些船。
沒人開船，那這些船就成了擺設，孫傳庭隻好把主意打到了那些傷兵的身上。
這時，林士傑已經把戰場打掃完畢，戰果也統計出來，此戰共消滅鄭芝龍部一千八百餘人，其中直接死亡人數爲八百餘人，重傷四百餘人，輕傷五百餘人，無傷的俘虜近一百人。
得知這個戰果孫傳庭大喜，當即命軍醫給那些傷兵治傷，然後讓林士傑勸降這些士兵。
這些傷兵雖然跟随鄭芝龍很久，不過現在畢竟有了正經出身，很多人并不願跟鄭芝龍造反，聽聞官軍勸降，毫不猶豫地便投降了。
有了投降的俘虜加入，孫傳庭馬上整頓艦隊。把這些俘虜分配到各船擔任水手，原來的水手解放出來以後擔任戰鬥人員。
這樣安排，對俘虜不放心是一方面，主要是這些人根本不會使用新式武器，不會使用武器，等于是沒有戰鬥力。
孫傳庭可不會幹接舷戰那樣的戰法，有便攜炮和步槍這樣的中程和近程武器，他也用不着跟敵軍接舷戰。
分配完降兵之後，剩下就等漲潮了，漲潮以後擱淺的船隻被開到岸邊，重新安裝火炮。
不過當孫傳庭跟林士傑提出把布防的重炮安裝到船上的提議卻被林士傑拒絕了。
林士傑的理由是，他雖然暫時歸孫傳庭統屬，但卻是孫猛的部屬，征調他的武器沒有孫猛的同意是不行的。
另外，澎湖距台灣隻有八十裏左右，駐台灣的荷蘭軍隻需一個多時辰便可過來。一旦荷蘭軍攻島，島上沒有重炮，根本無法防禦。
（注：當時西方帆船的速度可達十節以上，而鄭芝龍的船航速最高爲七節。一節爲一海裏，一海裏等于1。852公裏，一小時十節，即十八公裏多一點，澎湖距台灣最近的距離爲四十公裏，按照十節的速度，隻需兩個多小時便可抵達。）
聽林士傑據理力争，孫傳庭自不會以官職強壓，林士傑是孫猛的部下，而且孫猛栽培林士傑的意圖十分明顯，孫傳庭現在需要孫猛配合他作戰，自不願因武器跟孫猛鬧翻。
而且就算林士傑願意把重炮給孫傳庭，數量也不夠。澎湖的重炮隻有三十門，這還是孫猛見澎湖孤懸海外，特意多給了十門重炮。
這次俘虜了四艘中型船，每艘船有十個重炮炮位，島上這三十門炮全部給他還差了十門炮。
另外，鄭芝龍的火炮跟李景設計的火炮型号不一樣，船上的炮位要安裝新式火炮需要做出很大的改動才行，而在島上隻能臨時安裝，最終還得到船廠重新改動炮位。
在福建，能夠改動炮位的船廠隻有鄭芝龍在老家石井鄉建造的船廠。現在這個船廠已經被劉二愣的人控制起來，孫傳庭需要到船廠改動炮位，完全沒必要把澎湖的重炮帶走。
新增了四艘中型艦船，孫傳庭自然想盡快令新船投入戰鬥，把島上的事務全部交給林士傑，又叮囑了一番應該注意的事項，孫傳庭當即率領船隊返回福建。
澎湖距離福建近四百裏，孫傳庭的艦隊全速航行要大半天才能到達。
當孫傳庭的艦隊趕到金門島之時，卻見海邊一片狼藉，無數船闆，死屍在海上漂浮，顯見這裏剛剛發生了一場慘烈的戰鬥。
見此情景，孫傳庭大驚。
金門島地理位置極其關鍵，一旦金門丢失，則泉州，漳州兩府幾個出海口盡在鄭芝龍的攻擊範圍之内，鄭芝龍随時随地可以從金門出兵攻擊這些地方。而朝廷的艦隊無法跟鄭芝龍抗衡，滅不掉鄭芝龍的船隊就沒有辦法攻擊金門的駐島部隊。
說實話，孫傳庭一直沒想明白金門這麽重要的地方，鄭芝龍爲什麽會輕易放棄，孫傳庭相信金門島原先駐守的人一定是鄭芝龍最得力的親信。
唯一的解釋就是鄭芝龍并不想造反，當朝廷派人就任金門守備的時候，鄭芝龍的人不敢違背朝廷的命令。
眼見島外沿海一片狼藉，而島内卻悄無聲息，孫傳庭大急，這時哪裏還顧得上到石井船廠改裝船隻，先弄清金門的狀況要緊。
孫傳庭急命艦隊向金門島靠近，并作出攻擊之勢。
不過當孫傳庭的艦隊接近金門島不久，就從千裏鏡看到島上有官兵在岸邊布防，孫傳庭一顆心這才放了下來。
既知金門島尚在掌握之中，孫傳庭當即下令士兵登島。
顯然，在孫傳庭看到島上的官兵之時，島上的人也認出孫傳庭的旗艦，因此，島上的官兵迅速解除警戒，并在岸邊列隊迎接。
等孫傳庭的旗艦靠岸，從船上走下之時，金門守備肖義已經帶着一衆士兵列好隊形。
見孫傳庭下船，肖義急忙上前見禮：“卑職肖義參見督帥。
眼見肖義一臉疲憊，士兵們也是滿臉倦容，孫傳庭擺手止住衆人行禮。
“出了什麽事情？”孫傳庭問道。
“回督帥，昨天鄭芝龍部率船偷襲，卑職帶領衆兄弟跟逆賊打了一夜，今日一早，逆賊又增援了一支艦隊，卑職雖予敵以重創，奈何炮彈已盡，隻好放敵進島近戰。仗着武器犀利，衆軍奮勇，總算是把逆賊擊退。”肖義說道。
孫傳庭點點頭，肖義雖然說得輕描淡寫，但是看海邊的情形，便知此仗打得定然慘烈無比。
在衆士兵身上掃了一圈，孫傳庭大聲說道：“兄弟們都辛苦了，想來這一夜不曾休息，你們先回去歇息，我派人暫替你們布防。”
“多謝督帥體恤！”衆士兵大聲道。
孫傳庭擺擺手，命士兵回去休息，随即吩咐船上的士兵接替防務。
見孫傳庭亦是面帶疲憊，肖義忙道：“督帥，請随我到守備府歇息一下吧！”
孫傳庭點點頭，肖義急忙頭前帶路。
到了守備府，肖義命人奉茶。
孫傳庭接過茶杯，看向肖義道：“昨夜一戰，我軍損失多少？”
肖義聞聽頓時黯然，沉默了一會兒方道：“金門駐軍共有一千七百多人，現今隻剩下不足千人了。”孫傳庭默默點了點頭，若不是島上有五百人是孫猛和劉二愣調來的精銳部隊，金門島恐怕早就被攻下來了，打了一天一夜，損失不足千人，這個戰損還是可以接受的。見孫傳庭不語，肖義說道：“禀督帥，其實卑職能擊退逆賊，并非島上官兵之功。”