在朱厚照深居紫禁城，被他切斷了所有外界聯系的時候，劉瑾絲毫感受不到心中那種對朱厚照的恐懼，但是當他聽到朱厚照身邊的懷志已經與張永會面，意識到他造反的信息很快就會傳進皇帝朱厚照耳中的時候，劉瑾徹底慌亂了。
此時此刻的劉瑾已經沒有了之前那種成竹在胸，無所畏懼，确定能夠登基大寶的自信。在他的腦中現在有三個念頭：
第一個，趕緊進皇宮向皇帝請罪，繼續欺騙朱厚照，把對張永的追殺說成是仇殺。這樣做的結果，他将被朱厚照剔除出大明朝的權力核心，甚至很有可能會獲罪，但是暫時不會被砍頭。可是時間長了，随着他失去了勢力，他的仇人會将他過去的所作所爲都向朱厚照禀告，最終難逃一死。
第二個，召集黨羽立刻發動叛亂。兵分五路，第一路攻占神機營；第二路攻打紫禁城；第三路攻擊京城十二衛中至今還沒有受他控制的五個衛軍；第四路搶占京城九門；第五路，攻打天壽山的護陵軍與農場大營。這樣做的結果就是勝負五五之分，可是一旦京城外圍勤王軍隊到達，他卻還沒有攻下皇宮的話，必死無疑。劉瑾始終對大明第一軍“神機營”戰鬥力無比恐懼，尤其皇宮中還有大量殺傷力極強的炸藥，劉瑾在這個念頭剛剛升起的時候，就果斷的直接選擇了放棄。
第三個，逃！趕緊逃！帶着效忠書和心腹立刻逃跑。逃得遠遠地，逃出大明朝的疆域，投奔北方的蒙古鞑靼，憑借手中的效忠書威脅大明朝内的文武大臣，繼續過風風光光的日子。這樣做的結果是“留得青山在不愁沒柴燒”，舍棄所有這些年來貪墨的金銀财寶，一切從打鼓另開張，憑借手中朝廷中文武大臣的效忠書，委身于蒙古貴族，通過幫助蒙古人對付大明獲得權勢與地位！隻不過主子從朱厚照這個大明皇帝變成了蒙古貴族，檔次降了不止一個層次。
如果此時造反的是錢萬鈞，有八成把握能把皇帝拉下馬，他會直接集中所有戰鬥力進宮紫禁城，就算是皇帝使用炸藥包也無所畏懼，用人命鋪出一條血路，直到最後錢萬鈞與朱厚照兩個人之中隻有一個人能活着爲止。
如果是李東陽，有五成把握能把皇帝拉下馬。李東陽畢竟是四朝老臣，門生故吏多不勝數，經過長時間的謀定而後動，突然爆發成功還是有一定幾率的。更重要的是李東陽也算是将門之後，骨子裏面也有着一股子狠勁。
如果是趙山河，三成把握能把朱厚照拉下馬。趙山河把頭腦中各種各樣的東西都鼓搗出來，紫禁城的防禦也形同虛設！更重要的是他從根本上不認可當時蒙古鞑靼屬于中國人，不可能投奔異族，最後必然選擇死戰。
隻可惜，劉瑾不是錢萬鈞，不是李東陽，也不是趙山河。他幾十年來一直當奴才的經曆已經在他頭腦中形成了對皇權畏懼根深蒂固的思想。尤其他貪生怕死，留戀金錢與權勢的想法扔讓他在這個開弓沒有回頭箭的時候，硬生生地自廢武功，放着手中的千軍萬馬不用，準備三十六計走爲上計。
劉瑾從龍椅上站了起來，慌慌張張地對手下心腹說道：“趕緊集合人馬，收拾金銀細軟，咱們連夜出城，出京城直奔宣府，策反宣府投靠蒙古親王查木可古力。”劉瑾一邊說着一邊脫下身上的龍袍，露出裏面的内衣，招呼着手下的衛士替他更衣。
“公公，你投奔蒙古鞑靼親王查木可古力，我們二人該如何是好？”焦芳與劉宇二人連滾帶爬來到劉瑾身邊哭訴着。
“你們二人依然是大明的内閣大學士，我逃走之後你們可以檢舉一些不輕不重的黨羽用來自保。”劉瑾說完之後，從供案上拿下當初文武大臣簽下的效忠書，在二人面前晃了晃說道：“這上面的人不要随便亂咬，這些人對我還有大用。”
劉瑾說完之後，急匆匆沖出大堂，跨上早已經由衛士準備好的戰馬，打馬如飛沖出在仁壽坊的府邸，一邊跑一邊對衛士說道：“去通知另外四個公公，告訴他們我會在宣府等待他們，與他們一同策反宣府共同投奔蒙古鞑靼。”
劉瑾說完之後，如同喪家之犬一般，倉倉皇皇帶着手下的衛士順着北京城的城牆根直奔安定門。
劉瑾不打一聲招呼，帶着心腹狼狽逃竄，他事先在北京城中安排的死士以及各個黨羽都不知道他離開的消息。這一路上劉瑾帶着心腹順着城牆根逃竄，與很多效忠他的勢力相遇。這些人紛紛準備上前與劉瑾打招呼，沒想到劉瑾根本就沒有停留的意思，不斷抽打着胯下的駿馬風馳電掣一般從他們的身邊沖了過去。
劉瑾奪路而逃，準備帶着效忠書與自己的幾個老兄弟一起亡命天涯。
此時，皇宮内彌漫着濃重的血腥味，有了懷志的禀告以及劉瑾死敵張永的指認，若大的紫禁城中所有跟劉瑾有關聯的太監全都被就地正法。尤其是朱厚照在得知“軍火庫”中的炸藥都被劉瑾偷走資敵的消息之後，爲了保密下令将軍火庫中所有的太監全部鸩死。
肅清皇宮之中劉瑾的黨羽之後，皇帝朱厚照連下兩道聖旨。第一道聖旨命令京城三大營皇宮勤王！第二道聖旨命令京城十二衛軍原地駐紮，膽敢妄動者按叛亂罪論處。
随着三大營殺氣騰騰地出現在皇宮大内，朱厚照心中大定，一聲令下全城戒嚴、緝拿閹黨。整個京城的防衛力量立刻運轉起來，一場由三大營主導，李東陽等文武大臣輔助的針對閹黨的大清洗如火如荼地展開。
抓捕行動進行了一夜，在這一夜時間内，北京城的老百姓個個都心驚膽戰躲在自己家裏，縮着腦袋小心翼翼從門縫中向外觀看着。那些昔日裏耀武揚威的閹黨一個個被從家裏抓了出來，跪在大街上，鋒利的鬼頭刀被儈子手高高舉起，緊接着刀口帶着鮮紅的血迹将人頭與身體分離開來。
天色大亮，一夜未眠的朱厚照端坐在金銮殿中傾聽着平亂軍隊将領的彙報——閹黨黨羽大部分已經落網；但是叛亂首腦閹黨劉瑾，丘聚、羅祥、魏彬、高鳳五人翻遍了京城也不見蹤影，他們的親衛也一同消失。
朱厚照屹立在金銮殿的禦階上，冷冷地看着面前的文武大臣，帶着無限霸氣地開口說道：“奴才就是奴才！朕敢跟你們打賭，就算他帶着千軍萬馬與朕孤身一人對峙，他在見到朕的那一瞬間，這個奴才依然不敢正視朕的眼睛。這樣的人朕無懼，隻是可惜了這些年朝廷之中那些遭受他迫害的忠臣良将。”