崇祯九年，滿清進攻北京。周遇吉從尚書張鳳翼數血戰有功，連進二秩，爲前鋒營副将。
後從孫應元等讨賊河南，戰光山、固始，皆大捷。十一年班師，進秩受赉。
再破胡可受于淅川，降其全部。楊嗣昌出師襄陽，周遇吉從中官劉元斌往會。會張獻忠将至房縣，楊嗣昌策其必窺渡鄖灘，遣周遇吉扼守槐樹關，張一龍屯光化，賊遂不敢犯。
十二月，獻忠敗于興安，将走竹山、竹溪，周遇吉複以楊嗣昌令至石花街、草店扼其要害，賊自是盡入蜀。周遇吉乃從元斌駐荊門，專護獻陵。
又與孫應元等大破羅汝才于豐邑坪。又明年與黃得功追破賊鳳陽。已而旋師，敗他賊李青山于壽張，追至東平，殲滅幾盡，青山遂降。
如果說以上這些，隻是周遇吉武将生涯的嶄露頭角。那麽接下來，才是他開挂的耀眼時刻。
當時黃台吉繞道山海關，直取關内，在山東大肆劫掠。整個大明王朝的軍隊被摧枯拉朽，滿清勢如破竹。黃台吉的大軍，直接打到了北京城下。
而大明沒有一支軍隊能夠與之抗衡，直到此時遇到了周雨具。周雨具在楊柳青曾經與清軍大戰三天三夜。
當時，清兵七萬餘衆從山東劫掠大量物資和青壯年人口經楊柳青北返關外，整個山東、河北兩省各地明軍或望風而逃，或撤兵讓路。
當時已接聖旨由楊柳青調往山西任總兵的周遇吉本已帶兵開拔，但他聽說清兵要過境楊柳青，遂率騎兵返回楊柳青，利用地形痛擊清軍，清軍死傷數千，創造了在明清交戰史上罕見的明軍以少勝多的戰例。
後周遇吉在山西也屢立戰功，古典昆曲大戲《甯武關》和京劇《甯武關》表現的就是周遇吉的戎馬一生，其中戲詞中曾多次提到周遇吉在楊柳青大敗清軍的輝煌戰績。
在諸路将領節節敗退，黃台吉如入無人之境的時候，周遇吉帶兵血戰清軍。
可惜，此時的周遇吉手裏兵馬并不多。否則，黃台吉非吃大虧不可。即便如此，周遇吉也有力地痛擊了清軍來犯。
崇祯十五年冬季，周遇吉接任山西總兵官，赴任之後，淘汰老弱殘兵，修繕兵器，加強練兵，積級備戰。
第二年冬季，李自成攻占陝西，準備取道山西進攻北京，周遇吉與山西巡撫蔡懋德分别布置河防，并向京師求援，但當時北京已無兵可調，僅是象征性地派遣副将熊通率領二千士卒助戰，周遇吉留下熊通防守黃河之後，趕赴代州爲北京建立阻擊防線。
崇祯十七年正月，平陽守将陳尚智投降李自成，勸降熊通，并讓他遊說周遇吉歸降。
周遇吉見到熊通後，怒斥道：“吾受國恩，豈可與你叛逆？！你統兵兩千，不去殺賊，爲什麽反而要做說客？！”
周遇吉怒斬熊通，将首級送往京城，以顯示自己效忠明朝的決心。
二月七日，太原淪陷，原任山西巡撫蔡懋德自盡身亡。
李自成在太原休整八天之後，又攻取了忻州，進而急攻代州。周遇吉在代州堅守數天之後，糧盡援絕，率軍突圍後退保甯武關。
甯武關位于山西中部甯武是由太原北上大同的交通要道，明朝景泰年間建築關城，與偏關、雁門關一起成爲防禦鞑靼騎兵的山西三關之一，戰略地位極爲重要。
奈何周遇吉兵力太少，以山西孤旅是無法與李自成數十萬大軍相抗衡，代州的失守隻是時間問題。甯武關地勢險要，而流寇又志在必得，此次戰役進行得相當慘烈。
流寇因爲在明軍火炮猛烈的轟擊傷亡較重，曾以“五日不降者屠其城”的宣傳攻勢希望迫使周遇吉投降，明軍火藥即将耗盡的時候，一些将領也曾勸說周遇吉改變策略不要一味硬拼，但被“一軍皆忠義”的周遇吉斷然拒絕。于是在城内設伏，出弱卒誘敵入城，亟下閘殺數千人。
由于周遇吉的頑強抵抗，李自成一度準備放棄攻取甯武關，但他手下的将領們一再堅持，流寇因而再次對甯武關發起了猛攻，在火炮的轟擊之下，關城不斷坍塌，流寇沖鋒的前隊戰死，後隊馬上跟進頂替，終于攻破甯武關。
流寇攻入關城之後，周遇吉繼續指揮巷戰，從戰馬上摔下來後又徒步奮戰不止，在身中數箭被流寇生擒後也仍然破口大罵不願屈服，流寇将周遇吉懸吊于高竿之上亂箭射死，然後又将屍體肢解。周遇吉的夫人劉氏帶領幾十名婦女拒守公廨，登上屋頂向流寇放箭，全部被流寇燒死。
城破之後，農民軍“遂屠甯武，嬰幼不遺”，百姓被殺者甚衆。
這就是曆史上的周遇吉，朱慈烺心中的大明忠烈。這樣的一個将才，不能就此被埋沒。
明末崇祯一朝，明軍幾乎是一觸即潰，周遇吉這可璀璨的将星無論在當時還是在曆史上均産生了深遠影響，李自成因此一度準備撤回陝西，流寇攻入北京之後，流寇們還在說：“若大明的主将都象周總兵那樣，我們如何能夠打到京城。”
大明官場腐敗，很多将領都是靠家庭背景和裙帶關系來取得職位，而周遇吉則是憑借戰功，累功升遷成爲的一代名将。
奈何崇祯不識英雄，若是多給周遇吉一些兵力，李自成斷然打不進北京城去。
李自成這一仗損失了數萬人，周遇吉抵抗的激烈程度可見一斑。流寇攻破關隘後，周遇吉與明軍展開了巷戰。
他一人一馬，馬瘸腿了，他摔下馬與流寇肉搏，格殺數十人。被擒住時還大罵不絕。李自成大怒，将他懸挂到高竿之上，命士兵亂箭齊發，後又被分屍。
這樣的将才，竟然率兩萬兵勇，硬生生的平定了山西境内的割據兵權。
仇正、趙四龍和王安這幾人坐擁雄兵百萬，竟然别隻帶了兩萬兵丁的周遇吉，一句殲滅。