沈全也是吃了一驚，他想給部下求情：“太子殿下，念、念在他們是初犯，這個、這個不如饒了他們性命，以觀後效吧。”
此時的朱慈烺，目光能殺死人。雖然隻是小小年紀，依然讓諸将爲之膽寒。
“什麽，沈将軍，你說、饒了他們？”
皇太子的聲音讓人骨子裏感到陣陣寒意，沈全都畏懼起來：“殿下，這、這個末将的意思是，是、能不能從輕發落。”
“不能，”朱慈烺幹脆利落的回絕：“視軍紀爲兒戲，罪無可赦。你們給本宮記住了，隻要是本宮執掌京畿防衛，你們五軍營将士，敢有違抗軍紀者，嚴懲不貸！拖出去，砍了！”
夠狠，這位皇太子好生厲害。左掖軍的諸将們無不心中膽寒，眼睜睜的看着這四名兵卒，被東宮衛的人拖了出去。
“殿下饒命，饒命啊殿下，小人不敢，小人再也不敢了...”
很快衆人就聽不到這四人的哀求聲了，因爲，不多時東宮衛的幾個劊子手來報：“禀太子殿下，四人已全部被處斬。”
朱慈烺心如鐵石，隻是冷冷的“嗯”了一聲：“傳令三軍，再有違紀者，這四人就是榜樣。”
左掖軍的将士被發了三個月軍饷，此事很快在五軍營中傳了個遍。整個五軍營的士氣爲之一振，因爲太子殿下承諾，其他各營也會在這幾日陸續發放軍饷。也是每個軍營将士，先發三個月軍饷，後續拖欠的慢慢償還。
此事在五軍營中掀起巨大的震動，就連京畿外圍防線的駐軍将士，都聽說了這個皇太子的雷厲風行。
皇太子去左掖軍，手刃了左掖軍提督指揮使王何福，又處死了四名聚衆賭錢的士兵。現在，五軍營的将士提起皇太子來，無不既敬且畏。
身爲将帥，協威領兵。這一點，至少朱慈烺做到了。現在沒有一個人，敢把這位年紀輕輕的小太子當成一個小孩子來看。人們看到的，至是一個雷厲風行，果敢勇決的皇太子。
發放俸祿的五軍營将士，各營陸續回京調防。京城的防衛經過朱慈烺的一番肅清，戰鬥力可謂直線上升。
整頓三大營，其實讓三大營的将士們着實有些惶恐不安。還好，朱慈烺的聰明之處在于，隻處斬了左掖軍的王何福，還有神樞營的車兵營裏想暗殺自己的那些刺客。
除此之外，朱慈烺并沒有擴大糾察範圍。因爲他知道，真要是将吃空饷貪污的将領都查下去，整個三大營至少有五分之四的将士會被抓起來。這樣，整個三大營就散了。
之前的事可以既往不咎，但是自即日起，再也敢吃空饷、再有敢克扣軍饷、虐待士兵的事情存在，一經查實，無論你官職大小。上到皇親勳貴，下到各營将領，都将面臨被處死的懲罰。
三大營中，唯有神機營的情況相對好一些。而神機營其實是控制在崇祯皇帝手裏的，崇祯終究是不放心把京畿防衛權交給兒子。自己偷偷的将神機營留了下來，除了神機營，神樞營和五軍營經過朱慈烺的一番整頓，士氣登時提高了不少。
接下來，就是訓練了。不是誰拿起武器就是兵的，那些流寇手裏也有武器，可終究是一群烏合之衆。遇到明軍官兵的時候，流寇一般都是選擇避其鋒芒的。除非流寇人數尾大不掉，不然他們見到官兵都是躲着走。
三大營的将士軍備松弛已久，必須要經過一套系統的訓練科目。
五軍營、神機營、神樞營，朱慈烺将這些将士們集合起來，開會。
五軍營總督董武、神樞營總督遊京、加上神機營總督段永新，還有他們麾下各營将領，被朱慈烺叫到了北鎮撫司。
“諸位将軍，本宮想問你們一個問題，如今三大營的将士軍饷暫時得到解決。可将士散漫軍備松弛，本宮在想，咱們應該多加訓練。不知各位，你們對此有何高見？”
這個将領面面相觑，訓練，這有什麽高見不高見的，皇太子這是怎麽了。五軍營總督董武，站出來一拱手：“太子殿下，這操練士兵是各營必備科目。每日各營都無有懈怠，不知殿下的訓練，是何意。”
“本宮的意思是，你們平日訓練的時候，訓練的都是一些什麽科目。”
董武接着回道：“回殿下的話，都是一些陣前搏擊操練，還有一些陣型戰術。”
神樞營的遊京也跟着說道：“沒錯，主要是騎射、弓馬、兵器操練，陣型隊列等等。”
段永新的神機營倒是類似于近現代的訓練了：“回殿下，末将的神機營主要訓練的還是火器，包括短長距離射擊，三排連射。隊形變換操練，火器的使用以及保養，主要平日的将士們訓練的都是這些。”
朱慈烺搖搖頭：“不行，本宮給你們重新制定一套訓練科目。除了以上這些操練之外，你們還要加上幾項。比如五公裏負重越野、蛙跳、俯卧撐、單腿伸登、組合體能練習，除了軍械還有近身格鬥擒敵，包括姿勢與步伐、拳法、腿法、防擊打技術、還有擒敵拳...”
皇太子給的這些科目，聽得那些将領是一愣一愣的，他們從來沒有聽說，居然士兵還得練習這些。
可是太子有令，衆人由不得不從。很快，各營中修建了一些跑道、單雙杠，還有一些木樁、徒手攀爬以及跳高之類的項目。
每日，這些三大營的将士，都按照皇太子的命令，進行了一系列近現代的軍事操練。重要的，他們還要練習踢步，士兵見到将領要行禮。
當然，入鄉随俗。朱慈烺不會讓這些将士們行軍禮，而是見到上級長官隻需要立正站直，即便如此，許多将士依舊是非常不适應。
尤其是内務，皇太子要求，各兵營的内務必須幹淨整潔。各軍營将士首先以内務爲首要考核标準，然後就是将士們的體能訓練。
循序漸進，最後才是各兵種的日常陣型、搏殺、弓馬、器械等等冷兵器的訓練。
開始将士們都覺得太過古怪難以适應，可随着時間的推移，各營的将領逐漸發現，手下的将士們都變得靈活了許多。尤其是列陣，真正做到了令行禁止。