錦衣衛先從那些衙役、捕快之類的小吏們身上抓起。
官老爺們做事，多多少少還有些底線。可是這些賤籍的小吏們，本來社會地位就十分低下，偏偏手中還有些權力，所以他們要是不利用手中這點權力給自己做事，那就是傻了。這些子孫三代不能參加科舉考試，社會地位低下的小吏們心裏想的是，既然子孫無法參加科舉考試，那就多賺些錢裏給他們，也當成給後代們的補償吧。
正因爲這樣子想，所以這些小吏們幹壞事撈錢，可以說是毫無底線可言，魚肉百姓，禍害鄉裏，什麽壞事都幹盡了。
錦衣衛們随便一審，那些小吏們就老老實實招供出了他們所幹過的一系列壞事。這些家夥幹過了那麽多傷天害理的事情，直接管理他們的通判、司獄、經曆、知事之類的官員，不可能是瞎子聾子，對他們手下這些小吏們幹的事情自然是心知肚明。
既然如此，上司爲何對手下的人幹的壞事卻睜一隻眼閉一隻眼呢？那是因爲下面的人給上面的進貢到位了，隻要銀子倒完了，還有什麽話不好說的？
錦衣衛們順藤摸瓜，由這些小吏們的供詞，揪出了他們後面的那些基層官員。
事實上，某些潑皮混混後面的傘，來頭可大了，有些傘甚至還牽涉到了朝着内閣官員。不過這個時候，那些朝中的背後大佬們隻求自保了，怎麽可能爲了幾個小混混搭上自己的烏紗帽？于是那些小混混們、小吏們和小官們，就理所當然的成爲了棄子。
棄卒保車，幕後大佬們通過威脅利誘的辦法，譬如說托人帶話給那些棄子，告訴他們，讓他們安心認罪下來，自然會有人保證他們的家人衣食無憂。其實這句話還有另外一個含義：如果你們聽話，乖乖地抗下來，那麽就算是你們掉了腦袋，你們的家人也是安全的，否則，勞資烏紗帽掉了的話，你們一家子都别想活命了。
于是那些小喽啰們就老老實實地認罪伏法，心甘情願當了棄子，保住了幕後的大佬們。
事實上，趙鵬對這些事都心知肚明，隻是他自己不願意把事情擴大化，所以有意的睜一隻眼閉一隻眼，否則，以錦衣衛的調查能力，那些人一個都跑不掉。
畢竟趙鵬不是皇帝，他不可能采取雷霆鐵腕手段把朝廷中大部分的官員一網打盡，那樣大明政斧就要陷入癱瘓了，在接受過新式教育的學生們成長起來之前，趙鵬暫時不會對這些官員大開殺戒，姑且先饒他們一條狗命，等以後再算賬。
經過審判，應天府同知被判處杖一百，流放瓊州；通判和司獄被判處斬立決，巡檢被判處秋後問斬，府衙中被捕的各小吏捕快捕頭們，都分别判處流放到死罪不等。
由于應天府經過這場大規模的掃黑除惡之後，府衙人手明顯不足了，于是趙鵬調遣了一批錦衣衛軍餘來應天府衙門，暫時充當起府衙内的臨時工作人員。
這些錦衣衛軍餘雖然暫時接替衙役、捕快和捕頭們的工作，可是畢竟他們是錦衣衛，可不是原本的那些賤籍，他們在府衙内暫時工作，就連宋知府都得給他們面子。
按照趙鵬将來的計劃，等到第一批中等學堂的學生們畢業出來後，他将會推行官吏制度改革，以後取消了小吏，隻要在衙門工作的人們，分爲官員和工人兩種，捕頭、捕快、獄卒、主簿、師爺、衙役之類的全部屬于官，但是都屬于沒有品級的不入流官員，車夫、轎夫、白役之類的，屬于衙門内的工人編制，就類似于後世政府機關和事業單位的工人一樣。
不過那都是後面的事情了，現在趙鵬要去剛剛完工的大明科學院查看。
趙鵬在一群錦衣衛的簇擁下，走到一座大門口挂着“大明科學院”牌匾的大院子門口，門口站崗的錦衣衛嚴格查看了證件，才把趙鵬等人放了進去。
走進科學院大院内，隻見裏面十步一崗，五步一哨，都是手持刀牌，背上背着勁弩的精銳士兵在裏面把守，戒備十分森嚴，嚴實得就連外面的一隻蒼蠅都休想飛進來。
穿過了一條兩邊都是茂密樹林，路面鋪着一種新式建築材料（水泥）浦成路面的林蔭道，林蔭道的兩邊都是負責看守科學院的士兵居住的兵營，穿過了林蔭道，就到了裏面第二道大門跟前。
門口的錦衣衛仔細檢查了各人的證件，就連趙鵬也不例外，也得交出自己的腰牌，讓門口的錦衣衛檢查。
走進了第二道大門内，裏面是一番别有洞天的園林，第二道大門内，看不到穿着軍服，披挂盔甲的士兵了，都是穿着長袍，頭戴絲巾的讀書人在裏面走動，還有不少儒生打扮的年輕人，看起來就是孔武有力的樣子。那些年輕人，事實上都是穿着便衣的錦衣衛，負責保護科學院内層的防禦。
科學院内的第二道大院内，一棟棟小别墅模樣的小樓房和五層住宅樓坐落在園林内，這裏是科學院的生活區。
别墅模樣的二層、三層的小樓房，是提供給譬如說宋應星、戴倉之類的科學家居住的，宋應星還是科學院院長，正二品官職。
而那些五層樓房則是科學院内研究人員的住宅樓，每一座五層樓房都有兩個單元，每個單元的一層樓内，都有左右兩套套房式的住宅，住房的式樣有兩房一廳和三房一廳兩種式樣，住宅樓的東西兩邊是三房一廳，中間的是兩房一廳。
以三房一廳爲例，走進了房間大門内，裏面是一間寬敞明亮的客廳，客廳有玻璃窗，客廳的北面是廚房和衛生間，南面是一條走廊，走進去裏面有三間房間，其中主卧内還有衛生間。
這些以水泥修建成的樓房，建造速度快，房屋結構牢固，居住在裏面舒适。
住宅區内，還有學校、醫務室、食堂、圖書館和棋牌室等設施，可以保證科研人員的子女們不用離開科學院，在這裏讀完中等學校。
穿過了住宅區，通過一座橋梁走過一條河流，裏面又是一堵圍牆，大門口有錦衣衛站崗。走進了這座大門内，才是真正進入了科學院的核心區域。
走進大門内，裏面有三棟大樓，一棟爲化學樓，一棟爲物理樓，一棟爲機械樓。看名字就能看得出來，化學樓是進行化學實驗的大樓，物理樓是進行物理實驗的大樓，機械樓則是進行各種機械研究試驗的大樓。