他們想通過神印獲得無限能源或者提取其中的科技，從而統治整個世界。
但真實的Marker是被一個完全未知的外星文明——目前這個文明在遊戲裏還沒有顯露出任何的蛛絲馬迹。
神印在無數年前就提前造好，然後埋在各個可能用來居住的星球深處的。當一個星球上出現生命，并且這個生命種群規模擴大誕生文明之後。
總有一天能挖出埋在這個星球下面的Marker，此時Marker開始發送“我已經激活”信号，并從“血月”處接受大量的能量。以制造Marker是一個無窮的能量源的假象。
欺騙該文明複制Marker（Marker本身也被設計爲非常容易複制的結構），并運往他們的其他殖民行星以達到擴散的目的。
與此同時，Marker開始滲透進這個文明生命體的精神和心理，催使他們自相殘殺，制造屍體，于是Marker就可以控制屍體的每一個細胞。
使其變異成各種怪物從而制造更多屍體，在所有的生命變成屍體後，則由血月來吸收掉這些有機物質。
通俗易懂的解釋就是，神印可以理解爲蜂箱，怪物可以理解爲蜜蜂，人類就是蜂蜜，神印牌蜂箱是個高科技産物，可以控制蜜蜂。
當怪物蜜蜂收集足夠的人類牌蜂蜜，神印牌蜂箱就給蜂箱的主人發短信告訴蜂箱可以收了，然後就等着主人來收咯。
神印除了使人瘋狂之外，它還存在着一種神秘的力量。事實上，那些之前認爲由于神印産生的幻覺并不是神印産生的，而是其他的力量在起作用。
遊戲裏設定的是幻覺是人類自身保護機制産生的，神印的存在激活了這種保護機制。而意志力強大的人能免于幻覺的影響。
實際上，很有可能同時有兩種力量作用于人類的意識。在遊戲裏，很多NPC都聲稱聽到了兩種聲音。
一種聲音慫恿人們自殺，據信是由屍變體産生的;而另一聲音，據推測來自于神印本身，則試着保護人們，告訴他們逃跑。
或者是像遊戲主角這種情況，神印操縱他們來幫助自己來阻止屍變體的傳播。
當然這樣“有良心的“神印隻存在一代裏。在二代跟三代裏的神印可是一直在陷害跟利用遊戲主角。
這也是齊舒跟毛用極力鼓勵大家選擇該副本的原因，齊舒跟毛用的精神力都超100，這樣的設定毛用堅信能力破解神印裏的信息。
無論系統對神印的設定如何，肯定能從中得到極大的提升。
關于劇情，一代的故事發生在一艘的大型太空飛船上，飛船内的通道與空間相對狹小，房間與過道充滿陰冷詭異的氣氛，伴随而來的是隐藏在黑暗中的恐怖異形。
由于遊戲的主要場景發生在狹小的飛船内部，其中一些區域還遭到了破壞出現了真空、失重或毒氣等特殊環境，玩家需要通過使用增壓服和磁力靴進行調整。
在此類環境中，氧氣量會極速下降，所以玩家必須迅速通過這些區域補充氧氣，否則将窒息而亡。這些是遊戲的場景設定。
一代劇情故事發生在2508年。一艘在伊吉斯7殖民行星附近進行采礦任務的千人制大型太空飛船石村号向CEC（開采公司）發出了求救信号。
CEC接到信号後，随即派遣一艘名叫科利昂号的小型飛船前往石村号所在地調查。作爲太空工程師的艾薩克·克拉克(遊戲主角)随同其他四名CEC雇員一起出發。
艾薩克之前曾接到在石村号上擔任醫務官的女友妮可·布倫南發來的奇怪視頻信息，此行目的也爲确認女友的安危。
就在科利昂号試圖着陸于石村号的時候，石村号的引導系統發生了故障，科利昂号墜毀在石村号的船塢裏。迫降後一行人随即對飛船展開調查。
小隊成員在探索石村号内部的大堂時遭到了不明生物屍變體（Neorph）的攻擊，兩名隊員先後罹難。
石村号的任務就是爲了在伊吉斯7行星上取得這個宗教認爲具有價值的遺迹——神印可理解爲“神迹”，統one教會企圖利用石村号将信标帶回地球研究。
整個任務其實是一個非法的采礦行動。當信标被搬上石村号之後，所有伊吉斯7行星上的居民都患上了抑郁症，并逐漸不受控制發展爲暴力傾向，最終演變爲互相殘殺。
居民死後的屍體變異爲恐怖暴力的怪物——屍變體。殖民地上的一個保衛員在目睹了女兒自殺後，抱着女兒的遺體駕着飛艇逃往石村号。
結果也把藏在飛艇中的外星生命體一同帶入。殖民星球上的災難于石村号上重演，外星生命體在飛船内四處殺戮，并将接觸到的屍體轉化爲屍變體。
屍變體已沒有了人類的特征，其外貌變得十分恐怖，行爲兇殘至極，它們以瘋狂殘殺生命體來獲得新的寄生體。
最終的劇情是遊戲主角在神印的指引之下，克服重重困難成功将神印送回，阻止了災難的進一步爆發。
二代的劇情相對簡單，遊戲主角艾薩克被送到了土星某衛星的軌道站上進行研究，因爲他們都是曾經與紅色神印直接接觸過但沒有變異的人。
然而實際上泰坦空間站本身就是神印的一個實驗基地，随後泰坦上的實驗失控，一部分實驗者都變異成爲屍變體。
在二代裏的神印已經開始變得邪惡，它利用艾薩克對自己女友的感情想要入侵艾薩克的大腦，卻被艾薩克摧毀。
到了第三代，遊戲來到了外星球，那是一個完全被冰凍的星球。該星球的原住民（長得像螞蟻一樣的人型生物）顯然是被神印所誘惑。
它們複制出了無數的神印并瘋狂使用神印提高自己的科技文明，後面當神印開始收割它們的時候，幸存的外星人選擇的同歸于盡（通過冰封了整個星球的方式）。
備注：不是爲了毛文字，主要是向一些沒有玩過該遊戲的讀者解釋遊戲的背景。另外因爲某些特殊原因，統1教沒法寫統統用統one教替代。