任思齊也沒有倉促進行攻城，因爲内城城牆比外城更加的高大雄壯，防禦設施更加的完善。崇明軍爲了行軍的迅速，并未攜帶多少器械，更無攻城利器，想攻上高大的城牆将非常的艱難。
内城神策門外，看着寬闊的護城河高大的城牆，以及城牆上箭樓垛口堆碟，任思齊很不明白擁有如此堅固的城池，一年前的弘光朝廷爲何會輕易的投降，真是白瞎了當年太祖皇帝朱元璋花了二十多年時間修築的雄城。看來雄城不足爲憑，人心才是決定勝負的觀念。可是今日，人心在自己一邊嗎？
外城間的騷亂已經平定了下來，任思齊委任了數以十計的營正，統統給予遊擊将軍的軍階，這些鄉兵的将軍們正興高采烈的約束着手下鄉兵，全心全意的協助崇明軍控制着南京。有不服從命令想趁亂渾水摸魚者，隻要暴露出來就會被迅速清除。
大量的工匠被聚集了起來，開始連夜打造攻城器械。渡壕器械，呂公車，雲梯，各種攻城器械在緊張的打造中。雖然未必用得上，但有準備總比沒準備要好。
洪承疇放棄了外城，也就放棄了外城近百萬的百姓，以及大量的物質倉庫，任思齊已經派遣精幹部隊占據了這些倉庫重地。爲了隔絕清軍的外援，命令新投靠的鄉兵分段防守外郭城牆，外城十八座城門除了重要的觀音門和麒麟門由崇明軍駐守以外，其他的城門都有一支鄉兵駐守，而崇明軍精銳則分駐城内要害之地，如鍾山幕府山等地。若是清兵試圖攻擊外城的話，崇明軍将會就近增援，剿滅敢于出城襲擊的清軍。
接下來的數日，任思齊并未試圖攻打内城，而是努力的整頓鄉兵，安撫外城百姓，反而内城的清兵在洪承疇的指揮下多次出城襲擾，攻打崇明軍的營地，卻根本沒有占到多少便宜。
因爲任思齊派遣了大量的哨探監控着内城十三座城門，每當清兵出内城之時，就會施放一朵代表清兵出城方向的煙花報信，而附近的崇明軍營地則會全陣以待。當清兵在外城街道間進軍之時，又會受到鄉兵們不時的襲擾，遲滞他們的速度。等清兵到達崇明軍的駐地時，還未等攻擊一會兒，就會有其他營地的明軍前來增援，内外夾擊襲擊的清軍。
每個營地的規模都是三千人以上，而且牆寨壕溝一應俱全，即使清兵全軍而來也不能輕易突破營地，所以幾次出城襲擊，清兵根本沒有占到便宜，反而每次都丢下了數百具屍體。眼看着已經有上千的傷亡，洪承疇果斷的停止了出城襲擾。
對洪承疇來說，城内的兵力已經很寶貴了，再也經不起任何損失。幾次出城襲擊失敗，讓洪承疇意識到了外面這支崇明軍的強大，部隊的戰力暫且不說，最起碼營盤的堅固士兵的防守意識極強，是一個強勁的對手。
任思齊再一次見識了清兵強勁的戰鬥力，面前這支綠營兵不論是從裝備到戰鬥的技巧，都不在崇明軍之下，若論單個士兵的戰鬥力更在崇明軍之上。畢竟一個是成立隻有兩年，其中大半都是入伍不超過一年的新兵，而另一方則是從幾十萬明軍降軍精挑細選出來，其中很多都是将領的精銳家丁，單論個人的武藝，雙方不在一個層面。而崇明軍注重陣列配合使得雙方的戰鬥力才拉近了許多。
任思齊沒有攻打内城并不是毫無作爲，他派出了兩支軍隊，一支以楊鼎爲主将，一路向南攻擊，攻伐秣陵溧水等縣，争取把應天府各縣囊括在手裏。另一路則以劉肇基爲主将，向西攻打蕪湖，以蕪湖爲據點，再配合長江上的水軍，阻擋西面武昌方向的清軍援軍，洪承疇的告急文書肯定送了出去，南京的重要性要比湖廣重要得多，得到消息之後，勒克德渾肯定會放棄荊州不顧，全軍回援南京。
現在閻應元在丹陽，楊鼎在溧水，劉肇基在蕪湖，從東南西三面阻擋住了清軍救援南京的路線，南京城内的清軍已經孤立無援！就等着茅十八的水師艦隊到達封鎖長江，那時就是進攻内城的時刻。
内城中，洪承疇滿臉憔悴的坐在書案之後，七八天來，他沒有一日能睡個好覺。每天都在不停地忙碌，查看城防，過問防務，他工作細緻到關心每一個綠營士兵的夥食能否吃飽，饷銀是否足額發放。城中的綠營将領也都被他弄得緊張萬分，一個個小心謹慎，生怕行差走錯。
防務處置的已經很妥當，城頭堆積的灰瓶擂石桐油已經很多，弩弓火炮擺滿了城頭，每一段城牆都有專人負責。大量的賞銀發放出去，綠營兵的士氣還算高漲。洪承疇已經向他們許諾，隻要打退明軍的進攻，他們每人都會官升一級。
軍務已經處理到這種程度，可洪承疇還是隐隐覺得不安。因爲他知道，自己再沒有退路。
城中的官兵人人都可以投降，都可以重回大明治下，可是他洪承疇不能。因爲一副對聯已經把他定到了漢奸的行列，永世不能翻身。
“史鑒流傳真可法，洪恩未報反成仇。”洪承疇坐在案後，默默的念着這副對聯，這是他的一個門生所做。越念臉色越白。心中也不知是恨是悔，恍然間他竟然無比的羨慕起那已死的史可法來。
若是當年自己在塔山赴死，想必今日在世人的眼中自己也是和史可法一樣的名聲了吧！可是我洪承疇苦讀詩書滿腹的經略，又豈甘平凡的死去。大明大廈将傾，豈是我一人所能扶持？良禽擇木而栖，賢臣擇主而事，皇太極雄才大略心胸寬闊又豈是剛愎自用的崇祯能比？
我洪承疇又有何錯？