不管是原來在遼西對陣後金兵，還是被調入關内剿滅流民軍，乃至最後作爲江北四鎮之一，每遇強敵、稍有挫折，劉良佐都會帶着手下親兵不戰而逃。遇強則逃已經成爲了他的本能反應，在這二十來年的紛亂中，朝廷無數的猛将先後隕落，或亡與建奴，或死于流賊，可也有左良玉、劉良佐、劉澤清之流，不僅沒有隕落，反而活得異常滋潤，官是越做越大。吃了多年的朝廷俸祿，身爲朝廷重将，可是當清兵南下時，卻一個個搖身一變，變換了陣營，對着昔日的同袍、同族百姓舉起了屠刀。可這樣的人再怎麽變，也改變不了其内心怯懦的本性。
當遭遇到劉肇基屬下炮兵的鏈彈攻擊時，短時間内就有近百騎兵死在鏈彈之下，這種程度的傷亡吓破了劉良佐屬下騎兵的膽魄，也使得他們喪失了取勝的信心。當他們大敗而回時，根本顧不得觀看江陰城下戰場的局勢，一個個本能的繼續狂逃。
劉良佐雖然有心整理一下隊列，奈何他屬下的騎兵個個隻顧着逃兵，在如雷的馬蹄聲中他的話語連身邊的親兵都聽不清，于是乎被挾裹着從江陰城外倉皇往南逃去，根本顧不得理會城下的幾千步兵。也許在劉良佐心中，既然自己都逃了，屬下理所當然的會追随自己的腳步，根本不需要再發出撤退的命令吧。
是的，此時已經不需要他再發出撤退的命令，看到主力騎兵不顧而去，不論是正在圍攻沙千裏部的綠營步兵，還是正在追擊鄉兵即将破城的清兵，紛紛停止下進攻的步伐，轉過身去，向他們的主帥一樣潇灑的逃走了，揮一揮手在身後留下一片塵土。
看到進攻的綠營兵就這退去，不論是力戰虛脫的沙千裏部，還是潰散中的陳明遇屬下鄉兵，無不長出口氣，或噗通坐在地上，或倚在城牆上，臉上都露出了劫後餘生的表情。
按說此時正是追擊的最佳時刻，可是沙千裏部殘餘的士兵不足五百人，幾乎人人帶傷，根本沒有力氣追擊，而陳明遇屬下的鄉兵？還是算了，把潰散的他們從新聚集就需要好大的功夫，還是把希望寄托在即将抵達的劉肇基部主力身上吧。
劉肇基部來的很快，由于擔心沙千裏部的安危，劉肇基不停的督促着士兵們加快行軍速度。當來到江陰城下，看到坐在護城河邊休息的沙千裏部時，劉肇基不由得長出口氣。
其實劉肇基和沙千裏的關系很不融洽，主要是沙千裏年輕氣盛，根本瞧不起半路加入卻位居其上的劉肇基，經常在軍議時頂撞劉肇基，沒奈何，劉肇基便把沙千裏發配到江陰城中。可是再怎麽不喜歡沙千裏，劉肇基也不敢任由沙千裏被綠營兵消滅，畢竟沙千裏是都督任思齊身邊的老人，深受任思齊的喜愛。看到沙千裏無恙，劉肇基的心才算放了下來。
看到崇明軍主力前來，陳明遇命令周瑞珑、邵康公等将領重整鄉兵隊伍，自己急忙出城迎接劉肇基。二人相見，寒暄過後，陳明遇極力邀請劉肇基帶兵進入江陰，甘願把指揮權讓給劉肇基，從此劉肇基就是江陰的最高統帥。
劉肇基微微一笑，拒絕了陳明遇的提議，言說要追擊逃走劉良佐部，并攻略常州。劉肇基并未入城，率領屬下主力向南追擊而去，把殘破的沙千裏營留下休整。
經過剛剛的大敗，陳明遇知道自己根本沒有領兵之才，便重新想起智勇雙全的前典史閻應元來。于是趁着清軍撤去，陳明遇親自前往閻應元隐居的祝塘，拜會閻應元。對陳明遇的邀請，閻應元慨然答應了下來，聚鄉中少年六百餘人，并帶着全家來到了江陰城。
到達江陰之後，陳明遇力排衆議，推舉閻應元爲江陰統帥。閻應元接管權力之後，立刻開始布置城防，首先派人詳查城中青壯人數，挑選年輕力壯者組成鄉兵，得鄉兵三萬餘人。然後分派人手，三萬鄉兵分班上城防守，每個垛口固定十個士兵，按時換班。由武舉人王公略守東門，崇明軍營正沙千裏守北門，陳明遇守西門，應元自任守南門，其他将領周瑞珑、邵康公各自負責一段城牆。委任訓導馮厚敦爲總管，在許用等諸生的協助下負責全城糧饷軍械後勤事宜。
嚴格盤查城内人等，查出以顧元泌爲首的細作數十人，悉數殺之。
在閻應元的指揮下，江陰城一切變得井井有條，軍民們爆發出極大的抗清熱情。
沙千裏部因爲損失慘重被留在江陰休整。這支崇明軍和清兵苦戰的情形看在所有江陰百姓的眼中，對于這支英勇的軍隊江陰軍民都心生敬慕，無數的城中少年湧到北門要求加入崇明軍。
手下死傷慘重自然需要重新擴充，沙千裏從報名的少年中，，挑選出孔武有力者五百餘人納入軍中，一營的千人編制重新完整。對這些新加入的少年，沙千裏提出了一個要求，就是必須把家人搬到崇明島。
對于這些人的疑問，沙千裏是這樣解釋的，加入崇明軍後肯定會和清兵連續大戰，傷亡在所難免，若是家人搬到崇明，則不論受傷還是戰死，家人都會受到撫恤，會受到崇明官府的供養。
這個理由很牽強，很多人心中很是猶豫，畢竟崇明是座荒島，自然比不上江陰的繁華。但也有人有感于江陰的戰亂，把家人搬到崇明自然可以免去自己的後顧之憂。
沙千裏隻肯接納願意把家搬到崇明的這種做法，看在有心人的眼中則又生出其他想法。
“也許崇明那位越國公根本不認爲江陰能夠守住！”閻應元如此對陳明遇道，“或者他根本沒打算派兵死守江陰，要不爲何劉肇基将軍怎麽也不肯入江陰城，隻留了幾百人協助防守。”
“那可怎麽辦？若是崇明軍不肯竭力助咱們守城，憑借咱們一城之力，無論如何也抵抗不了清兵啊！”陳明遇擔憂的說道。此時時間已經到了七月，各地舉義被鎮壓的消息陸續傳來，據說越國公任思齊也已經帶兵從嘉定退回了崇明。蘇州嘉定松江，各地的舉義紛紛被鎮壓，也許很快清兵就會全力前來攻打江陰，僅靠劉肇基部幾千士兵以及這座江陰城能擋住幾十萬清兵的攻擊嗎？