時間很快過去了三天，三天的時間足以讓那些在燃燒軍團号接受治療的機師全部恢複，而原本聚集在NERV總部的勝利艦隊，也在蕭然于燃燒軍團号食堂公布了機體升級的事情之後分散了開來。
永恒号最先離開，帶着龍族的女巫公主莎拉返回了西曆世界，在西曆世界那邊接上曙光社，以及PLANT，最後還有天人那邊的技術人員之後，就會直接前往月球的阿納海姆和其他人進行彙合，同時也會把一直留在西曆世界的艾爾埃爾夫接過來。
一起離開的還有星野琉璃的撫子号，帶着亞捷那爾第一中隊的人離開，并且帶上了三十台左右的來自于安布利歐的PM一起前往了亞捷那爾，準備将這批機體交付給亞捷那爾使用，同時星野琉璃這邊也會負責帶回屬于尼路加重工的技術人員和設備過來。
然後是拉·凱拉姆号，拟·阿卡馬号，丹奴之子号，托勒密号四艘艦船帶着除了燃燒軍團号成員，大和号成員之外，全部直接前往了月球的阿納海姆，也将會是第一批進行機體改造，更換的成員，而要改造的也不隻是機體，包括戰艦也同樣在改造的計劃當中。
如此多的機體和戰艦要進行改動，時間緊任務重，真的是将兩個世界的力量凝聚在一起，一起努力的在爲勝利艦隊創造更好的條件。
EVA小隊的成員全員留在了NERV總部，初号機需要進行檢查，二号機需要進行徹底的修複和裝甲重置，零号機嘛則需要完全的重建，所以碇真嗣雖然隻是昏迷了一整天的時間，但也必須和被救回來的明日香，淩波麗兩人留在NERV配合三台機體的相關事物。
而從NERV這邊離開之前，蕭然也得到了有關于其他EVA的情報，是由碇源渡親自送到蕭然手中的情報，之前碇源渡的确是準備量産EVA，而且還真制造了好些出來，除了初号機，零号機，二号機，以及被毀滅的三号機之外，碇源渡一開始拟定了二十二台EVA的制造計劃，但因爲三号機所出現的情況，除了已經制造完成的十三号機前面的，後面的則被全部的終止。
對于十三号以後已經制造出來的零件則全部用于對初号機，二号機，零号機，後續還會增配到勝利艦隊的十三号機，八号機後備維修部件，全部送到了勝利艦隊當中，當然也留下了部分對零号機，二号機進行重建和修複工作。
八号機的機師叫做真希波，也是在和魔神ZERO開戰之前時，頂替去測試三号機的明日香所駕駛二号機的機師，一個帶着眼鏡的眼鏡娘，如果抛開主角光環因素的影響，那麽這位真希波反倒是最了解使徒，最了解EVA，也是技術最強大的一名EVA機師了，至少在蕭然的眼中是這麽覺得的。
而十三号機則是一台雙人駕駛的EVA，一個人倒也不是不能駕駛，隻是隻有兩個人才能真正發揮出十三号機的力量來，而其中一名機師則是鼎鼎有名的渚薰，那個不少人稱之爲最後使徒的家夥，更關鍵的是十三号機竟然是由使徒直接安裝裝甲改造完成的。
蕭然當時在看見碇源渡将這些資料送上來，特别是關于十三号機的資料以及渚薰的資料之後，沒人看見蕭然的臉一下子黑了起來，那一分鍾蕭然真的有種碇源渡你自己想死不要拉着我們大家一起去死的想法。
可蕭然最終在思考了一下之後，在離開NERV之前親自讓渚薰進入到了燃燒軍團号，面對面的交談了一下，旁敲側擊的詢問了一下渚薰的想法，雖然沒有說得太過明白，但渚薰也明白蕭然似乎知道了什麽，隻是帶着那和煦的笑容告訴蕭然，他隻想要和碇真嗣在一起，爲了碇真嗣的夢想願意一起幫助這個世界。
總之渚薰後來還是帶着那标準的笑容離開，而蕭然則是看着渚薰的消失的背影表情有些怪異，簡直就像是看見了一個找到了喜歡的人所以願意抛棄一切的妖孽，雖然渚薰确實也讓蕭然感到了放心，但爲了保險，蕭然在第三天離開之前也還是将格拉漢姆，娜洛，咲三人留了下來。
然後帶着大和号，帶着兜甲兒的小隊，鐵也，莎也佳等等，一起前往了熱海，也就是科學要塞研究所，而且是另一個科學要塞研究所，兜甲兒父親所建造起來的真·科學要塞研究所。
值得一提的是，雷納德也同樣帶着屬于汞合金的高級技術人員們，一起前往了月球阿納海姆，在那邊配合勝利艦隊其他人機體的強化工作，以雷納德目前的技術能力而言，也完全有能力擔任這個重責，而且還能和羅進行随時的聯系所以是誰在那邊也并沒有太多的關系。
至于羅嘛當然是和蕭然在一起，他的任務比起雷納德更重，魔神Z，魔神皇帝，真蓋塔這三洋東西就夠得他忙的了，還好有些關于這三台機體的東西可以稍微慢一點來，在前往伊斯坎達爾的路上和燃燒軍團号的技術人員們慢慢研究，但是借着來到真·科學要塞研究所的時間，幫巴薩克将大魔神改造成适合他使用的機體的這段時間，也可以和真·科學要塞研究所的一系列人員深入的交流和學習。
真·科學要塞研究所，是屬于兜甲兒父親兜劍造所制造出來的巨大建築，而不是光子力研究所下面那個由弓博士所制造出來的仿冒品，在這邊有着更完善的設施，甚至連蓋塔射線的相關設施也同樣存在，也是大魔神被制造出來的地方，在真·科學要塞研究所出現之後，就連弓博士等原光子力研究所的全部成員也都轉入到了這邊，所以說在技術實力方面可謂是相當的強大。
配合羅，教導羅制造出一台符合巴薩克的武鬥魔神根本就不存在任何問題，巴薩克對武鬥魔神的要求其實并不多，能打，能抗，能爆發，速度快，防禦高，能使用東方不敗的武學傳承，有一把大砍刀，比原來的機體強就夠了……
但是比起巴薩克這個機師來說，反倒是蕭然對即将要出現的武鬥魔神抱有更多的性質，甚至還親自加入到了其中在羅的幫忙之下設計出了幾款魔神的外形出來。
就在這大家分開的時間裏，一起爲了勝利艦隊的強大而繼續努力的時間裏，艾爾埃爾夫也出現在了蕭然的眼前，帶上了一個人，也帶上了一個機器人。
(本章完)