湯若望走得比張楚等人還慢，因爲他要等和他有同樣信仰的外國同行的到來，張楚從獄中偷走了孫元化，湯若望等人感到大禍要臨頭了，勾結賊人放走欽犯這個罪名可不小，不但湯若望會受到皇帝的懲處，連其他的外國人都有可能受到株連，所有湯若望選擇了聽從張楚的活逃往山西，在北京城外等了幾日之後，有幾個接到湯若望信件的外國人帶着他們的壇壇罐罐趕了過來。
這些外國人都是從自己的國家出爲了傳播信仰來到世界各地，他們随身帶着各種物品書籍，甚至一些科學儀器，來中國的許多人就是以傳播科學知識打開突破口，而結識了社會上的一些有識之士的，所以他們随身的物品是說什麽也不肯抛棄的。這些東西拖慢了他們的行程，比張楚晚了幾天才到達了中陽。
負責護衛的士兵在安頓好湯若望的同伴後就帶着他來見張楚和孫元化。
湯若望看到孫元化心情複雜，對于老朋友安全脫險自然是感到高興，但自己好不容易結識了大明朝的上層，在北京開始了自己的事業，現在卻由于孫元化的事受牽連不得不跑到這完全陌生的山西，一切又要重新開始。
“我終于等到你了，張兄弟這裏有許多新奇的知識，還建了中科院讓我們兩人負責，我們可以一起進行研究工作了。”孫元化可沒管湯若望心中怎麽想，這兩天張楚給了他一套中陽初中學校的教材，孫元化被裏邊的知識驚呆了，自己日夜研讀然後追着張楚問問題，整個人都處在對科學的狂熱之中，恨不得中科院迅開張，好對那些理論進行驗證。
“孫先生怎麽來到山西的，不是說貴公子将你救出來的嗎？”湯若望看着現在的形勢，怎麽都感覺到有一種陰謀的味道。
“我們沒有别的地方可去，隻好暫時到這裏來了。”事前張楚告訴孫元化不要對别人說是他将孫元化救出來了，孫元化以爲張楚還想在大明的官場上混，不想因此得罪皇帝，所以也就不提張楚救他的事了。
“您到山西有許多事情可以做，不但可以和孫先生一起研究科學知識，還可以做許多有益的事。對此我都可以提供幫助。＂張楚知道這些人能夠背井離鄉，是懷着拯救人類的理想的。
湯若望現在是無處可去，隻好暫時留在了中陽。對于這樣的人才張楚不會讓他浪費，很快一大群年青人來到了中科院，圍在孫元化和湯若望的周圍，開始了研究和學習生活，兩人很快就忙不過來了，湯若望的外國朋友也被找來爲這些有着強烈求知欲的年青人上課。張楚要做的隻剩下改善他們的生活條件，增加實驗設備。一句話就是不斷的投錢進去，至于什麽時候能得到回報那就要看老天的意思了。
張楚并不心痛錢，他知道這些理念上的研究最終都會轉化成生産力，他現在最爲關心的是不要讓這些知識洩露出去。爲此他和郭西園一起研究制定了保密條例，派人加強了中科院和各地工廠的保衛，要求孫元化和湯若望的身份絕對不能洩露出去，中科院所有的研究成果都列爲絕密進行保護。孫元化和湯若望等人對中科院内部的人都使用了假名字，除了張楚沒有人知道他們的來曆。
當孫元化在山西隐姓埋名之時，京師朝中生了大事情，當朝輔周延儒在與閣臣溫體仁的權力鬥争中失敗，失去了皇帝的信任，輔當不下去，托病辭官回鄉了。這事與孫元化有關，卻也不是完全因爲他。
張楚将孫元化從鎮撫司的監獄中偷了出來，并換上了一具與孫元化樣貌相似的屍體。那屍體也僅僅是相似而已。張楚等人走後獄卒現孫元化又如往常一樣在那裏大睡不起，也就沒有人在意他，直到第二天連飯都沒起來吃才感覺異常，進去看時現早已沒了氣息。獄卒當時就看出這不是孫元化，但他不敢聲張，收了錢放人進來看望孫元化，孫元化跑了這大家都脫不了幹系。沒辦法隻能報孫元化在獄中死亡，信息一層層報了上去。這其中有人來看過屍體卻也不敢改變最初的結論。大家都假裝看不出，而等着天塌下來，有幾個獄卒在這期間收拾東西偷偷跑路了。最後天沒有塌下來，因爲朝中的大臣正在忙着爲周延儒和溫體仁的黨争選邊站隊，在押他們兩個誰會取得最後的勝利。孫元化死了就死了沒有人關心。隻有崇祯皇帝接報後怒氣更加重了一層，山東叛亂還沒有平定，罪魁禍卻死了使他的怒氣沒處洩。
這時孫元化一個腦袋不開竅的學生給了周延儒緻命一擊，在黨争中溫體仁舉報周延儒收受孫元化的賄賂，本來孫元化一死，死無對證對周延儒是有利的。這裏孫元化的一個學生認爲爲人要堅持實事求是，要說真話出來作證，說孫元化确實給周延儒送過禮物。他說的是事實，孫元化給周延儒送禮的事确實存在，在當時下級給上級送禮已成了慣例。可他這時站出來卻惡化了周延儒在皇帝心中的印象。周延儒見皇帝對他的态度不對，被逼無奈隻能辭去輔之職托病還鄉了，溫體仁如願當上了輔，朝中格局大變。由于大臣們在黨争中的惡劣表現，使得崇祯皇帝對朝臣越來越不信任。環顧左右似乎隻有這些日夜和自己在一起的太監們才對自己最忠心，才值得信任。
與皇帝最爲親近的太監曹化淳被叫到了皇帝的跟前，皇帝要問一問重新派太監當監軍，招撫流賊的事怎麽樣了。看一看這太監是否有能力辦事。
曹化淳聽了皇帝的詢問信心滿滿的對皇帝說道：“前去招撫的太監王承恩不負聖恩已經招撫了流賊，不日就可帶領隊伍前往山東平叛。”(未完待續。)