孫堅領命之後，意識到這是一次孫氏崛起的機會，所以立即招募鄉裏，整備人馬，等候朱儁的征召命令。
孫堅，字文台，吳郡富春（今浙江杭州富陽）人。史書說他“容貌不凡，性闊達，好奇節”，是大軍事家孫武的後裔。孫氏世代在吳地作官。史載孫堅出生前，孫氏祖墳數有光怪，五色雲氣，上連于天，蔓延數裏遠近。附近觀望的百姓們都說：“孫家要強盛起來了。”
孫堅年輕時在富春爲縣吏，性闊達，好奇節。十七歲那年，他随父親一起乘船去錢塘的路上，看到海盜胡玉等人搶掠商人财物，正在岸上分髒。商旅行人，見到這種此景，都吓得止步不前，過往船隻，也不敢向前行駛。孫堅卻對他父親說：“此賊可擊，請讨之。”他父親急忙阻止說：“非爾所圖也”。
孫堅不聽勸告，提着一柄古錠刀，大步奔向岸邊，一面走，一面用手向東向西地指揮着，貌似正分派部署人衆對海盜進行包抄圍捕。海盜們遠遠望見這種情形，隻認爲是官兵來緝捕他們，驚慌失措之下，趕緊扔掉财貨，四散奔逃。孫堅不肯罷休，生生地追殺了一名海盜才返身而回，讓他父親大吃一驚。孫堅因此事而在富春聲名大振，郡府便召他代理了校尉之職。
漢靈帝熹平元年，會稽郡人許昌在句章興兵作亂，自稱陽明皇帝，與其子許韶一起四處煽動諸縣，聚集起同夥數以萬計。孫堅以郡司馬的身份召募精良勇敢的壯士數千人，會同州郡官兵，奮力讨伐，擊潰了這股勢力。刺史臧旻向朝廷呈報了孫堅的功勞，于是孫堅被任命爲鹽渎縣丞，數年後，又相繼改任盱眙縣丞和下邳縣丞。
當年太守臧旻向朝廷呈報平息許昌叛亂的情報，正好被在朝中做官的朱儁看到，朱儁對勇猛的孫堅很有好感，黃巾亂起之後于是征調當時正在下邳擔任縣丞的孫堅前來麾下聽用，并任命孫堅爲佐軍司馬。
要說這孫堅也确實不凡，曆任三縣縣丞，所到之處，都很有聲望，官吏百姓也親近順服，不少文士和武人相繼來投奔于他。孫堅對前來投奔的人都很熱情客氣，像對待自己的兄弟親友一樣。
有孫堅同鄉祖茂（字大榮），使用雙刀，自孫堅任郡裏校尉時便追随左右，忠誠不二。
有右北平土垠（今河北豐潤東）人程普（字德謀），善使鐵脊蛇矛，因仰慕孫堅威名，千裏來投，被孫堅待爲上賓。
有遼西令支（今河北遷安）人韓當（字義公），長于弓箭和騎術、膂力過人，随程普同來投孫堅，孫堅十分賞識，辟爲帳下先鋒。韓當于是追随孫堅四處征伐周旋，每次打仗都沖鋒陷陣，身先士卒，數次冒險犯難，攻陷敵人、擒拿俘虜，屢建戰功。
又有吳郡錢塘（今浙江杭州）人吳景和丹楊故鄣（今浙江安吉）人朱治(字君理)在孫堅招募鄉勇之時相繼來投，被孫堅拜爲帳下校尉。
孫堅得同僚指點，得知彭城人張昭（字子布），有大才，于是親往彭城相邀。張昭族人爲黃巾禍害不淺，央求孫堅護送其族人南遷，孫堅慨然允諾，張昭遂投孫堅帳下。
至中平元年十月，各地黃巾聲勢漸弱，皇甫嵩和朱儁遂攜大軍出虎牢關，圍剿直接威脅到洛陽的黃巾軍波才部。此時波才已經攻打下颍川郡大部，正率重兵圍攻許昌；渠帥彭脫率領的五萬人也攻打下了汝南郡所平輿城，聽聞朝廷兩路大軍要抄波才後路，于是北上支援波才。大方首領張曼成率領三萬人攻打南陽郡宛城，久攻之下亦被其得手，稍做休整後，也準備回援波才一部。
按照皇甫嵩和朱儁最初的設想，這次兵分兩路定能一舉将圍攻許昌的波才部全殲。奈何戰場形勢瞬息萬變，等到漢軍來到許昌之後，才驚訝地發現許昌城已經被黃巾軍占領，要想殲滅波才，那就隻能硬着頭皮打一場攻堅戰。更讓人心驚的是，朝廷六萬人馬前腳剛剛圍困住波才，後腳波才的盟軍彭脫和張曼成率軍反包圍了朝廷軍馬。局面一下子倒向黃巾軍，而朝廷的軍馬卻面臨着被十餘萬黃巾軍圍殲的不利形勢。
朱儁趕緊派出手下悍不畏死的親兵，沖破黃巾軍層層封鎖，向正率一萬多人馬晝夜向颍川進發的孫堅報信示警。孫堅接到朝廷的消息之後，聚集帳下幕僚和将領商議軍情。随軍軍師張昭建言，一萬多援兵不過杯水車薪，不如采取“圍魏救趙”的策略，大軍轉向汝南，去抄彭脫的老窩。
孫堅覺得可行，于是率大軍沿淮水逆向而上，直撲淮水沿岸的汝陰城。孫堅親自領兵進攻汝陰城，他獨當一面，親冒矢石，率先登上了城牆。孫堅麾下部衆受到鼓舞，紛紛緊随其後，大軍一日便攻下汝陰城。
稍做休整之後，孫堅立即率軍攻打汝南郡所平輿城東面不到百裏的固始城。此戰孫堅麾下韓當勇猛作戰，身受多出箭傷毅然死戰不退，程普、祖茂等人亦奮勇殺敵，留守固始城的數千黃巾堅守三日後徹底潰敗，隻逃出去數百人前往平輿報信。
平輿城内黃巾守軍得孫堅來攻的消息之後，急忙向渠帥彭脫求援。彭脫得報後大驚，于是不顧許昌城下戰事正酣，撤出了戰團回援平輿。因爲彭脫的意外撤軍，黃巾軍的包圍圈立即露出了一個大缺口，于是皇甫嵩和朱儁趕緊帶着朝廷兵馬撤回洛陽。朱儁把孫堅的戰功呈報朝廷，朝廷随即任命孫堅爲平虜将軍，鼓勵其繼續奮勇殺敵，報效朝廷。
孫堅得了朝廷封賞之後愈發用心“剿匪”，不幾日又攻破了距離平輿城不到七十裏的鲖陽縣城。此時彭脫率領的回援部隊已經抵達南頓，距離平輿亦不遠矣。孫堅得知此事之後，單騎深入前沿偵察黃巾敵情，不想遇到了彭脫開路的先頭小股部隊，不敵之下受傷堕馬，卧于草叢之中。
黃巾軍的先頭部隊不知此人便是孫堅，見他逃得遠了便不再追逐。其時，孫堅已經在不遠處堕馬昏迷過去，虧得他所乘戰馬跑回了軍營，咆哮嘶鳴之後，韓當和程普趕緊随馬前去尋找，這才在草中發現了孫堅，救回營裏。孫堅回營養了十幾天，傷勢略有好轉，竟然又奔赴沙場，準備死守鲖陽。