原太極死後的十萬年，宇宙一直維持着和平與安定，這十萬年，可以說是變形金剛的黃金時期，他們銳意進取，蓬勃發展，各個星系呈現着一片欣欣向榮的局面。
流傳下來的曆史文本，都曾對這個時期着墨不少，似乎都在爲後世描繪變形金剛在這個時期所取得的輝煌，其中有一處非常引人注目：
“從塞伯坦到銀河系，我們的先輩用了數百萬年，而如今的十大星際聯盟，它們比起銀河系，有過之而無不及，我們隻用了十萬年。這新誕生的十大星系，就如銀河系的十個孩子，它們繼承了銀河系的美麗祥和，在宇宙的四處，綻放出讓人驚豔的燦爛之花。宇宙中的所有種族以及文明，他們慕名而來，都願意臣服在我們的偉大的旗幟之下，縱使宇宙浩瀚無邊，我們的威名也已經随着萬民的呼聲傳遍了最遙遠的角落。如古老的預言所示，在我們君臨宇宙之時，所有人都會呼喊我們的名字，這種強音足以穿透曆史，向我們偉大的先輩報以崇高的敬禮，同時也讓後世知道，我們曾站在宇宙的頂點！”
然而，這種和平而且充滿生機的局面，卻因爲一個人的出現而打破了。
他是十大星際聯盟中最爲強大的飛虹系的最高領袖，曆史上像他這樣毀譽參半的人并不多見，有人說他是暴君，有人說他是聖主，然而不管怎樣，他絕對是變形金剛曆史上最具野心的領袖，在成爲飛虹系的領袖之前，他便已經開始觊觎整個宇宙了，毫無疑問，他具有與衆不同的眼界與見識，而且，他勇敢而足智多謀，冷酷而富有魅力，他長着一副令人生畏的面孔，同時他也有一個令人生畏的名字：巨無霸。
成爲飛虹系的最高領袖之後，他立即有了一個大動作，那就是大星際聯盟計劃。表面上，這個計劃是爲了更好地溝通聯系各大星系，共同發展共同繁榮，爲的是爲各個星系謀取更大的經濟利益；然而實際上，這是他實現野心的第一步，組建大星際聯盟，他的着眼點是在軍事，爲的是謀求更大的軍事主導權。
在他的主導下，大星際聯盟計劃得到了六個星系的支持，最後他如願以償地當上大星際聯盟的主席，這個位置相當于這個星際聯盟中的最高權力，就這樣，他把七個星系的軍事領導權收入了囊中。
成立大星際聯盟之後，他開始對反對這個計劃的星系進行報複，首先是經濟上的制裁，然而在他看來，經濟上的制裁不過是挑起矛盾的幌子，他的目的，從一開始就是戰争。
爲了反對他的制裁，剩餘的四個星系也結成了聯盟，自此，兩大陣營開始針鋒相對，明争暗鬥。
這樣的狀态一直持續了十多年，這十多年間，雙方在經濟上互相傾紮，雙方都損失慘重，仇恨就是這樣形成了，無論在什麽時代什麽地方，仇恨始終是戰争最大的推手，很自然而然地，後來就發生了戰争，剛開始是小規模的沖突，後來慢慢演變成大戰。
曆史走到這裏，已然改變了脈絡，随着兩大陣營的戰争，一直和平而安定的變形金剛世界開始改變模樣，從此拉開了漫長的戰亂時代的序幕。
這場大戰波及了所有的星際聯盟，就連變形金剛的故鄉銀河系也未能幸免，戰争持續了數十萬年，延續了整整二十代人。
戰争是文明之敵，這是毋庸置疑的，許多文明的停滞不前、倒退甚至消亡，都已經證明了這一點，然而沒有人會想到，這場大戰最後演變成了對火種源以及火種源克隆體的争奪，其時對戰争的雙方來說，奪得火種源以及火種源克隆體就代表着永遠的勝利。火種源和火種源克隆體是變形金剛的命脈所在，戰火蔓延到它們身上，已經表明戰争已然無法阻擋，沒有人能改變它，也沒有人能阻止它，于是，也便沒有人能改變或者阻止變形金剛最後的必然的命運。
對于這場大戰的詳細情況，流傳下來的曆史文本曾有非常細緻的描述，這些描述，在漫長的歲月裏，仿佛總是在述說着同一個故事，因爲戰争所帶來的無非是毀滅與死亡。
這是一場沒有赢家的戰争，在數十萬年的戰争中，火種源以及所有的火種源克隆體都遺失在時空的漩渦裏，而守護火種源克隆體的十艘神級戰艦，毀滅的毀滅，沒有毀滅的也遺失在不爲人知的角落裏了。
巨無霸親自發動的這場戰争，他原本的目的本是統治宇宙，然而讓他沒有想到的是，他親手把變形金剛這個宇宙最強大的種族推上了絕路。火種源以及所有的火種源克隆體的遺失，意味着變形金剛失去了生命的源泉，等待他們的隻有老化、生鏽以及枯萎的命運。
變形金剛在漫長的歲月裏所創造的文明，幾乎也毀于一旦，那些原先臣服在他們麾下的種族，随着變形金剛的消亡，也都紛紛各占山頭自立爲王，曾經有序祥和的宇宙，随着大戰的結束，變成了像一鍋粥那樣的混亂。
對于變形金剛的這段漫長的曆史，後來的曆史學家曾這樣分門别類，他們把戰争爆發前的那段長達數百萬年的曆史稱爲宇宙第一紀元，把整個戰争中的數十萬年稱爲宇宙第二紀元，而自戰争後的時間就稱爲宇宙第三紀元。
而在宇宙第三紀元中，變形金剛昔日的輝煌已經遠去了，剩下的大約是最後一代的變形金剛，這時的他們，按種族聚居，零星地分散在宇宙的各處，他們占據着昔日由變形金剛建造的巨大的金屬星球，依靠着昔日變形金剛遺留下來的科技苟延殘喘，沒有了火種源，等待他們的注定隻有滅絕，時間已經成爲他們唯一的敵人。
火種源以及所有的火種源克隆體已經丢失，生命之樹和生命搖籃便已經熄滅，也就是說已經不會再有新一代的變形金剛誕生，面對人丁的逐漸凋零，在戰後幸存的變形金剛把希望都寄托在他們曾引以爲傲的科技上，除了依靠科技減緩老化的速度之外，爲了彌補人手的不足，他們開發出了代替品，那就是人工智能。
人工智能，就是依據變形金剛的特質制造出來的機械人，它們有金屬的軀體，由微型電腦控制，能代替變形金剛做繁重的勞動，也能代替變形金剛戰鬥，但它們沒有靈魂，也沒有思想，隻會按照電腦的程序行動。然而，從外觀上看，很難把它們和真正的變形金剛區别開來，它們就像是沒有靈魂與思想的變形金剛，确實是名副其實的代替品。
依照變形金剛的科技，這種人造機械人也是有等級之分的，由高級到低級可分爲S級-A級-B級-C級-D級，高級的機械人有更先進的系統，因此能勝任更複雜的任務，比如戰鬥，而低級的機械人一般隻能做簡單而循環的勞動。一般來說，在變形金剛的星球上，負責戰鬥、保衛、巡邏等等任務的是S級與A級的機械人，他們就像一個武器庫那樣被武裝到牙齒，擁有強大的殺傷力，而負責勞動、生産等任務的就是B級C級D級的機械人，他們遍布在各大勞動場所，毫無知覺地勞作至死。當它們報廢的時候，它們會被像垃圾那樣傾倒在堆積如山的垃圾場，可以說從生産線到垃圾場，就是這些機械人注定了的命運。
在宇宙第三紀元，縱使變形金剛已經沒落，但他們總還具有相當的實力，他們所掌握的科技，仍然是可以傲視同群的資本，比如他們的武器，就仍然是宇宙最先進的武器，這些武器在宇宙第二紀元曾給他們自己帶來了毀滅性的後果，可以想象，在群雄并起的混亂第三紀元，變形金剛仍然是一個具有威懾力的種族，至少不是任何人都敢惹的種族。