戰士們沖上海灘，随即與日軍士兵相遇，日軍挖下了戰壕，在戰壕前面堆起了胸牆，躲在胸牆後面沖戰士們開槍。
戰士們在面對日軍戰壕的時候分成兩個攻擊組，一是火力支援組，另一個是沖鋒突擊組，火力支援組使用擲彈筒，從側翼向日軍戰壕投擲出手榴彈，沖鋒突擊組則沖擊戰壕，與日軍進行正面交鋒。
日軍守島兵力隻有3000多人，這些人被投放在澎湖島的各個方向，每個方向的兵力都隻有不到1000人，而這次登陸作戰，林飛在一個方向上就投入了3000人兵力，兵力幾乎是日軍的三倍。
林飛的手中還有第四旅沒有用，他在第五旅攻上島嶼之後，迅速把第四旅投入戰場，這樣一來，金龜首炮台附近的登陸戰場上，林飛一下子就集中了兩個旅，6000餘人的兵力，是日軍的六倍。
日軍面對如此的優勢兵力打擊，根本抵擋不住，盡管日軍有各種各樣“和魂保佑”的口号，盡管日軍有自诩天下第一的作戰意志，可是在林飛部隊的面前他們終于明白，他們崇拜的那些虛無缥缈的東西，終究不如子彈和刺刀管用。
金龜首炮台方向的日軍眨眼間兵敗如山倒，比志島義輝隻能從其他方向調集部隊發動反攻，希望能把林飛部隊打下大海，可就在這時，比志島義輝接到了其他方向守軍遭受小股部隊襲擾的報告，原來是蛙人突擊隊攻上了島嶼，對日軍發動了攻擊。
比志島義輝一時間左右爲難，如果不調集其他方向的部隊，金龜首炮台方向就會被全面突破，林飛部隊将從金龜首炮台打開的缺口占領全島，如果調集其他方向的部隊，又會把空當留給林飛的小股部隊，被小股部隊造成重大損失。
比志島義輝思量再三，決定棄卒保車，把大部隊全都調到金龜首炮台方向，澎湖島并不大，所以各個方向的日軍很快就被調到了金龜首炮台方向，此時林飛部隊已經進抵澎湖島中部，雙方随即在澎湖島中部爆發了一場決戰。
日軍的指揮部位于澎湖島中部，日軍早就在這裏修築了工事，在這場決戰中，他們便打算依托這些工事，頑抗林飛部隊。
這些工事都是依山而建，用黃泥粘合山石而成，形如地堡，十分堅固，日本人又從華夏民間弄到了粘合黃泥的秘方，讓這些堡壘非常堅固，手榴彈竟然都炸不開。
不過林飛部隊又使用了全新的武器——燃燒罐，其實這種武器已經不能算全新武器了，在華夏帝國還沒有成立的時候，林飛就見識過這種武器了，那是在林飛進攻巴紮哈伊城的時候，當地土人便使用了這種武器。
在攻打馬尼拉的戰鬥中，林飛見識到了堡壘的防禦力，他急需裝備一批攻擊敵人堡壘的武器，林飛自然地想到了火焰噴射器。
林飛于是想給部隊裝備火焰噴射器，火焰噴射器也成了第二批超級陸軍武器計劃的一部分，可是生産火焰噴射器需要的東西太多，首先就是汽油，由于華夏帝國的石油加工能力十分有限，所以生産出來的汽油數量極少，爲數不多的汽油都用在雲爆彈上了。
其次就是高壓氣體，火焰噴射器是依靠高壓氣體把油料噴射出去的，現在帝國的氣體儲藏和制備技術都不過關。
最後是點火技術，林飛開始的時候打算使用雲爆彈中的點火技術，不過簡單試驗之後才發現，太不安全，因爲雲爆彈是用炸藥點火的。
林飛打算研發新的點火技術，發現需要耗費相當長的時間，再加上前兩項技術都不過關，最後隻能暫時放棄火焰噴射器計劃，爲了打掉敵人的堡壘，便臨時購置了一批燃燒罐。
燃燒罐在龍蛇谷戰役和八卦山戰役中都沒有抛頭露面的機會，在澎湖島，它們終于大顯身手了，林飛部隊占據兵力優勢，能夠輕松地迂回到日軍堡壘的後側，然後扔出燃燒罐，罐子在堡壘射擊口附近被撞碎，罐中的石油燃燒着流進堡壘。
烈焰在堡壘中肆虐，埋伏在裏面的日軍士兵慘叫着鑽出堡壘，他們全身都起了大火，好似一個個人肉火炬，令人望而生畏。
日軍本來希望用工事遲滞林飛部隊的進攻，消耗林飛部隊的有生力量，可是沒想到堡壘反而成了埋葬他們的活棺材。
日軍在方方面面都處于劣勢，一敗再敗，下午四點，林飛部隊全線突破日軍防線，進逼比志島義輝指揮部所在的高地。
指揮部裏，比志島義輝面對即将到來的敗局十分平靜，他的參謀們卻十分驚慌，圍着比志島義輝不住苦勸：“将軍，我們撤退吧。”
比志島義輝冷笑一聲，怒道：“撤退？撤退到哪裏去？”
一個參謀說道：“澎湖島北側還有小船，我們可以乘坐小船撤回基隆。”
比志島義輝朗聲大笑，說道：“我是陛下的軍人，在這種時刻理當戰死沙場，爲陛下捐軀，豈能貪生怕死，苟且偷生？”
參謀們紛紛勸道：“将軍，雄鷹沒有折斷翅膀，就還能飛翔……”
比志島義輝眉頭一皺，怒道：“好了，不要再說了，我已經決定了，來人，傳達我的命令。”
傳令兵急忙跑到比志島義輝的跟前，比志島義輝沉聲說道：“命令部隊，全體玉碎！”
“玉碎”命令一出，衆人一片肅然，比志島義輝伸手抽出了指揮刀，沖指揮部衆人說道：“全體人員，燒毀機密文件，拿起武器，跟我做最後的沖鋒！”
由于比志島義輝的部隊是後備聯隊，所以沒有軍旗，在這個生死關頭，也不必像第十六聯隊和近衛師團那些聯隊一樣燒毀軍旗了。
後備第一聯隊的機密文件比較少，所以很快就燒毀一空，所有人都拿上了武器，有的掏出了手槍，有的撿起了步槍，還有的抽出了軍刀，在日軍中，軍刀是不做統一要求的，既可以使用制式指揮刀，也可以使用家傳武士刀，因此軍刀五花八門。
比志島義輝帶着人從指揮所出來，遠遠地看到林飛部隊正在沖鋒，而日軍士兵，早已經死傷遍地，比志島義輝向着林飛部隊的方向揮起指揮刀，“沖”字還沒出口，一枚迫擊炮彈便飛了過來，“轟”的一聲在比志島義輝的身邊炸響，比志島義輝飛了出去，身體被炸得血肉模糊，橫屍當場。
比志島義輝雖然死了，他身後的參謀們還是前赴後繼地沖向林飛部隊，結果自然是被全部擊斃，晚上6點，戰場上安靜下來，林飛部隊大獲全勝，打掃戰場的工作随之展開。
晚上7點，林飛在狙殺隊的護衛下登上澎湖島，來到島嶼中部日軍指揮部，俯瞰全島，心潮澎湃，這裏是我們炎黃子孫的土地，現在，它終于回到我們的懷抱了！
正在林飛心中百感交集的時候，孟輝凱走到林飛的身邊，小聲說道：“陛下，澎湖島的西側還有一座西島炮台，也是被周振邦拱手讓給日本人的，陛下的軍隊還沒有打到那裏，要不要我做向導，去那座西島炮台。”
林飛想了想，揮手把參謀何凱生叫到跟前，問道：“蛙人突擊隊有沒有向西島炮台滲透？”
何凱生答道：“唐隊長報告過，他們的人已經占領那座炮台了。”
林飛笑了起來，看向孟輝凱說道：“好了，西島炮台已經被我們的人占領了，不用你再辛苦了，去休息吧。”
孟輝凱答應下來，轉身告辭，林飛知道戰士們非常疲憊，于是下令把打掃戰場的任務交給民工，讓戰士們好好休息，林飛也感覺很勞累，于是也去休息，他一躺下就睡着了，不知道過了多久，突然聽到張闖的聲音在耳邊響起：“陛下，陛下。”
林飛猛地一睜眼睛，翻身坐起，問道：“出了什麽事情？”
張闖輕聲說道：“陛下，占領西島炮台的蛙人突擊隊回來了。”
林飛愣了一下，說道：“回來就回來呗，大半夜把我叫起來，就是要說這個？”
張闖露出一陣驚慌，說道：“陛下，他們是被人趕回來的！”
“什麽？趕回來的？”林飛驚呼起來，“騰”地一下從床上站了起來，“日軍都被我打跑了，是誰有這個本事，竟然能把我的蛙人突擊隊趕回來？”
張闖神色一變，說道：“報告陛下，他們是清軍，清軍來了！”
林飛驚訝地問道：“清軍？怎麽是清軍？”在整個保衛台灣的戰争中，清軍一直作壁上觀，沒有絲毫幫助台灣義軍的意思，他們怎麽會在這個時候突然冒出來登上了澎湖島，還把自己占領西島炮台的部下趕了出來？