第二個階段，華夏帝國艦隊在林飛的指揮下，搶占有利陣位，對高千穗艦、浪速艦和秋津洲艦發動打擊。
第三個階段，華夏帝國艦隊在擊潰高千穗艦等三艦之後，和三景艦展開決戰。
在三個階段的戰役中，華夏帝國艦隊擊沉日艦兩艘，高千穗艦、秋津洲艦；重創日艦四艘，浪速艦、松島艦、嚴島艦和橋立艦，并将旗艦松島艦俘獲；擊沉六艘魚雷艇，自身沒有戰艦被擊沉，共擊斃、擊傷日本海軍1700多人。
澎湖大海戰在世界曆史上有着極其深遠的意義，政治意義方面，這場戰役标志着日本自明治維新以來建設的海軍力量土崩瓦解，這一戰之後，日本發瘋一般制造武器裝備，走上了軍國主義的不歸路。
這場戰役還标志着華夏帝國海上力量正式進入東亞，由于清國北洋艦隊全軍覆沒，日本艦隊元氣大傷，華夏帝國艦隊一躍成爲東亞海上霸主。
軍事意義方面，這次戰役是無線電通訊設備第一次應用在海戰上，而且無線電通訊設備是華夏帝國海軍取勝的關鍵，可以這樣說，沒有無線電通訊設備，這一戰的結果就将逆轉，不過除了英國，還沒有國家知道林飛擁有無線電通訊設備。
10月5日下午2點，林飛責成帝國宣傳部，向馬尼拉的歐洲三大通訊社發布通報：10月2日，華夏帝國艦隊在澎湖海域重創日本海軍南方派遣艦隊，擊沉其戰艦兩艘，魚雷艇六艘，重創其餘四艘戰艦，其中旗艦松島艦被我艦隊俘獲。
雖然這個消息是時隔三天才發出的，可是在這個通訊手段極爲落後的年代，這種時間間隔已經算短的了。
林飛還把松島艦的照片送給了歐洲三大通訊社，照片上，松島艦上拉起了一條橫貫艦身的橫幅，橫幅上用漢字和日語寫着——我是松島艦，我是支那豬的俘虜。林飛在這裏特地用了“支那豬”，就是想要諷刺日本人。
歐洲三大通訊社十分清楚這張照片的價值，他們特地派專人乘船到新加坡，用英國人的照相平闆印刷設備把照片印刷在了報紙上，雖然照片印得十分模糊，可是松島艦和松島艦上的巨大橫幅還是依稀可以辨認。
這個消息一經發出便震撼了世界，相比于其他國家的人震撼于海戰的結果，日本人震撼的是，他們的旗艦松島艦，竟然被林飛俘獲了，日本人向來視被俘爲奇恥大辱，普通一兵都甯可自殺不願被俘，現在一艘戰艦，還是堂堂大日本帝國聯合艦隊的旗艦，竟然被低賤劣等的支那豬俘虜了！
日本人都不敢、不願相信這個消息，可是有照片在，鐵證如山，不容他們不相信，日本人覺得恥辱無比，以緻于凡是和“松島”沾邊的事情都受到了影響。“松島”是日本的一大姓氏，不少姓“松島”的人在這件事情之後改換姓氏；“松島”還是日本的一處美景，這件事情弄得那處景觀人煙稀少，門口羅雀。
在後世日本人的史書中，這件事情也成了“敏感事件”，史學家對松島艦被俘一事要麽避而不談，要麽一筆帶過，也有一些史學家幹脆直接否定了這件事情的存在，在叙述旗艦被俘事件的時候總要加上“有不可靠傳言說”的字樣。
日本人感到羞恥無比，華人卻感到了揚眉吐氣，投奔華夏帝國的人更多了，越南、暹羅、緬甸、爪哇、蘇門答臘，華夏帝國一時間成了南洋華人的中心。
10月7日，戰役結束後的第五天，上午9點，伊東佑亨把衆艦長召集起來，隻不過松島艦艦長有栖川威仁，高千穗艦艦長野村貞，魚雷艇艦隊司令鈴木誠，他們永遠不能再來了。
會議室裏的氣氛壓抑極了，比第四旅團的運輸船被偷襲那次還壓抑，所有人都低着頭，沒有一個人說話。
伊東佑亨把桌子一拍，朗聲說道：“勝敗乃兵家常事，這是連支那豬都明白的道理，你們怎麽都垂頭喪氣的？還有帝國武士的樣子嗎？”
衆人的神色這才振奮了些，伊東佑亨接着說道：“好了，不說這些了，大家振作起來，我們還有機會複仇呢！我們來讨論一下，我們敗在什麽地方，以後如何進行改進，誰先說？”
秋津洲艦的艦長上村彥之丞舉起了手，伊東佑亨點點頭說道：“上村，你先說吧。”
上村彥之丞說了聲“好”，這才說道：“我覺得我們完全敗在華夏帝國的神秘武器上。”
“神秘武器？”伊東佑亨皺着眉頭說道，“你說的是那種火球炮彈嗎？”
上村彥之丞先是點點頭，然後又搖搖頭，說道：“不完全是，那種火球炮彈雖然也很神秘，不過它卻是露在明面上的，很顯然他們還有藏在暗處的東西，在我們秋津洲艦沖向他們的時候，他們本來在集中火力轟擊浪速艦，可是沒想到他們在發現我們之後，竟然集中火力向我們開炮，是同一時間集中的火力，我實在想不通，他們是怎樣下達命令的？”
伊東佑亨面色凝重地點點頭，說道：“這件事情也很困擾我，他們調整隊形的速度也非常快，顯然是有某些我們不知道的東西在起作用。”
衆人紛紛點頭贊同，可是這東西是什麽，卻沒有人知道，伊東佑亨歎了口氣，說道：“算了，不要再說這件事情了，情報上的事情，交給千代正恒将軍吧，我相信他會有辦法的。”
伊東佑亨說完這話擡起頭看向衆人，接着說道：“大家還有什麽要說的？”
東鄉平八郎舉起了手，說道：“我特地對華夏帝國的炮彈和火炮進行了分析，我發現，華夏帝國的火炮射速非常快，應該是采用了某種特殊的結構，還有，他們的炮彈威力明顯比我們的大。”
伊東佑亨眉頭一皺，用懷疑的語氣說道：“竟然會這樣？”
東鄉平八郎鄭重地點點頭，接着說道：“嚴島艦和橋立艦都有爆炸過後的炸藥殘燼，我已經找炸藥專家采集了，他們會把炸藥殘燼送回到本土進行研究，應該會有不小的收獲。”
伊東佑亨滿意地點點頭，說了聲“幹得很好”，然後對衆人說道：“這一戰表明，華夏帝國的海軍實力已經超過了我們，我們需要更大的戰艦，更快的火炮，我已經準備好了一份請願書，這份請願書是請求帝國購買戰艦的，希望大家都在上面簽名。”
伊東佑亨說着讓一個侍從拿出一份請願書，交給衆艦長一一簽名，伊東佑亨看着正在簽名的衆艦長，心中惡狠狠地想道，該死的華夏帝國，該死的林飛，咱們走着瞧吧！
衆艦長很快簽完了字，伊東佑亨轉頭看向一個老者，這個老者留着兩撇烏黑的八字胡，肩膀上扛着少将軍銜。
伊東佑亨笑着對老者說：“我們南方派遣艦隊就要返回基隆了，乃木希典和他的第二旅團也會回去，澎湖島的防禦就交給您了，華夏帝國艦隊一直在澎湖島附近，看樣子是要對澎湖島下手了。”
原來這個老者就是日本陸軍少将——比志島義輝，在1895年3月，就是他率領日軍後備第一聯隊等部隊，從佐世保軍港出發，進攻澎湖島，澎湖島的清軍守将——周振邦，放着有利地形不守，未戰怯戰，竟然扔下澎湖島，逃回了大陸，比志島義輝随即占領整個澎湖島。
比志島義輝是個不苟言笑的家夥，他面對伊東佑亨的笑容隻是微微地點了點頭，說道：“您放心好了，有我在，沒有人能把澎湖島從帝國的手中奪走。”
伊東佑亨說道：“很好，您一定要守住澎湖，我們還有台北和基隆，有這三個地方，足以和華夏帝國抗衡。”
伊東佑亨把事情安排完畢，便率領殘餘的艦隊，嚴島艦、橋立艦和千代田艦前往基隆，同行的還有第二師團的運輸船，至于浪速艦，受到的傷實在是太重了，已經無力再航行，伊東佑亨于是下令使用炸藥将其炸沉。
三艘戰艦都隻能勉強維持七節左右的航速，慢吞吞地駛向基隆，在航行過程中，艦隊裏的每個人都提心吊膽的，他們擔心華夏帝國艦隊再次沖出來，憑借他們現在的戰艦狀況，是絕對沒有可能戰勝華夏帝國艦隊的。
不過他們的擔心是多餘的，林飛并沒有殲滅他們的打算，因爲他們已經遭到重創，再也無法對華夏帝國産生威脅了，林飛把目光放在澎湖島上，這段時間裏，他一直在籌備進攻澎湖島的事情。
澎湖島是澎湖列島裏最大的島嶼，位于大陸與台灣之間的台灣海峽上，曆來是台灣的門戶，縱觀發生在台灣的曆次戰役，攻台灣必攻澎湖，守台灣先守澎湖。
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