日軍開始了秘密安排，林飛也繼續行動，他在指示帝國宣傳部發出消息之後，又把劉永福等人安排妥當，齊磊這才得到空當，拿着那包日軍士兵拼死保護的東西說道：“陛下，這是我們在戰場上繳獲的。”
林飛哈哈一笑，說道：“今天戰場上繳獲的東西多了，總不能每一件都拿來給我看吧？”
齊磊急忙說道：“陛下，這個東西很不尋常，首先有七八個日軍士兵死在它的周圍，而且抱着它的日軍士兵到死都沒有松手，我們的戰士費了好大勁才把他的手掰開。”
林飛聽到齊磊這樣說也來了興緻，接過包裹，打開一看，見到裏面是一大堆書信一樣的東西，一邊拿出一封拆開一邊說道：“不知道裏面寫的什麽，竟然讓日軍士兵那樣用心保護。”
林飛在說話的時候已經把信展開，看了起來，齊磊問道：“上面寫的是什麽啊？我能知道嗎？”
林飛面色一沉，說道：“這是用密語寫的信，不知道密鑰就無法破解。”
齊磊聽得似懂非懂，問道：“密鑰是什麽？”
林飛随口答道：“就是破解密碼的東西。”林飛說完把手中信一一拆開，發現它們都是用密語寫成的，便把信交還給齊磊，說道：“把這些東西送到參謀部，讓他們收好，以後看看能不能用上吧。”
齊磊“哦”了一聲，接下了信，然後問道：“不能想法子把密語破開嗎？”
林飛苦笑一聲，說道：“密碼破譯哪有那麽容易？密碼破譯的一個充分條件就是有足夠多的密語，這樣才能從中尋找規律，進而破譯，就這麽幾封信，肯定是不夠破譯的……”林飛正說着，突然看到齊磊露出滿臉疑惑，不禁暗自苦笑，我和他說這些做什麽？他又聽不懂。
林飛笑了笑，揮了揮手，讓他下去，齊磊告辭走了，自此，龍蛇谷之戰全部結束，林飛整建制殲滅日軍步兵第十六聯隊，擊斃聯隊長福島庸智以下三千餘人。
日軍騎兵第二大隊因爲第十六聯隊被全殲而放棄直撲嘉義的計劃，撤回近衛師團的駐地——台中，阪井重季的步兵第二聯隊不敢再守彰化城，也随之撤退。
龍蛇谷之戰具有極其重大的政治和軍事意義。政治意義，這場戰役是華夏帝國第一次出國作戰，标志着華夏帝國走出國門，以武力參與國際事務，這也是華夏帝國和日本帝國的第一次碰撞，爲日後兩國在東亞地區的争霸埋下了伏筆。
這場戰役還極大鼓舞了南洋和清國東南沿海民衆的抗日愛國熱情，進一步加快中華民族的民族意識覺醒。這場戰役也讓華夏帝國收服了以劉永福爲首的台灣義軍，爲日後華夏帝國開發台灣奠定了基礎。
軍事意義，這場戰役是近代戰争史上第一次大規模使用地雷的戰役，輕機槍也是第一次登上戰争舞台。這場戰役之前林飛實施的戰略戰術欺騙極大地啓發了各國的軍事家，軍事欺騙被廣泛研究。龍蛇谷戰役被寫入了多本軍事教科書，是日後每個指揮官必須學習的戰役。
戰役結束之後，林飛召開部衆開會，商讨下一步的作戰計劃，在會上，劉永福首先發言，林飛看重他的聲望，所以把他留在軍中，任命他爲高級顧問，他說道：“我軍全殲日軍第十六聯隊，現在應該趁熱打鐵，向台中進軍，日軍近衛師團就駐紮在台中，隻要殲滅了近衛師團，台灣就是我們的了。”
林飛點頭說道：“我軍的确應該打近衛師團，不過近衛師團和第二師團吃了這麽大的虧，一定會反攻的，我們何不以逸待勞，等待日軍趕來，再将其一舉殲滅？彰化城東北部有一座八卦山，易守難攻，是南下的必經之路，我軍就在那裏構築陣地，等待日軍。”
衆人點頭稱是，林飛提高了聲音，朗聲說道：“這是我們華夏帝國亮明身份後的第一場大戰役，世界上無數雙眼睛都在看着我們，我們這一戰，隻許成功，不許失敗！”
衆人齊聲高呼：“隻許成功，不許失敗！”
林飛随即命令各部隊趕赴八卦山構築防線，9月12日，防線構築完畢，9月13日上午8點，偵察兵向林飛報告，日軍一部趕到八卦山外，正在構築進攻發起陣地，部隊番号不明，人數大約有一千多。
林飛做出判斷，這支部隊應該是近衛師團的某一支大隊，近衛師團下轄兩個旅團，每個旅團都有兩個聯隊，每個聯隊下轄兩個大隊，每個大隊大約是一千多人。
上午10點，偵察兵再次向林飛報告，又一支日軍部隊趕到了八卦山外，人數有一千多，在接下來的一天裏，陸續有七八個這樣的千人部隊趕到了八卦山外，林飛随即做出判斷——日軍近衛師團大部應該已經到達了戰場。
林飛随即調動自己麾下第三旅趕赴八卦山防線，林飛便在八卦山投入了九千餘人的兵力，和日軍旗鼓相當，這又是一場參戰人數在萬人的大戰役。
林飛命令炮兵部隊偵察炮擊近衛師團的可能性，結果令林飛失望，日軍營地的位置在高地的背面，炮彈打不到他們。
雙方都在積極進行戰争準備，9月15日淩晨三點，林飛正在熟睡，突然感到有人在搖晃自己，随後聽到一個聲音在自己耳邊說道：“陛下，快點醒醒。”
林飛睜開眼睛，隻見自己的侍從金明正一臉焦急地站在床頭，林飛急忙問道：“發生了什麽事情？”
金明說道：“第一旅旅長劉駿上校剛剛前來報告，說第一旅的一個班十二名戰士全部神秘死亡。”
“什麽？神秘死亡？”林飛睡意全無，坐起身來疑然說道，“我們如今是在戰場之上，戰場上的死亡不過就是被敵人殺死，哪來的什麽神秘死亡？”
金明說道：“陛下，這是劉旅長的原話，具體是怎麽回事，要不要讓他立刻進來向您報告？”
林飛急忙說道：“好，讓他立刻進來。”
金明轉身走了出去，林飛随即起床穿好衣服，時候不大劉駿便走了進來，他的臉上寫滿了凝重，林飛皺着眉頭問道：“你說神秘死亡？是什麽意思？”
劉駿茫然說道：“我們東側防線的一個班，突然在一夜之間全都死了，死因不明。”
林飛驚訝萬分，說道：“什麽叫死因不明？”
劉駿說道：“戰士們是在睡夢之中死去的，全身沒有傷痕，帳篷裏也沒有打鬥的痕迹。”
什麽原因能讓十幾個訓練有素的戰士在睡夢之中無聲無息地死去？林飛聽到這話再也坐不住了，他站起身來，在帳篷裏踱着步，問道：“那哨兵呢？哨兵沒有發現什麽嗎？”
劉駿輕歎一聲，說道：“哨兵也死了，死狀和戰士相同，哨兵的身邊也沒有打鬥的痕迹。”
林飛想了想問道：“這個班在事發之前有沒有不對勁的地方？”
劉駿說道：“沒有，入夜查崗的時候還一切正常，等到淩晨兩點查第二遍崗的時候，人就都死了。”
林飛低聲自語：“這就奇怪了，到底是怎麽回事呢？”
劉駿試探着問道：“陛下，您說會不會是瘟疫？”
林飛想都沒想便搖頭說道：“沒有瘟疫能在幾個小時内讓十幾個人同時死去。”林飛話鋒一轉，說道：“我看很有可能是中毒了。”
劉駿問道：“既然是中毒，那毒從何來？”
林飛說道：“我們的食物和水都不可能有問題，毒肯定是從外面來的，那個班的駐地距離友鄰部隊多遠？日軍有沒有可能對他們發動偷襲？”
劉駿說道：“那個班距離友鄰部隊倒是不近，不過死因卻不可能是日軍偷襲。”
林飛說道：“說說你的理由。”
劉駿答道：“日軍想要偷襲的話，幹嘛要下毒呢？直接殺人豈不是更好？還有，營地裏的槍一支不少，子彈也一顆不少，日軍不會不拿走我們的武器吧？還有更重要的一點，那個營地面對着敵人，背靠着幾十米高的陡峭山崖，隻有一條靠近營地的路，我們又部署了雙哨兵，日軍不可能躲開我們的哨兵的。”
林飛點點頭，說道：“你說的的确有道理，看樣子的确不是日軍士兵做的，這樣吧，我們從死因入手調查，帶我們的總醫官去查驗一下死者的屍體，對了，把黃飛鴻先生也帶上，看看他們能不能查出這些戰士的死因，一有消息就立刻通知我。”
劉駿答應下來，起身出去，林飛在他即将走出帳篷的時候囑咐他：“這件事情千萬要保密，不要被任何人知道。”
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