桑德斯總督神秘地一笑，說道：“去把哥打巴托總督巴拉克叫來。”
巴拉克是哥打巴托總督，在林飛攻下哥打巴托之後，倉皇逃回馬尼拉，他本來想回到西班牙首都馬德裏，可是桑德斯總督始終不讓，因爲桑德斯總督要按照西班牙法律對巴拉克總督問罪，于是就把巴拉克總督軟禁在總督府中。
巴拉克總督很快來到了桑德斯總督的近前，桑德斯總督沉聲說道：“巴拉克總督，你沒有守住哥打巴托，你知道這是多大的罪嗎？”
巴拉克總督是個欺軟怕硬的家夥，在哥打巴托欺負華人十分厲害，可是面對自己的上司就軟得如同面團了，巴拉克總督聽到桑德斯總督的話，默默地點了點頭，桑德斯總督朗聲說道：“現在我要給你一個将功贖罪的機會，你能不能抓住機會，就看你的了。”
巴拉克總督的眼睛一下子亮了起來，說道：“我願意将功贖罪，請總督大人給我這個機會。”
桑德斯總督滿意地笑了笑，說道：“很好，這個機會就是，作爲我的特使，留在總督府中，和華夏帝國談判。”
巴拉克總督急忙問道：“那總督大人您呢？”
桑德斯總督說道：“我會暫時撤出馬尼拉，到馬尼拉北部的山區暫避一時。”
巴拉克總督一下子就慌了手腳，顫聲說道：“總督大人不行啊，華夏帝國的人會殺了我的。”
桑德斯總督朗聲笑道：“放心吧，他們絕對不敢傷害你，因爲大英帝國已經介入了，他們要爲我們雙方調停，你就是我們西班牙的談判代表，林飛怎麽會殺你？”
巴拉克總督聽到“大英帝國”，心下稍安，正在這時，衛兵隊長急匆匆跑了進來，對桑德斯總督說道：“總督大人，我們抓緊時間撤退吧，華夏帝國馬上就要殺進來了。”
桑德斯總督伸手拍了拍巴拉克總督的肩膀，笑道：“看你的了，我先撤退了。”桑德斯總督說完就帶領部下撤了出去，桑德斯總督剛走沒有十分鍾，就有一隊戰士沖進了總督府，巴拉克總督部下一個翻譯沖林飛部隊戰士朗聲說道：“不要殺我們，我們是西班牙帝國的談判特使！”
戰士們聽說他們是談判特使，于是沒有開槍，把他們帶出馬尼拉，交給軍官，層層上報，最後面見林飛。
此時的林飛已經猜到西班牙人撤退了，因爲他的部隊在進攻二号大街和一号大街的時候沒有遇到絲毫阻力，就在他暗暗高興的時候，參謀來向他報告：“有一個西班牙人，自稱是西班牙帝國的談判特使，要面見您。”
林飛沒有意外，讓人把他帶進來，時候不大，林飛部下戰士帶着巴拉克總督來到林飛面前，巴拉克總督有了大英帝國撐腰，說話硬氣了許多，直接對林飛說道：“我是西班牙帝國的特使，我需要立刻見到英國特使，我們三方共同商讨停戰事宜。”
林飛冷笑一聲，說道：“你們的馬尼拉已經被我打下來了，你們還哪有什麽談判籌碼？”
巴拉克總督冷聲說道：“馬尼拉雖然淪陷，可是呂宋島的其他地方還在我們西班牙帝國的掌握之中，我們的桑德斯總督也沒有被你們抓住，我們在本土還有數以十萬計的軍隊，這些不都是我們的談判籌碼嗎？”
林飛不屑地笑了笑，沖部下說道：“帶他去見克拉羅斯吧。”
參謀何凱生小聲勸道：“陛下，真的要讓巴拉克總督和克拉羅斯見面嗎？讓英國人和西班牙人聯合起來對付我們，是不是不太好？”
林飛笑道：“就算我們現在不讓巴拉克總督和克拉羅斯見面，也會有别的西班牙人和英國人見面，然後來找我們，我們不讓巴拉克總督和克拉羅斯見面不僅沒有用處，反而會顯得華夏帝國不夠大度，讓我們以後的行動十分被動。”
何凱生這才明白，答應下來，帶着巴拉克總督去見克拉羅斯，克拉羅斯此時也在軍營裏，林飛給他們安排了幾個帳篷，讓他們在裏面居住，并且派了幾個戰士留在他們身邊，明爲保護，暗爲監視，克拉羅斯對此并沒有什麽異議，他也知道城中正在打仗，留在城中很不安全。
在何凱生帶巴拉克總督去見克拉羅斯的這段時間裏，林飛繼續指揮部隊向馬尼拉全城擴展，7月9日下午5點，林飛部隊占領全部馬尼拉市區，自此，馬尼拉戰役宣告結束。
這場戰役從6月13開始，到7月9日結束，曆時27天，是整個菲律賓戰争中持續時間最長、參戰人數最多、動用武器種類最多的戰役。
這場戰役主要分爲三個階段，第一個階段，林飛使用雲爆彈攻擊西班牙守軍第一道堡壘，并派出步兵對第一道防線進行攻擊，結果雲爆彈大顯神威，西班牙人精心準備的堡壘被攻破，林飛部隊占領第一道防線。
第二個階段，林飛使用攻心戰術，對第三道防線内的華人士兵進行策反，使得大批華人士兵戰場倒戈，這些士兵随後成了林飛的“第五縱隊”。
第三個階段，林飛運用炮兵，炸開馬尼拉的城牆，派遣步兵部隊進入城中展開巷戰，在巷戰的同時，還派出狙殺隊、“第五縱隊”對敵軍後方進行襲擾，在多種戰法之下，林飛最終攻克了馬尼拉。
在這三個階段的戰役中，林飛部隊共殲敵12000餘人，俘敵3000餘人，繳獲大批槍支、子彈，繳獲山炮四門，炮彈若幹。林飛部隊陣亡3000餘人，有1000餘人受傷，陣亡人數之所以比受傷人數多，完全是因爲華夏帝國缺乏先進的醫藥和戰場急救手段。
馬尼拉戰役的勝利，标志着華夏帝國從一個區域性小國向地區性大國的轉變，爲華夏帝國成爲世界性大國打好了鋪墊。
軍事角度上，馬尼拉戰役最大的亮點就是雲爆彈的使用，這是雲爆彈第一次出現在人類戰争舞台上，不過林飛把雲爆彈列爲了華夏帝國的絕密武器，所以世界各國都不知道華夏帝國擁有雲爆彈。
林飛在得知部隊占領全城之後立刻展開後續工作，第一步就是召回獨立一團成員，重新給他們發放槍支，讓他們組建城衛隊，擔任馬尼拉城的警備工作，而林飛的主力野戰部隊，除第一旅第一團在城中留守之外，其餘全部撤出馬尼拉。
林飛這樣做的目的有兩個，一個是部隊集結在城外，便于自己統一指揮，畢竟現在桑德斯總督還帶着一些部下在逃，另一個是減少與當地人發生摩擦的可能性。
7月9日晚上6點，何凱生來向林飛報告：“陛下，巴拉克總督和克拉羅斯已經見面了，密談了良久。”
林飛笑了笑，問道：“巴拉克總督和克拉羅斯怎麽不來見我？”
何凱生答道：“那個克拉羅斯說了，在大英帝國的戰艦到來之前，他不會再見您了。”何凱生說完之後面露憂色，小心翼翼地問道：“陛下，大英帝國的戰艦要是真來了，我們怎麽應付？”
林飛神秘地笑了笑，說道：“你放心吧，我自然有辦法。”
何凱生也不多問，去忙自己的工作了，林飛則繼續安排後續事務，他派遣總參謀長李明白代表自己進駐馬尼拉總督府，然後在總督府宣布——華夏帝國正式取代西班牙帝國，成爲馬尼拉的統治者。
李明白在林飛的指示下，于7月9日晚上9點發布公告，華夏帝國馬尼拉特别市臨時市政府正式成立，由李明白擔任特别市市長，取締一切西班牙政府機構，爲維持市内穩定，原有西班牙法律維持不變。
特别市市政府一成立，林飛和李明白等人都十分緊張，因爲他們擔心城内的西班牙人起來反抗，就像當初武端城那樣，而且馬尼拉的人口大約有六十萬，其中華人人口僅有二十萬，西班牙人一但爆發騷亂，麻煩将比武端城大得多。
于是林飛命令各個部隊全力戒備，不過城中的居民并沒有出現大的動亂，這讓林飛很慶幸，渡過一個平靜的夜晚之後，7月10日上午7點，特别市市政府的各項工作相繼展開，主要工作是穩定市場，接收西班牙人的财産。
接收工作也進行得非常順利，西班牙人的銀行、工廠、彈藥庫等等都進入了林飛囊中，接收過程沒有出現大規模的騷亂，隻有一小部分西班牙人進行了抵抗，不過林飛手中握着軍權，那些敢抵抗的西班牙人都被林飛消滅。
林飛接收财産的行爲引起了克拉羅斯的極大不滿，他多次會見林飛，每一次都氣急敗壞地咆哮：“你們現在搶奪西班牙的财産，是對大英帝國的挑釁，大英帝國不會饒過你的。”林飛面對克拉羅斯的咆哮，卻毫不在意。
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