上官雲龍随即命令女娲艦調整航向，把側舷的火炮也對準敵艦，女娲艦很快完成艦身轉向，向皮薩羅艦發射了炮彈。
與此同時，林飛也命令天龍艦和雲龍艦向科爾特斯艦開炮，不過天龍艦和雲龍艦距離科爾特斯艦比較遠，炮彈都落在了科爾特斯艦的後面，相對之下，反倒是女娲艦取得了不錯的戰果，6點46分，一枚穿甲彈從水下擊中皮薩羅艦的艦首，大量海水湧入艦身。
在和樂島戰役中，西班牙軍艦由于艦身密封部件老化，所以在中彈之後很快沉沒，他們在返回港口之後，更換了軍艦上的密封部件，這些密封部件救了皮薩羅艦的命，皮薩羅艦的艦長發現艦首進水就立刻下令關閉艦首中彈部位的水密艙，艦身進水這才沒有影響到全艦。
皮薩羅艦也開始還擊，不過西班牙水兵沒有太多的戰意，一心想着逃跑，所以女娲艦并沒有受到損傷。
6點52分，天龍艦抵近到科爾特斯艦2500米距離，林飛果斷下令，艦首主炮，使用全速射！
孫勇随即操作火神炮，用最高速度打出炮彈，由于距離敵艦2500米，所以十五枚炮彈隻有兩枚命中了科爾特斯艦，其中一枚直接擊中艦橋指揮室，查理一世艦的艦長諾曼斯頓被當場擊斃，班德拉斯司令受了輕傷。
另一枚炮彈命中了側舷的炮位，引爆了堆積在火炮附近的炮彈，在和樂島戰役中，女娲艦發射的一枚炮彈直接命中了西班牙艦隊旗艦艦尾的火炮，引爆了堆積的炮彈，結果造成大爆炸，幾乎把整個艦尾炸飛。
這次班德拉斯司令有了和樂島戰役的教訓，沒有命令部下在炮位上堆積太多的炮彈，如果按照和樂島戰役時的堆法，整個科爾特斯艦的側舷都會被炸開，這次殉爆雖然讓戰艦沉沒，可是也對戰艦造成了重創。
天龍艦艦長劉大明見到兩枚炮彈擊中敵艦，興奮地說道：“加快速度，沖上去，把敵艦擊沉！”天龍艦艦員們群情激昂，紛紛歡呼了起來，打算一鼓作氣沖過去，擊沉科爾特斯艦。
“等等！”林飛的聲音突然在後面響起，劉大明一回頭，驚聲問道：“怎麽了？”
林飛平靜地說道：“我們不能追！”
劉大明一頭霧水，茫然說道：“爲什麽不能追？敵艦已經沒有戰意了！”
林飛用手指了指遠處的科雷希多島，說道：“我們還沒有把東部的炮台打下來，如果我們追擊敵艦，很有可能被岸防重炮傷到，所以我們不能追趕。”
劉大明想了想說道：“島上的炮台守軍連自己都顧不上了，能開炮打我們嗎？”
林飛眉頭一皺，說道：“我不允許冒險，聽我的命令，停止追趕，立刻撤退！”林飛一邊說着一邊給上官雲龍發出了命令，上官雲龍雖然心有不甘，可是不敢違背林飛的命令，跟着林飛撤回島嶼西部。
科爾特斯艦和皮薩羅艦與天龍艦、雲龍艦和女娲艦交戰和撤退的情景都被島上的觀察員看在眼中，觀察員急忙向守備司令麥斯威爾報告：“我們的戰艦撤走了！”
麥斯威爾急忙追問：“我們的戰艦爲什麽會撤走？爲什麽不繼續攻擊？”
觀察員說道：“我們看到了他們和華夏帝國軍艦交戰的情景，他們受了傷，就撤退了。”
麥斯威爾放下電話，長歎一聲，這時參謀過來說道：“報告麥斯威爾司令，島西側的炮台已經全部被華夏帝國占領，據海岸防衛隊的偵察兵講，華夏帝國又有大批部隊登島。”
麥斯威爾急忙問道：“他們有多少人登島？”
參謀搖頭說道：“不清楚。”
麥斯威爾思索片刻，直接把電話打給了桑德斯總督，說道：“總督大人，我們的戰艦被敵軍擊敗，島嶼西側的炮台此時已經全部被敵軍占領，大批敵軍正在登島，我軍請求撤退。”
桑德斯總督沉默一陣，說道：“我們的援兵還有兩個小時就能趕到了，你們能再堅持兩個小時嗎？”
麥斯威爾說道：“不可能的，我們連一個小時都堅持不住了。”
桑德斯總督長歎一聲，說道：“那你們就撤回來吧。”
麥斯威爾于是下達了撤退的命令，科雷希多島的防禦态勢是西側兵力多，東側兵力少，再加上麥斯威爾先前把東側的守軍大部分調集到了西側，所以東側沒有多少守軍，很快守軍就撤退了。
守軍在撤退之前炸毀了自己控制下的所有炮台，他們在彈藥庫裏裝上了延時起爆裝置，在離開之後引爆了彈藥庫。
炮台的彈藥庫位于地下，由一套提升裝置把炮彈運到炮位上，在地下的爆炸發出的聲音不大，因爲爆炸的時候不接觸空氣，不過這種爆炸可以産生很強的震動，大地都跟着搖晃，好像地震似的。
林飛的部下聽到地下傳出來的一聲聲悶響，感到腳下一陣陣晃動，便猜到西班牙人正在炸毀炮台，準備撤退，他們也沒有過去追趕，因爲他們擔心西班牙人留下了伏兵。
****上午10點50分，科雷希多島東側安靜下來，林飛部隊第五團進入島嶼東部，占領了東部碼頭，至此，科雷希多島戰役全部結束。
這場戰役分爲三個階段，第一階段，蛙人突擊隊上島偷襲探照燈陣地，由于西班牙軍隊突然增強了防禦，所以沒能達到既定戰役目标；第二階段，第四團在敵軍炮火下冒死搶灘，在付出不小代價後終于登上島嶼。
第三階段，第四團奪下灘頭，向島嶼縱深擴展，第五團随後登陸，進攻全島，在經過激烈的戰鬥後，第四團和第五團奪取了整座島嶼。
在三個階段的作戰中，華夏帝國陣亡258人、受傷369人、失蹤35人，斃傷敵1514人，俘敵468人，繳獲敵350毫米岸防重炮二十六門，炮彈四百多發，另有步槍多支，子彈多發。
這場戰役還有海上作戰階段，海上作戰分爲兩部分，第一部分，天龍艦、雲龍艦在科雷希多島海域與查理一世艦交戰，交戰的結果是，天龍艦和雲龍艦将查理一世艦擊沉；第二部分，天龍艦、雲龍艦和女娲艦與西班牙科爾特斯艦和皮薩羅艦交戰，交戰的結果是，科爾特斯艦和皮薩羅艦遭到重創，撤回馬尼拉。
這場戰役史稱“科雷希多島戰役”，華夏帝國獲得了戰役的勝利，這場戰役的勝利，讓林飛打開了馬尼拉灣的西大門，從此可以暢通無阻地進出馬尼拉灣。
這場戰役結束後，林飛命令參戰部隊在科雷希多島上休整兩天，于6月6日繼續向馬尼拉進軍。
在休整的兩天中，林飛進行了一系列戰役總結工作，林飛首先聽取了孫勇的報告，孫勇對林飛說道：“陛下，在科雷希多島海戰中，我艦發射的炮彈和雲龍艦發射的炮彈時間上間隔太小，導緻炸點沒法觀測。”
林飛點點頭，心想這個問題一定要解決好，如果不解決好，以後面對強敵的時候必然會導緻失敗，于是林飛讓孫勇回去，自己開始思索解決的辦法，他突然想到，在我的時代，英國海軍曾經用過在炮彈中加裝彩色發煙藥劑的方法，我也可以嘗試一下。
林飛于是制定了彩色發煙藥劑的生産計劃，不過這個計劃中缺少各種化學藥劑，隻能暫時放下。
在頻繁的交戰中，火神炮還暴露出了一些問題，比如高射速條件下制退液過熱，影響制退效能，火炮身管發生膨脹導緻射擊出現較大誤差等等，林飛知道要解決這些困難必須改進炮身材料，可是現在他還沒有條件生産性能更加優良的鋼。
無法生産性能更加優良的鋼有三方面的因素，第一是缺乏某些微量元素的礦石，無法對鋼材進行調質；第二是煉鋼設備的落後，華夏帝國此時隻有煉鋼轉爐，沒有冶煉高性能鋼材的電爐；第三是人的因素，華夏帝國缺乏精通鋼鐵冶金的人才，林飛一個人畢竟孤掌難鳴。
林飛此時還無法解決這些問題，所以無法改進火神炮，隻能從火炮的使用上想辦法，那就是限制火神炮的射速，規定最高實戰射速爲十二枚每分鍾。
改進了海軍方面，林飛又開始對陸軍進行改革，在第四團的登島作戰中，由于運輸船間隔分散，導緻上岸之後建制被打亂，各個部隊混合在了一起，在這種情況下出現了指揮權不明的現象，比較典型的一例就是石強和孟棟國不知道誰該當主官，這次雖然沒有造成不良後果，可在以後面對強敵時卻後患無窮。
于是林飛決定，在軍隊全面推行軍銜制，此前由于軍隊規模比較小，所以林飛沒有推行軍銜制，推行軍銜制有一個好處，那就是在建制被打亂的情況下可以按照軍銜的高低明确指揮權。