靈狐将軍塞爾維特已經死了，西班牙軍隊已經失去了主心骨，見到華夏帝國軍隊如狼似虎地沖上來，紛紛跪地投降。
西班牙軍隊紛紛投降，林飛順利地進入指揮所，看到一地的死屍，其中有一具身穿呢子制服，制服上還有金色花邊，這個人的背部有一道暗紅的傷口，傷口邊上的呢子布料被高速彈片燒得焦黑，這人頭發花白，顯然年紀不小。
林飛回頭叫過一個部下，指着地上那具屍體說道：“去把他翻過來，叫幾個戰俘過來認認他的身份，我覺得他是一個高級軍官。”
部下過去翻過那具屍體，又叫來幾個俯首帖耳的西班牙戰俘，林飛指着屍體的臉問道：“他是什麽人？”
幾個戰俘紛紛說道：“他就是我們的最高指揮官，靈狐将軍，塞爾維特。”
林飛一聽塞爾維特戰死，心中湧起一陣失望，他本想活捉塞爾維特，可是沒想到把他打死了，不過也不錯，擊斃靈狐将軍也是爲華夏帝國軍隊揚威的大好機會。
林飛揮了揮手，讓人把戰俘押下去，然後對李天仟說道：“老李，吩咐幾個人把這個靈狐将軍的屍體妥善保存，白天的時候發一則訃告，再給他辦個追悼會什麽的。”
李天仟當然明白林飛這是借助靈狐将軍的死立威，沒有多問，這時前往港口的部隊也趕了回來，這支部隊就是首先攻上城頭的第一連，連長齊磊向林飛報告：“陛下，港口想要逃走的西班牙人已經全被我們控制住了。”
林飛關心的是港口裏的船，于是問道：“港口的船舶數量清點好了嗎？”
齊磊答道：“陛下，我們剛剛控制了港口，還沒有來得及清點港口中的船舶數量。”
林飛點點頭，說道：“那好，你們現在趕緊去清點吧，注意在清點的時候發動港口的華人幫忙。”
齊磊答應下來，接着問道：“陛下，我們控制住了一千餘名出逃的西班牙人，這些人怎麽處理？”
林飛問道：“這些人都是什麽人？”
齊磊答道：“從衣着上看，都是有錢人。”
林飛沉思片刻，說道：“把他們關押起來，以後讓西班牙政府拿黃金來換。”
齊磊答應下來，轉身走了，林飛随後讓人去市政府，向城中百姓宣告了華夏帝國接管哥打巴托的事情，然後發動城中華人，組織各種各樣的機構，包括城衛隊，哥打巴托的華人比例高達百分之五十，所以後續的工作比武端城順利得多。
林飛率領總參謀部住進了總督府，把這裏當成了臨時辦公地點，兩天之後局勢安定，林飛心想，現在軍隊的規模逐步擴大，是時候加強軍隊的政治建設了。
林飛在各個連隊設立了“政治指導員”一職，選拔有文化的戰士擔任，并把這些政治指導員集中到一起進行培訓，培訓的内容主要是豎立林飛的個人權威、強調解放華人的重要意義、熱愛華夏帝國等等。
林飛加強思想政治工作也是要把軍隊牢牢地掌握在自己手中，雖然說這支軍隊是由自己一手創立的，軍中骨幹也都是自己的親信，可是随着軍隊規模的擴大，難免有人起私心，一但有人背叛自己，對自己的打擊将是非常緻命的。
林飛又把各部隊主官召集起來，說道：“這次哥打巴托戰役，我軍出動了兩個團的兵力，經過了三天的激戰，攻克哥打巴托，擊斃守軍1589人，俘虜守軍1856人，全殲了守軍主力！”
“這場戰役分爲兩個階段，第一階段，我軍用‘疲兵之計’，轉移敵軍注意力，由工兵連開掘地道，抵近哥打巴托城牆；第二階段，我軍炸開城牆，攻入城中進行巷戰，在這兩個階段的戰役中，我軍湧現出了一批先進集體和個人，現在，我要對他們進行嘉獎。”
衆人聽見“嘉獎”這個詞都覺得新鮮，這些人一部分是從清廷軍隊中出來的，一部分原本是老百姓，沒怎麽聽說過“嘉獎”這個詞。
林飛朗聲說道：“我首先要嘉獎的就是——”林飛說到這裏語氣一頓，拉長聲音說道：“工兵連！”
工兵連連長秦喜仁站起身來，高聲答道：“到！”
林飛說道：“這場戰役的勝利，首先應該歸功于工兵連，如果沒有工兵連炸開城牆，我軍就不可能攻入城中，所以這第一份嘉獎令，應該授予工兵連。”
林飛回頭對李天仟說道：“把我做的旗幟拿過來。”
李天仟随即拿來一面鮮紅的大旗，遞到林飛面前，林飛把旗面展開，隻見上面寫着五個大字——首功工兵連！
林飛把大旗遞給秦喜仁，高聲說道：“秦連長，這面旗以後就是你們的連旗，希望你部珍惜這份榮譽，以後再立新功。”
林飛給李天仟使了個眼色，李天仟帶頭鼓起掌來，衆人也都跟着鼓掌，秦喜仁激動地接過連旗，熱淚盈眶，一句話都說不出。
林飛讓秦喜仁坐下，接着又讓李天仟拿來一面紅旗，旗面沒有展開，衆人都在想着，這面旗是給誰的？林飛沒有展開旗面，而是高聲說道：“一連長齊磊！”
齊磊站起身來，聲若洪鍾：“到！”
林飛展開旗面，隻見上面寫着“大功一連”，林飛高聲說道：“這面旗，是爲了表彰你們連攻上城頭，打開東門，希望你部珍惜這份榮譽，再創輝煌！”
齊磊伸出雙手接過旗，激動得說不出話來，衆人再次爆發出掌聲，林飛接着說道：“以後在軍隊的各種文書中，提到這兩個連隊，一律使用榮譽稱号，即‘首功工兵連’和‘大功一連’，明白了嗎？”
在文書中使用榮譽稱号，這對兩支連隊來說是一種極大的榮譽，衆人都羨慕地看着秦喜仁和齊磊，又眼巴巴地看着林飛，希望林飛也給自己的連隊一個榮譽稱号。
林飛朗聲說道：“這次戰役，這兩個連隊功勞最大，所以榮譽稱号隻頒發給他們，以後其他連隊有功勞，同樣授予榮譽稱号。”
林飛說完便宣布了散會，林飛之所以要給這兩個連隊頒發榮譽稱号，是要給自己的軍隊樹立一種“崇尚榮譽”的氛圍，一支軍隊，不是光靠先進武器就能打遍天下的，因爲武器要靠人來操作，人的因素十分重要，給軍隊樹立一種崇尚榮譽的氛圍，無疑能夠調動軍官和戰士的積極性。
林飛爲兩支連隊授予了榮譽稱号，其他連隊都積極訓練，希望在以後的戰鬥中立下大功，讓林飛爲他們授予榮譽稱号。
在部隊裏同樣有人冒出了這樣的想法——我們連隊也出了不少力，憑什麽榮譽稱号不授予我們部隊？有的人因此消極訓練，政治指導員這個時候就站了出來，做戰士的思想工作，消除這種不良思想。
加強軍隊的政治建設之後，林飛讓人把打下哥打巴托之後獲得的戰利品的清單拿過來，每次作戰之後看戰利品可是林飛最喜歡做的事情，林飛已經率領部隊打了很多仗了，每次打仗之後都能得到不少戰利品。
像打下伊巴雅特島之後獲得了一百多條步槍，打下巴紮哈伊城之後獲得了石油，打下武端城之後獲得了鉛礦石和工廠等等。
哥打巴托城要比武端城大得多，所以戰利品也豐厚得多，戰利品包括，各種運輸船150多艘，其中蒸汽船50艘，大型帆船100艘，總排水量五萬多噸，華夏帝國此時是島國，對船舶的需求量極大。
戰利品還有哥打巴托銀行貯藏的黃金十萬兩、白銀五萬兩、比索一百萬，在這個時代，和清國貿易需要用白銀，和歐洲貿易需要用黃金，哥打巴托銀行的黃金、白銀和比索将爲日後的對外貿易提供充足的保障。
林飛最感興趣的還是城中的各種工廠，其中有兩座工廠引起了林飛的關注，林飛看着那兩座工廠，找到了華夏帝國發展的良機。
林飛把張闖叫了過來，說道：“你立刻安排人，去全軍各個部隊選拔身體素質好，擅長長跑的戰士。”
張闖聽見這話眼睛一亮，問道：“陛下，是不是要爲我們狙殺隊召集更多人手了？”
林飛搖搖頭，說道：“暫時沒有那個想法。”
張闖一愣，問道：“那找擅長長跑的戰士做什麽？”
林飛拿過那份戰利品清單，指着上面的一家工廠笑道：“看到這座工廠了嗎？”
張闖順着林飛的手指一看，驚訝地說道：“通訊設備廠？這個和選拔擅于長跑的戰士有什麽關系？”
林飛神秘地一笑，說道：“一會兒你就知道了，你趕緊把選拔擅于長跑戰士的事情落實下去，我給你一個選拔标準，負重二十公斤的條件下的五公裏越野隻需要20分鍾，用最短的時間把這件事情安排下去，然後我帶你去那座工廠。”
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