這事還得從洪大教主逼着李秀成暫時按楊秀清的辦法打時說起，當時考慮到的确需要帶着一些家眷老小出城，也必須轉移一些南京城裏堆積如山的金銀珠寶去江浙大後方當軍費，這些都需要時間準備，雖然心裏一百個不情願，李秀成還是違心答應了洪大教主的要求，也當着洪大教主的面，派人傳令李容發和方海宗等軍，讓他們轉攻爲守，抓緊時間準備巷戰工事，換來了洪大教主的點頭贊許，太平軍決策層的暫時意見一緻。
然而李秀成卻沒有馬上離開天王府，因爲在李秀成準備返回自己的忠王府部時，此前被拘押在金龍殿外的洪仁玕、曾立昌和周立春三人又大聲呼救，痛哭流涕的懇求李秀成伸出援手，挽救他們的一條小命，暫時攔住了李秀成的腳步。
周立春會不會掉腦袋李秀成當然不會在乎，可洪仁玕和曾立昌的死活李秀成卻不能不管，原因是洪仁玕懂英語有外交經驗，請英法列強出面調停太平軍和吳軍之間的戰争，正用得着洪仁玕這個在太平天國中罕見的外事人才；曾立昌是天國老将，在太平軍隊伍裏頗有聲望和影響力，無緣無故的丢了腦袋肯定會影響軍心士氣，同時曾立昌在南京城裏也還有着一千多人的嫡系軍隊，一旦生變就有可能出現動亂。所以李秀成别無選擇，隻能是重新回到金龍殿上，詢問洪大教主爲什麽要突然逮捕曾立昌和洪仁玕等人？
“爲什麽要抓他們？”洪大教主反問得十分憤怒，喝道：“你爲什麽不問問他們，他們和超越小妖有多少往來，在私底下和超越小妖有多少聯系？”
“天王萬歲，他們和超越小妖在私底下有往來聯系？”
李秀成驚訝的問，洪大教主也不回答，隻是讓女官把幾道書信交給了李秀成，李秀成接過匆匆看了大概内容，見這幾道書信确實都是吳超越寫給周立春等人的書信，但内容卻隻是以女婿的身份向周立春問安，囑咐周立春好生保重，以朋友的身份和曾立昌、洪仁玕叙舊，勸說曾立昌和洪仁玕迷途知返，歸降吳軍，隻是很普通常見的勸降書信。但也正是因爲如此，李秀成才益發糊塗，忍不住疑惑問道：“這些書信沒什麽啊？超越小妖和揚天義他們有點舊交，勸他們投降不奇怪啊？”
“不奇怪？”洪大教主怒吼道：“那他們收到這些書信後，爲什麽不馬上上交，要偷偷摸摸的藏在他們身邊？這不是準備向超越小妖投降是什麽？”
李秀成恍然大悟，也沒問洪大教主爲什麽知道這些書信的存在準确找出，隻是拱手說道：“天王萬歲，書本上有句話說得好，水至清則無魚，人至察則無友，超越小妖爲人卑鄙，肯定給不少天國将領和官員都寫了這樣的書信，其中也肯定有不少暗藏着沒有上交的人。如果爲了這樣的事就殺頭，這些人肯定會害怕落到同樣下場，更加堅定他們投降叛亂的決心。以臣下之見，對揚天義他們最好是寬大處理，讓他們感念天王萬歲你的仁德，也安定天國人心。”
“放屁！”洪大教主罵了一句髒話，咆哮道：“收到超越小妖的書信沒有主動上報，還把書信偷偷留下，就是背叛天國，罪該萬死！絕不能再饒！”
李秀成再勸，還舉出了自己從書本上看來的秦穆公亡馬的例子，力勸洪秀全對曾立昌等人從輕發落，給他們一個戴罪立功的機會。然而落第秀才洪大教主不但半點聽不進去，還被李秀成給勸出了肝火，怒吼道：“閉嘴！朕不想聽你再說了，馬上給朕回去準備巷戰！周立春、曾立昌和洪仁玕這三個叛徒，全部給朕點天燈！現在就點天燈！”
李秀成大驚，趕緊又苦苦勸說，并明确指出洪仁玕和曾立昌對太平天國來說還有大用，旁邊受過李秀成大人情的蒙時雍和秦日綱也幫腔求情，費了九牛二虎之力，總算是讓洪秀全做出些許讓步，同意饒洪仁玕一條小命，把他留下來方便和英法列強聯系。李秀成不肯滿足，又極力懇求洪秀全也饒了曾立昌時，洪秀全卻眼珠子一瞪，怒吼道：“夠了！忠王，朕今天夠給你面子了！曾立昌這個逆賊暗通妖兵，如果不殺，又把他放回軍隊裏，他如果煽動部下叛變怎麽辦？殺！必須得殺！”
吼叫着，洪秀全又一指李秀成，咆哮道：“不要讓朕再說一遍，馬上回去帶着軍隊和妖兵打巷戰，搶築從清涼山到台城的城牆！馬上去，快！”
“搶築從清涼山到台城的城牆？”李秀成臉色一白，失聲說道：“天王萬歲，剛才你沒下這道旨意啊？”
“朕現在下，行不行？”洪秀全怒容滿面的說道：“如果不趕緊築起這道城牆，妖兵直接沖過了鼓樓，天京城還怎麽守？”
“可是天王，如果我們準備棄城的話，就沒必要勞師動衆的搶築這道城牆啊？”李秀成趕緊又問，道：“難道天王萬歲你還想堅決守城，不想棄城突圍？”
“朕說過，是否棄城突圍，還要讓朕再考慮一下。”洪秀全不耐煩的揮手，說道：“快去吧，天京城裏有的是百姓可以征用，先把城牆築起來再說。”
“天王萬歲，這不是人力是否充足的問題啊。”李秀成急得額頭上都有些汗水，說道：“如果要搶築這道城牆，臣下就必須要把大批的機動軍隊布置在天京北城和妖兵打巷戰，下關三門那邊的軍隊也不能撤回來。這樣的話，雖然肯定能争取到一些時間，但我們的傷亡也肯定下不到那裏。隻有趕緊棄城決心，一邊全力準備棄城突圍，一邊讓軍隊且戰且退……。”
“朕就是要你給争取一點時間，是否棄城，朕還沒有下定決心。”洪秀全不耐煩的連連揮手，說道：“還有如何棄城，也還需要商量。好了，快去按朕的旨意辦，先在巷戰裏把妖兵拖住再說。”
“完了，這下子我真不知道該怎麽打了。”
李秀成心中叫苦，可是又無可奈何，知道以洪大教主的狗熊脾氣一旦犯起倔來，自己就是和他争上三天三夜也起不到任何作用，别無選擇之下，李秀成也隻好暫時退讓了一步，老老實實的奉命告退。然而洪大教主卻還是不肯放過李秀成，又沖着李秀成的背影喊叫道：“記住，馬上開始搶築城牆！人手不夠就對莫愛卿說，讓他幫你征調百姓聽用！城牆築得越高越厚越好！”
事還沒完，垂頭喪氣的離開金龍殿後，在天王府的大門前，李秀成又看到了已經被綁在了火刑柱上的周立春和曾立昌兩個倒黴蛋，聽到了周立春的絕望哭喊，還有曾立昌的破口大罵……
“天王萬歲，我閨女是自己跟了超越小妖，她生了兒子我還是過了好幾年才知道，我沒和超越小妖勾結，我還和他打過仗啊！冤枉！我冤枉啊！”
“洪秀全！你這個裝神弄鬼的老騙子，老子爲你出生入死那麽多年，在揚州老子餓得吃釘鞋底，煨牛皮箱，老子都沒叛你！超越小妖給老子寫一道信，你就要殺我，要活活燒死我，你這個老騙子良心着狗吃……。打！打！你們使勁的打！看清楚了，老子的下場，就是你們将來的下場！跟着洪秀全那個老騙子，你們遲早比老子的下場更慘！”
搖了搖頭，李秀成不願再去看哭得天昏地暗的周立春，還有已經被打得滿臉滿嘴是血的太平軍老将曾立昌，也不願去想象這個消息傳開之後，在太平軍隊伍裏會造成什麽惡劣的影響。李秀成唯一能做的，就是趕緊派人到曾立昌的舊部中安撫軍心，以免曾立昌的舊部生變。
當天晚上接下來的時間裏，李秀成徹底陷入了進退兩難的尴尬處境，想制訂戰術讓北城的幾支主力軍隊且戰且退的撤回南城，擔心洪大教主遲遲不肯下定棄城決心，給了吳軍迅速推進到城内腹地機會，讓太平軍再也無法從容轉移。想滿足洪大教主要求，一邊搶築城牆一邊和吳軍在北城寸土必争，又擔心李容發、吉慶元和方海宗這幾支主力軍隊在巷戰中損失慘重，嚴重削弱突圍時的作戰力量。左右爲難，前後矛盾，戰術方針的選擇比手中機動兵力嚴重不足的吳超越還要頭疼萬分，根本就不知道到底該怎麽打。
最後，招架不住洪秀全親信莫仕暌的一再催促逼迫，李秀成隻能是采納了智囊李書香的折中建議，決定暫時滿足洪大教主的旨意要求，一邊發動百姓搶築城牆和準備撤退，一邊也不再往北城增派兵力，讓李容發、吉慶元和方海宗等軍就地堅守街壘，巷戰耗敵。然後走一步看一步，随機應變，見機行事——換句話說，也就是打到那裏算那裏。
天色終于微明了，公曆九月二十五日、農曆閏八月初三的清晨七點剛過，在吳超越的親自指揮下，也在吳軍重将曹炎忠的親自率領下，六千裝備精良的吳軍将士兵分兩路，分别從已經重新疏通的神策門和旁邊的城牆缺口處，向着太平軍在南京城中的街壘陣地發起了進攻，正式拉開了南京巷戰的序幕。
與此同時，吳軍已經停止了在龍脖子戰場上的佯攻，所有軍隊全部用于監視除神策門外的南京十二道城門，在城門出口處搶建阻擊工事，挖掘壕溝埋設地雷，布置火炮封鎖道路，時刻防範太平軍棄城突圍。吳軍水師的舢闆船隊也幾乎全部駛入秦淮河，在河面上來往巡邏不絕，随時準備幫助攔截太平軍的出城之兵。同時爲了預防萬一，吳軍還做好了随時炸毀南京城各道護城河橋梁的準備。
七點二十一分，大戰正式打響，兵分兩路入城的吳軍将士繼續分頭行動，一路由曹炎忠部将劉堪率領，沿柳巷向太平軍李容發的陣地發起進攻，目的是拿下台城，直接威脅洪秀全的天王府；一路由曹炎忠親自率領，走紅廟街東進，向太平軍吉慶元部的陣地發起進攻，目的是擊潰吉慶元軍，接應下關三門外的吳軍錢威部入城。
楊秀清其實真不是完全在蒙洪秀全，吳軍在城裏的巷戰确實打得十分艱苦，每前進一步都有可能被街道兩旁民房院落中的冷槍暗算，隻能是小心翼翼的一邊清剿街道兩旁的潛伏敵人，一邊緩緩向前方推進；也每每受阻于太平軍連夜搶修街壘工事，被迫使用移動緩慢的重炮轟擊開路，推進速度十分緩慢，傷亡明顯要比在城外野戰時爲多，彈藥消耗更是巨大。
推進最吃力的是劉堪這一路，因爲太平軍正在組織城内全力搶修從台城到清涼山的新城牆，太平軍在柳巷這條路上可謂是集中了重兵保護，李容發和方海宗兩軍共守柳巷，馬台街上的袁得厚部也派遣小股軍隊遊擊騷擾劉堪的側翼，再加上城牆上太平軍也不斷開槍射擊，劉堪所部很快就陷入了三面受敵的窘境，逼得吳超越不得不派軍沿着城牆西進，在狹窄的城牆頂端艱難推進，幫助劉堪分擔壓力。然而即便如此，劉堪所部卻還是每前進一步都必須得付出血的代價，推進速度慢得驚人，打到中午才拿下不到三分之一的柳巷街道，士卒的死傷卻突破了兩百人。
曹炎忠這邊的情況要好一些，但也好得不多，昨夜沒有參加神策門混戰的太平軍吉慶元部全是生力軍，軍隊編制完整，體力彈藥充足，也有三牌樓街上的陳得才軍幫忙襲擾曹炎忠的側翼，同樣是憑借巷戰工事有力擋住了曹炎忠的腳步，讓曹炎忠的推進同樣困難無比，傷亡也相當不小。
還好，曹炎忠在打巷戰方面還算頗有心得，每遇阻攔從不着急，更不會亂拿人命去填，隻是以時間換空間，動用重炮上前轟擊太平軍的街壘工事，直接以苦味酸炮彈轟開道路，緩慢而又不可動搖一步步向紅廟街西面推進，并成功的在正午剛過時打到了金川門邊上，發出信号讓城外的吳軍發起攻城。
在這個時候，太平軍大将吉慶元犯下了一個指揮錯誤，爲了守住金川門不讓城外吳軍進城增援，吉慶元冒險催軍上前，妄圖擊退曹炎忠保住金川門。結果很自然的，曹炎忠軍突然密集轟出的擲彈筒炮彈馬上就把吉慶元的軍隊炸了一個七零八落，鬼哭狼嚎，擊針槍的密集火力又把集群沖鋒的太平軍成排成排打倒，讓吉慶元的反擊不但沒能收到任何的效果，還重創了太平軍的反擊之軍。
轟潰了太平軍的反沖鋒後，吳軍的擲彈筒隊又掉轉炮口，對着金川門上連續發射，密集覆蓋金川門城樓，城上守軍雖負隅頑抗，卻還是招架吳軍的猛烈攻勢，激戰了半個多小時就被吳軍從内側打開了金川門，城外吳軍歡呼入城，勝利奪占了第二道南京城門。
金川門失守的消息并沒有讓李秀成感到半點意外，相反的，李秀成還非常驚訝神策門旁邊的金川門竟然能夠挺到下午才被吳軍拿下，仔細問清楚了金川門戰事的詳細經過後，李秀成還又忍不住十分驚奇的說了一句，道：“妖兵在城裏推進這麽慢？難道我們在城裏和他們打巷戰真的有戲？”
“從妖兵打法上來看，他們是在顧忌士卒的傷亡損失，所以不敢沖得太猛。”李書香也說道：“如果照這麽打下去，我們說不定真能在清涼山和台城之間築起一道堅固城牆，重新擋住妖兵。”
李秀成盤算着點了點頭，然後很快下定決心，說道：“給北城各軍傳令，繼續逐房逐巷的依次抵抗，遲滞妖兵進攻，多用冷槍傷敵，多以小股軍隊遊動作戰。沒有命令，不得擅自發起千人規模以上的反擊！”
言罷，李秀成還又在心裏補充了一句，道：“或許東王九千歲是對的，超越小妖太過貪圖把我們全殲在天京城内，抽調不出太多的機動軍隊入城，隻要我們能在巷戰中把妖兵耗垮，不但有希望守住天京城，還起碼可以逼得超越小妖做出戰術調整，抽調圍城軍隊進城參戰，讓我們棄城突圍更有把握。”
李秀成希望重燃的時候，數以萬計的南京百姓也在太平軍的逼迫下全力搶築從清涼山到台城的城牆時，咱們的洪秀全洪大教主，卻依然還在金龍殿後面的基督殿中猶豫不決，雙手合十夾着一枚黃金鑄成重達四斤的太平天國大花錢，口中念念有詞，神情也異常莊重嚴肅……
“無所不能的天父皇上帝，神力無邊的天兄耶稣，你們讓我下凡救世，現在妖兵已經打進天京城裏了，我是不是應該讓城别走，棄城突圍？還請你們降下神力，給我指點迷津……。”