上杉憲政的親信近臣菅野信方和上原兵庫二人受了武田信玄的賄賂後便向上杉憲政進言，說朝定自從進入關東開始就開始殘害關東武家，導緻例如武藏七黨、深谷上杉家、倉賀野家等在内的多家武家名門斷絕家名；而且就連上杉憲政的居城平井城也不是由他自己來管轄，還是由已經倒向朝定的城代大石綱元來管轄的等等。
上杉憲政本來就是一個沒主見的人，再加上菅野信方和上原兵庫二人一直陪伴着自己，說的話也都是爲自己考慮。随即上杉憲政便帶着菅野信方和上原兵庫二人一齊去見謙信了。
菅野信方和上原兵庫二人先前在上杉憲政沒逃往越後之前就喜歡幹一些殘害忠良的事情，此刻也沒有例外。不論是山内上杉家的家宰還是譜代家臣和國人領主，都被他們陷害過。他們二人一見到謙信便當着她的面開始說着朝定的幾大罪狀：“派兵殺害幕府任命的關東公方”、“将古河公方逼反”、“長期殘害關東武家，導緻扇谷上杉家在關東一家獨大”、“強取别家大名領地充當朝廷禦料所”、“不敬神佛”、“用獻金竄至高位”、“妄自尊大”、“意圖取代關東管領”、“長期征伐周邊不願臣服的大名”、“将最上、伊達兩探題家斷絕滴流”等。
“老夫好不容易能回到自己的居城，可是連一點權力都沒有。就算是稅收還是征召軍勢等事務全都由城代大石播磨守來管轄，就連就連老夫派人去外邊請來的歌舞伎都進不了本丸。”上杉憲政若不是自己的娛樂活動都被限制，才不會來趟這趟渾水。
“”謙信本想反駁一下菅野信方和上原兵庫兩人的話，但是聽完上杉憲政的這番話她便沉默了。當初自己和朝定兩人舉兵聯合關東諸将擁護上杉憲政回上野平井城就是爲了實現對上杉憲政的承諾，讓他領有原先的本據平井城。可是當初時局不穩，加上周邊國人領主和後北條氏虎視眈眈，謙信不得不讓原上杉憲政的譜代家臣大石綱元去擔任平井城的城代。
“你如今還被幕府任命的政所執事、北陸探題，加上原先的關東管領、越後守護、越中守護等役職。你之前自己還說過‘坐受官爵，非人臣義也’的話，難道都忘了？”上杉憲政倒是想到了謙信之前的承諾和誓言，此刻一股腦的全說了出來。
“不敢忘”謙信這下倒是下不了台了。原本她隻想做做樣子出兵到邊境讓朝定有所收斂，派人議和就行了。誰知上杉憲政倒是主動上門來‘逼宮’了。而且謙信如今才發現上杉憲政這身邊的兩名近臣不是善茬。
謙信自從那天召開了評定會後就想過，元老級的家臣們都反對自己出兵，而且朝定隻是一直駁了自己的面子并沒有做出什麽出格的事情，也不是真心想與自己爲敵。況且，南出羽的色部勝長、竹慶綱、築地資豐、大川忠秀、山本寺景長、千坂景親等人有難之時皆是朝定去派兵救援的，若不是他去救援，很有可能轉封至最上郡和村山郡各地的家臣們早就報銷了。
上杉憲政一是前任的關東管領，二是謙信的養父。他的面子謙信不得不給。而且菅野信方和上原兵庫所說朝定的罪狀基本屬實。
特别是朝定曾經在足利義輝前腳下達了禦下文任命足利義氏爲關東公方，後腳就令家臣穴澤俊光攻入相模鐮倉，将幕府所任命的關東公方足利義氏殺害，并且還将鐮倉鶴岡八幡宮毀壞和抄掠寶物。光是這兩件事情就已經讓足利義輝感到朝定有不臣之心。若不是近衛前嗣與朝定交好，那麽“朝敵”的罪名可就要按在朝定的身上了。
六月十日，作爲謙信與幕府之間的聯絡人神餘親綱在這一天來到了越後府中館，帶來了足利義輝所下達的禦下文。内容是令謙信負責對關東的攻略，讨伐朝定并且重建鶴岡八幡宮。并且足利義輝還對足利藤氏之前的反叛不予追究，還主動任命他爲關東公方。
謙信看到這些後差點忍不住把禦下文給撕了。要是真的與朝定開戰，那麽之前反對出兵的家臣們很有可能會被朝定所調略，特别是揚北衆諸将。到時候還沒進入關東自己倒成了光杆司令了。
足利義輝之所以敢下達這樣的禦下文，完全是受到了佐竹家、小田家、武田家、小田原伊勢家、大崎家、葛西家、戶澤家、桧山安東家等大名的鼓動。俗話說得好：“三人成虎”，有了這麽多人的上書進言，足利義輝就算不想頒下禦下文都不行。畢竟爲了維護将軍家的權威和仲裁能力，足利義輝隻能這樣做。
而且當足利義輝得知朝定派兵北上先後攻滅最上家、伊達家這兩家世襲探題家的大名後就已經很憤怒了。這兩家數任家督年年派人上洛獻金從不間斷，這下自己的财路都斷了。再加上之前朝定派家臣穴澤俊光率軍攻入相模鐮倉，将自己任命的關東公方足利義氏殺害。足利義輝将新仇舊怨加起來後就斷定朝定有不臣之心，若不及早剪除，那麽就很有可能是取代足利家。
足利義輝雖然判定了朝定爲幕府之敵，但是朝廷方面就不這麽認爲了。正親町天皇好不容易獲得了關東三萬石土地當禦料所，皇家總算告别了賣字畫度日的生活，他可不想一夜回到解放前。朝中的不少公卿如關白近衛前嗣、權大納言勸修寺晴秀、參議山科言繼（朝廷财物擔當）等也與正親町天皇的态度是一樣的。朝廷方面直接駁回了足利義輝所提出的“将藤原朝定指認爲朝敵”請求。
由于這檔子事一出後，關白近衛前嗣終于能如願以償的前往關東一次，以示朝廷與朝定是站在同一條戰線上的。這次，近衛前嗣還帶上了正親町天皇的綸旨，朝定的修理大夫一職擢升爲左近衛大将兼任鎮守府将軍爲從三位（此時的足利義輝以征夷大将軍兼任參議、左近衛中将才從三位），并且朝定能讨伐關東一切不臣之臣的權力。
六月十二日，就在小田原城内的内應春日家吉和宮木四郎兵衛二人率部襲殺二之丸守将石川源四郎後便迅速打開了側門準備放上杉軍入城。難波田憲次見二之丸的側門打開後爲了保險起見，并不打算一開始就投入太多的兵力去進入二之丸。他就立即令岡部元信和穴澤俊光二人率兩千軍勢先行突入二之丸。
由于二之丸的守将石川源四郎被殺後，剩餘的二之丸守軍便群龍無首，毫無士氣。很快，随着岡部元信和穴澤俊光兩部的突入後，守軍便四散而逃。岡部元信和穴澤俊光二人便乘勢奪取了二之丸，派人通知難波田憲次，二之丸側門的開啓并不是陷阱。
得知不是陷阱的難波田憲次随即令朝比奈泰朝率兩千軍勢從正面攻打小田原城的大手門來吸引守軍的注意力，自己則是率一萬大軍迅速進入二之丸，讓岡部元信和穴澤俊光二人擴大戰果繼續對小田原城内各地展開攻擊。
很快，本丸裏的伊勢氏政也得知了二之丸的陷落、三之丸腹背受敵的情況。伊勢氏政很想補救一下，但是此時已晚。随着大量的上杉軍湧入城内，以老弱病殘占很大比例的守軍完全支撐不住。緊接着，還沒等伊勢氏政派出援軍去救援三之丸，東之丸和西之丸兩地就被朝比奈信置攻落了，守将山角右衛門和上野孫左衛門二人戰死。
不到三個時辰，小田原城便隻剩下本丸還在伊勢氏政的手裏。而其他地區全被上杉軍所攻占。伊勢氏政不願投降上杉家，便與鳳翔院（伊勢氏政正室）、瑞溪院（伊勢氏政生母）等家眷還有禦馬衆的今井源太郎、今井雅樂助等在本丸大廣間内自害。立足關東四代的後北條氏正式滅亡。