由于之前遊佐續光、遊佐盛光和西野宗慶三人的調略和說服下，駐守在能登、越中邊境的‘山七人衆’中的遊佐宗在上杉軍大軍抵達時便打開了福水城和金丸城的城門，并且還備好了大量的糧草以供上杉軍使用。
朝定一進入金丸城本丸後就下令土肥政繁、土肥政信、小浦一守（三善一守）三部三千軍勢與遊佐宗的一千軍勢合流後，并以遊佐宗爲先導役對石動山展開攻擊。既然石動山的門徒衆不識時務，那麽也就沒有必要繼續留着他們了，以免日後成爲上杉家的隐患。
很快，兩萬上杉軍将石動山通往各地的出口、山路都封住，并且派兵駐守，準備不讓石動山的門徒衆一人逃出這裏。另一方面，四千上杉軍在遊佐宗、土肥政繁、土肥政信和小浦一守四人的率領下快速抵達石動山的山腳下。短時間内，石動山周圍四面八方都被上杉家的竹雀紋所湮沒。
對于這次上杉軍的侵攻，匠作山家将會如何應對呢？
當長續連和山駿河守等人得知了上杉軍大軍進入能登國後，當天就将大量已經征召的農兵、足輕布防于七尾城以及周邊的城池兵砦内。
得田城（七尾城東南方）由城主得田秀章率一千五百軍勢守備；
溫井館由溫井景隆的家臣八代越中守率五百軍勢守備；
佛性寺砦（金丸城東面）由溫井景隆的家臣溫井築前守率三百軍勢守備；
和倉館（七尾城西北方）由溫井景隆的家臣八代肥後守率三百軍勢守備；
七尾城内則是聚集了一萬五千餘軍民來進行守備，并且匠作山家的重臣大部都在城内。
相比起進入能登半島的上杉軍，匠作山家并沒能在短時間内調整所有的兵力來對抗上杉軍。能登半島北部匠作山家的分支松波山家更是還沒能集結相當數量的軍勢南下支援
若是朝定在能登南部與石動山門徒衆的作戰多消耗些時日，那麽匠作山家就能争取到一些時間來和加賀一揆進行合作，并且匠作山家還能充分利用七尾城周邊的地勢與上杉軍來一場大合戰。長續連與山駿河守等人就是這樣盤算的。
然而，如今的匠作山家卻舍棄了石動山的門徒衆和遊佐領，讓上杉軍盡數進入能登。雖然他們一開始的設想就是要将上杉軍主力進入能登國腹地，并且伺機尋找機會将兩萬餘上杉軍殲滅在能登。
“入道宗殿，鎮府殿命我等将石動山上大大小小的寺院、神社全部燒毀，你有何見解？”土肥政繁加快了腳步，到遊佐宗的身後問道。
“”良久，遊佐宗才回話，“在下反反複複的背叛過美作守（遊佐續光）、匠作山家，如今卻還能被鎮府殿看中獲得效力上杉家的機會，實在是不敢有何見解和看法啊！”
聽完遊佐宗的這一番話，土肥政繁等人皆是沉默起來。
過了一會兒，四千上杉軍抵達石動山的半山腰後，駐守在石動山上的門徒衆們終于反應過來“上杉軍攻山了！”
趁着一輪明月的映照下，上杉軍大軍從四面八方開始縮小包圍圈，并且先後展開對石動山的進攻。
很快，不絕于耳的鐵炮聲、喊殺聲、慘叫聲此起彼伏。然而僧兵們和信徒們卻仍然死守着幾個山門和寺院，不讓上杉軍越過半步。
在一輪又一輪的猛攻後，僧兵們和信徒們所組成的防線終于被上杉軍攻破了。這時，四面八方都燃起了火苗。
當石動山中堂也噴出熊熊烈火時，已經是十月二日的傍晚了。此時，整座石動山已經完全籠罩在烈焰濃煙之中。數十座佛塔和寺院被變成了一片火海。如果從海上朝岸邊望去，那真是一幅觸目驚心的景象！
能登與越中交界的石動山成爲北陸聖地的數百年來，一直是一片“平安樂土”、“世外桃源”的存在，然而卻在此刻變爲了一片地獄。
在每一座山谷間，到處都有靠旗爲竹雀紋的足輕、武士，地上無處不布滿了被濃煙嗆死的人的屍體，還有一些苦苦求饒的小沙彌們。然而，上杉軍卻全然無視于這遍地哀鳴的景象，就像是一頭早已經失去控制的猛獸一樣，一心隻想盡快将這裏夷爲平地。
石動山的中堂已經被完全燒毀，所有的神靈、神社、僧坊、寶塔、佛像、經卷等都在頃刻之間化爲了灰燼。那些在山間盲目逃竄的老弱婦孺固然令人同情，但是在朝定的命令下，所有的僧侶、婦孺、百姓等都無一得以幸存。在上杉軍的一陣燒殺之後，隻見地上到處都布滿了數以千計的屍體。流灑在地上的血水漸漸地彙成了一條小河，在滿是灰燼的地上緩緩的流動着
“殿下此舉難道就不怕石山本願寺對您發布讨伐令？到了那時，北陸道、東海道、京都各地的大名、領主都将是上杉家的敵人！”宇佐美定滿歎了一口氣後就彎腰從地上的灰燼中拾起一卷殘破的經卷。
“一向一揆在北陸道、京畿、東海道各地橫行近百年，石動山的門徒衆都變成了一向一揆的友軍，如果不将他們鏟除，恐怕駿河守你能登守護的位置都坐不穩。”朝定看着眼前的景象，心中有一種說不出的暢快感。
“老夫謝過鎮府殿。隻怕能登一國的一向一揆很快便會蜂起了。”宇佐美定滿有一種不祥的預感。
“駿河守是指杉浦玄任之子杉浦又五郎與河合虎春、坪坂包明等人所正在組織的一揆軍？”朝定滿不在意的笑道。
“能登國南部共有匠作山軍一萬八千餘。若是這支一揆軍抵達能登境内或者是進入七尾城，恐怕我軍的兵力優勢會瞬間失去。”宇佐美定滿将手中殘破的經卷翻了翻後有些憂慮的說道。
“駐守在鳥屋館的長與一和山将監二人已經被我派去的上條織部說服并且開城投降我方，我軍的兵力又增加了一千。”朝定說完不禁笑了起來。
“此戰的關鍵在于末森土肥家，他們的一舉一動将會左右整個能登的戰局。一旦他們倒向了加賀一揆，那麽對于我軍來說将會是後患無窮！”宇佐美定滿說完就将手中的經卷扔進火堆之中。
“駿河守的意思我明白，比起末森土肥家，我軍優先要将七尾城周邊的所有支城、兵砦一掃而空，而後再派出一支偏師去對付末森土肥家。”朝定說完就望着并不遙遠的七尾城。
“金丸城東和東北處還有三座溫井家的城砦。目前爲止溫井家還是沒有派出任何人與我方接觸。看來之前願意成爲我方内應的書信都是假話。”宇佐美定滿認爲溫井景隆已經不可能在此刻倒向上杉家了。要是他想投誠的話也就不會派出家臣駐守在各個要地來阻擋上杉軍的進軍。