而明智光忠、秋山定綱、木戶範秀、萱原爲繁、廣田直繁等下野的上杉家臣和代官們也獲得了可以進入小山領檢地的權利。因爲朝定沒有繼續承認小山家擁有‘守護不入’的特權。
下野鹫小山家就這樣在永祿元年七月底正式從戰國大名轉變爲上杉家下轄的一個小勢力。隻不過，這也是一個過渡階段。朝定并不會讓鹫小山家繼續存在，派遣真田昌幸繼任小山家的家督也是爲了快速消化它。鹫小山家可是占據着下野通往下總、常陸的通道。這類的兵家必争之地朝定可不會放任有外人打理。
随着小山家的臣服，下野諸将中一個接着一個遭到了戰後清算。先是茂木一族被沒收全領後趕出下野，然後壬生八田家、鹿沼八田家、鹽谷八田家也是先後被沒收其領由明智光忠率軍進駐和接管。皆川小山家、益子家等也被趕出了下野而逃往常陸投奔小田家······
至于下野各郡奪取的新領地除去小山城和袛園城的兩萬三千石屬于小山朝幸外，各重鎮如茂木城、益子城、真岡城、多功城、皆川城、壬生城、宇都宮城等朝定準備派出自己的側近或者代官去接管。
對于下野的迅速丢失，足利藤氏已經不敢在短時間内再次舉兵，他隻能在小田領内養精蓄銳。關東八國的公方奉公衆們已經是所剩無幾，曾經仰仗的小山家現如今也改弦易張。
常陸一國如今的局勢也不算太穩定。北部有佐竹家占據，而東部沿海一帶還有一個勢力不小而降服于上杉家的江戶家；南部地區也有鹿島家、島崎家等割據。可以說小田家的周圍沒有一個盟友存在，就算勢力在常陸國内不算太小，可是其領地在北、西、南三面都接壤上杉領。小田氏治根本就不敢輕舉妄動。
就在小田氏治膽戰心驚的同時，朝定讓曾我佑俊領有茂木城一萬石知行、高井右近（戶番）領有真岡城一萬石知行。而明智光忠在下野的屢立戰功，故轉封宇都宮城領有一萬三千石知行，依舊爲明智光秀的名代鎮守那須郡。
朝定一心想先穩住下野時，織田信長卻和武田信玄談和了。一方面織田信長承認武田家領有東美濃四郡，另一方面松平家也停止了對武田家的襲擾。這對于上杉家來說絕對是一個壞消息。
先不說加賀、能登方面的淨土真宗的門徒衆即将對越中發起侵攻，武田信玄現在已經能騰出手來了，他将馬場信房放到深志城，準備編制飛彈侵襲軍。而海津城方面武田信玄也不打算放棄，他将原虎胤部一千軍勢派出并且進駐海津城。這樣一來齋藤朝信等人隻能各自退回本領小心防禦。隻不過，武田信玄卻沒有辦法去救援被困在西上野的内藤昌豐了。
謙信早就對武田信玄的所作所爲忍無可忍，她将小虎千代托付給绫姬後拿着自己的小豆長光騎上自己的放生月毛就往上野國去了。她不準備先回越後而是去上野國的一之宮貫前神社參拜，并且寫下了一封起請文：
“敬曰：夫我神社，菩薩真身乃無量壽佛，遙經十萬億年來日。父爲仲哀天皇，母爲神功皇後，在胎内時業已征伐三韓歸朝。死後爲百王百代鎮護，以八幡宮顯靈，故于九州豐前國建宇佐宮齋祀。是後，清和天皇禦宇請奉城州男山，石清水流遍滿六十餘州，以緻日本全國無地無八幡禦社。彼信濃國更科郡亦有奏請，人人崇敬。今有佞臣武田晴信，亂入本國，施壓暴威，悉滅本國藩士，破壞神社佛塔，國内悲歎經年。景虎雖對晴信了無必鬥之宿恨，然爲鄰國越後國守，不能默視，又爲襄助見棄之本國豪族所托。今以晴信爲敵激發軍功，于他毫無私利私欲之念。吾聞神受非禮不予，縱令晴信有信仰之心，然以非份之望奪國，無故騷擾本國領主，侵亂萬民，神明有靈，何能感動？伏維乞願。景虎明此精誠，垂予佑功。倘信州如景虎之意歸于甯谧，景虎揚家名于天下，成就所願。願進神領一所，并以丹誠虔奉。爲求信越兩國榮華長享，萬民喜悅，謹祈如存。永祿元年八月一日八幡宮禦寶前長尾彈正少弼平景虎”
随後，謙信迅速返回越後春日山城後，大川忠秀、大川長秀父子立即進入春日山城請罪。并且他們二人又去将元井爲宗、長尾景國等人說服後開城投降。到了最後，藏王城城主丸田高俊也在開城投降後主動說服上杉景信開城。到了八月十日，長尾景房完全成了孤家寡人。原本引爲外援的武田信玄已經将大軍撤回了甲斐，而自己旗下的國人衆、原上杉家臣們又都紛紛開城投降。
僅僅數天，‘越後永祿之亂’瞬間平定。而參與長尾景房舉兵的國人衆、越後諸将們也都紛紛前往春日山城參見謙信。
“參見管領殿，罪臣長尾十郎景信前來請罪。”上杉景信不敢自稱‘上杉’的苗字，隻能自稱‘長尾’的苗字，就怕使得謙信發怒。
“舅父何出此言？既然主動開城，就有改過之心。你仍然享有一門衆筆頭的身份和使用‘上杉’苗字的權利。”對于他人謙信是不會太過于大度，而對于自己的舅舅上杉景信，謙信相信他是迫不得已的。而自己身上還流有栖吉長尾家的血，所以說至于栖吉長尾家的處分也僅僅是将原先賜予的‘郡司不入’特權廢除而已。
“謝主公。”上杉景信也不多說什麽，随即坐到一邊的蒲團上去。
“諸位都聽着，此次的事件罪魁禍首隻有一人——長尾景房。其餘人等皆可寬恕。”謙信也不想處罰太多，畢竟此次的戰亂已經讓越後一國損失不少。而國人衆們大都是因爲長尾景房的身份和足利義輝、武田信玄的調略才跟随舉兵的。隻不過，長尾景房作爲謙信的兄長故意破壞了越後一國的安甯，還緻使越後諸将的互相殘殺，這就讓她感到非常的憤怒。
“非常感謝管領殿之大恩，我等此後一定竭力奉公！”由上杉景信起頭，長尾景國、樋口兼豐、大川忠秀、大川長秀等人紛紛附和。
謙信是原諒了越後諸将，可是并沒有原諒佐渡衆。她令沿海各城的港口、湊都開始大建船隻，準備一舉平定佐渡，将一直劫掠海上商船的本間一族殲滅。
而還在長岡籠城的長尾景房也在天室光育的中介下開城，隻不過長尾景房本人則是被押往武藏河越城。畢竟謙信對她自己的異母兄長還是下不了手，隻能将其送至河越城交給朝定去處置。