自建都天京以後，楊秀清居功自傲，專橫跋扈，上逼天王洪秀全，欲取而代之，曾假托天父下凡，借細小事故竟要杖責洪秀全，使洪、楊矛盾逐漸激化；下壓首義有功将領，如呼奴使婢，杖責燕王秦日綱、興國侯陳承熔、衛國侯黃玉昆等，引起部分将領對他不滿。鹹豐六年夏，太平軍先後擊破圍困南京多年的江南江北兩大營。楊秀清以爲這是擴大個人權位的好機會，同時也爲試探洪秀全對自己的态度，爲最終奪取太平天國最高領導權作準備，楊秀清先是強令忠于洪秀全的陳玉成北上皖北，試圖借新軍的手消滅忠于洪秀全的力量。又派親信到揚州接掌軍隊，進而于當年七月公然逼洪秀全親到東王府封其爲萬歲。洪秀全佯爲應允，暗中卻密诏韋昌輝、石達開速回天京“勤王”。韋昌輝接到密诏以後，立即率領心腹武裝三千于八月初三日深夜從江西趕回天京。
韋昌輝到達南京後秘密聯系秦日剛，派遣心腹占據城中各重要據點，然後對東王府發動進攻，楊秀清對韋昌輝的回來早有防備，也秘密将駐守揚州的五萬大軍調回南京，同時命親信下屬兩萬餘人圍困天王府，企圖軟禁洪秀全進而取代之。忠于洪秀全的部隊與楊秀清的黨羽在南京城展開激戰，由于揚州大軍的回城，忠于洪秀全的部隊寡不敵衆，洪秀全在天王府内被亂軍所殺。韋昌輝、秦日剛率殘部突圍逃亡安慶。南京事變後，太平天國迅速分裂成數塊，韋昌輝、秦日剛平素與石達開不和，洪秀全死後，二人打着清除叛逆楊秀清的旗号，僞造洪秀全的遺昭，将石達開誘騙到安慶，企圖殺石達開後奪取兵權。幸虧安慶守将林啓榮與石達開是一黨，偷偷将韋昌輝和秦日剛的計劃報告石達開，石達開聞訊後果斷起兵，将二人擒殺，從而完全控制了太平軍在西部的軍政大權。控制西部的石達開随後宣楊秀清爲叛逆，号召太平軍各部讨之，石達開也在安慶集結大軍準備北上南京。
南京事變中站得上風的楊秀清，得知石達開的舉動後，先是派人前往安慶，試圖以高官許之，同時收攏南京附近兵馬，準備與石達開決戰。石達開怒斥楊秀清派來的時節，将其亂棍打死，表示與楊秀清這樣的叛逆不共戴天，誓死殺之。
趁着太平天國内讧，曾國藩從南昌起兵，一舉拿下九江，同時彭玉麟也率部圍困武昌，太平軍整個西線戰局幾乎崩潰。九江的失陷使西線的太平軍被分割成兩部分，武昌随時有被湘軍分而滅之的危險。爲了照顧經營多時的江西湖北根據地，石達開被迫放棄攻打南京的計劃，率四十萬大軍回師九江，兩軍于九江城下激戰十餘日，曾國藩再次不敵石達開，湘軍在九江損失近三萬餘，九江湘軍基本被打殘，曾國藩在湘軍悍将鮑超從南昌趕來接應下，狼狽逃出九江，退守南昌，圍困武昌的彭玉麟，左宗棠部在得知曾國藩兵敗後，也放棄了對武昌的圍困。石達開雖然暫時解決了湘軍帶來的威脅，但湘軍勢力仍在，湘軍的威脅并沒有徹底解除，石達開隻好專心經營江西和湖北的根據地，攻打南京的計劃被無限期的擱置。楊一從大别山一帶再次募集兵勇，組建了一支五千多人的混成旅，由跟随楊一多年的警衛營長李柱子率領，進駐嶽西，窺視安慶，陳玉成和李秀成來自石達開方面的援救。
南京的楊秀清雖然在内讧中獲勝，也損失慘重，根本無力與江浙一帶的新軍和其他清軍對抗，隻能困守南京周邊地帶，對救援被困廬州和舒城的陳玉成與李秀成也隻是喊喊口号，沒有實際行動。李秀成和陳玉成被楊一徹底的孤立包圍在皖北。
八月十五，本是親人團聚，共賞明月的佳節，可正在皖北拼命的兩軍卻看不到一點節日的氣氛，一邊是舒城裏已經斷糧的陳玉成，在突圍數次失敗後，低落的士氣，一邊是城外睡覺都睜着眼睛，生怕一眨眼的工夫就跑了大魚的楊一。明月在天上挂了大半個晚上後，黎明前的黑暗來臨，就在這常人睡的最爲香甜的時分，廬州的城的大門被無聲的打開，一隊隊人馬悄悄的向三河鎮方向挺進。李秀成終于選擇了出城，試圖以全力進行這最後的一戰，争取和陳玉成會合，然後再另做它圖。
大軍在默默的向三河鎮進發，沉重的八千斤大炮在騾馬的牽引下緩慢的在狹窄的官道上前進，步兵沿着田埂向前，不時有士兵失足落入泥水中，但他們都默默的爬起來，繼續向三河鎮趕去。天邊終于破曉，部隊的行軍格外的順利，三河鎮就在眼前。各部按照事先的計劃開始布置準備戰鬥，李秀成投過從清軍手中繳獲得來的望遠鏡觀察三河鎮。一切準備就緒，望遠鏡裏的三河靜靜的沐浴在黎明的晨霧中，新軍沒有任何動靜。
李開芳來到李秀成面前，興奮的說道：“侯爺，一切都準備妥當，可以開始了嗎？”
事情順利的進行沒有讓李秀成感到絲毫的興奮，反而被有一種不祥的預感包圍，李秀成知道自己做出的決定意味着什麽，他已經沒有後路了，皖北太平軍的命運就看這一戰了。
緩緩的放下望遠鏡，李秀成深深的呼吸一口早晨新鮮的空氣，讓自己紛亂的思緒平靜一些後，淡淡的對一臉激動的李開芳說：“可以了，開始吧。”
各式火炮的引線被先後點燃，一聲聲巨響打破了黎明的沉寂，炮彈劃出一道道絢麗的弧線掉落在三河鎮的城牆上，三河鎮很快陷入一片火海之中。
安靜，三河鎮在遭到炮擊後還是一片安靜，沒有還擊，甚至從望遠鏡裏也看不到有人在走動，李秀成看着炮彈在三河鎮裏爆炸後激起的硝煙，彌漫的硝煙幻化作一片詭異的平靜。李秀成感到一中強烈的不安，内心開始激烈的思考，難道..........？各種答案被自己否定後，李秀成得出了一個自己認爲最合理的解釋，那就是三河鎮根本就是一個陷阱，陳玉成部已經被消滅。想到這裏，李秀成渾身冒着冷汗，急忙大聲下令：“停止炮擊，全軍以最快的速度進入三河鎮。”
李秀成又一次猜對了，就在昨天夜裏，二十歲的陳玉成被部将苗沛林設計捕獲，數萬饑餓的太平軍，在叛變的苗沛林部和新軍裏應外合的行動中被一舉成擒，陳玉成眼下正被押在楊一的大帳中。
李秀成的命令剛剛下達，一陣炮火就呼嘯着朝太平軍打來，接二連三的炮彈不斷落在人群裏，太平軍戰士受傷後發出慘叫聲此起彼伏，剛才還嚴整的部隊頓時就亂成一團，争先恐後的朝三河鎮裏跑去。李秀成的部隊在混亂中丢棄了全部的火炮和糧草滞重，剛剛逃進了三河鎮，就見新軍從四面八方圍了過來。三河鎮果然如李秀成所料，鎮裏空無一人，而且找不到一顆糧食，十萬大軍陷入絕境。令李秀成驚訝的事情是，新軍并沒有馬上對三河發起進攻，一些新軍打着白旗，驅趕部分被太平軍抛棄的糧車送到陣前，然後默默的回去，新軍在占盡優勢的情況下居然沒有趕盡殺絕，這讓李秀成大感意外，同時也感到了些須的彷徨。
三天後，三河鎮裏惴惴不安的李秀成收到了一封楊一寫來的信件，信中寫到：
李秀成：
您是個人才，我很欣賞您。相信你也看出來我沒有趕盡殺絕的意思，憑你現在的情況，我随時可以消滅你。陳玉成部已經完了，南京發生的事情你也應該有所了解，太平天國已經四分五裂，楊秀清困守南京，石達開被曾國藩拖在湖北江西一帶，太平天國沒有前途了。如今在皖北，你已經不可能得到一個援兵。仗打到這個份上，作爲一個将領你已經盡力了。
接下來你就算不爲自己的前途着想，也要爲跟随你南征北戰多年的兄弟門着想，投降吧，我不會爲難你們的，告訴你的手下，投降後願意留下來跟着我幹的，我們歡迎；不願意留下的我們發路費讓他們回家。
我已經給你三天的時間來認清形勢，現在我再給你三天來考慮清楚，是戰是降，是生是死，完全在你的一念之間。記住，時間有限，隻有三天。
楊一
一封開頭和結尾都沒有問候語的最後通牒，李秀成看完後遞給身邊李開芳，然後傳到賴漢英手裏，接着是賴文光....。這封信在太平軍諸位首領的手中轉了一圈後又回到李秀成的手中，李秀成靜靜的坐在椅子上，用一種平靜的眼神看着大家，似乎想得到一個肯定的答案。
衆人皆默不做聲，連月來與新軍不斷的作戰，使他們深深的體會到和眼前這支軍隊作戰就仿佛是在做一場噩夢，打下去是沒有任何前途的，但這投降兩個字又沒辦法輕易的說出口，隻好都一個個低着頭，悶聲想自己的心事，場面一片沉寂。李秀成見大家都不出聲，臉色蒼白的站起來，揮揮手裏的信件，一臉欲言又止的表情。
“******，想讓我們投降，那兄弟們都白死了，我這就帶人去和清妖拼了。”李開芳猛的從座位上跳起來大叫，又看看周圍，誰知道周圍的人根本就沒有搭理他的話，依舊是一個個心事重重的坐在那發呆。李開芳見到這樣，自己跺了跺腳道：“好，你們怕這姓楊的清妖，老子不怕，老子這就帶人去和他拼命。”說着李開芳拔腿就往外去。
見李開芳出去，賴漢英也坐不住了，站起來對李秀成說：“侯爺，不能讓他去送死啊。”其他将領也都站了起來，齊聲說：”侯爺，您要攔着他啊。”
李秀成無力的揮揮手道：“去，把他給我拉回來。”
一天後，三河鎮内的太平軍代表來到楊一的大帳中，遞上了投降的降表，李秀成代表十萬大軍，同意放下武器，停止抵抗。
第二天，李秀成帶着衆将領打着白旗來到新軍大營時，發現一個年輕的将領帶這一票人馬正等在大門口迎接太平軍衆将領。從年輕人的氣勢上來看，結合楊一的各種傳聞，李秀成在的這就是自己這段時間的對手楊一。李秀成見楊一一臉笑意的站在大營外趕緊上前道：
“敗軍之将，怎敢勞動大人大駕親自迎接。”
“秀成不必過謙，皖北之戰，你指揮得當，用兵巧妙，單就戰術上而言，你沒有輸。”說着楊一看了看其他太平軍的将領道：“諸位也盡力了，此戰太平軍衆兵将不能說不勇敢，落到這樣的結果也隻能說是一種宿命吧。諸位沒有失敗，失敗的是太平天國。”
對于投降後的太平軍士兵，楊一兌現了自己的承諾，一萬多選擇離開的發放路費，大部分選擇了留下。李秀成和其他主要将領也在得知南京發生的詳細情況後大多選擇留在楊一的新軍中效力，隻有陳玉成仍不肯投降。
楊一把留下的部隊開往大别山地區進行改造和整編。然後命令聶士成率領一師的兵力，沿廬州北上皖北，然後東進，皖北和蘇北殘存的太平軍紛紛棄械投降，九月初，新軍徹底控制了皖北和蘇北，至中旬大軍開始朝蕪湖進軍，楊秀清放棄蕪湖、馬鞍山，當塗等地，收縮兵力，困守南京。