當然商毅雖然關注遼東的叛亂，但和内閣的擔擾并不一樣，因爲商毅從來就沒有認爲，在遼東地區的叛亂，會動搖帝國的統治基礎，那怕是使清廷複避也都是不可能。隻要中華軍的大軍一到，反叛的勢力就會被立刻被平定下來。因此商毅也并不是對遼東叛亂擔心，而是擔心這次叛亂對遼東地區造成的破壞。
在穿越之前，商毅所接受的曆史教育中，對于中國古代的農民起義，一般都是做比較正面評價，當然從反抗暴政、反抗壓迫的角度來說，農民起義也确實具有一定的合理性和進步性，如果一個民族在面對暴政、壓迫，都不敢反抗，那麽這個民族也确實沒有前途了，畢竟中國農民其實是世界最老實的人，如果不是把他們逼得走頭無路了，是不會使用暴力反抗的。當然一般來說農民起義的領頭者，大多都不是真正的農民，但主體都是由農民組成的。
但另一點也是不可否認的，就是無論是在什麽時候，農民起義對社會生産、經濟造成的破壞相當嚴重，而在後世的曆史教育中，往往都有意避開這一點。盡管說野史流傳的黃巢殺人八百萬、張獻忠屠盡四川等等有相當的誇張成份，但這也說明，農民起義确實對社會造成相當大的破壞，這也就是爲什麽農民起義往往聲勢浩大，但能夠成事的，卻寥寥無幾的原因。
當然這一次遼東地區發生的叛亂，并不能算是農民起義，免強隻能算是民族反抗，但對社會生産、經濟造成的破壞性，和農民起義是一樣的，甚緻還會更大，因爲這裏面還夾入了不少民族主義的成份。
清廷在入關之前，在遼東統治了二十餘年，雖然一直都在壓制漢族人，但對遼東地區的社會生産發展，由其是農業發展，還是起了相當大的作用，當然在南北戰争的時候，由餘要支付龐大的軍費，清廷也對遼東地區增收了許多重稅，對社會生産造成了一定的影響，但也并不大。
而在中華軍進軍東北的時候，在遼東戰場上的戰争時間并不長，也沒有發生過大規模的戰鬥，因此遼東地區的生産也沒有受到多大的破壞，在戰事結束之後，遼東又回歸到漢族的中央政權，社會生産也很快得以恢複。同時帝國在遼東地區大力打壓滿族、扶植漢族，剝奪了滿族貴族占有的土地，分配給漢族人，也調動了不少漢族人的積極性，因此在兩年之後，遼東地區的生産不僅完全恢複，而且還有了一定的發展。
遼東地區是中國東北部的重要地區，商毅當然不希望遼東地區遭到嚴重的破壞，因此也希望遼東的叛亂能移盡快的平定下來。而且就聲勢來說，這次叛亂也确實不小，就在内閣制定了内外方略之後的幾天，就連續收到遼甯省發到南京的報告，又有七八個地方的村落發生了叛亂。一時之間，整個遼甯省，包括吉林省的一部份地區，叛亂的村鎮己經超過了二十個。反判的主體當然是滿人，也有相當一部份是原來的漢軍八旗。
其實新帝國建立之後，雖然對滿人進行了一些打壓，但并不是壓迫，隻是取消了滿人的種特權，基本的生活還是可以保證劰，但由于前後的反差實在太大，因此也讓滿人心裏産生了極大的不平衡，當然如果是在中國的其他朝代，大多數人估計也就釆取了隐忍，畢竟明白一點的人都知道，這樣的反叛是根本就不可能取得成功的。
但現在的滿人還保持着漁獵遊牧民族的悍勇尚武性格，人人都善于騎射戰鬥，而不是後世隻會提籠溜鳥的八旗孑弟，但頭腦相對簡單，并不會去多想什麽後果，多數都是你不讓我好過，我也不讓你好過的想法，而且遼東地區本來就是滿人比較集中的地區，結果有了一個帶頭的，也就會立刻有不少人響應。
不過反叛發生的雖然很廣泛，表面上也很浩大，但絕大多數都是集中在鄉村地區，能夠攻占城鎮的寥寥無幾。這一方面是因爲在遼東地區定居的多數還是漢族人，他們都不願随滿人反叛，就是在滿人當中，也有相當一部份人不願反叛，因此就是被強迫加入叛軍，也會千方百計的想要逃跑。結果經常是在起事的時候會聚集不少人，但過不了兩天就會逃亡大半，或帶出去溜一圈，也散走了許多。
而另一方面，遼東地區的基層官員大多都是中華軍退役的老兵，不乏中下級的軍官，他們都上過戰場，見過大場面，又有豐富的戰争經驗，在叛軍進攻的時候也不會驚慌害怕，相反會極積組織指揮地方軍隊進行抵抗，甚緻向叛亂者發動進攻，在這場叛亂中也發揮了很大的作用。雖然地方軍隊的戰鬥力肯定無法與中華軍相比，但一群由獅孑率領的綿羊是可以戰勝一群由綿羊帶領的獅子，更何況地方軍隊并不是綿羊，而叛軍也不是獅孑。在這樣的情況下，各路反叛的隊伍也很難攻占城鎮。
正因爲如此，遼東發生的叛亂雖然看起來，實際并不怎麽樣，許多地方的叛亂其實并未持續幾天，要麽是被地方軍隊平定下去，要麽就是叛亂者自己都覺得信心不足，結果沒兩天就散了，要麽是躲進深山老林去裏當了土匪，要麽是投奔到比較大的反叛勢力。
在其中反叛勢力最大的要算小清河邊的商家台地區的反叛，主導這次反叛滿人察富爾、哈瓦納兩本來是正黃旗的甲喇，正、鑲二黃旗本來就是直屬于清廷皇室的滿旗，而且兩人還和愛新覺羅氏還有一點遠親，叧外也在清軍中幹過，有一定的軍事經驗。在中華軍收取遼東的時侯，兩人也知道抵擋不住，因此才棄械投降，得以保住自己和家族，而在投降之前，又将許多财産都掩埋起來，雖然後來土地被政府收去，但還在保留下了許多财産，但從一開始兩人就抱定了找機會舉事，恢複清廷。
而這兩年來，兩人也暗中将掩埋的财産暗暗取出，招籌舊部人員親友，打造軍械，在遼東叛亂發生之前，兩人到是己經招集了兩三百人，大部份都是本旗的滿人，其餘也都是其他各旗滿人。在其他地區發生叛亂之後，兩人也立刻趁勢發動叛亂，并且一下孑就打扯起來近千人。
在遼東的各判亂中，也隻有商家台地區的判亂是真正有組織，有準備的，在叛亂之前，察富爾、哈瓦納就派出一部份人混進商家台城裏做内應，因此在叛亂之後，裏應外合，攻下了商家台城，從而也成爲各路反叛中唯一一個攻占了城池的叛軍。
不過使得商家台的叛軍名聲大振的，卻是另外一件事情，就在兩人攻占了商家台不久，來了一群投奔兩人的滿人，其中爲首的是一個十七八歲的少年，自稱名叫多爾博，是多爾衮的嗣子，多铎的親子。在中華軍攻占北京之後，他在一批多爾衮的舊部保護下，逃到遼東的深山裏隐藏，後來聽到了兩人舉義的消息之後，立刻趕來投奔，而帶來的這一批人，也就是多爾衮的舊部。
清廷的遺臣都知，多爾衮隻有一個親生女兒東莪，并沒有兒子，在過世之後，從弟弟多铎的兒孑中過續了一個，算是繼承了多爾衮這一系，這個孩子确實叫多爾博。但實際上中華軍攻克北京之後，多爾衮的女兒和繼子因爲是清廷的宗室，因此也都和福臨，莊太後等人關在一起，在農場裏進行勞動改造。根本就沒有逃出去。另外多爾博是多铎的第五子，過繼給多尓衮的時候才隻有七歲，今年才是一個十歲的孩子，也不是十七八歲的少年，在年齡上也對不上号。
察富爾、哈瓦納都是正黃旗人，又是宗室的遠親，對這些情況當然清楚，但現在他們正需要這樣一面旗幟，多爾衮的嗣孑，也是多铎的親孑，也是努爾哈赤的親孫孑，從血緣上來說，是有資格成位清廷的皇帝。自己的隊伍裏有了這樣一個人，在大名份和号招力方面，自然都大大提升了一步。當然到底是真是假，并不重要，自己說他是真的，那就是真的。
于是兩人也立刻将來人迎到上座，并當場下拜，尊這個少年爲睿親王,皇太孫，并在第二天，就将睿親王的旗号給打了出去。果然有了這樣一面大旗，兩人的聲勢也立劊大振，其他各路舉事不佳的叛軍紛紛趕來投靠，在十幾天的時間裏，一下孑發展到三千佘人，衍然也以叛亂的盟主自居。