在關原合戰開戰之前，由德川賴宣和德川綱重率領着六萬多人馬趕去救援甲府。因爲甲府是幕府軍的退路和補給線，而且還是徳川綱重的藩治所在，因此在德川賴宣和德川綱重的指揮下，幕府軍向甲府發動猛烈的進攻。
守衛甲府的中華軍是十四師，雖然進攻甲府的幕府軍兵力是中華軍的近六倍，但中華軍的防守，又豈是那麽容易被攻破的，更何況甲府城雖然不是一座大城，但也有城牆，有護城河，有守天閣，再加上中華軍強大的火力，超遠的射程，根本不是幕府軍所能攻破得了的。
結果幕府軍向甲府連續發動了三天的進攻，但在中華軍的猛烈打擊下，幕府軍被打得死傷慘重，在甲府城下屍積如山，血流成渠，損失的兵力超過了一萬，而甲府城卻仍然是安然無恙，紋絲不動。幕府軍連城頭都沒有辦法攻上去。反而在第三天裏，被中華軍突然殺出甲府城，打了幕府軍一個突襲，幕府軍被打了一個措手不及，被中華軍打得大敗，退兵十餘裏，而且還陣亡了一位大名，和十餘名家臣。
而經過了這一敗之後，德川賴宣和德川綱重才知道中華軍不好惹，甲府也不好打，因此兩人也不敢再輕易向甲府再發動進攻了，隻好暫時紮住人馬，派人到關原去向酒井忠勝求救。
那知派出的人剛走了沒兩天，就立刻又轉回來，向德川賴宣和德川綱重彙報，幕府軍在關原被中華軍打得大敗，二十五萬大軍，幾乎全軍覆沒，酒井忠勝、徳川直義、徳川光圀等人剖腹自殺等等消息。
兩人聽了之後，頓時就傻了，而且也不知道該怎麽辦，當然在兩人心裏也還抱着一絲幻像，傳回來的是假消息，二十五萬大軍，就那麽容易被打敗嗎？或者雖然是打敗了，但也并沒有敗得這麽慘。
但就在第二天，從關原戰場逃出來的松平綱隆、稻葉正則、阿部定高等十幾個大名，帶領着幾千敗軍，到達了兩人的大營，并且告訴兩人，這些消息都是真的，幕府軍己經徹底輸掉了第二次關原合戰，現在中華軍如日中天，就算攻下了甲府，也沒有任何意義，不如放棄甲府，先撤回江戶去再說。
最後的幻想終于徹底破滅了，德川賴宣和德川綱重這時也沒有别的辦法，隻好聽從了松平綱隆、稻葉正則、阿部定高等人的勸告，和他們合兵，繞過了甲府，走小道返回江戶。但在幕府軍撤退的時候，中華軍又從甲府城出擊，追着幕府軍的尾巴，又追擊了一陣，再一次擊敗了幕府軍。
因爲第二次關原合戰的規模太大了，二十五萬幕府軍，陣亡的人數達到十五萬多人，在戰争結束以後，整個南宮山、桃配山都差不多堆滿了幕府軍的屍身；而俘虜的人數也差不多接近八萬，實際比現在的倒幕軍人數也差不了多少，另外還有大量的軍械、物資等等需要清點，檢收，因此戰後的清理，善後，收尾等工作也不是一天二天就能夠做得完，實際上一直到第七天，才差不多初步清完。
不過在這一段時間裏，倒幕的一方又連連收到好消息，首先是救援甲府的幕府軍撤退，返回江戶，徹底放棄了收複甲府，而從關原到甲府之間地區内的各大名，要麽向倒幕勢力投降，要麽就放棄了封地，逃到江戶。最終有十六位大名向倒幕勢力投降，而倒幕的勢力，也一下子從關原一直擴大到了甲府地區，向東整整推進了近三百公裏，離江戶隻有一百多公裏的距離，關原合戰取勝之後的巨大紅利，也在一步一步的體現出來，而倒幕的勝利，己經遙遙在望了。
在關原戰場打掃清楚之後，商毅也下令，讓成進統領十一軍，帶領着倒幕軍繼續向東進軍，和駐守甲府的十四師彙合，并且連同正在江戶灣外遊弋的第一分艦隊，從海陸兩路，攻取江戶，徹底消滅徳川幕府，完成最後的倒幕勝利。而在此其間投降的各大名，一率帶罪立功，加入倒幕軍去進攻江戶。商毅則帶領着剩餘的中華軍，進入京都，等候着倒幕成功的消息。而随商毅一起返回京都的，還有豐臣餘衆和毛利廣綱、鍋島勝茂、有馬忠賴等倒幕的主導大名。
因爲經過了關原合戰之後，日本的戰局己經大局已定了，攻占江戶，隻不過是時間問題，而且接下來的重點，是倒幕之後，對日本局勢的重新洗牌，包括中日關系的确定，還有豐臣氏在日本的重新崛起定位等事務，因此商毅也沒有必要親自出馬去進攻江戶，交給成進去完成也就夠了，自己則應該留在京都，考慮這些倒幕之後的事情。
另外處理這些問題，一定要找一個地方，彙集日本的所有大名勢力，進行集中宣布，封派、賞罰等事，而江戶是徳川幕府的治所之地，顯然并不是一個理想的地方。而雖然在近幾十年的時間中，日本的政治、經濟中心正在由京阪神地區向江戶轉移，但畢竟時間不長，京都、大阪地區，仍然是曰本重要的地區，由其是京都是天皇的居住地，而大阪是豐臣氏的基礎，因此将彙集曰本各大名勢力的地點選定在京都，更爲合适一些，畢竟天皇還是商毅手中的一塊很好的招牌，這一次仍然還要利用。
但就在這時，忽然有人來報，仙台藩大名伊達綱宗、米澤藩大名上杉剛憲聯合了本州東北地區的三十四位大名，宣布舉兵倒幕，并且聚集了八萬多大軍，向南進發，這時人馬己經到達了宇都宮，又派遣伊達綱宗的弟弟伊達宗實爲使者趕到關原，參見商毅，祝賀中華軍取得關原合戰的勝利，并且表示了自己願意加入由中華軍主導的倒幕聯盟中來。
而這一次消息卻讓毛利廣綱、鍋島勝茂、有馬忠賴等幾位倒幕的主導大名十分不滿，因爲事情明擺着，在長州、左賀、久留米等藩起兵倒幕的時候，増經派人和伊達綱宗、上杉剛憲聯絡，要求他們起兵支援，但當時伊達綱宗、上杉剛憲雖然在口頭上支持倒幕，但在暗地裏仍和徳川幕府暗中來往，企圖在雙方之間左右逢源，大撈好處。而現在倒幕軍費盡力氣，付出了不小的代價，才終于取得了第二次關原合戰的勝利，而伊達綱宗、上杉剛憲一見倒幕将成，立馬倒戈過來，想摘現成的桃孑吃，當然讓這幾位大名十分不滿。
毛利廣綱年齡最小，雖然這段時間被磨練得成熟了不少，但畢竟還是年輕氣盛，因此當時就跳起來了，道：“實在是太可惡了，伊達綱宗、上杉剛憲居然這個時候才想來，真是大無恥了，應該立刻把伊達宗實趕走。”
益田元輝趕忙道：“主公，請息怒，伊達宗實是來拜見中國皇帝的，我們可不能阻攔他。”
鍋島勝茂也道：“廣綱殿下，元輝所說的不錯，這次伊達宗實來到關原，擺明了立場是要參見中國的皇帝，我們是絕對不能阻攔的，隻能如實向中國皇帝禀報，由他來決斷。”
而有馬忠賴也道：“廣綱殿下，勝荗殿下說得沒有錯，這件事情隻能由中國皇帝來處理，我們不能從中作梗，而且你放心好了，中國皇帝不會不明白伊達綱宗、上杉剛憲的小聰明，還記得在關原合戰之前，中國皇帝是怎樣堅決的逼迫他們表眀立場了嗎?因此中國皇帝不會給他們好臉色，你就等着看好了。”
毛利廣綱想了一想，也點點頭，道：“兩位殿下說得有道理，是我太沖動了。”
原來伊達綱宗、上杉剛憲本打算在倒幕和幕府之間左右逢源，大撈好處，但卻被商毅嚴辭拒絕，而幕府也改變了一味拉隴的立場，結果弄得裏外不是人。兩人也是左右爲難，不知該如何是好，因爲在這個時候，無論投降那一方，都不讨好。
好在是在随後的時間裏，倒幕和幕府誰也沒理他們，而是各自集中了所有人馬，在關原進行決戰。兩人經過了一番商量，認爲現在又有機會了，于是拉隴了一批觀望的大名，聚集了一批人馬，坐觀雙方的成敗。
因爲按兩人的估計，這次關原合戰雙方都集中了所有的人馬，敗者固然是徹底完了，而勝者也必然會遭到重大的損失，而自己正好可以挾兵自重，視戰鬥的結果而定，失敗的一方當然隻能依靠自己，而勝利的一方在損失重大之後，也不敢輕視自己的實力，隻能和自己妥協，從而達到扶持失敗者，與勝利者分享成果的目地。而如果雙方兩敗俱傷，那麽就更好，由自已出面收拾殘局，摘取最後的果實。
因此在關原合戰結束以後，伊達綱政立刻打發弟弟伊達宗實到達關原，以參拜商毅爲名，實際是探一探倒幕軍的底，還剩幾分力量，當然在同時也派人去了江戶,對兩邊的情況都要了解。