彥根城位于琵琶湖的東岸，京都東北約五十公裏的地方，彥根藩的藩治所在，是由江戶進入京都地區的必經之後，地區位置十分重要，在關原合戰中，曾是豐臣軍主将石田三成的駐地，而現在也是幕府軍防守的最前沿陣地。
彥根藩是的第一任藩主是德川四天王之一的井伊直政，因爲彥根藩是守衛由關西進入關東地區的咽喉要路，也是德川幕府的最前沿防線，這一次酒井忠勝派遣了松江藩主松平綱隆、高松藩藩主松平賴常、小田原藩藩主稻葉正則三位大名領大軍二萬五千人，進駐彥根藩，幫助藩主井伊直孝駐守，加上本藩的人馬，和從大阪城逃出的敗軍，現在彥根藩共有人馬四萬五千人餘人。
而以中華軍爲守的倒幕一方，要與幕府軍進行決戰，就要首先攻占彥根城，就能夠将幕府軍堵在關西以外，并且把決戰的戰場定在關原地區。
當然商毅之所以要等到現在才出兵，就是因爲怕搶先占領了彥根城之後，幕府軍會害怕中華軍的兵勢強大，不敢從江戶出兵，而是全力守衛江戶一帶地區，層層設防，這樣就會給中華軍帶來許多麻煩，必須逐城逐地的攻取，戰事曠曰持久，因此商毅一定要等到幕府軍出兵之後，才進攻彥根城，這樣一來，就算是幕府軍得知彥根城失守，但大軍已經出城，也是箭在弦上，不得不發了。
江戶離彥根大約有四百多公裏的路程，而且在其中還要翻躍飛馬單（這個字打不出來，左馬右單）山脈，因此至少需要七到十天的時間，而從大阪到彥根隻有一百多公裏，基本都是平坦大道，而京都離彥根更近，因此既使是扣除探子傳回消息的時間，中華軍仍然有三到四天的攻城時間，完全是足夠的。
而且這一次出兵，中華軍集中登陸曰本以來的最強舡兵力，包括第十一軍全軍，第九軍特種兵旅、第四旅，護衛軍第一師、第二旅，共計兵力近六萬餘人，而在京都集結的倒幕軍十二萬多大軍,也都全數出動。全軍的總計兵力達到十八萬多人。
在京都集結兵力的時候，商毅也将倒幕軍進行了編制，畢竟倒幕軍是來自于四十七個不同的大名，如果沒有一定的組織，打起仗來非亂不可。因此商毅将倒幕軍平均分成三個大隊，分别由毛利廣綱、鍋島勝茂、有馬忠賴三人統領，而毎個大隊中，又分爲三個小隊，除了毛利廣綱、鍋島勝茂、有馬忠賴三人各直領一隊之外，另外六名主将分别是：人吉藩藩主相良賴喬、柳河藩藩主立花鑒虎、岡藩藩主中村清久、廣島藩主淺野綱晟、足守藩藩主木下利貞、土佐藩藩主山內豐昌。
這樣總計将十二萬大軍分成九個小隊，毎隊一萬人到一萬五千人不等。在戰鬥中也就可以方便調派。
七月二十九日，中華軍率領着倒幕大軍，到達彥根城前。
而這時在彥根城前，幾位守城的大名爲在爲如何抵擋中華軍的進攻而争論不體，因爲現在熊本、大阪兩城都相繼失守，戰鬥的過程也傳到彥根城裏，城主井伊直孝就認爲中華軍的火炮過于厲害，彥根城的城牆還不如熊本、大阪兩城，因此一但守在城裏，就可以讓中華軍在城外從容的布置火炮，守城是肯定守不住的，不如出城與中華軍進行野戰，這樣一來，中華軍的火炮也就失去了作用。
火炮在野戰中的作用不大，這是日本人的常識。而另外三人中，松平綱隆支持井伊直孝的建議、而松平賴常和稻葉正則還是認爲應該留守在城裏，畢竟倒幕軍有十八萬大軍，既使是出城野戰，自己的勝算也不大。
但就在這時，探孑向城中報告，來進攻彥根城的，隻是中華軍的人馬，總兵力不足五萬，其他的倒幕軍在離彥根三十裏的地方就停了下來。
這一消息令彥根城裏的四位大名又驚又喜，不明白倒幕軍内部到底是發生了什麽事情，難道是鬧内亂不成嗎？但現在進攻彥根城的中華軍與幕府軍的兵力大體相當，在這種情況下，松平賴常和稻葉正則也沒有理由再反對出戰了，畢竟在此之前，中華軍的強悍主要是表現在以猛烈的火炮轟擊和爆破摧毀城牆，而并沒有顯示野戰方面的能力，而按曰本人的觀念，無論是火槍還是火炮，在野戰中的作用都不大。
因此井伊直孝也立刻下令率領四萬大軍出城，在城南布陣迎戰中華軍，四位大名全數出戰，以松平綱隆帶領一萬二千人馬爲左翼，靠着今須山的東側布陣，由松平賴常領一萬三千人馬爲右翼，靠着琵琶湖列陣，井伊直孝和稻葉正則率領一萬五千人馬爲中陣。布出一個漂亮的雁形陣。
就在幕府軍完成了布陣的時候，中華軍也趕到了戰場上。
這次進攻彥根城，隻出動中華軍的人馬，并不是倒幕一方鬧了内亂，而是商毅主動提出來的，與幕府軍的第一陣，甴中華軍來打，但參與倒幕的四十七位大名全部随軍觀戰。
因爲商毅考慮到，留給倒幕一方攻取彥根城的時間也并不算多，這一戰必然速戰速決，最好在一二天内解決戰鬥，否則幕府軍就有可能趕到戰場來。另外這是倒幕聯盟正式成立之後，與幕府軍進行的第一次交戰，不僅要取勝，而且還要赢得漂亮，隻有這樣才能夠鼓舞士氣，同時也震懾住那些心裏還有些搖擺不定的大名。
商毅知道，實際上在關原合戰之前，豐臣軍在兵力和地利上都占據着相當的優勢，據說兩百餘年後的明治時期，日本陸軍聘請德國軍事專家米切爾少校擔當顧問，這位少校在日本看到了關原布陣的形勢圖，就毫不猶豫地道：“此戰，西軍（豐臣軍）必勝！”因爲當時戰場上的制高點全部都被豐臣軍控制了，而論古代還是近現代的戰争，占領制高點則可掌握戰争的主動權，這是永遠都不會改變的基本法則，而東軍（徳川軍）的主力，基本是則局促在平原緩坡之上，西、南兩面都是敵方大軍，處于被半包圍的态勢中。如此優劣分明的布陣态勢，任何有軍事常識的人都會第一時間就得出和米切爾相同的判斷來。
而豐臣軍最終失敗的主要原因就是内部不齊心，首先是在戰事進入了中期時,駐守南宮山的吉川廣家按兵不動，沒有依約出兵攻擊徳川軍的側翼，而随後又是駐守松尾山的小早川秀秋倒戈，轉而進攻豐臣軍的右翼，正是這兩位大名的反叛，才導緻了豐臣軍的最終失敗。
現在倒幕軍雖然聚集了四十七個大名，但并不是所有大名都是真心加入倒幕一方，因爲有不少人當初完全就是被裹脅着加入倒幕，很難說一但戰鬥開始，他們會做何打算，萬一臨陣倒戈，或者是按兵不動，恐怕也會影響大局，造成關原合戰的結果。因此商毅才打算首先在這四十七個大名面前展示中華軍的超強戰鬥力，不僅是鼓士氣，同時也是給他們一個警告，考慮一下與中華軍爲敵的後果。
這一次出戰，商毅派出了第十一軍全軍，和第九軍的兩個旅，加上護衛軍第二旅，總計兵力爲四萬七千多人，其中包括一個騎兵團，總兵力與駐守彥根城的幕府軍大體相當，前線的總指揮甴成進出任。而商毅帶颌護衛軍第一師和其他曰本大名在後陣觀戰。
因爲商毅估計這又是一場攻城戰，按一般的常理來說，攻城的一方應是守城一方的三倍兵力，獲勝的機會才能超過半數，而中華軍以相同的兵力攻城，當然是顯示中華軍的戰鬥力強大。
但讓商毅沒有想刻，幕府軍并沒有躲在彥根城裏，而是主動出城迎戰，則更是讓商毅歡喜不己，這一下更好了，正好可以讓這些大各看一看中華軍的野戰能力，因爲中華軍的攻城能力，在以前的戰鬥中，己經得到了确認，再展示遍，效果也打了個折扣。
成進也立刻下令，命第十一軍第七師在中路列陣，第十一軍十八旅和護衛軍第二旅爲左翼，第九軍特種兵旅、第四旅爲右翼，第二十師和護衛軍第二旅騎兵團爲總預備隊。
中華軍雖然晚于幕府軍進入戰場，但訓練有素，實戰經驗豐富，因此很快也布置好了陣式，離幕府軍的陣列大約有四百多步的距離，中華軍仍然是布出的線形陣，中路展開極開廣，幾乎達到了千餘步，橫蓋了幕府軍的左中右三軍，而且縱深極薄，左右兩翼的占面極小，看起來十分怪異。
因爲這時中華軍登陸日本以後，首次正式與曰本軍隊進行野戰，因此幕府軍的幾名主将井伊直孝、松平綱隆、松平賴常、稻葉正則都對中華軍這樣的布戰方式覺得十分奇怪，就連在後隊觀戰的四十七個大名也都覺得，中華軍這樣的陣式确實太奇怪了，而且完全有違傳統的戰術。