畢竟眼前的事情己經明擺着了，中華軍大軍壓境，以京都的力量，根本就無法阻擋中華軍的進入，而徳川幕府還遠在京都，遠水不解近渴，人家現在是給自已面子，才派人進城，勸自己開城放中華軍進城，如果自己還不知好歹，給臉不要臉的話，那麽第二個應仁之亂，也不是不可能的事情。中華軍在熊本城做的事情，天皇紹仁和衆大臣們也都已經知道了。
另外京都并不是與世隔絕的地方，對徳川幕府與中國交惡的過程也知道得比較清楚，包括天皇紹仁在内，絕大部份人對徳川幕府的做法都十分不滿，因爲對于這個時候的曰本來說，中國依然還是一個龐然大物，無端的遭惹了這個強大的敵人，而且現在還危及到了京都，實在是讓人感覺到十分惱火。既然中華軍的目标是徳川幕府，那麽天皇紹仁和衆大臣們也沒有必要爲了徳川幕府，而硬是要和中華軍頑抗到底。
而天皇紹仁對衆大臣們的意見也并沒有異議，天皇失去實權己有數百年的曆史了，曆代的天皇也都習慣了依附于一個又一個豪強勢力，雖然也有少數天皇試圖重新恢複天皇的權力，但也是心有餘而力不足。
由其是在1615年，德川幕府公布《禁中并公家諸法度》十七條，詳細地限制了天皇和公卿貴族的權力和行動。《法度》明确地規定，天皇應當以學問爲第一，無須過問國事。凡宮廷官員的任命、天皇公卿的服飾冠帶、天皇的出巡等等，均需征得德川幕府的同意，才能夠施行。在《法度》中唯一保留天皇權力的條文，隻有第八條：天皇有權按本朝先規決定自己年号。于是，無論是形式上還是實際上，皇室的權力完全被徳川幕府所剝奪。根本無法做出反應來。
現在的天皇紹仁正當少年，血氣方剛，到也有些想擺脫幕府，重新奪回權力的想法，不僅自己重視武風、勤練劍術，而且對《伊勢物語》、《源氏物語》等反映日本宮廷生活柔弱風格的古典文學十分排斥，畢竟大勢己去。靠紹仁個人的努力，根本無法改變得了大局，何況紹仁本身也不是什麽雄材大略的人物，也拿不出什麽振興皇室的俱體辦法來。
不過中華軍的到來卻給紹仁帶來了一線希望，由其是在商毅指責徳川幕府的罪行的時候，就有一條是上欺皇室，因此紹仁也生出了到是可以借助中華軍的力量來推翻德川幕府，恢複天皇的權勢的想法。當然紹仁也沒有天真到認爲自已可以将中華軍玩弄于掌股之間，但現在天皇己經失去了所有的權力，再不濟也不過如此了，萬一陰錯陽差，從中借力使力，說不定還能混水摸魚。
因此衆人商議決定之後，紹仁立刻下令，打開城門，放中華軍進京都城。同時命令京都的各守軍地方都放下武器，不許低抗中華軍。
但在中華軍進入京都之後，京都城裏的二條城裏的守衛士兵卻拒絕了天皇的命令，四門緊閉，吊橋拉起，一付嚴陣以待，如臨大敵的樣子。
二條城是京都城裏的一個城中之城，始建于織田信長時代，是當時的将軍足利義昭在京都的住所，後來幾經毀複，在徳川家康統治了曰本之後，下令重修二條城，做爲以後曆代幕府将軍在京都的行轅。後來經過了第三代将軍德川家光的擴建，形成了一個東西約五百米、南北約四百米的龐大建築，雖然規模還比不上京都皇宮，但裝飾豪華，猶在皇宮之上。并且建有高達近六米的城牆，平時留有兩千士兵駐守，同時也是監視控制皇室的一支力量。
雖然二條城的守軍無法阻止天皇向中華軍投降，但卻可以拒不持行天皇的命令，打開二條城，也向中華軍投降。
事實上中華軍在京都正愁沒有一個立威的機會，來顯示一下中華軍的武犭，震懾日本的皇室大臣，現在二條城的幕府軍隊主動把這個機會給送上門來了，那能夠不好的利用呢，因此成進一進京都，立刻下令，向二條城發動進攻，而且在開戰之前，向全軍下令，這一次的戰鬥不要俘虜，必須将二條城裏的守軍全部殲滅，也讓其他人知道，與中華軍做對的下場。同時成進也派人通告天皇紹仁，請他派出人員來軍前觀戰，中華軍是如何攻破二條城的，并且還送給紹仁一架望遠鏡，讓紹仁可以在皇宮裏看得清楚。
接到了成進的通告之後，紹仁到也不敢大意，其實他也正想親眼看一看中華軍的戰鬥力，于是立刻派出了五位大臣，到中華軍的軍前觀戰，而自己則登上了天守閣，臨窗觀看。因爲皇宮和二條城都在京都城内，相隔得并不遠，加上又有望遠鏡，因此也可以将戰場的一切看得十分清楚。另外也有不少皇室官員對這一戰相當關注，紛紛在家裏，或者寺廟的高樓高塔上觀戰。
其實這是一場根本就沒有任何懸念的戰鬥，因爲二條城在中華軍眼裏實在不算什麽，這一仗實際更像是一場表演秀，中華軍首先推出幾十門火炮，對準二條城的城牆展開了一陣猛烈的狂轟，其中實心彈和開花彈各占一半，這場轟炸一共持續了三十多分鍾，聲勢自然是驚天動地，連整個京都城幾乎都在顫抖一樣。
其實二條城的城牆并不固厚，用火炮完全就可以轟得開，但爲了震懾住日本皇室和衆官員，在轟炸之後，成進仍然還是進行了一次爆破。
結果巨大的火光沖天而起，巨大的轟鳴聲音讓整個京都城都聽得清清楚楚，整個大地都發生了距烈的顫抖，令許多不明所以的人還以爲是又發生了地震，而紹仁在守天閣上也十分清楚的感覺到了強烈的震感，頓實覺得站立不穩，一下子摔倒在窗戶前。
幸好是待衛、宮女們紛紛趕來攙扶，但他們把紹仁扶起來的時候，仍然可以十分清晰的感覺到紹仁的身體在抖個不停，而臉色己是一片慘白。而紹仁也無心再看下去，隻好擺了擺手，讓侍衛宮女們将自己扶回寝宮休息。在當天晚上，還做了一個惡夢。
而在炸開了二條城的城牆之後，中華軍殺入二條城中，并且完全慣徹了成進的命令，不抓俘虜，全殲敵軍，結果戰鬥進行了三個多小時的時間，二條城裏的二千守軍被全部殲滅，隻剩下二百多名付負維護二條城清潔的待從和待女。而中華軍卻是無一傷亡。
被紹仁派來觀戰的五名皇室官員更是看得膽戰心驚，因爲他們是近距離觀察，同時也是看完了整個戰鬥過程，一方面震驚中華軍使用的武器，而另一方面也是因爲中華軍下手狠，完全不留活口，全部殺死。其中不乏有扔下了武器，跪地求饒的幕府士兵，但都被中華軍毫不留情的開槍打死，或者是用刺刀刺死。
當然這五位官員現在也都十分慶興，幸好自己是選擇了向中華軍投降，否則現在遭受到這個結果的，就将會是自己了。别說是京都，恐怕就是整個曰本，也找不出能夠與中華軍相抗衡的軍隊來。
果然經過了二條城一戰之後，中華軍确實給京都的皇室官員，公卿國戚等人造成了極大的心理震憾力，還右一些對天耋決議不滿，還想蠢蠢欲動的人，也都選擇了暫時隐忍，靜觀其變。而紹仁在第二天也下诏對中華軍表示了歡迎，并要求京都的官員，對中華軍的一切要求都要全力滿足，千萬不要惹毛了中華軍。
在中華軍攻占了京都之後，成進又分别向東西進軍，攻占了神戶和大津，這樣一來，以京都爲核心的日本傳統的京畿地區，也就全部在中華軍的掌握之中了。
而就在這時，本來是付責在陸路佯攻的長州軍也開始正式發力，變佯攻爲實攻，在長州藩到京神阪地區之間，分布着福知山、豐岡、龍野、崗崎等十餘個藩，但這些大名的封地郄在五萬石以下，勢力都并不大，因此也根本不是長州藩的對手，何況大阪、京都的相續失守，也極大的動搖了這些大名的信心，有不少大名都意識到了，徳川幕府這一次真得是把中國這條巨龍給惹惱了，而且随着中國出兵參與，恐怕德川幕府在日本的統治時間也維持不長了。因此自巳也應該重新疊擇，如果在這個時候站錯了隊，可就是萬劫不複了，熊本藩、福岡藩、小倉藩就是活生生的例子。
于是有一些大名選擇了向長州藩投降，并且順勢加入到倒幕的陣營中來，而也有一些大名拉不下臉來向中華軍投降，隻好帶領着家眷棄藩而逃，躲到了江戶去躲避，并且向徳川幕府請求，出兵進攻大阪，奪回自已的藩地，因此就在中華軍進駐京都的第四天，長州藩的大軍的前部人馬也到達了京都，與中華軍順利會師。
而這時日本的整個關西地區，已經都不屬于徳川幕府的管轄範圍了。