于是酒井忠勝立刻下令招集曰本的各譜代、親藩大名，調集人馬，一共征集到大軍近十萬餘衆，其中火槍的數量有一萬五千餘支。而且這時巴達維亞的荷蘭東印度公司也派出了三艘戰艦，三百多名荷蘭士兵到達日本，支援德川幕的戰鬥。
雖然這時李華梅艦隊封鎖了呂宋海域，禁止荷蘭船隻躍過呂宋，進入南中國海的北部地區，但這個時候的探測技術實在太落後了，而且李華梅艦隊的戰艦數量在最多的時候，也隻有四十多艘，根本不可能将南海完全封鎖住，如果荷蘭船隻順着中南半島的邊緣行駛，還是有很大的機會躲過李華梅艦隊的封鎖，另外還可以從呂宋群島的東側，走太平洋，經小笠原群島到達曰本，當然這樣會将航線大大沿長，而且在途中基本沒有任何的補給地點。
不過三艘荷蘭戰船的到來，也使徳川幕府士氣大増，酒井忠勝立刻下令，自己親自率領五萬大軍，進攻長州藩，其餘的五萬大軍分駐江戶和四國，防備米澤、賀佐、仙台等藩。曰本本來就隻有巴掌大的地方，因此幕府軍很快就集結出動，向長州藩發動進攻長州藩位于曰本本州島的西南部，也就是後世的山口、廣島一帶地區，領地爲三十七萬石，藩主爲毛利氏，第一代藩主毛利元輝在關原合戰中擔任西軍（即豐臣軍）的主将，因此最受德川幕府的猜忌，而且這一次倒幕，也是由長州藩帶頭挑起來的，自然也就成爲徳川幕府的第一個打擊的對像。
而徳川幕府内部發生的變化确實讓倒幕派沒有預料到，因爲從江戶得到的消息，松平信綱有意與倒幕派和解，隻要求倒幕派在名議上臣服就行了，因此倒幕派的各方也都有些放松，認爲戰争的危脅己經過去了，至少雙方還可以對持上相當一段時間，那知沒過幾天，松平信綱就追随徳川家光去了，而幕府由強硬派控制，決定對倒幕派發動軍事進攻。由其是成爲幕府主要進攻目标的長州藩，本來以爲可以唬住徳川幕府的，沒想到自已成爲幕府的第一個打擊目标。
但幕府的大軍己經來了，躲是躲不過去的了，但和德川幕府的小征夷大将軍德川家綱智力遲頓不同，剛剛繼任藩主的毛利綱廣雖然隻比徳川家綱年長一歲，但發育正常，而且還頗爲聰明，因此立刻招集家臣們商議，一面整軍備戰，一面向米澤、賀佐、仙台等藩救援。
而正如豐臣薰所預料的那樣，米澤、賀佐、仙台等藩雖然都接到了長州藩的求救，但都紛紛尋找借口，左推右托，不願意出兵相助，都打着自己的小算盤，希望幕府和長州藩拼個兩敗俱傷,而自己好來個漁父得利。
當然各藩不願發兵，也是有一定的客觀原因，米澤藩和仙台藩都位于日本本州島的東北部，和長州藩相隔甚遠，中間還有十幾個大名領地，除非是走海路，但米澤藩是沒有海軍的，仙台藩到是有一支海軍，但仙台藩是位于日本的東北部沿海，如果後海路，隻能先向北行，從本州島與北海道之間的會津海峽繞過去，再轉向西南，才能到達長州藩，這一繞差不多要繞完大半個日本。
而賀佐藩離長州藩到是很近，隻隔着一個關門海峽，但在賀佐藩的傍邊，就是熊本藩，雖然藩主細川氏是外樣大名，但卻是最受德川幕府信任的外樣大名之一，領地五十四萬石，實力雄厚，本來是徳川幕府安排在這裏牽扯薩摩藩的，現在正好可以改爲盯着賀佐藩，因此賀佐藩也不敢輕舉妄動。
這三個大藩不動，倒幕派的其他幾個小藩當然更是不敢動了，結果長州藩隻能十分悲催的發現，竟然沒有一個盟友出兵幫助自己，什麽倒幕聯盟，都是靠不住的。而長州藩勢全藩之衆，也不足五萬兵力，這還是把所有的醬油兵全都算進來的數字，因此和幕府對抗，當然是兇多吉少。
但到了這一步，也沒有别的辦法，毛利綱廣和家臣們隻好也征集了三萬人馬，迎戰幕府軍，雙方在荻城東南展開了大戰十四歲的毛利綱廣親自上陣督戰，以提升本部人馬的士氣，雙方先是以火槍對射，随後步兵、騎兵一起上陣，隻殺得屍橫遍野，血可飄杵，激戰了整整一天，雖然長州軍也十分努力，但終于是因爲雙方的兵力相差較大，而不敵幕府軍，被幕府軍殺得大敗，拆兵過萬，毛利綱廣在家臣們的保護下，退到荻城，據城而守。而德川軍趁勢，包圍了荻城，四面猛攻。
好在荻城是當年毛利輝元親自督造，經曆四年才建城，選址背臨大海，可以充份發揮毛利氏精通水戰的優勢，雖然還不能和江戶、大阪這樣的大城相比，但也是十分堅固了，再加上長州軍衆志成城，同仇敵忾，因此也把荻城守得固若金湯，幕府軍一連進攻了十餘天，都無法攻克荻城。
在這段時間裏，長州藩又連繼派人，向米澤、賀佐、仙台等藩求救，但各藩見戰事呈僵持狀态，幕府軍攻城不下，而長州藩尚能支撐，更是希望雙方能拼個兩敗俱傷，自然更不會出兵救援了。但毛利綱廣和家臣們都清楚，獲城畢竟不是江戶、大阪、京都那樣的堅城，守得住一時，也守不住一世，而且由于沒有做好充份的準備，城裏儲備的糧食、物資并不多，最多也隻夠堅持二三個冃，因此如果沒有援軍，荻城早晚都是守不住的。
毛利綱廣和家臣們連繼商議了好幾天，最後隻能決定，通過豐臣的餘衆,向中國求救。
而在另一方面，酒井忠勝一面加緊進攻荻城，一面向全日本下令，查操關閉所有地方的中國商館，抓捕所有中國商館裏的工作人員。第一個被查操的，就是開設在大阪的中國商館。
大阪的中國商館是在中華軍進攻東京之後，雙方簽定［神奈川條約］中開設的通商口岸之一，經過了這幾年的發展，現在也成爲中國與日本通商來往最大的通商口岸，僅在大阪的中國商館一共有四十餘名中國員工，而且還開設了二十餘家商鋪，經營各種中國商品，并且毎個月也都要釆購大量的日本貨物。共計有中國人約近二百人，另外爲商館、商鋪工作的日本有六百餘人，而從大阪中國商館進貨、間接進貨的日本商人多達千餘家，可以說大阪大半的商業活動都和中國商館有聯糸。依靠中國商館而謀生的曰本人更是多達數萬人。
在徳川家光出兵幫助淸廷的時候，曾下令關閉大阪的中國商館，但這也導緻了大阪及周邊地區的商業幾乎崩潰，數千商人，數萬民衆失業。後來曰軍大敗而歸，在松平信綱的力主之下，德川家光也默許大阪的中國商館重新開發。
而酒井忠勝是一個徹頭徹尾的排外主義者兼極端民族主義者，認爲凡事外來的事物，都不是好東西，甯要曰本草，不要外國苗，更何況現在他已經将中國定義爲曰本的敵人，那麽在日本的中國商館，自然要全部關閉，而在商館裏的中國員工，當然也是敵人，全部都抓起來，而爲中國商館工作的日本人，則都是日奸，也要統統抓起來。緻于大阪的商業完不完，商人民衆失不失業，那就不關自己的事了。
雖然在［神奈川條約］中規定，日本向中國開放的通商口岸是四處，但和中國進行貿易來住是大有利可圖的事情，而且日軍參加中原大戰慘敗而歸之後，德川幕府的實力和威信都降到了最低，因此有不少大名都向中國開放了通商口岸，其中還有兩個譜代大名，現在全日本與中國通商的地方一共有十三處之多，中曰之間的貿易額也大幅上升，成爲雙方共同的利益點。
因此盡管酒井忠勝下令，關閉中國商館，但也隻能關閉大阪和靜岡兩地的中國商館，而其他的大名可并不是都和酒井忠勝有的想法一樣，對酒井忠勝的這條禁令置若罔聞，當擦手紙用了。
酒井忠勝雖然生氣，但也沒有辦法，畢竟他也知道，現在幕府不可能同時去進攻所有開設了中國商館的大名，但也不能看着中國商船肆無忌憚的往日本開，最後酒井忠勝也想了一個辦法，請荷蘭戰船出馬，圍着日本轉，專門攔截中國商船，一但發現，立刻扣壓或擊沉，船上的中國人随荷蘭人處置，貨物财産由雙方平分。
這可是不用本錢的買賣，荷蘭人自然樂意效勞，于是立刻行動起來，以日本四島爲核心，打劫中國商船，殺人越貨，不到半個月的時間，就幹了十幾票，軍官、士兵、水手等等，個個都賺得缽滿盆滿，而徳川幕府當然也進帳大増。酒井忠勝也十分得，自己這一招實在是太高明了。