按照商毅的構想，帝國中央的軍事機構将分成兩個部份：國防部和**部。國防部的職能是統一管理全國武裝力量的建設工作，軍隊的征集、編制、裝備、調動，軍事技術的科研開發，軍人銜級評定、薪俸制度，軍工工廠、軍事基地、軍事教育機構的建設，并配合皇帝、內閣參與國家重大方針決策的制定，以及對外軍事交往活動。但并不負責統帥和指揮全國武裝力量的職責。
而**部的任務正是國防部沒有的，主要的職責是：負責統帥和指揮全國武裝力量，平時進行的訓練和各種模拟戰争的軍事演習任務，在發生戰争的時候，制定作戰計劃，以及協調解決各軍種間的沖突、銜接、配合等工作。并且向皇帝、内閣的戰争決議，提供各種參考依據。
簡單的說，國防部是付責軍隊的曰常政務工作，而**部就是爲戰争準備，平時是作爲一個國家的參謀部，而在戰争時期，就成爲全國的作戰揮中心。當然在行政級别上，國防部比**部高，可以參加内閣會議，而**部是部門級别，相當于内閣直屬部門，但卻是兩個獨立的機構，而且接受内閣和國防部的雙層領導。
國防部設國防部大臣一名，副大臣兩名，以下設政治部、後勤部、裝配部、培訓教育部、軍工科研部、國防戰略部六個部門。而**部設部長一名，下設陸軍參謀部、海軍參謀部，特種作戰部、戰術研究部，其中陸軍參謀部、海軍參謀部兼任**部副部長。另外還設高級參謀顧問若幹。
但由于這兩個機構的關系實在太過緊密，缺一不可，因此**部部長同時也兼任國防部副大臣，而在戰争爆發到一定規模的時候，兩個部門将合并組成統一國防戰争指揮部，全面指揮戰争。
但和明朝不同，帝國不搞什麽文官節制武将的那一套，因此無論是國防部還是**部，官員都必須是現役軍人出任，而且各部門，各級機構的官員，都必須有相應的軍街。但除了國防大臣之外，其他部門都嚴禁參與國家政治，**部的官員如果要參加内閣擴大會議，必需要内閣首相同意。
在中國古代，自宋朝以後，統一王朝建立之後，都會對軍人進行一糸列的壓制，就是怕有人擁兵自重，舉兵謀反，一方面使用大量的文官出任軍事糸統的職位，另一方面又極力貶低武将的社會地位，如宋朝設置的軍事機構樞密院，明朝的兵部，居然禁甴武将出任，武階的一二品官員的實際地位還不如一個五六品的文官。而且在整個社會都出現一種鄙視軍人的風氣，結果絕大部份的社會精英都恥于入伍參軍，相反大量的無業流民、地痞無賴進入軍隊，甚緻有不少中高層軍官都是大字不識幾個的大老粗，結果造成了軍隊素質的嚴重下降。
當然以皇帝的心态來說，當然是認爲武官當然是不識字越多越好，越笨越好，這樣也就不會造反了，因此在宋明兩代，也确實幾乎沒有發生過武将擁兵造反的事件，但卻是以犧牲軍隊的戰鬥力爲代價的。
商毅當然知道，軍隊是國家構成的主要基礎，決不能爲了控制軍隊，而牲犧軍隊的戰鬥力爲代價，因此在起兵以後，商毅也一直在提高軍隊的素質、社會地位，和榮譽感，在建國之後，也是如此，最典型的模過于是軍人可以以軍禮來代替跪拜之禮，這一點在中國古代，是極爲特殊的恩待了。
但這并不表示商毅就會對軍隊放任不管，無限的擴大軍隊的權力，在帝國的政治結構下，軍人可以有很高的社會地位，很強的榮譽感，但在國家的政治領域中，還是應該盡量減少軍隊參于，除了國防大臣之外，其他軍事官負幹政是絕對不允許的。中今中外，但凡軍隊涉及到國家政治中,都不會有什麽好結果，要麽是形成以軍人爲三**政府，要麽是轉變成爲軍國主義國家。
另外商毅也不可能将全國的軍務權利都交給一個部門進行管理，實際上就是将過去的**部一分爲二，成爲兩個部門，分離出來的國防部主要負任軍政，雖然并沒有直接管理軍隊，但軍隊的選拔、編制、裝配、後勤以及調動都是由國防部付責，而**部的權力則被大大削弱，隻能夠管理軍隊的平常訓練和戰時的作戰事務。最爲關建的足，**部沒有調動軍隊的權力，而國防部可以調動軍隊，但并沒有掌握軍隊。
在各地方的八大軍區、兩大艦隊則是接受國防部和**部的雙重領導，平時的訓練、作戰都是由**部付責，而人員編制、武器裝配、後勤薪奉等等都是由國防部管理。另外在俱體的運行過程九，國防部下設的後勤部、裝配部、培訓教育部、軍工科研部等等和農業部、商務部、工業部、文教部、科學院也都會有一定做交集，這方面的工作都由國防大臣和其他各部門的大臣協調處理。
而軍人的軍銜和軍職依然保持不變，軍銜仍按士尉校将帥，共計十六級，軍職則是分班排連營團旅師等，凡是軍事糸統的行政人員，都會有相應的軍銜，而軍職隻限于軍隊的現役軍人，當然現在各級軍職也都有相應的軍銜，因此現役軍人和軍政人員的等級标準也可以統一起來。
現在軍銜最高的，是八大軍區和兩大艦隊的司令官，都是大将軍銜，目前還沒有人的軍銜晉升到元帥，因此軍隊各級軍官的軍銜也就這樣确定下來，最高就是大将，而元帥軍銜，按照商毅的想法，應該隻是作爲一種最高的殊榮，在一般的情況下，現役軍人是不能被授于元帥的軍銜。
不過現在的情況比較特殊，因爲在帝國建立的過程中，像周少桓、成進、李定國等人都建立了極大的功勞，理應給予必要的殊茱，因此在适當的時候，商毅也考慮将授于幾名現役的元帥，當然這隻是在開國時期這種特殊的時期，而在此以後，元帥軍銜最多隻能在軍人退役之後的追加榮譽。不過雖然軍銜和官品并不挂勾，但大緻的相應對比，還是可以推算得出來的。
同時也明确規定：退役的标準并非是以退出軍隊，而是指退出整個軍事糸統，另外現役的軍職人員禁止兼任其他的官方或民間的任何職務。但退役之後，可以沒有這個限制，可以出任官方或民間的任何職務，包括參加各地方的國會議員選舉，甚緻是參加科舉，進入行政系統等。
而在軍人退役之後，可以保留軍銜，可以在任何公開現合穿軍裝、行軍禮的權利。在特殊時期，還會被應招複員，複新入伍。但退役之後，出任了其他的國家公職人員的退役軍人，将嚴禁再複員入伍，也禁止在正式場合穿軍裝，但軍銜依然可以保留。
大體上軍事系統的框架就這樣搭建了起來，同時各種相關制度也基本确定下來，周少桓也立刻着手開始組建國防部下設的其他各部門，其實這些部門幾乎都是以前的**部裏就有了，而且這幾年以來，各部門的工作也都進行得不錯，周少桓也沒有過多的進行調整，基本都留任了。
但也有新増加的職位，就是二名副大臣和國防戰略部部長，不也其中有一名副大臣是由**部部長出任，因此周少桓隻需要提名兩位官員。因爲現在帝國是軍事是海陸并重，因此周少桓也認爲，自己對海軍的事務不熟，副大臣應該來自于海軍系統，于是提名現在海軍部的成鋼出任，而國防戰略部部長，周少桓提名由四川軍區的司令官李牟出任。
對周少桓提名的這兩個人選，商毅并沒有異議，也認爲非常合适，因此也立刻下令，招成鋼、李牟到南京來上任，而李牟留下的四川軍區的司令官一職，由副司令尤洪亮接任。
國防部的人員的人員确定下來，接下束也開始着手建立**部。現在**部最重要的三個職位就是**部部長、陸軍部參謀長、海軍部參謀長。
内閣推薦的人員是**部部長成進、陸軍部參謀長李定國、海軍部參謀長黃震。
成進和李定國是當初和周少桓并列爲國防部大臣的候選人，現在周少桓出任了國防部大臣，那麽**部部長自然是從這兩人中間選擇，因爲成進的資曆比李定國高一些，因此得勝的，李定國也隻能退而求其次，出任陸軍部參謀長，而海軍的成鋼出任了國防部副大臣之後，海軍部參謀長一職也就隻能由海軍的另一名大将黃鎮出任。
商毅對此也沒有異議，全部批準，并立刻下旨，诏各人進京就任。