從原則上來說，各地方，由其是省級地方機構，也應該和中央一樣，實行三權分立，建立地方議會、地方行行和地方司法糸統。但地方機構的建立，要遠比中央複雜得多，因爲各地方的社會、經濟發展水平不一樣，對帝國的新體制，三權分立的理解程度也不一樣，相對來說，被商毅統治時間較長的地方，如浙江、江蘇、安徽、江西、湖北、湖南、山東、台灣這八個省的發展較快，對三權分立、國會、**這些概念都了解一些，被商毅統治的時間短，由期是北方地區，就要差得多，因此地方機構的調整，也不能一概而論。
按照商毅的構想，首先應該在地方上建立起完善的行政統系和司法系統，然後再慢慢建立地方的議會。
其實在商毅稱帝之前，就己經将地方的行政系統劃分爲省、直轄市——省會市、市——縣——鄉、鎮四級，雖然和以前的朝代相比，多了一個鄉、鎮級的劃份，對地方的控制力度也加強了一些，但各級的行政制度，官員機構的設置，和明朝相比，并沒有太大的變化，隻是名稱不同而己。
中國古代的地方行政機構最大的一個特點就是：官少吏多，政經财一把抓，而且越到基層的地方，官員的數量就越少。以明朝爲例，在省一級的地方行政機構還有一定的行政分工，一般是由巡撫主管行政軍政、布政使管财政、按查使管刑法，至少還有三套班子，但到了知府以下，就隻剩下一套班子了，而且這一套班子的人數也不多。
按明朝的官制，一個府級的行政機構的政府官員是：知府一人、通判無定員，推官一人，經曆司經曆一人，照磨所照磨一人，檢校一人，司獄一人。不計無定員的通判，其他的全部加起來，也就是六個人，就算多加幾個通判，撐破天也就十來個人，就要管理一個府的事務。
府級是如此，而縣級就更慘了，全部的官員就是：知縣一人，縣丞一人，主簿一人，典史一人，再有一個縣教谕，通共就隻有五個人。因此管理事來就隻好胡子眉毛一把抓，什麽都管。
雖然說古代的府縣規模不能與現代相比，但也不是隻靠這麽幾個人就能夠管得過來的，因此各地方官員就隻能依靠什麽師爺、幕僚、衙役、班頭、仵作、團頭等一批下層的吏員，來管理地方的行政、稅收、差役、保甲、緝捕、獄訟等等事務。
結果這一批人雖然都不算是正式的朝廷官員，但卻在實際上牢牢的把持着地方基層的權力，或是蒙上壓下，或是駕空上級，或是上下串通，吃拿卡要，中飽私襄，在地方上的種種弊端，十有八九都是這一批人弄出來的。朝廷的官員到了地方之後，還要和這一批人敲好關糸，否則就很難開展工作，好一點的最多就是不同流合污，而差的就是一拍即合，大家一起悶聲發大财，等任期滿了以後，拍屁股走人，換一個地方官來之後，就一切照舊。
而且朝廷的官員還可以一批一批的換，而這些吏員卻都是終身制，隻要不犯什麽大錯，就可以一直當到老死，甚緻還是世襲制，老子死了兒子接班，哥哥沒了兄弟頂上，所謂“官無封建、吏有封建”，就是指得這種現像。
這也是一個讓後世的曆史學家很難理解的現像，一方面曆代以來，每一個王朝都會肖許多的閑散官員，由其是在科舉制度完善之後的宋明清三代，毎年政府都會産生大量的閑散官員，最多的時候可以達到數萬之多，全都是白拿工資不幹活的主，當然不是他們不想幹，而是朝廷沒有那麽多的職位，隻能靠政府養活着他們，成爲政府沉重的财政付擔，而在另一方面，在地方基層的行政官員又極少，根本管不過來地方的事務，隻能依靠大批的吏員維持地方的行政制度。确實令人覺得匪夷所思。
即然總是要養着這樣官員，那麽幹嘛不索性把他們都放到基層去做官，至少也不會比那些吏員更差，而國家也不緻于是白養活着他們呀。
而更爲讓人難以想像的事實是，官差、衙役、隸卒這些吏員中的主要構成者，在明朝居然是被劃爲賤民一類，而廣大的農民，卻算是良民，在政治權力上，良民是比賤民大的，而在實際的生活中，良民卻是被賤民欺壓剝削。這種顯像，恐怕己經不能用怪異來形容了。
因此自從商毅成勢之後，在這方面，就做了大量的變革，在中華帝國成立之後，取消了賤民、良民之分，推行衆民平等原則，同時也把所有的吏員全部都納入到了政府官員的行列中，并且又加設了鄉鎮一級的行政機構，才算是加強了對地方行政的控制。由其是在商毅最早統治的八個省裏，地方的各級行政制度都基本建立完成了。
但由于原來是處于戰争時期，而且官員的人材缺乏，因此商毅并沒有進一步建全地方行政機構、主要是在行政職能上，還是由知府、知州、知縣一個人通盤全管，隻是各級地方機構的人員多了一些。
那麽現在就是該建全地方行政機構的時侯了，因此商毅決定，在鄉、鎮級行政單位設财政部；縣級行政單位再加設文教部、農業部、商務部、組織部、宣傳部，文書處共計七個部門；而省級，省會市、市級行政單位，再加設工程部、工業部、土地資源部、交通部，審計署共計十二個部門。另外根據各地的實際情況，省級，省會市、市級行政單位，還可以増加海洋開發部、民族事務部等其他部門。
在管理上，釆用雙重管理方式，即各級地方的行政部門，即要對地方政府付責，同時也要受各自的上一級主管部門管理。各部門的付責官員由各級地方官員提名、再交各部門的上級部門審核批準。
而各地方的最高行政官員，在目前的階段，省級和省會市、市級行政單位，是由皇帝或内閣推薦名單，然後交國會投票批準通過，就可以上任了。而任期時間爲四年；縣級行政單位，由其直屬上級部門推薦，交由内閣批準，任期爲三年；而鄉、鎮級行政單位則是由直屬上級部門在當地選拔，交省級部門批準，任期爲三年。
這樣一來，再加上地方的司法系統，整個地方政府的行政機構，産生方式也就可以建全了。而且在地方上可以各付其責，也可以更好的治理好地方。另外也増加了大量基層官員的位置，不僅可以消化掉大量的官員，也可以給新晉官員提供在基層煅煉的機會，爲帝國培養出更多的有用之材。下面要做的，就是在地方上按照這樣的标準，各自完善。等到條件成熟之後，再建立地方議會。
不過現在中華帝國畢竟剛剛建立不久，完成國家統一還不到一年，各地方的發展進程也不一樣，另外現在帝國也确實還缺少相應的人材，因此各級地方行政機構的完善，也需要相當長的一段時間。而商毅決定采用逐步推行的辦法，首先在自己最早統治的八個省裏開始進行行政機構的完善工作，也爲其他各省做一個樣闆範例。而其他各省現在則是走這八個省的老路，先建立好四級的地方行政機構，将吏員納入政府機構中來，然後再逐步建全各部門。
但這一來就需要大量的基層官員，因此商毅也下令，帝國的科舉制度正式啓動，今年在帝國的各省，都展開鄉試，明年進行省試，後年進行會試和殿試。
開展科舉，是中國古代的一件大事，雖然現在帝國的教育體糸并沒有完全建立起來，但鄉試基本還是考的傳統内容，隻是多了一門算術，這并難不倒絕大多數考生，從省試開始，才加入所謂格物緻用之學，而從現在起，還有近兩年的時間，從現在開始學起，也都還來得及。而且隻要是科舉開了，也就意味着有機會了，第一次考不上，還可以再考第二次、第三次，因此帝國的學子，讀書人也都無不歡喜鼓舞，紛紛準備開始苦讀，以其望一舉中的，一夜成名。
而就在帝國開始科舉的同時，另一項新的選拔官員的考試，各部門的經濟特科也同時開考。
經濟特科是爲選擇地方基層專業官員而設的考試，将不設鄉試，直接進行省試，考試核格之後，可以參加第二年的會試，同時也可以到省裏報名挂号，等候分配到縣、鄉、鎮地方部門工作。雖然這是在最基層的地方，但也可以算是政府官員，隻要是勤奮工作，努力學習，依然是有機會晉升到市級、省級，甚緻是中央的相關部門中去。如果在第二年通過了經濟特科的會試,那麽就可以分配到市級、省級的地方部門去工作，起點也就提高了一步。
不過相對科舉來說，經濟特科的考試就要專業得多了，有不少還需要動手，不是突擊幾天就能夠應付得的，但是對科舉一個有效的補充，也使普通平民當官的機會，大大増加了。