不過大西軍的歸降，和雲南的和平收複，也确時居有很重大的意義，這就意味着中國西南二省貴州、雲南都己經正式納入了南京政府的版圖内。
這個時代的貴州、雲南二省的地域和後世相比，在大體上差不多，隻是一些細節地方略有一些不同，總面積大約有六十萬平方公裏左右。在萬曆年間，統計戶籍人口是：貴州省四萬三千四百五十戶，二十九萬九百七十二口，雲南省一十三萬五千五百六十戶，一百四十七萬六千六百九十二口。
不過這些數字的準确性并不高，因爲這時雲貴二省兩省都是少數民族比較集中的地區，明朝在這兩個省設立了相當多的宣慰司、宣撫司、安撫司、長官司等地方行政機構，相當于少數民族自治區一樣，因此人口戶籍的統計，有相當大的漏洞，否則以雲南者一百四十多萬的人口基數，根本供應不起十萬以上的軍隊。
但不管怎麽說，收複了雲貴兩省，也使南京政府的版圖再度擴大，整個西南地區，也是整個南方地區，隻剩下一個四川了。
商毅首先下令內閣，立刻着手向雲貴兩省派遣官員，建立地方行政機構，并且着重強調，雲貴兩省的少數民族衆多，因此派出二省的地方官員們一定要注意處理好與民族關系，尊重各少數民族的風俗傳統，不得歧視，更不許侍強淩弱。
其實漢族總體來說，是一個包容很強的民族，對于大部份的少數民族，都能夠接納并且與之很好的相處，許多少數民族己經完全和漢族溶合了。
而且中國的各朝各代也都比較重視處理和少數民族之間的關系，因此到于這個時候，絕大部份的少數民族和漢族總體來說還是十分友好，和平相處，當然也會出現明朝的地方官員和少數民族中的頭人、酋長相互勾接，欺圧少數民族平民的事情，另外也有一少部份少數民族的野心者、頑固份子或極端民族主義者借這些事情搬弄事非，挑拔少數民族與漢族不和，甚緻聚衆反叛，自立爲王等等。
因此商毅也制定了三條處理民族關條的原則：努力的團結少數民族中的親漢份子，盡可能的争取少數民族中的中間派；但對少數頑固份子，決不能手軟，堅決消滅，以儆效尤。同時江西軍區暫時也就駐紮在雲貴兩省，幫助地方官員盡快穩定兩省的局面，恢複社會秩序和農業生産。
而這時在四川地區，前線的指揮官段鵬和李牟聯名将南京政府的決議，派人轉交給了吳三桂。對于吳三桂提出投降的條件，南京政府的答複是：吳三桂必須接受無條件投降，南京政府除了可以保證吳三桂的生命安全之外，其他一切的條件都不能答應，隻能等吳三桂投降之後，聽候南京政府的處理，并令吳三桂限期答複。
接到了這一份決議，吳三桂又悔又恨，後悔自己當初怎麽就利令智昏，拒絕了南京政府提出的優厚條件，弄得現在走投無路，隻能坐以待斃；而又恨商毅太不講道理了，完全是逞強壓弱，仗着中華軍的兵勢強大，連一條退路都不給自已留，硬是逼自已無條件投降，将生死全部都拱手交給他人，這也太欺負人了。
不過吳三桂心裏十分清楚，自己對南京政府的怨恨是沒有道理的，畢竟是自己拒絕在先，而南京政府這一次顯然是準備要拿自己開刀，警告現存的其他勢力，南京政府不會給任何人第二次機會，如果再拒絕南京政府開出的條件，先要想一想是否有能力承擔拒絕的後果。
但吳三桂也陷入了十分爲難的境地中，打肯定是打不過中華軍的，但如果無條件投降，自己将全無反抗之力，幾個獄吏就可以要了自己的命。雖然說南京政府也保證吳三桂的生命安全，但吳三桂并不敢相信這種保證。而且就算保住了自己這一條命，在商毅建立的新朝中成爲一介平民，兩手空空，就這麽庸庸碌碌的渡過這一生，吳三桂也有些不甘心。
因此吳三桂足足想了一夜，最後連頭發都己經花白了，終于下定決心，如果要自己平平凡凡的過這一生，到不如轟轟烈烈的大戰一場，甯死不降。
于是吳三桂立刻招集夏國相、馬寶等一幹自已的心腹大将，首先将南京政府的決議交給他們觀看，然後向他們表明，這樣投降了南京政府，自巳決不甘心，因此決定死守成都，和中華軍決一死戰，如果運氣好，中華軍對成都久攻難下，或許還能以一定的條件投降；不過這種結果的可能性不大，而更大的可能是，中華軍攻破成都，自己與城共存亡。不過吳三桂對衆将則表示去留尊便，并不強求。
這幾員将領都是在吳三桂駐守山海關的時候，就己經追随吳三桂的關甯軍舊部，因爲關甯軍本來就是一支依靠同鄉親屬關糸建立起來的軍隊，因此這些将領大多都可吳三桂有一點沾親帶故。現在見吳三桂一付窮途末路的樣孑，心中多少也都有些不忍，另外也覺得南京政府的決議實在太過份了，另外對吳三桂是如此，那麽對川軍的衆将當然也好不到那裏去，于是又都生出了同仇敵忾之氣，既然中華軍仗着自己的兵勢強大壓人，那麽自己也不甘這麽束手就擒，就和中華軍拼一場，大不了就是一死呗。
因此衆将也都表示，願意随吳三桂一起，和中華軍決一死戰，就算不敵中華軍，也要轟轟烈烈的戰死，絕不窩窩囊囊的投降。
吳三桂聽了之後，心裏也稍稍有了一些安慰，因此也不覺精神一振，馬上開始布置起來。
甴于前一階段川軍主動放棄了重慶府、夔州府周邊的地區，現在吳三桂還擁有以成都府爲核心，周邊的潼川州、嘉定州、眉州、邛州、雅州、黎州安撫司等地。人馬約有近十萬，其中當初随吳三桂一起降清的舊部關甯軍約還有六千餘人。
吳三桂當然也知道，以川軍現在的兵力，根本無可以與中華軍相抗衡，如果是對上别的軍隊，獲許還可以采取據城而守，以險爲障的方法，死守各地險要關口城隘，層層抵抗，但這一招對中華軍并不好使，因爲中華軍的火器實在太過厲害，已經打破了這個時代的戰術規則，死守城池是死路一條。
因此吳三桂采用的戰術是，對其他關隘路口一率放棄，集中自己的大部份力量，守衛成都。而派出數十支小股部隊，三五百人爲一組，分散到成都府周邊的地區，或分或合，襲擊中華軍的後勤、補給線，小股軍隊，以及在其他中華軍占領的地區内進行破壞活動。讓中華軍首尾難顧，顧此失彼。而各支派出的小股部隊，勻無補濟，一切都由自己自行解決，說白了就是去搶老百姓的。
由于前一階段中華軍在四川的軍事行動十分順利，因此中華軍這時多少也有些大意。在給吳三桂規定的答複限時過了之後，段鵬和李牟合兵，分南北兩路，向成都府發動了全面的進攻，而且兩路人馬都十分順利的進入了成都府地區，逼近成都。
而中華軍的上上下下都樂觀十足，包括段鵬和李牟都認爲攻下成都，也就是幾天的時間，成都一破，四川也就大體安定，南方的戰争也就基本結束了。
但就在這時，兩人連續收到消息，中華軍有多支運糧隊都遭到了川軍的襲擊，還有一個前線的臨時倉庫被川軍偷襲得手，倉庫裏面的糧食物資全部被焚燒一空。
兩人收到消息之後，還沒有太重視，認爲這隻不過是川軍的正常反擊手段，襲擊補給線，是任合軍隊都會使用的辦法，因此也下令加強運糧隊和各補給點的保護兵力，這樣也就可以解決了。
那知在随後的幾天時間裏，川軍在中華軍的腹地裏的襲擊活動也愈演愈烈，中華軍對運糧隊和補給點加強了防守，川軍的偷襲并沒有取得太大的戰果，但襲擊隊伍把目标放在了小縣城和中華軍的小股部隊上。
因此有兩座縣城被川軍偷襲攻破，中華軍臨時指定的知縣和行政人員都被川軍殺死，屍體被挂在城牆上示衆。另外超過二十個的村莊遭到了川軍的洗劫，人數傷亡達到三千餘人，還有五六個中華軍的小隊遇到襲擊，軍隊的人員傷亡超過了五十。
而這個時候段鵬和李牟才意識到情況有些不對，因此也開始重視起來，派出部隊去圍剿這些川軍的襲擊隊伍，但一連十餘天，取得的成果并不大，僅僅隻殲滅了一支川軍的小隊，而中華軍自身的傷亡，也超過了一百人。