這一次中華軍一共投入的八個軍的兵力，分爲東中西個方向，向包括四川在内的整個西南方地區發動全面出擊。
在西路是由湖廣軍區參謀長李牟任主将，率領第八軍、二十二軍，沿長江西進，兵取夔州府，進攻四川的東北，迫使吳三桂從湖南西南的戰場撤軍；中路軍由江西軍區的司令員羅遠斌爲主将，率領江西軍區第二軍、湖廣軍區第十三軍，從湖南西南出兵，進攻貴州黎平地區，切斷永曆朝廷和四川的聯糸，而江西軍區第八軍暫時駐守江西贛州，牽制廣東的尚可喜，；東路軍甴南京軍區的司令員段鵬爲主将，率領江西軍區第十六軍、南京軍區第二十軍浙江南部出兵，進攻福建建守府，駐守澎湖列島的南京軍區第七軍和第四分艦隊則準備從海上出擊，幫助段鵬部夾擊福建。
中華軍的戰略意圖是首先攻擊福建和兩廣，對四川以牽制爲主，等打下了福建和兩廣之後，再全力進攻四川。
果然西路的中華軍中，有許多原大順軍的将士，新組建的二十二軍軍長就是原大順軍西路軍的主将李過，在當初大順軍南下的時候，就是由四川到達湖北，和李自成在湖北會師，後來投靠南明，成立忠貞營，又在川湖邊境一帶駐紮了近一年的時間，又這一帶的地理非常熟悉，而且這也是大順軍的餘部加入中華軍之後，首次參加重大戰役，因此人人都十分努力。
而這時川軍的主力正集中在四川東南部與湖南交界的一帶地區，四川東北的守備十分空，中華軍一路西進，十分順利，首先攻下夔州，随後繼續向西，連續攻占了雲陽、萬縣、開縣、達州等地，深入四川近三百餘裏，在川北和川中之間，劃開了一個大裂口。
吳三桂聞迅之後，也大爲震驚，急忙下令從四川與湖南交界的一帶地區撤軍，分兵把守順慶府、保甯府和忠州等地，全力阻擋中華軍的進攻。
這樣一來，中華軍在湖南西南的危脅也解除，羅遠斌也率領中路的人馬出擊，第二軍首先攻占了貴州黎平府。由于川軍撤退，永曆朝廷的西北邊境也出現了一個大空檔，中華軍攻占了黎平府之後，立刻揮兵南下，進入廣西境內，先取懷遠，然後沿融江南下，直取柳州。
柳州位于桂州府的西側，一但失守桂林府也難以保全，因此永曆朝廷的都師何騰蛟聞訊之後，急忙調動大軍，奔赴柳州迎擊中華軍，自己坐鎮融縣指揮，雙方在柳州府的北部地區，展開激戰。
永曆軍的人馬達到六萬，而中華軍第二軍隻有一個師兩個旅，總兵力隻有二萬五千多人，雙方沿着融水，一路激戰，但永曆軍根本就不是中華軍的對手，被中華軍打得落花流水，連敗三陣，人馬向南潰敗不止。何騰蛟在融縣收容敗軍，打算在融縣駐守，以抵擋中華軍的進攻。但中華軍殺到融縣之後，永曆軍的各路人馬跟本不敢和中華軍交戰，紛紛向其他地方逃跑，轉眼之間，何騰蛟手下隻剩兩千餘人。
而何騰蛟也不敢在融縣駐守，隻好也放棄了融縣，到回到桂林。
那知就在中華軍的第二軍進攻柳州的時候，第十三軍也從永州出兵，直取桂林。由于何騰蛟将兵力都調去守衛柳州，桂林一帶兵力空虛，中華軍一路兵不血刃，連取全州、興安，靈州，兵鋒直逼桂林，己不足三十裏。
這時桂林舉城震驚，永曆朝廷的文武大臣也亂成一團，兩位執政大臣丁時魁、瞿式耜也都手足無措。朱由榔不敢在桂林久留，立刻由馬吉翔和陳邦傅、太監龐天壽等人保護，棄城而逃。丁時魁、瞿式耜等大臣得知以後，朱由榔早已逃出了桂林城，一路向南而去。而中華軍已經到達了桂林城前。
這時何騰蛟剛好也趕回了桂林，得知朱由概己經和馬吉翔、陳邦傅、太監龐天壽等人棄城而逃，也不禁又急又氣，但這時中華軍己經殺到桂林城下，何滕蛟也隻得下令人馬拒守城池。
而中華軍随即對桂林城展開了猛攻，不到一個時辰，就用火炮轟開了桂林的城門，殺入桂林城中，永曆朝中的大臣瞿式耜、何騰蛟、張孝起、李用楫，等人都因爲逃跑不及，被中華軍俘虜，而王化澄、朱天麟、袁彭年、吳貞毓、丁時魁、蒙正發、劉湘客等人在亂軍中逃脫，各自分散。
朱由榔逃出桂州之後，本打算逃到柳州去找何騰蛟，那知到了柳州之後才知道何騰蛟己經被中華軍擊敗，回桂林去了，這時攻入柳州的中華軍已經占領了融縣，繼續向柳州進攻。朱甴榔不敢在柳州停留，立刻又放棄了柳州，一路向西逃竄，狂奔了千餘裏，一直逃到了貴州省南部的鎮甯州才算是收住了腳。而把整個廣西省，全部都扔給了中華軍。
在右路，中華軍的進攻也同樣十分順利，因爲浙江、福建邊境的重要關益仙霞關一直都被中華軍占着，而出了仙霞關，一直到福州，都無險可守。
因此中華軍由仙霞關出兵，首先攻占了建守府，逼進福州，而駐守在澎湖列島的第七軍和第四分艦隊也揚帆出兵，攻占了福州府東南的海壇山，水陸兩路，共同出擊，對福州形成了夾擊之勢。
本來在南明向南京發動全面進攻的時候，紹武朝廷派大将金聲桓，尚之言合軍出擊，進攻鄭成功的彰州、泉州兩地，并且攻占了彰州府，随後又向泉州府發動進攻。
但就在這時鄭成功早己回師到了泉州，率軍與金聲桓、尚之信展開了大戰。鄭軍的實力雖然不及中華軍，但也經過了鄭成功十分嚴格的訓練，另外也配備了大量的火器，而且又經過了中原大戰的煅煉，比金聲桓、尚之信之流還是要強得多，而且這時鄭軍心裏都充滿了憤概，自己在前方抗清，卻被同伴偷襲了老窩，任誰心裏都有火，因此雙方在泉州府安溪縣一帶布陣大戰，鄭軍十分骁勇，将金聲桓、尚之信聯軍殺得大敗，當陣斬首萬佘人，俘虜了六千餘人。部下的大将王得臣也被鄭軍俘虜，幸好是金聲桓、尚之信見勢不妙，換上士卒的服裝，才逃出了一命。
随後鄭成功又趁勝進軍，收複了彰州。金聲桓逃到廷平府，而尚之信逃回到廣東程鄉縣駐紮。而鄭成功還不解氣，将俘虜的王得臣等十三名軍官斬首，又向紹武朝廷上疏質問，爲什麽趁自己北上抗清時，卻派兵襲擊自己的駐地。
紹武朝廷接到鄭成功的上疏之後，也無語以對，雖然以蘇觀生爲首的大臣還在叫嚷舉兵再攻泉州，但朱聿鐭總算還清醒一點，既然鄭成功向自己上疏質問，就表示他還不願和紹武朝廷徹底決裂，如果自己再發兵去進攻泉州，那就是徹底把鄭成功逼反了，而且現在自己那還有人馬去進攻鄭成功呢，因此隻好派人到泉州安撫鄭成功，并且把一切都推到金聲桓身上。
而鄭成功也确實不想和紹武朝廷徹底反臉，因此也算免強消了一點氣，不過還是覺得這口氣沒出完，于是借這個機會，出兵去打金聲桓。這時金聲桓手下的人馬己不足萬人，那還敢和鄭成功動手，見鄭軍攻來，立刻逃到廣東，去投降了尚之信，而就在這時，中華軍開始對南方用兵，攻進了福建。
這時在福州的紹武朝廷也亂成了一團，因爲金聲桓被鄭成功逼走之後，紹武朝廷已經無兵可用了，如何抵擋中華軍的進攻，朱聿鐭也趕忙招集大臣商議，但這時誰還拿得出主意來，衆大臣們都是大眼瞪小眼，足足十幾分鍾，沒有一個人吱氣。
這下朱聿鐭也火了，下令将宮門關閉，在拿不出主意之前，誰都不許走，實在沒法子，反正中華軍打來了也是死，到不如大家集體就在這裏餓死，也算是死個明白。
見朱聿鐭來了這一手，大臣們也都真的害了怕，畢竟大多數人都不願就這麽被餓死，因此衆臣聚在一起商量，到是真還想出了一個辦法，現在也隻能向鄭成功求救了，當然他們并沒有指望鄭成功能夠擋住中華軍，而且認爲鄭成功和商毅的關系不錯，希望鄭成功能夠出面幫紹武朝廷求求情，讓商毅放紹武朝廷一馬，并且表示從此之後，紹武朝廷決不再與南京政府爲敵，并任甴中華軍去進攻永安、永曆朝廷。
而爲了打動鄭成功，衆臣建議朱聿鐭寫一份血诏給鄭成勸，最後蘇觀生代表衆臣向朱聿鐭直言，這是唯一的辦法，除此之外再就沒有别的招了，如果朱聿鐭同意就照辦，不同意那麽大夥兒就散攤子，各奔東西。
朱聿鐭聽了之後，也知道确實是沒有辦法了，隻好照辦，刺破食指，寫了一份血诏，送給鄭成功。