因此商毅的計劃是首先解決台灣的荷蘭人，然後水陸兩路，一起出擊，以重拳打擊福建、廣東、廣西等地的南明朝廷。而且雖然這時己經進入了十二月，是隆冬季節，但台灣、福建、兩廣都屬于熱帶地區，并不是十分寒冷，正是對南方用兵的大好季節。
這時南京軍區的部隊和海軍部的各支分艦隊也都己經回來，南京軍區的第七軍也己經趕赴湖南境内作戰，**部又下令，派遣南京軍區第十七軍的轄二十五師、三十三旅赴台灣作戰，而護送十七軍的，是海軍部的第四分艦隊。
第四分艦隊的司令官正是台灣省長沈壽崇的另一個弟弟，沈壽嶽。其實這時台灣有第三分艦隊駐守，不過商毅也但心荷蘭的巴達維亞當局會派遣艦隊來支援台灣，因此再給台灣曾加一個艦隊的海軍兵力。
第十七軍在十二月十二日從南京出發，到達杭州上船，行向台灣。在十二日十八日，艦隊到達台灣。
荷蘭人修築的赤嵌城和熱蘭遮城都是臨海而建，大體位于另一時空裏的台南市附近，這裏海岸曲折，在兩城之間有一個内港，叫做台江港。赤嵌城位于台江港的東側，熱蘭遮城于台江港的西側，兩城互爲犄角，以台江爲東面出海港口，北面以鹿耳門嶼爲屏，南面以七鲲鯓爲障，并且在台江兩側修築炮台，橫鎖海面，确實易守而難攻。
從外海進入台江有南北兩條航路：南航道在北線尾與一鲲鯓之間；北航道，在北線尾與鹿耳門嶼之間。南航道口寬水深，船容易駛入，但港口有敵艦防守，陸上有重炮瞰制，必須經過戰鬥才能通過。北航道水淺道窄，隻能通過小舟，大船必須在漲潮時才能通過。在另一時空裏，鄭成功是借助海水漲潮，才從鹿耳門嶼航道偷渡得手，登上台灣島。
但現在中華軍己經基占領了台灣全境，荷蘭人隻能全線退守到兩城裏，而台江港己被先期返回台灣參戰的第三分艦占領，擊敗了荷蘭海軍，切斷了荷蘭人的海口通道，沿海的炮台也己全被中華軍占領，因此第四分艦隊也可以大搖大擺的從南航道直接駛入台江登陸。
沈壽崇和沈壽峣早己經得到了通報，因此也趕到港口來迎接中華軍。
十七軍的軍長叫張立東，是特種兵出身，下船之後，和沈壽崇、沈壽峣等幾個人客氣了一番之後，立刻就開始談論現在台灣的形式，巴達維亞方面足否真的援助台灣了。
不過這時台灣的局勢也發生了一些變化，因爲荷蘭的巴達維亞當局确實給台灣派來了一部份援軍。
在幾個月以前，中原大戰激戰正酣的時候，荷蘭的巴達維亞當局己經從撤離的中國商館人員那裏得知，中國決定與荷蘭徹底決裂，終斷了兩國貿易，同時還要求荷蘭撤離台灣。
結果在懂事會裏又引發了一番争吵，當初反對支助清廷的董事們紛份指責那些投了贊同票的董事，把局面弄壞了，現在失去了中國這個巨大的貿易夥伴，将使公司的利益受損，他們應該爲此付全責，而贊同這一決議的董事則大叫着要用武力教訓一下中國，建議巴達維亞的荷蘭軍隊組成遠征軍，進攻中國，重新打開和中國的貿易犬門。
正好這時幫助曰本的三艘荷蘭戰艦也回到了巴達維亞，海軍司令官範德薩向荷蘭東印度公司提交了一份中華軍海軍戰鬥力的報告，在這份報告中，範德薩詳細的記錄了這次戰鬥中，中華軍的海軍戰艦的數量、噸位和火炮數量，認爲以目前巴達維亞的實力，根本不可能是中華軍海軍的對手，建議立刻向國內救援，荷蘭國内至少要派出一支五十艘戰船，一萬名士兵組成的遠征軍，才有可能與中華軍對抗。
範德薩報告的提出，在董事會裏又引發新一輪的争吵，出戰的聲音也小了許多，除了少數幾個頑固份子以外，有不少董事們也擔心，如果派出艦隊被中華軍擊敗，那這個責任誰來承擔；但董事會同樣也承受不了丢掉台灣的責任，總之現在是兩頭都不讨好。
經過了好幾輪的争吵和讨論之後，董事會最終讨論出了一個拆中的方案，還是向台灣增派駐軍，但隻增援陸軍，不派海軍，艦隊隻付責将陸軍送到台灣之後，立刻返回，不得與中華軍的海軍交戰。并且要求陸軍一定要守住台灣，等待援助。
這樣一來反正援兵也派了，艦隊也不會打敗仗，董事會也就不會有責任。如果最終還守不住台灣，那就是台灣大員的責任了。同時董事會也決定派人趕回荷蘭國內救援，并且聲明，如果沒有足夠的援軍，東印度公司将很難保障荷蘭在亞州的利益。
這次給台灣派出的援軍是八百五十人，還是由範德薩付責運送。因爲今年本來是荷蘭台灣大員的換任年，荷蘭東印度公司選任的第十任台灣大員長官費爾勃格己經到達了巴達維亞，因此援軍的指揮官就甴他來擔任，而将要禦任的第九任台灣大員長官歐沃德仍然留在台灣，幫助費爾勃格渡過眼前的難關。
就這樣，責任推幹淨了，替罪羊也選好了，董事們也就可以高枕無憂了。隻可憐還沒有上任的費爾勃格，這時也隻能硬着頭皮，帶領着軍隊趕去台灣。
駐守台灣的第三分艦隊到琉球群島擊敗日本海軍之後，又在琉球群島駐守了一段時間，才返回台灣。因此這時台灣的中華軍雖然包圍了赤嵌城和熱蘭遮城，但隻能阻隔兩城的陸路，無法切斷兩城的出海口和海路聯系，而荷蘭艦隊也乘着這個空子，在台江港登陸，将費爾勃格和荷蘭軍隊留在台灣，然後立刻揚帆轉舵，駛離了台灣，連一夜都沒有留。
就在荷蘭艦隊剛剛離開，第三分艦隊就回到了台灣，立刻趕到台南來參戰，雙方就是前後腳的功夫，如果荷蘭艦隊晚走一天，結果還真不好說。
第三分艦隊一到台南，立刻就向台江灣裏駐守台灣的荷蘭艦隊發動進攻，這時荷蘭在台灣隻有四艘主力戰艦，分别是赫克托号、斯?格拉弗蘭号、白鹭号、瑪利亞号，前兩艘爲六百噸級，後兩艘爲三百噸級。其實都是商船。
在此同時，沈壽崇、沈壽峣也率軍出擊，從岸上攻擊荷蘭的炮台。而荷蘭人剛剛得到援軍，也出城迎戰，費爾勃格下令上尉貝德爾和阿爾多普，各領四百士兵，分從兩路迎戰中華軍。雙方在海陸兩路，均展開激戰。
但無論是海路還是陸路，雙方的兵力相差都十分懸殊。
在海路區區四艘荷蘭戰船迎戰第三分艦隊的十五戰船，而且其中還包括一艘二級戰列艦，五艘三級巡洋艦，結果戰鬥隻用了半個多小時就結束了。
四艘荷蘭戰船中，赫克托号在戰鬥一開始就遭到了中華軍三艘巡洋艦的圍攻，連中數十炮，被打得遍體鱗傷，隻用了十幾分鍾就被擊沉；而瑪利亞号連中了一百多發火箭，轉眼就被熊熊烈火吞滅了。其餘二艘見勢不妙，都想逃跑，但斯?格拉弗蘭号被五艘中華軍的戰船追擊，迫近，靠隴，伏波軍的士兵跳上敵船，和荷蘭人展開了接舷戰，最終斯?格拉弗蘭号被中華軍俘虜；而白鹭号見打不過，也逃不掉，隻好扯起白旗投降。荷蘭海軍就這樣全軍覆沒，而海軍司令官範德蘭也在戰鬥中身亡。
而在陸上的戰鬥也同樣是一邊倒，兩路荷蘭軍隊都遭到了兩三部于自己的中華軍攻擊。因爲雙方都是使用的燧發槍，射程也都差不多，因此也都釆用橫列線形戰術，進行互相對射。
但中華軍在人數上占優，而且火帽打火的成功率也要高于荷蘭兵使用的火槍，結果在互相對射了十幾輪之後，荷蘭軍終于堅持不住，敗退下去。中華軍乘勝追擊，将荷蘭軍殺得大敗，傷亡二百多名士兵，上尉貝德爾也死于混戰之中。另一位上尉阿爾多普帶領着殘兵，敗回了熱蘭遮城。而中華軍乘勢占領了城外的炮台。
新舊兩位台灣大員長官費爾勃格、歐沃德也隻好下令，全力守衛兩城，等待援軍。這時荷蘭在台灣共有兵力一千四百多人，另外還有五百多土著兵，而荷蘭士兵的家屬等也有一千多人，土著家屬有一千五百多人，費爾勃格命令将所有士兵和土著的家屬都遷移到熱蘭遮城裏居住，又命上尉瓦連京帶領四百荷蘭士兵，二百土著守衛赤嵌城，其餘士兵守衛熱蘭遮城。
駐守台灣的中華軍早就開始圍攻這兩座城堡，但由于缺少重型火炮，因爲圍困兩城達一個半月，但都無法攻破。第三分艦隊回來之後，本打算從船上撤一些艦炮下來攻城，但就在這時，十七軍和第四分艦隊也己經到達了台灣。