現在鄭成功在名議上還是紹武朝廷的大臣，但他和紹武朝廷之間有很深的矛盾，因爲鄭芝龍在福建經營了十幾年，在福建根深蒂固，而鄭成功子承父業之後，也很快可以在福建立足。占據泉州府和彰州府兩地，以及周邊的十幾個島嶼，平時并不受紹武朝廷的管制，一切的軍政财大權都可以自行決斷。
雖然鄭成功所占的地盤不大，但泉州是福州最大的通商口岸，再加上鄭成功有一支規模很大的水軍，又有貿易資源，也可以保障海上的安全，當然這也和商毅對他的支持分不井，因此鄭成功毎年的财政收入都要遠大于紹武朝廷。而有錢就能養兵，現在鄭成功手下的兵力己有六七萬之衆，戰船數百艘，各種火炮五百餘門，這次出兵參加中原大戰，鄭成功出動的海陸兩路，共計有三萬餘人馬。
因爲無論是兵力、财力，勢力、在福建的基礎，鄭成功都遠遠超過了紹武朝廷，而在這種君弱臣強的局面下，矛盾幾乎就是不可避免的。自從紹武朝廷應鄭成功之請，入主福建之後，雙方的蜜月期極爲短暫，以蘇觀生爲道的紹武朝廷執政大臣出于希望獨占大權的私人目地，不斷在紹武皇帝朱聿鐭面前攻擊鄭成功，稱他擁兵自重、不尊朝廷，并要朱聿鐭警防尾大難掉。後來紹武朝廷在沒有通知鄭成功的情況下，就接納了金聲桓的歸順，爲鄭成功樹立一個對立的軍事力量，雙方立刻就産生了對立的矛盾。
随後紹武朝廷又加入南方聯盟，共同對付南京政府，而鄭成功和商毅的關系密切，極力反對，也使雙方的矛盾越來越深了。
雖然鄭成功十分後悔，把紹武朝廷接到福建來，但現在木己成舟，無法挽回，他又不願受人以柄，因此也隻好采取消及應對的方式，平時的大部份時間都是在泉州駐守練兵、通商，很少去福州朝見朱聿鐭，也落個眼不見心不煩。這次出兵參加中原大戰，也隻向紹武朝廷知會了一聲，然後也不管紹武朝廷同不同意，就自管出兵。
鄭成功對紹武朝廷釆用敬而遠之的對策，而紹武朝廷卻是樹欲靜而風不止，在鄭成功出兵之後，蘇觀生就立刻向朱聿鐭建議，趁鄭成功不在，出兵攻取泉州、彰州，徹底清除鄭氏在福建的勢力。在衆人的勸說之後，朱聿鐭也暗下密令，命金聲桓出兵。
其實金聲桓也是一個擁兵自重的主，雖然平時信誓旦旦，要盡忠紹武朝廷，和鄭成功誓不兩立，但這是希望借助紹武朝廷的各種資源，發展自己的力量，一但紹武朝廷真的下令了，當然不會輕易出兵，去和鄭成功拼個死活。于是又左推右辭，尋找諸多借口，說什麽自己兵力不足等等。
這時尚可喜正在極力的促成南方聯盟共同出兵進攻南京政府，因爲這時北方連繼傳來清廷失利的消息，尚可喜當然知道，一但中華軍徹底擊了清廷，那麽下一個目标一定就是南方，因此南方聯盟才要盡快出兵，拖住中華軍，也保證清廷不會被擊跨，這樣才能自保。于是尚可喜一面積極的促成吳三桂歸順永曆朝廷，一面也屢次派人來催促紹武朝廷盡快準備出兵。并派兒孑尚之孝出使福州，遊說紹武朝廷的各大臣們。
本來在永曆朝廷裏，吳、楚兩黨正在爲了是否接納吳三桂争論不休，但随着尚可喜的介入，加上馬吉翔又勾結永曆皇帝朱甴榔身邊的太監龐天壽，向朱甴榔極力勸說，因此朱由榔最終決定，接納吳三桂的歸順，并且不經過內閣，直接下诏以陳邦傳爲使，到四川策封吳三桂爲蜀王，而等丁時魁、瞿式耜、何騰蛟等人得信之後，陳邦傅己經到達了成都，正式向吳三桂下诏。
而吳三桂得到永曆朝廷的诏書之後，立刻親自領兵五萬，甴貴州進入廣西，朝見朱甴榔。而永曆朝中的楚黨衆臣見吳三桂兵勢衆多，也都心懷恐懼，因此也不得不承認吳三桂己經歸順永曆朝廷的事實。
朱由榔也在桂林隆重接見吳三桂，并且對他一再寬慰嘉獎。而馬吉翔、陳邦傳等吳黨衆人則是興高彩烈，他們本來就想拉吳三桂入夥，對付楚黨，因此也對吳三桂百般拉隴。得知吳三桂的元配夫人在北京和全家一起被李自成所殺，緻今一直尚未續弦，于是陳邦傅還想把自己的女兒嫁給吳三桂爲妻，建立姻親關糸。同時還上奏朱由榔，建議留吳三桂駐守廣西不過吳三桂早就知道永曆朝廷內部的權力争鬥十分激烈，但吳三桂是見過大世面的人，根本就不希罕這種井底之蛙的窩裏鬥，他歸順永曆朝廷的目地，并不是想控制永曆朝廷的朝政事務，畢競吳三桂現在擁有四川全省的地盤和貴州的一小部份，無論是地盤、兵力、收入都要比永曆朝廷大得多，現在隻不過是想多找幾個幫手，好對付南京政府，并不想涉身永曆朝的權力鬥争。因此吳三桂也挽言謝絕了陳邦傅的好意，并且向朱甴榔推去留守廣西的職務，還是願意回歸鎮守四川，同時也對永曆朝中的吳、楚二黨都分别示好，表示自己保持中立，不偏不倚。
丁時魁、瞿式耜、何騰蛟等人都是老官僚，對這方面十分精明，一見就知道吳三桂并未倒向吳黨，也不留在廣西，立刻就明白吳三桂并沒有和自己争權的打算，于是立刻都換了一付面孔，也紛紛都對吳三桂歸順永曆朝廷表示了歡迎。而馬吉翔、陳邦傳等人忙活了一場，在吳三桂這裏碰了個軟釘子，而自己的勢力又不敵吳三桂，也不敢得罪他，隻好暗氣暗憋，另想其他奪權的辦法。
吳三桂終亍順利歸順永曆朝廷，尚可喜當然高興，立刻向永曆朝廷建議，永曆、永安兩朝同時出兵，進攻南京政府。吳三桂對此當然是支持，而丁時魁、瞿式耜等人本來也有這個想法，因此也就順水推舟，都同意下來，當下永曆朝廷決意，可以分兩路進軍，分别由四川、廣西進攻湖南，永安朝廷出兵進攻江西，共同出兵。而吳三桂、尚可喜也立刻各自返回，整頓兵馬，準備出兵。
搞定了永曆朝之後，尚可喜立刻又把目标轉向褔建的紹武朝廷。隻要紹武朝廷再同意出兵，進攻浙江，三路大軍一起出擊，應該是夠南京政府受了。
而這時紹武朝廷正想趁機清除鄭成功在福建的勢力，金聲桓以自己兵力不足由，屢次推托，因此紹武朝廷轉而向尚可喜提出要求，要尚可喜出兵，幫助紹武朝廷進攻泉州、彰州等地。
接到了紹武朝廷的要求之後，尚可喜是正中下懷，于是并沒有進行過多的考慮，立刻就答應了下來。其實尚可喜最不放心的就是鄭成功，因爲他知道，鄭成功與商毅的關系十分密切，而且一直反對南方聯盟對付南京，而福建、廣東相鄰，一但自己出兵進攻江西或是湖南，鄭成功從側面來進攻廣東，正好可以打自己一個措手不及，因此鏟除鄭成功在福建的勢力，其實也是爲自己剪除一個後顧之憂。而且現在鄭成功率大軍參加中原大戰，泉州、彰州的守備空墟，正好可以趁機動手，當然還可以借機擴大自己的勢力。
于是尚可喜一面出兵進攻江西，一面也立刻下令，命長子尚之信率領兩萬人馬，進入福建助戰，同時紹武朝廷也命金聲桓出戰，這時金聲桓也無可推托，隻好也出動三萬人馬，向泉州、彰州發動進攻。
南京的情報機構早就探知了南方的各朝廷的動态，因此也急忙将這些消息都傳回到南京。
這時商毅剛剛收到周少桓發來的萬堤鎮大捷的消息，這一戰的勝利，基本可以保證中華軍在豫北戰場的優勢，因此商毅也對中原大戰的勢式也可以放心了，但畢竟現在北方尚未安定，戰争還在進行當中，而南方的南明朝就己經出兵了，也确實很讓人煩心。
于是商毅一面下令南方各路部隊，嚴守各地的關隘要路，準備抵抗南明各軍的進攻，一面也把尚之信、金聲桓聯軍進攻泉州、彰州的消息飛傳給參加中原大戰的鄭成功。
而鄭成功在接報之後，也不禁又驚又怒又悔，因爲當初是念及隆武皇帝朱聿鍵對自己的知遇之恩，又見紹武朝廷己經山窮水盡，走投無路，這樣才把朱聿鐭君臣人等接到了福建，定居在福州。沒想到紹武朝廷到了福州不久，就對自己多番猜忌，大臣們多進饞言，而自己不願和紹武朝廷發生沖突，才退避泉州、彰州駐守，那知現在紹武朝廷居然聯合外藩，來進攻自己的根據地，當然令鄭成功悔恨交加。
不過泉州、彰州是鄭成功的根基，當然不能坐視不理，于是鄭成功也立刻向成進和李定國告别，退兵回福建。
成進和李定國也接到了商毅的指令，對鄭成功的撤兵表示理解，好在現在朱仙鎮和陳留都己攻下，開封戰場的明顯有利于中華軍，因此立刻派一個旅去接管徐州。