在兖州戰役之後，山東清軍的主力基本被中華軍殲滅大半，根據推算，現在清軍在濟南的兵力應該隻有兩萬左右，因此全軍上下都對攻取濟南充滿了信心。而且現在阿巴泰、嶽樂、李率泰都己成爲中華軍的俘虜，隻剩下在濟南駐守的博洛，如果攻克濟南，在抓住博洛，那麽就再好也不過了。
周少桓和童大勇帶領着中華軍一路北上,經過泰安、又穿過泰山，直奔濟南府而來。但大軍走到方山的時侯，收到第四軍發來的捷報，原來清軍不戰自退，主動讓出了濟南，第四軍己經進駐了濟南。
原來博洛得知兖州失守，阿巴泰和嶽樂的援軍全軍覆沒之後，也知道老爹和弟弟兇多吉少了，在濟南大哭了一場。不過這時他到是還記得阿巴泰在臨行之前，咛囑自己的話，一但救援兖州失守，不要在濟南固守，立刻退出山東，退守河間府，保衛北京的南面門戶。因此博洛在哭罷之後，立刻招集濟南的諸将,下令撤軍。
其實這時濟南的諸将心裏都清楚，濟南根本就守不住了，因此博洛下令之後，也都十分高興，立刻開始收拾準備，撤離濟南。
因爲清軍的行動得早，因此撤退得也比較從容，不僅把剩餘的兩萬多人馬全部撤走，而且還将濟南的糧草淄重也都撤走了大半，剩餘帶不走的，則點了一把火，全部燒毀。
雖然駐守高苑、淄川一線的第四軍聞迅，急忙出兵，趕來阻擊清軍，但也晚了一步，等第四軍的軍長滕胤玉率軍趕到濟南的時候，清軍也己經撤走了兩天，就是最後一批人馬，也過了禹城縣。因此滕胤玉隻得率軍，先進駐濟南，接管城市。然後又派人向周少桓報告。
盡管讓博洛給跑了，圍殲山東清軍的目标沒有實現，但不費一槍一彈，就奪取了濟南城，還是一件值得慶賀的事情。畢竟攻占濟南，就意味這次山東戰争取得了最完美的勝利。因此周少桓和童大勇立刻下令，火速進軍，進駐濟南城。并且命令第四軍馬上向山東的最後一塊地方，東昌府發動進攻。
一天之後，周少桓和童大勇進駐濟南，并且派遣人馬，又收複了濟南府西北面的禹城、平原，一直打到了徳川，才收住了人馬。而在最後一個戰場上，第四軍的進軍也十分順利，因爲這時清軍己經全部撤出了山東省，因此在東昌府根本就沒有清軍抵抗中華軍的進攻。第四軍所到之處，所有州城府縣紛紛開門納降。
第四軍于六月三日，進駐東昌府，五日進駐臨清州。到這時，整個第二次山東戰役也全部結束，以中華軍山東軍區的全面獲勝而告終。
第二次山東戰役，一共曆時三十四天，中華軍一共殲滅清軍三萬四千餘衆，俘虜清軍三萬六千多人，并且基本收複了山東全境，而中華軍自身，也戰死了五千八百三十一名士兵，另有三百七百五十二人受傷。
而且中華軍全面占領山東之後，等于在清廷的中原一帶地區擠進一塊，向北可直接危脅北京，向西可以逼迫山西，向南可以壓制河南，在戰略上已經處于一個十分有利的位置。
而這時正在圍攻大同的多爾衮聞迅之後，也不禁又氣又急，但這時清軍圍攻大同己有半月之久，屢攻不下，多爾衮也無暇分身，而且陝西一線也同樣是到了最關建的時刻，也不能從這幾條戰線抽調兵力，因此多爾哀隻好急令從北京再抽調三萬人萬，交給博洛，一定要守住河間府，又命駐守開封的洪承疇，立刻出兵，駐守大名府，以擋住中華軍西進山西。而河南有勒克徳渾的大軍駐守，多爾衮還有一點放心，因此沒有在這一線增派兵力。
這時清廷的兵力己經捉襟見肘，不得不釆敢拆東牆補西牆的辦法，來應對眼前的局面了。随後多爾衮又下令，加緊進攻大同，同時催促陝西和甘肅兩地，盡快平定當地的叛亂，現在山西、陝西、甘肅無論那一處，隻要能夠将叛亂平息下來，清朝也就能夠緩過這一口氣來了。
不過中華軍在占領了山東之後，并沒有急于進軍，一方面是因爲兩次山東戰後,一共進行了兩個多月，中華軍也陣亡了一萬多名士兵，另外還有一萬二千多名傷兵，部隊需要一段時間來修整，另一方面，在戰後還有一大堆善後的工作需要處理，有不少問題不解決，山東軍區也就無法進行下一步的戰鬥。
是收複山東的最後告捷己經傳到了南京,在沒有收到商毅的下一步指令之前，周少桓也不敢輕舉妄動，畢竟現在山東可以向三面用兵，因此俱體是向那一個方面出兵，周少桓還需要聽從南京的命令,服從于大局考慮。另外周少桓也考慮到，便于下一步的戰鬥指揮和調度，希望将山東軍區的司令部從青州遷移到濟南來,這樣無論向那一方用兵,消息傳遞也都會更快一些。當然司令部的遷移也是大事，必須等着南京**部批準。
而且這時濟南、東昌、兖州三府都是才剛剛收複，還需要一定的時間來穩定，并建立南京政府的行政機構。另外兖州城中進行了激烈的戰鬥，對城市建築都有相當向破壞，而濟南雖然沒有發生戰争，但清軍撤退的時候，将城裏的糧食幾乎全都搜刮一空。這時城裏己經斷糧了，因此這兩地都需要一定時間的恢複。現在周少桓己經下令，從青州調集一批糧食過來，緩解濟南的糧荒。
還有一個十分重要的事情，就是處理山東起義軍的問題，這次能夠攻占山東，農民起義和原明将領的反正也起了不小的作用，沒有他們的配合和牽制，中華軍也未必能夠這麽輕易就取得勝利。
但在戰事暫時告一段落之後，如果處理這些人，也是一個很大的問題，周少桓也是經曆過明末的農民軍大規模起義的時代。深知農民起義是一把雙仞劍，即能危險清廷，也可以危害到中華軍自身。
因爲現在山東地區的農民起義軍，反正軍隊加起來也有六七萬之衆。其中也不乏社會油子、地痞無賴、無業遊民等人，絕大多數都沒有經過什麽正規訓練，缺乏組織紀律性，也沒有什麽軍紀和服從命令的觀念，而且又以響應中華軍抗清的功臣自居，盡管周少桓對這些隊伍也三令五申，一再強調尊守軍紀，不許搔擾百姓，但在初期欺壓良善、強拿強要，搶男霸女的事情仍然時有發生。而且都是打着中華軍的旗号進行。至于私藏戰利品、哄搶清軍遺留的物資，更是普遍。
不過在這一點上，周少桓和商毅的觀點一緻，對于軍紀的執行，決不能姑息，因化下令各地的部隊，發現一起就堅決處理一起，決不手軟，無論是誰救請也沒有用。一進濟南，周少桓就連續處理十二起違紀的事情，處決的人數達六十餘人，雖然很快就把這股風氣給壓制下去，但也确實引起了一些舉義、反正領頭者的不滿情緒，雖然震攝于中華軍的戰鬥力，不敢明名張膽的反對，但在私下裏卻是牢騷滿腹，都說自己爲中華軍立了大功，現在中華軍占領了山東，就要卸磨殺驢等等。
周少桓也知道，這一批人的數量雖然多，但都烏合之衆，真要打起來，當然不是中華軍的對手，但他爪畢竟是幫助中華軍立下大功，不能這麽粗暴簡單的對待。以後在其他戰場，中華軍也都會遇到類似情況，如果這一次處理得不好，恐怕也會影響到以後。
當然對這些事情的處理，中華軍也有自己的一套辦法，首先遣散起義軍隊，願意回事務農的人，發給他們一筆銀圓，遣送回家，并且保證分給田地。起義軍的主體還是農民，參加起義多半也是走投無路了，因此可以拿錢回家，分給田地，自然大多數人都願意，于是一下就散去了七八成。
那些舉義、反正領頭者雖然不滿意，但在中華軍的兵威逼迫之下，也不敢輕舉妄動，加上中華軍這麽一來，人心散了，隊伍也不好帶了，也隻好認了。對這一批人，也要給予一定的安撫，願意留下來的舉義軍士兵，則全部做爲預備軍，進行訓練，通過考核，才能成爲正式的中華軍士兵，通不過的，可以轉爲當地民兵，維護地方治安。
而對領頭者，也都授于一定的軍銜，但想成爲正式的中華軍，一樣要參加訓練，當然也可以選擇在地方上出任行政職務。這數管齊下，也就可以将舉義軍的隐患消除。但需要時間來一步一步解決。
六月中旬，山東軍區收到南京的公文，首先對山東軍區進嘉獎，也批準遷移司令部的打算，并讓他們好好修整，準備接下來的戰鬥。而在最後，通知山東軍區，大約将在一個月之後，商毅将親自到山東，進行視查。