鄭芝龍心裏也不僅暗暗吃驚，雖然他也預料到，龜甲艦隊決不可能是中華軍的對手，但也沒有想到會敗得這麽幹脆，在中華軍的艦隊面前，龜甲船幾乎毫無抵抗力，完全是一敗塗地，而且這時己被中華軍全部包圍起來，如果沒有援軍，隻怕就有全軍覆沒的危險。
這時清軍的第二梯隊中，還有六十餘艘戰船，但鄭芝龍并沒有下令讓艦隊出擊，去救援龜甲艦隊，而且全線調頭，撤回軍港中去，依托大沽口炮台駐守。
因爲鄭芝龍十分清楚，自己帶出來的這六十多艘戰船，也是以打醬油居多，真正能有一戰之力的，還不到十艘，鄭藝龍也看得十分清楚，中華軍出動戰船，其實還不到總數的一半，還有一大半都在後面按兵不動，估計就是等自己的後援艦隊上去之後，再來一個大包圍作戰。因此自己帶隊上去也是白送死，就算能夠解救出幾條龜甲船，但也要付出解救船隻幾倍的代價，根本就得不償失。搞不好還真的就把所有艦隊都交侍在這裏了。
另外鄭藝龍還在中華軍的艦隊中，看到了不少“鄭”字的旗号，從清廷掌握的資料來看，中華軍的海軍部裏并沒有鄭姓的大将，因此鄭芝龍心裏也估計，這應該是兒孑鄭成功的艦隊，也可能兒子是親自帶隊出戰。那麽這一來，父子可就是在戰場上同室操戈，兵戎相見了。
鄭成功和商毅達成聯盟，一緻抗清的消息，鄭芝龍也是知道的，心裏也覺得十分欣慰，雖然自己一家都失陷于清廷，但總算是還有大兒子逃過了這一劫，而且還重新招募自己的舊部，又創下了一番基業。
這兩年來鄭芝龍也奉清所令，連續寫了四五封信，或以父子之情相勸，或以富貴名利相誘，勸鄭成功投降清廷，但都被鄭成功義正詞嚴的拒絕，雖然毎一次收到了鄭成功的拒絕信之後，鄭芝龍都會在清廷面前表現得痛哭流涕，大罵鄭成功逆子不孝等等，但心裏卻是暗爽不己。這一點鄭芝龍心裏是十分清楚的，一但鄭成功也投降了清廷，鄭氏一族也就真的沒有半點指望了。而現在起碼來說，假如自己一家真的在清廷有什麽不測，緻少還有一個可以爲自己報仇的人在。
因此不想和兒子在戰場上交手，也是鄭芝龍下令撤軍的另一個重要原因。當然清廷的水軍諸将們對這一道命令都沒有異議，畢竟剛才的戰況大家都己經看得很清楚了，誰都明白，上去根本就是白白送死，就連鄭芝龍身邊幾個監視他的清軍将官也都這樣想，結果清廷的後續船隊紛紛調頭，向軍港敗退而去。
這時在戰場上，戰鬥基本都已經結束，清軍先鋒船隊的全部二十五艘龜甲船，被擊沉十七艘，剩餘的八艘也都降帆投降，可以算是真正的全軍覆沒了。在剛才交戰的海面上，盡是清軍殘破的戰船碎片，爛帆殘舷和在海水裏掙紮的士兵。
而中華軍出戰的三十九艘戰船，并無一艘被毀，隻有五艘戰船受了一些輕微的傷損，人員隻被對方打死了九個人，總體來說，并不影響戰鬥力。
這一方面是因爲中華軍的戰船數量太多，而且己經将龜甲船全部包圍，令龜甲船根本就無路可逃，另外龜甲船隻有一根主桅，運轉不靈活，速度不快的弱點，也在這時候全部暴露出來，雖然有幾艘船能夠及時的轉過了方向，想要逃離戰場，但也沒跑多遠，就被中華軍的戰船追上，不是被擊沉，就是選擇投降。當然清廷的後續船隊也沒有趕來救援，也是别一個重要的因素。
而在中華軍的陣中，沒有出戰的鄭成功，及手下的諸将也都震驚不己，其實這一戰并沒有什麽技術含量，中華軍的艦隊憑借的就是強大的火力，可以說全場戰鬥，中華軍都是倚靠的壓到性的優勢火力，完全硬吃對手，毫無花哨。但越是這樣，也越顯得中華軍的海軍實力強大。
鄭成功估計，如果換上自已的艦隊出戰，要打赢這一仗當然也不成問題，但要像中華軍這樣赢得輕輕松松，遊刃有餘，而且還幾乎是零傷亡，哪可就做不到了。
現在鄭成功手裏也有六艘兩千料的戰船，但都是中國傳統的福船樣式，這一次帶來了四艘，但毎艘船隻能裝配四十門左右的火炮，而紅衣大炮隻有十門左右。而這樣的戰船，在伏波軍的艦隊中，隻能當輔助戰船來用。伏波軍裏真正的兩千料左右的主力戰船，屬于二級戰列艦，火炮數量一般都在九十門左右，而現在伏波軍二級戰列艦一共有八艘。更不用說還有一艘一級戰列艦。雙方最頂尖水平的戰船，根本就不在同一水平上。
因此這時鄭成功也能夠理解，爲什麽這兩年來，商毅能夠連續戰勝曰本和西班牙軍，占領呂宋。當然盟友的實力越強大，對自巳來說也越有利。鄭成功也對擊敗清廷的信心更足。
這時成鋼己經看到了清軍的後續船隊掉頭撤退，因此也立刻下令，所有主力戰船馬上脫離戰場，追擊清軍的艦隊，進攻大沽口的清軍船港，輔助戰船留下來，打掃戰場，接收清軍戰船的投降，抓俘清軍落水的士兵等等。而鄭成功帶來的船隊，也随主力戰船一起追擊。
命令傳到鄭成功的座艦上之後，随鄭成功一起出戰的鄭鴻逵指着遠處清廷撤退的戰船帆影，道：“明俨，大哥也許就在那邊。”
其實不用他說，鄭成功早就看見對面船陣中的“鄭”字旗号，他當然知道鄭芝龍出任清廷水軍提督的消息，也自然可以猜到，對面恐怕确實是鄭芝龍親自率領船隊出戰。雖然自己的艦隊沒有出戰，但父子對陣疆場的結局，是改變不了的。因此也隻好苦笑了一聲，道：“四叔，管不了那麽許多了，傳令船隊，随伏波軍進攻。
成鋼現在當然沒有功夫考慮鄭芝龍、鄭成功父子複雜的心情，雖然輕松擊敗了清廷的先鋒艦隊，但成鋼的心裏卻一定也沒有放松下來，因爲在戰前他接到的任務是催毀清廷的海軍基地和大沽口炮台，徹底消滅清廷的海上力量，奪取全面的制海權。現在離這個目标，還差得遠。
而且成鋼也知道擊敗清廷的艦隊雖然容易，但想催毀大沽口炮台，還是要付出相當的代價。因爲大沽炮台的防禦力，通過情報部門的努力，以及從海面上的暗中偵察，海軍部也基本掌握了七八成。成鋼也清楚，真正的戰鬥，其實還在後面。
雙方艦隊交戰的戰場離大沽口炮台隻有十幾裏的距離，因此在清軍敗陣之後，守衛大沽口炮台的清軍也接到通知，并且馬上就做好了準備，将火炮一門一門的推到炮台的固定位置，安排布置，并且擡出了彈藥箱，勾繩，推杆，彎夾等等工縣。而且随着清軍戰船的陸續歸航進港，在後面追擊的中華軍艦隊的帆影也越來越清晰，在炮台上駐守的清兵也都知道戰鬥己迫在眉睫，立刻向火炮裏填裝彈藥，校準目标，隻等着中華軍的艦隊進入射程。
而伏波軍的艦隊在逼近了大沽口炮台之後，成鋼也将艦隊作了一番布置，這時進攻到大沽口的聯合艦隊的戰船數量爲：中華主力戰船爲五十三艘，鄭成功的艦隊三十二艘，共計八十五艘。
雖然大沽口炮台的火力兇猛，防銜十分堅固，但四個炮台分列在海河入海口南北兩側，成鋼決定首先進攻位于南側的兩個炮台，這樣也可以暫時躲開北側炮台的攻擊，使清軍的全部炮台火力隻能夠發揮出一半。也有利聯合艦隊逐個擊破。
付責正面進攻南側兩個炮台的第一批戰船一共有三十七艘，中華軍出動二艘二級戰列艦，九艘三級巡洋艦，七艘四級驅逐艦，六艘五級護衛艦，共計二十四艘戰艦。而鄭成功也派出了十三艘戰船，協同中華軍的艦隊作戰，包括有二艘二千料戰船，五艘一千五百料戰船，三艘一千料戰船，三艘六百料戰船。可以說是主力盡出。
雖然清軍的艦隊都躲進了軍港裏，但也不能不加以防範，萬一趁着中華軍全力進攻大沽口炮台的時候，再從軍港裏殺出，打中華軍一個措手不及，和炮台來一來兩面夾擊，将會使伏波軍十分被動。因此成鋼又有清軍的軍港前面布置了十六艘戰船，付責阻擊清軍的艦隊。
同時又在大沽口炮台以南十裏以外的地方布置了十二艘戰船，準備如果從海上進攻炮台不利，就在這裏發動登陸作戰，然後配合海軍，從岸上夾擊炮台。當然如果海上進攻得手之後，那麽就直接從正面登陸，占領炮台。而剩下的二十二艘戰船則全部作爲預備兵力，随時支援各個戰場去