經過了中華軍的海上突襲遼東之後，清廷也開始意識到海防的重要性，于是也組建了自己的海軍部隊，但海軍一直都是多尓衮的一塊心病，而且現在清廷在天津，遼東地區布置了十幾萬的兵力，就是因爲清廷的海軍還不足以保護自己的海防。爲此，在不久以前，清廷還剛剛購買了四艘荷蘭的大戰船。
盡管清廷任用了精通水戰鄭芝龍和朝鮮的将領李杜國，監造戰船，訓練水軍。但海軍可不像陸軍，能夠在短時間裏成軍，而且清廷的海軍基礎太差，無論是造船的工匠、水手、船員都十分缺乏，幾乎可以說是一窮二白，憑空起樓台。但在不到兩年的時間裏，很難組建出一支像樣的水軍來。何況清廷對鄭芝龍還一直加以防備。因爲鄭芝龍本身就是被清廷騙來的，而且鄭芝龍的兒子鄭成功和商毅一直形成聯盟，在收複南京的戰役中，鄭成功出兵收複福建，也起了一定的作用。
在這種情況下，清廷當然不可能絕對相信鄭芝龍的。隻是現在海軍之面确實沒有人能取代鄭芝龍，也不得不用他，但一直對他加以防範，甴其是在上船的時候，一定對鄭芝龍進行嚴密的監視。畢竟海上不比陸地，一但鄭芝龍架船出海逃走，清廷還真就隻能望洋興歎。
鄭芝龍也清楚自己的處境，雖然現在他是龍擱淺灘，但他的閱曆、見識、眼光在這個時代還是十分突出的，由其是上了清廷的當之後，更是増漲了許多教訓，因此也看得出，現在清廷并不是南京政府的對手。自己留在清廷，恐怕難有好結果。
這到并不是說商毅擊敗清廷之後，會把自己當清廷官員處死，因爲看在鄭成功的面子上，保住自己的命還是可以的，但清廷會不會放過自己，還很難說。畢竟現在清廷重用自己，是實在沒有辦法，一但到了滅亡的時候，很有可能會先把自己幹掉，也說不定。
在清廷的這些時日裏，鄭芝龍也不是沒想過要逃跑，由其是受命出任水師提督之後，更是覺得機會來了，隻要是到了海上，自己可就是龍歸大海了。但清廷也早預料到這一手，對他的監視也更爲嚴密，毎次出海的時候，幾乎就像是押犯人一樣，随時都有六七個人圍在鄭芝龍的身邊，稍有舉動，就立刻有人過來阻止也讓鄭芝龍意識到，自己根本就一點辦法都沒有。
在這種情況下，鄭芝龍也決定暫時放棄逃路的打算，而是全力先取得清廷的信任再說，因此在組建海軍的工作中，也十分努力。現在己經訓練了五千多名水軍士兵、水手、船員等，并從民間搜羅到多種船隻一百二十餘條，又監造了三十餘條船隻，至少也使清廷的海軍初建規模了。
不過現在清廷海軍的戰船中，基本都是二三百料的小船，四百料戰船隻有幾艘，再大的就基沒有，這是因爲中國北方的造船技術遠遠落後于南方，而監造的戰船也多是小船，因此基本沒有多少戰鬥力。不過在這段時間裏，朝鮮的将軍李杜國也監造出龜甲船二十條，其中有三條體形較大，其餘和當年李舜臣所用的一樣。加上後來朝鮮又向清廷進貢了五條龜甲船，現在淸廷一共有二十五艘龜甲船了。
多尓衮也曾親自趕到天津，觀看過這種龜甲船的訓練，到還十分滿意，也對龜甲船寄于了厚望，因此也下令，将龜甲船單獨編成一支艦隊，都交給李杜國指揮。
在商毅出兵進攻馬尼拉的時候，多爾衮曾把鄭芝龍和李杜國都招到北京，一方面是詢馬尼拉的情況，另一方面也是了解海軍的情況。
當時李杜國可是躊躇滿志，信心十足，認爲有了龜甲船之後，不必害怕中華軍的海軍，甚緻向多爾衮請令，要帶着龜甲艦隊去進攻中華軍在登州的海軍基地。但鄭芝龍的看法和李杜國剛剛相反，現在清廷的海軍僅僅隻是剛起步，根本不可能是中華軍的對手，龜甲船根本就是華而不實，并不可大用，如果冒然進攻必敗無疑。
其實鄭芝龍故意把龜甲船貶得一錢不值，其實是用的激将法，希望多爾衮能讓李杜囯帶着龜甲船出戰一次，因爲隻有等李杜國被中華伏波軍徹底打敗了，清廷才能意識到自己的重要性，說不定會放松對自己的監視。
不過多爾衮畢竟不是好糊弄的人，雖然李杜國說得信心十足，但怎麽聽，多爾衮也覺得心裏沒底。畢竟中華軍的海上戰鬥力擺在那裏，連續發動了兩次海外戰争，這可不是說着玩的。而龜甲船僅僅隻輝煌過一次，還是在五十多年以前，這兩下一對比，也不難得出結果來，和中華軍交戰，龜甲船多半也是勝多負少，因此多爾衮也沒有答應李杜國的請戰。
而鄭芝龍見激将不成，又向多爾衮建議，如果隻靠自行造船，海軍在短期内難以有大的發展，因此向荷蘭人買船，不失爲一條發展海軍的捷徑，當然鄭芝龍知道，從荷蘭人那裏買來幾條船，其實也是與事無補，但這樣做的目标，是希望與荷蘭人建立關糸，希望能借助荷蘭人的力量，幫助自己出逃。
這個時候，清廷通過北京的傳教士，和荷蘭人、葡萄牙人都取得了聯糸，但趸希望能從他們那裏購買槍炮，并雇請人員幫助清廷監造火炮。但談判進行的很不順利，首先是葡萄牙人對清廷并不感興趣，他們能夠守着澳門進行貿易就足夠了，而且北京也離澳門太遠了。
荷蘭人對此到是很感興趣，不過荷蘭人的胃口也不小，要求租借天津或者是遼東地區的某一處地方，或勃海灣裏的某一島嶼，作爲通商口岸，做爲幫助清廷的條件。
其實如果清廷真的和荷蘭人通商，也确實可以增加不少收入，因爲關外的獸皮、人參等土特産也是很有競争力的商品，後來張家口——察哈爾一線的貿易，也是以皮革、土特産爲主。多爾衮也不是不明白這一點，但他對海外的世界确實有一種本能的排斥，因此隻允許荷蘭人的商船停靠天津，進行貿易，但不允許荷蘭人租借地方，并且對貿易條仵也有諸多限制。而荷蘭人又要求在天津建立自已的商館，也被清廷拒絕。
眼看着雙方就要談崩了，但就在這時，商毅占領了呂宋群島，也給清廷和荷蘭人的談判帶來了一線轉機。
呂宋群島的易手，讓荷蘭人意識到，自己在亞州的利益将面臨的重大的挑戰，荷蘭人當然不願看到中國一步一步的坐大，因此也在想方設法的限制中國的擴張。對中國大陸的局勢，荷蘭人還是有一定的了解的，知道商毅正在和中國北方的滿族打仗，因此荷蘭東印度公司也決定采用扶植清廷，牽制商毅的力量，使商毅沒有精力向海上擴張的策略來。
于是荷蘭人也主動和清廷取得聯系，放棄要租借通商口岸和開設商館的要求，隻要清廷能夠允許荷蘭商船靠岸經商就可以了。願意賣火槍、火炮給清廷，并可以幫助清廷監造火器，甚緻是幫助清廷訓練軍隊等等。
這樣的條件，多爾衮當然也沒有理由不答應，而且允許荷蘭商船靠岸經商對清廷也有好處，因此雙方很快就達成了一緻的協議。而這時鄭芝龍要向荷蘭人購買戰船，多尓衮也認爲可以，反正火槍、火炮都己經從荷蘭人那裏買了，再加幾條戰船也沒什麽。同時也提出，再聘用荷蘭工匠，幫助清廷監造戰船，并訓練水軍。
清廷買得越多，就越能増加清廷的戰鬥力，同時還能狠賺清廷一筆。另外派遣軍官幫清廷訓練軍隊，還可以利于雙方的戰争，了解中華軍的戰鬥力，荷蘭人當然也全都答應了下來。
談判是在順治五年（1648年）年底談成的，正好是在丁亥之變發生的前幾無，而到了順治六年二月，荷蘭将談好的一千支火繩槍，二百支燧發槍，還有六十門火炮，和四艘帆船送到了天津，随行的還有工匠十五人，軍官士兵二十七人。
火繩槍和火炮，都是老式的款式，基本都是荷蘭準備汰淘的裝配，四艘帆船都是五百到六百噸之間，服役時間都超也了十五年，有一艘甚緻達到了二十二年。這個時代的風帆船一邊的服役時間大約在二十到二十五年左右，因此這四艘帆船實際也都是快退休了的。隻有二百支燧發槍才算是時興貨。荷蘭人從中确實大賺了一筆。清廷當然也沒有看出來，結果雙方都是皆大歡喜。
雖然在驗貨的時候，鄭芝龍看得船的問題，但非常眀智的沒有說破，因爲整談判的過程，清廷都是在傳教士的幫助下完成的，沒有讓鄭芝龍參與。而且荷蘭派來了工匠和官兵，鄭芝龍也覺得，還有希望。
而這一次荷蘭人到來，還帶來了一個曰本的使團，要求面見清廷。