馬尼拉城破之後，弗朗西斯科在阿諾基三世的保護下，逃到了邦班牙族的居地，然後和阿諾基三世聯名，傳信到呂宋島各地去，招号散布在呂宋島的傳教士一起發動聖戰，維護天主教的光榮，讓他們鼓動信仰天主教的土著們，共同抵抗中華軍的的侵略。
但奧古斯丁會的傳教士基本在馬尼拉城裏被中華軍一網打盡，逃出去的人不多，在呂宋島其他地區的傳教士甚本都是方濟各會或多明我會的傳教士，對大主教的命令，并沒有奧古斯丁會那樣奉若神明，另外也有不少傳教士都十分清醒，連馬尼拉城都被中華軍占領了，西班牙軍也全軍覆沒，靠當地的土著又能成什麽事，抵抗隻能是自取滅亡，還不如不抵抗，和中華軍的幾名傳教士聯糸，看看能不能有别的辦法。因此響應大主教号招的人并不多而就在這時，耶稣會的傳教士也開始在呂宋島活動，向各個土著部落，以及在部落裏的傳教士說明，與中華軍作對隻是死路一條，投降才能獲得生路。中華軍可以保證對土著部落不予追究，而其他的傳教士隻會被驅逐出呂宋群島地區，也不會傷亡他們。但如果執意要和中華軍做對，等待他們的隻是死路一條，甚緻是滅族之禍。
這麽一來支持大主教的人就更少了，有些本來己經決定支持大主教的部落，也立刻打了退堂鼓。結果隻氣得弗朗西斯科整天跺足捶胸，大罵其他的修會己經倒向了異教徒，不在忠誠于天主。
其實弗朗西斯科和阿諾基三世并不是笨蛋，當然也知道和中華軍對抗是死路一條。但他們更清楚，其他人投降或許都有活路，唯有自己就是投降也是死。
因爲這次馬尼拉大屠殺事件中，弗朗西斯科是主要的策劃者之一，早就上了中華軍的黑名單。而阿諾基三世雖然沒有出面，但邦班牙族也出力不可，受西班牙殖民者直接指揮的土著兵幾乎全部來自邦班牙族，加上以前邦班牙族一直都是西班牙殖民者打壓華人的主力幫兇，因此是怎麽樣也好不了，還不如拼死一戰。
果然就在幾天之後，中華軍的第二批船隊抵達了馬尼拉，又帶來了一個步兵團，這次出征馬尼拉的南京軍區第七軍第三旅也在馬尼拉聚齊。商毅也下令，以三旅爲核心，輔以一千海盜和一千民兵，總計兵力九千餘人，進剿邦班牙部。
這個時候邦班牙部一共才三四萬人，雖然阿諾基三世将部族裏拿得起兵器的男子包括壯年女人全部都招集了起來，拼湊出兩萬多人，但在中華軍兇猛的火力面前，人數上的優勢幾乎沒有任何作用，戰鬥連續進行了三天，邦班牙部的陣亡人數達到一萬五千餘人，終于全軍潰敗了而邦班牙部的營地也被中華軍占領，不過這時在邦班牙部裏，剩下的隻是一些小孩和老人。
而弗朗西斯科和阿諾基三世到是有足夠經驗，在戰場上見勢不妙，立刻率先逃跑了，這次他們逃到了中科迪勒拉山南部的一個他加祿部落，去尋求保護。可惜到了這個時候還有誰敢收留他們，部落酋長正愁沒機會向中華軍投降，這可是天上掉餡餅下來，立刻抓住他們兩人，送到馬尼拉城裏。
抓住了大主教和阿諾基三世，也宣告中華軍征剿邦班牙部落以全勝結束。商毅也立刻組織了一個調查團，對抓獲的傳教士、土著進行調查，他們在這次大屠殺中的行爲，而對西班牙士兵則不問調查，全部處以死刑。
同時商毅也正式宣布将呂宋地區并入自己的版圖中，稱呂宋海外行省，直接受南京內閣管理。設立行政總督，管理省内行政事務，在行政總督以下，按南京政府的模式，設置其他各部門，管理事務。而在省下設市縣鄉，實行分級管理。
不過在目前階段，呂宋的各級行政機構不可能一下子就會部建立起來，還要逐步完善，因此商毅也不打算向呂宋省派遣官員，現在全部官員都從當地的華人中間選出，實行當地人自治。而呂宋行省的第一任行政總督，由商毅指定張庚秋擔任。
張庚秋在馬尼拉的華人當中就有比較高的聲望，馬尼拉戰争結束之後，又得到進一步提升，由他出行政總督，也是名緻所歸，而總督府以下的官員，也由張庚秋付責提名。
接着商毅又正式任命李華梅爲中華軍駐呂宋軍區司令員，兼任呂宋艦隊司令員，軍街爲少将。呂宋軍區直接歸屬于南京軍區管轄，屬于小軍區一類，行政級别相當于一個軍，而呂宋艦隊則歸屬于海軍部，與五大分艦隊同級。在馬尼拉地區繳獲的西班牙戰船，全部都劃呂宋艦隊，這一來呂宋艦隊的戰船數量達到了二十七艘，按海軍的戰船劃分，擁有三級巡洋艦二艘，四級驅逐艦十一艘，五級護衛艦七艘。輔助戰船七艘。
不過艦隊的人員缺額超過了一半，還要慢慢補充，因此商毅也決定，原來的船員水手隻要經過調查，沒有參與這次大屠殺的，也全部留用，歸爲呂宋艦隊的成員。
這樣一來，呂宋地區的軍、政兩方面框架都己經正式建立起來，也标志着南京政府對呂宋的統治己經進入一個實質性階段，隻需要一步一步的完善起來。
而這時西班牙人己經徹底被中華軍打敗，一個強大的當地土著也幾乎被滅了族，現在整個呂宋群島地區都是中華軍的天下，而在這種強大的武力面前,還有誰敢和中華軍作對，因此呂宋島的其他各部落土著，以及其他教會的傳教士們，還有呂宋島以外，其他各海島上土著部落的酋長頭人，在耶稣會的傳教士的勸說下，也都紛紛來到馬尼拉城，向中華軍表示臣服。
等衆人差不多聚齊之後，商毅首先下令舉行審判大會，将在這次大屠殺中犯罪的人員進行公開處理，被處以死刑達到一千五百六十六人，包括總督查孔在內的所有西班牙士兵，大主教弗朗西斯科等三十二名傳教士，以及阿諾基三世爲代表的一批土著。當場執行槍決。參加審判大會的土著酋長頭人們也都吓得心驚肉跳。而其他在馬尼拉城裏居住的西班牙人、待從，以及歸附西班牙殖民者的土著，則都處以五到十年的苦役。
随後商毅才招集衆土著酋長頭人們，先嚴厲的将他們訓訴一頓,指責他們附庸西班牙殖民者,欺壓華人的行爲。這一點到并不冤枉這些土著，雖然他們并沒有像邦班牙部那樣，直接充當西班牙殖民者的幫兇，但占華人一點小便易的事情，多少也都做過一些。隻是有了大壞人，也就顯不出小壞人來。但現在世道變了，大壞人己經被打倒，不少酋長都在想，是不是該清算小壞人了。有不少人都吓得哆嗦起來。
不過商毅把話鋒一轉，表示自己寬宏大量，對他們過去的行爲都不予追究，但要求他們以後絕對服從中華軍的命令，否則邦班牙部的下場就是最好的例子。
衆酋長頭人們聽了，也都松了一口氣，立刻紛紛表示，一定服從中華軍的命令。而商毅也立刻趁熱打鐵，要救各部落都要抽調一部份青年土著，年齡在十六歲以上，二十五歲以下，男女各半，脫離本部落，做爲呂宋總督府的直屬土著。因爲現在馬尼拉的華人隻有兩萬五六千餘衆，想要進一步開發呂宋，需要大需勞動力，這點人力當然不夠，而在短時間内，對呂宋進行大規模移民也是不現實的，因此隻能從當地土著中挖掘潛力。
盡管各酋長頭人們心裏都不願意，因爲十六歲以上，二十五歲以下的男女也都是各部落的主要勞動力，誰都舍不得。但血淋淋的事實就擺在眼前，誰還敢說個不字，因此也隻好同意了。結果總督府一下就得到了三萬多名年輕的男女，緻少在近三五年之内，勞動力還是夠用了。
而最後商毅又宣布，将邦班牙部遺留下來的全部人口都分配給各部落。邦班牙部的青壯年幾乎全部戰死，現在還有兩萬餘人，基本都是老弱婦幼，其中少年兒童約有一萬三四千人。
如何處理這一批人，也讓商毅有點爲難。全部殺了有些太過份，商毅并不喜歡搞種族大屠殺，但留着也是一個隐患，畢竟這個仇口不小，這批孩子長大了，肯定不會對華人有善意，還會種下**的禍根，因此商毅決定把這批人分散到其他各部中去，由其是分散到各海島部落中去，使他們完全分散，而且到了其他部落，這批人的地位也是最低下的，也就翻不起多大lang來。
而其他各部雖然都被抽調出一部份的青年勞力，但也得到了一定的邦班牙部人口，雖然都是老弱婦幼，也算是有所補償，特别這這批少年兒童，幾年之後也都能成長爲新的勞動力，因此心裏也都覺得好過一些，同時也覺得中華軍還是比西班牙人強一些，西班牙人才不管那個，一定會把他們全都殺了。